# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.784 0.162 0.042 0.012 0.001 0.001 0.001 2 T 0.800 0.158 0.031 0.009 0.002 0.001 0.001 3 G 0.722 0.161 0.070 0.035 0.011 0.002 0.001 4 K 0.673 0.204 0.075 0.033 0.012 0.003 0.001 5 R 0.546 0.247 0.120 0.060 0.021 0.005 0.001 6 V 0.420 0.220 0.157 0.131 0.058 0.014 0.001 7 A 0.499 0.269 0.136 0.071 0.022 0.004 0.001 8 L 0.579 0.251 0.104 0.051 0.013 0.002 0.001 9 K 0.609 0.235 0.102 0.044 0.010 0.001 0.001 10 T 0.709 0.214 0.057 0.017 0.002 0.001 0.001 11 P 0.677 0.222 0.069 0.026 0.005 0.001 0.001 12 A 0.761 0.190 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 13 E 0.429 0.332 0.164 0.060 0.014 0.002 0.001 14 K 0.147 0.168 0.191 0.274 0.176 0.042 0.002 15 V 0.266 0.340 0.255 0.107 0.029 0.004 0.001 16 A 0.352 0.400 0.172 0.059 0.014 0.003 0.001 17 W 0.087 0.109 0.192 0.313 0.232 0.064 0.003 18 L 0.111 0.083 0.118 0.240 0.298 0.138 0.012 19 E 0.249 0.323 0.218 0.143 0.054 0.012 0.001 20 R 0.289 0.327 0.208 0.114 0.050 0.012 0.001 21 R 0.148 0.166 0.153 0.213 0.185 0.116 0.019 22 L 0.213 0.191 0.201 0.205 0.128 0.054 0.009 23 E 0.496 0.286 0.120 0.063 0.025 0.008 0.002 24 E 0.469 0.285 0.133 0.068 0.031 0.011 0.002 25 G 0.129 0.181 0.213 0.265 0.141 0.062 0.008 26 G 0.119 0.166 0.189 0.212 0.188 0.111 0.015 27 F 0.063 0.053 0.085 0.184 0.249 0.286 0.079 28 R 0.023 0.106 0.223 0.304 0.233 0.098 0.013 29 L 0.009 0.016 0.038 0.117 0.299 0.416 0.105 30 L 0.052 0.168 0.221 0.279 0.187 0.081 0.012 31 E 0.111 0.255 0.266 0.217 0.104 0.040 0.006 32 G 0.136 0.192 0.202 0.207 0.170 0.083 0.011 33 E 0.118 0.181 0.215 0.224 0.165 0.087 0.012 34 R 0.243 0.199 0.170 0.167 0.133 0.075 0.012 35 G 0.248 0.257 0.199 0.151 0.087 0.047 0.012 36 P 0.233 0.199 0.179 0.166 0.127 0.078 0.017 37 W 0.260 0.209 0.170 0.156 0.121 0.069 0.014 38 V 0.276 0.195 0.175 0.163 0.111 0.067 0.012 39 Q 0.303 0.200 0.146 0.142 0.121 0.075 0.013 40 I 0.278 0.212 0.167 0.153 0.112 0.066 0.011 41 L 0.328 0.212 0.170 0.158 0.089 0.036 0.006 42 Q 0.469 0.247 0.138 0.080 0.044 0.019 0.002 43 D 0.503 0.229 0.120 0.088 0.041 0.016 0.002 44 T 0.584 0.212 0.099 0.060 0.031 0.012 0.002 45 F 0.379 0.215 0.165 0.134 0.073 0.030 0.004 46 L 0.515 0.249 0.109 0.073 0.037 0.015 0.002 47 E 0.414 0.280 0.147 0.096 0.046 0.016 0.002 48 V 0.333 0.218 0.191 0.156 0.076 0.023 0.002 49 R 0.397 0.242 0.146 0.119 0.068 0.025 0.003 50 R 0.291 0.228 0.203 0.156 0.088 0.031 0.003 51 K 0.362 0.284 0.170 0.112 0.053 0.016 0.001 52 K 0.239 0.269 0.205 0.156 0.095 0.034 0.002 53 D 0.184 0.228 0.228 0.215 0.114 0.029 0.002 54 G 0.271 0.281 0.218 0.161 0.059 0.010 0.001 55 E 0.549 0.290 0.108 0.042 0.010 0.001 0.001 56 E 0.603 0.248 0.091 0.044 0.012 0.002 0.001 57 A 0.628 0.235 0.086 0.040 0.010 0.001 0.001 58 G 0.518 0.323 0.109 0.041 0.009 0.001 0.001 59 K 0.349 0.396 0.164 0.071 0.018 0.003 0.001 60 L 0.127 0.373 0.296 0.159 0.039 0.005 0.001 61 L 0.022 0.056 0.123 0.305 0.359 0.131 0.004 62 Q 0.088 0.334 0.333 0.192 0.048 0.005 0.001 63 V 0.049 0.114 0.170 0.311 0.265 0.086 0.005 64 Q 0.143 0.400 0.250 0.143 0.051 0.013 0.001 65 A 0.056 0.230 0.241 0.273 0.145 0.051 0.004 66 V 0.021 0.092 0.153 0.258 0.323 0.141 0.012 67 L 0.029 0.197 0.311 0.283 0.129 0.045 0.004 68 F 0.005 0.021 0.058 0.187 0.383 0.305 0.041 69 E 0.034 0.228 0.334 0.288 0.093 0.021 0.002 70 G 0.017 0.085 0.121 0.208 0.312 0.225 0.032 71 R 0.013 0.126 0.319 0.342 0.153 0.044 0.003 72 L 0.002 0.009 0.026 0.123 0.366 0.446 0.028 73 E 0.010 0.151 0.334 0.348 0.130 0.025 0.001 74 V 0.009 0.040 0.095 0.260 0.385 0.202 0.009 75 V 0.097 0.400 0.331 0.139 0.028 0.005 0.001 76 D 0.063 0.294 0.244 0.263 0.117 0.019 0.001 77 P 0.024 0.117 0.211 0.307 0.258 0.081 0.003 78 E 0.132 0.431 0.285 0.118 0.030 0.004 0.001 79 R 0.029 0.232 0.409 0.253 0.068 0.010 0.001 80 A 0.005 0.014 0.030 0.132 0.410 0.390 0.019 81 L 0.005 0.061 0.177 0.369 0.303 0.081 0.004 82 A 0.060 0.445 0.319 0.134 0.034 0.007 0.001 83 T 0.011 0.049 0.176 0.391 0.300 0.069 0.004 84 L 0.007 0.014 0.028 0.092 0.305 0.491 0.063 85 R 0.043 0.188 0.267 0.297 0.153 0.045 0.008 86 R 0.112 0.374 0.285 0.157 0.054 0.015 0.002 87 G 0.022 0.071 0.157 0.301 0.288 0.140 0.022 88 V 0.043 0.086 0.111 0.176 0.282 0.250 0.053 89 G 0.080 0.137 0.161 0.248 0.219 0.125 0.030 90 P 0.044 0.149 0.210 0.268 0.189 0.103 0.037 91 G 0.026 0.036 0.052 0.127 0.267 0.319 0.172 92 K 0.035 0.090 0.115 0.165 0.218 0.217 0.161 93 A 0.065 0.063 0.073 0.117 0.158 0.270 0.255 94 L 0.095 0.130 0.121 0.154 0.158 0.194 0.149 95 G 0.124 0.132 0.142 0.159 0.141 0.193 0.109 96 L 0.072 0.061 0.076 0.143 0.206 0.270 0.172 97 G 0.064 0.072 0.104 0.162 0.221 0.240 0.138 98 L 0.096 0.071 0.097 0.139 0.188 0.263 0.146 99 L 0.078 0.051 0.069 0.137 0.214 0.319 0.132 100 S 0.123 0.130 0.139 0.211 0.215 0.157 0.025 101 V 0.154 0.122 0.145 0.197 0.210 0.146 0.026 102 A 0.318 0.231 0.183 0.158 0.077 0.030 0.004 103 P 0.501 0.227 0.121 0.078 0.048 0.022 0.003