# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.068 0.012 0.037 0.082 0.383 0.418 2 T 0.071 0.011 0.028 0.155 0.401 0.333 3 G 0.112 0.013 0.018 0.080 0.357 0.420 4 K 0.305 0.038 0.021 0.166 0.169 0.301 5 R 0.432 0.020 0.041 0.186 0.117 0.204 6 V 0.426 0.009 0.080 0.219 0.113 0.154 7 A 0.443 0.015 0.096 0.171 0.128 0.147 8 L 0.398 0.019 0.050 0.172 0.166 0.196 9 K 0.206 0.019 0.021 0.144 0.221 0.389 10 T 0.075 0.013 0.008 0.060 0.311 0.533 11 P 0.023 0.008 0.044 0.257 0.281 0.387 12 A 0.007 0.002 0.096 0.775 0.074 0.046 13 E 0.004 0.001 0.078 0.871 0.031 0.015 14 K 0.006 0.001 0.042 0.919 0.018 0.015 15 V 0.009 0.001 0.009 0.958 0.011 0.012 16 A 0.016 0.001 0.009 0.954 0.013 0.007 17 W 0.028 0.001 0.011 0.940 0.014 0.006 18 L 0.026 0.001 0.012 0.939 0.015 0.007 19 E 0.018 0.001 0.009 0.952 0.013 0.007 20 R 0.017 0.001 0.012 0.939 0.016 0.015 21 R 0.016 0.003 0.021 0.861 0.037 0.063 22 L 0.019 0.007 0.053 0.682 0.108 0.131 23 E 0.034 0.010 0.072 0.594 0.188 0.102 24 E 0.036 0.006 0.064 0.448 0.306 0.139 25 G 0.029 0.004 0.034 0.191 0.438 0.304 26 G 0.071 0.009 0.025 0.045 0.372 0.478 27 F 0.343 0.031 0.036 0.067 0.199 0.324 28 R 0.540 0.029 0.041 0.068 0.157 0.165 29 L 0.508 0.052 0.043 0.040 0.172 0.184 30 L 0.398 0.025 0.049 0.035 0.397 0.097 31 E 0.235 0.007 0.060 0.032 0.561 0.105 32 G 0.080 0.008 0.057 0.028 0.725 0.102 33 E 0.178 0.032 0.033 0.017 0.605 0.135 34 R 0.236 0.048 0.012 0.020 0.362 0.321 35 G 0.166 0.010 0.006 0.010 0.458 0.350 36 P 0.268 0.004 0.015 0.018 0.297 0.398 37 W 0.805 0.008 0.012 0.026 0.058 0.090 38 V 0.939 0.003 0.006 0.016 0.017 0.019 39 Q 0.952 0.002 0.003 0.016 0.009 0.018 40 I 0.854 0.008 0.004 0.027 0.024 0.083 41 L 0.486 0.010 0.009 0.049 0.163 0.282 42 Q 0.114 0.005 0.079 0.236 0.314 0.253 43 D 0.030 0.003 0.153 0.411 0.303 0.100 44 T 0.032 0.007 0.137 0.599 0.178 0.047 45 F 0.055 0.009 0.078 0.707 0.085 0.066 46 L 0.046 0.004 0.039 0.818 0.049 0.044 47 E 0.053 0.002 0.040 0.796 0.064 0.045 48 V 0.095 0.004 0.031 0.771 0.060 0.038 49 R 0.046 0.005 0.011 0.870 0.038 0.031 50 R 0.022 0.002 0.012 0.856 0.061 0.047 51 K 0.037 0.006 0.015 0.764 0.084 0.093 52 K 0.023 0.006 0.011 0.683 0.091 0.186 53 D 0.016 0.007 0.007 0.258 0.126 0.586 54 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.038 0.949 55 E 0.151 0.018 0.012 0.373 0.228 0.217 56 E 0.159 0.013 0.014 0.268 0.418 0.128 57 A 0.072 0.007 0.022 0.268 0.528 0.103 58 G 0.344 0.011 0.015 0.129 0.369 0.132 59 K 0.575 0.008 0.017 0.142 0.069 0.189 60 L 0.532 0.009 0.012 0.337 0.030 0.080 61 L 0.653 0.005 0.013 0.160 0.040 0.128 62 Q 0.722 0.006 0.016 0.132 0.028 0.096 63 V 0.760 0.003 0.016 0.101 0.042 0.079 64 Q 0.741 0.002 0.013 0.114 0.061 0.071 65 A 0.871 0.001 0.006 0.079 0.022 0.020 66 V 0.880 0.001 0.004 0.082 0.015 0.017 67 L 0.882 0.003 0.004 0.072 0.018 0.021 68 F 0.878 0.003 0.004 0.045 0.038 0.032 69 E 0.644 0.005 0.005 0.046 0.132 0.168 70 G 0.336 0.005 0.012 0.037 0.272 0.339 71 R 0.501 0.011 0.013 0.032 0.214 0.229 72 L 0.727 0.010 0.019 0.041 0.089 0.114 73 E 0.827 0.007 0.014 0.040 0.059 0.053 74 V 0.831 0.008 0.009 0.023 0.057 0.073 75 V 0.565 0.025 0.004 0.033 0.110 0.262 76 D 0.120 0.006 0.002 0.024 0.127 0.722 77 P 0.001 0.001 0.029 0.948 0.014 0.008 78 E 0.001 0.001 0.041 0.945 0.011 0.003 79 R 0.001 0.001 0.047 0.941 0.009 0.002 80 A 0.002 0.001 0.008 0.978 0.005 0.005 81 L 0.003 0.001 0.006 0.983 0.005 0.003 82 A 0.002 0.001 0.007 0.981 0.007 0.003 83 T 0.002 0.001 0.005 0.972 0.013 0.007 84 L 0.002 0.001 0.008 0.959 0.019 0.010 85 R 0.002 0.001 0.015 0.913 0.047 0.022 86 R 0.002 0.001 0.014 0.842 0.065 0.077 87 G 0.004 0.004 0.014 0.183 0.191 0.603 88 V 0.018 0.035 0.016 0.131 0.224 0.576 89 G 0.046 0.029 0.020 0.147 0.332 0.426 90 P 0.034 0.011 0.040 0.408 0.298 0.209 91 G 0.043 0.018 0.121 0.354 0.287 0.178 92 K 0.062 0.014 0.248 0.331 0.255 0.090 93 A 0.093 0.023 0.278 0.246 0.262 0.099 94 L 0.115 0.020 0.196 0.204 0.320 0.145 95 G 0.182 0.017 0.076 0.072 0.352 0.301 96 L 0.181 0.008 0.058 0.041 0.417 0.294 97 G 0.373 0.011 0.053 0.023 0.249 0.292 98 L 0.694 0.023 0.045 0.043 0.086 0.109 99 L 0.736 0.012 0.041 0.041 0.067 0.104 100 S 0.733 0.010 0.028 0.030 0.063 0.135 101 V 0.450 0.025 0.016 0.030 0.089 0.390 102 A 0.142 0.019 0.005 0.010 0.093 0.732 103 P 0.048 0.005 0.001 0.002 0.076 0.867