# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.002 0.018 0.557 0.005 0.023 0.053 0.001 0.001 0.003 0.141 0.151 0.019 0.028 2 T 0.002 0.023 0.325 0.008 0.046 0.072 0.001 0.001 0.003 0.121 0.359 0.012 0.027 3 G 0.006 0.012 0.384 0.013 0.023 0.033 0.001 0.001 0.003 0.303 0.159 0.034 0.027 4 K 0.019 0.022 0.577 0.004 0.018 0.050 0.005 0.001 0.015 0.090 0.039 0.063 0.097 5 R 0.047 0.056 0.241 0.006 0.022 0.083 0.021 0.004 0.041 0.065 0.018 0.066 0.330 6 V 0.083 0.015 0.202 0.071 0.025 0.086 0.020 0.005 0.039 0.051 0.024 0.303 0.077 7 A 0.105 0.017 0.162 0.012 0.047 0.098 0.028 0.005 0.040 0.037 0.073 0.063 0.313 8 L 0.060 0.019 0.249 0.023 0.043 0.081 0.021 0.004 0.028 0.081 0.166 0.120 0.104 9 K 0.025 0.017 0.374 0.008 0.018 0.070 0.008 0.002 0.018 0.224 0.107 0.053 0.077 10 T 0.001 0.008 0.591 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.005 0.312 0.016 0.020 0.009 11 P 0.001 0.008 0.562 0.001 0.015 0.274 0.001 0.001 0.002 0.055 0.061 0.001 0.019 12 A 0.001 0.002 0.038 0.001 0.036 0.861 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.001 0.002 13 E 0.001 0.001 0.017 0.001 0.026 0.928 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 14 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.002 15 V 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 16 A 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 17 W 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 18 L 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 19 E 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 0.002 0.004 20 R 0.007 0.001 0.015 0.001 0.005 0.910 0.001 0.001 0.001 0.012 0.031 0.007 0.010 21 R 0.012 0.003 0.029 0.001 0.009 0.860 0.001 0.001 0.002 0.014 0.046 0.011 0.012 22 L 0.006 0.004 0.050 0.001 0.018 0.832 0.001 0.001 0.002 0.018 0.051 0.005 0.012 23 E 0.009 0.007 0.092 0.006 0.058 0.640 0.001 0.001 0.002 0.042 0.114 0.012 0.015 24 E 0.005 0.005 0.059 0.002 0.060 0.386 0.001 0.001 0.002 0.038 0.408 0.019 0.011 25 G 0.002 0.003 0.064 0.003 0.019 0.111 0.001 0.001 0.002 0.069 0.715 0.004 0.006 26 G 0.009 0.009 0.323 0.016 0.021 0.052 0.002 0.001 0.008 0.153 0.355 0.019 0.033 27 F 0.054 0.026 0.408 0.017 0.016 0.025 0.012 0.007 0.040 0.078 0.033 0.111 0.171 28 R 0.106 0.027 0.148 0.005 0.016 0.025 0.028 0.019 0.092 0.034 0.017 0.301 0.181 29 L 0.102 0.031 0.188 0.020 0.024 0.046 0.037 0.024 0.099 0.019 0.018 0.058 0.333 30 L 0.072 0.026 0.253 0.036 0.039 0.052 0.026 0.010 0.051 0.046 0.048 0.220 0.123 31 E 0.014 0.012 0.123 0.026 0.057 0.042 0.004 0.003 0.014 0.139 0.431 0.044 0.091 32 G 0.003 0.004 0.163 0.018 0.037 0.008 0.001 0.001 0.003 0.180 0.535 0.025 0.024 33 E 0.002 0.013 0.372 0.004 0.032 0.009 0.001 0.001 0.003 0.227 0.252 0.030 0.053 34 R 0.006 0.030 0.291 0.015 0.021 0.009 0.002 0.001 0.005 0.267 0.287 0.022 0.045 35 G 0.003 0.010 0.469 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.007 0.381 0.034 0.052 0.021 36 P 0.006 0.011 0.687 0.018 0.011 0.019 0.004 0.001 0.012 0.094 0.043 0.010 0.084 37 W 0.089 0.027 0.235 0.020 0.047 0.072 0.052 0.014 0.072 0.056 0.039 0.121 0.154 38 V 0.340 0.008 0.077 0.024 0.014 0.058 0.103 0.026 0.065 0.015 0.009 0.074 0.186 39 Q 0.269 0.005 0.044 0.008 0.005 0.045 0.100 0.024 0.082 0.007 0.004 0.339 0.068 40 I 0.187 0.011 0.069 0.007 0.005 0.046 0.080 0.022 0.084 0.010 0.005 0.051 0.425 41 L 0.081 0.010 0.241 0.082 0.015 0.071 0.024 0.013 0.065 0.034 0.030 0.231 0.103 42 Q 0.029 0.006 0.170 0.039 0.097 0.245 0.005 0.003 0.021 0.111 0.105 0.036 0.133 43 D 0.007 0.002 0.102 0.018 0.137 0.409 0.001 0.001 0.004 0.115 0.162 0.023 0.020 44 T 0.012 0.009 0.088 0.003 0.125 0.553 0.002 0.001 0.007 0.049 0.099 0.024 0.026 45 F 0.061 0.015 0.073 0.008 0.073 0.533 0.007 0.003 0.008 0.029 0.057 0.021 0.112 46 L 0.142 0.008 0.074 0.040 0.049 0.403 0.010 0.002 0.010 0.026 0.045 0.117 0.073 47 E 0.182 0.002 0.050 0.011 0.044 0.374 0.009 0.003 0.009 0.031 0.047 0.105 0.133 48 V 0.192 0.005 0.076 0.008 0.028 0.334 0.012 0.002 0.013 0.035 0.041 0.048 0.204 49 R 0.232 0.008 0.057 0.004 0.009 0.231 0.020 0.002 0.011 0.023 0.021 0.253 0.131 50 R 0.131 0.051 0.103 0.016 0.005 0.163 0.014 0.001 0.012 0.039 0.036 0.072 0.357 51 K 0.015 0.009 0.540 0.008 0.009 0.117 0.001 0.001 0.006 0.078 0.085 0.050 0.081 52 K 0.004 0.011 0.141 0.002 0.017 0.079 0.001 0.001 0.002 0.104 0.588 0.026 0.027 53 D 0.001 0.004 0.074 0.002 0.012 0.045 0.001 0.001 0.001 0.074 0.780 0.004 0.005 54 G 0.001 0.006 0.351 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.483 0.127 0.005 0.005 55 E 0.005 0.011 0.501 0.001 0.018 0.064 0.001 0.001 0.001 0.135 0.188 0.026 0.047 56 E 0.028 0.158 0.162 0.001 0.030 0.079 0.008 0.001 0.004 0.090 0.100 0.032 0.309 57 A 0.023 0.020 0.256 0.193 0.053 0.062 0.004 0.001 0.002 0.060 0.156 0.134 0.036 58 G 0.029 0.010 0.400 0.015 0.033 0.034 0.002 0.001 0.001 0.170 0.141 0.033 0.132 59 K 0.036 0.012 0.390 0.016 0.017 0.031 0.003 0.001 0.003 0.156 0.032 0.220 0.083 60 L 0.029 0.017 0.254 0.038 0.025 0.030 0.007 0.001 0.008 0.055 0.019 0.035 0.483 61 L 0.110 0.006 0.266 0.127 0.014 0.039 0.023 0.002 0.010 0.044 0.022 0.218 0.121 62 Q 0.236 0.016 0.087 0.005 0.005 0.025 0.040 0.004 0.016 0.011 0.005 0.351 0.198 63 V 0.216 0.004 0.038 0.009 0.006 0.035 0.032 0.003 0.017 0.004 0.002 0.052 0.581 64 Q 0.175 0.001 0.036 0.502 0.004 0.026 0.013 0.001 0.009 0.009 0.003 0.184 0.038 65 A 0.479 0.001 0.012 0.018 0.005 0.015 0.027 0.003 0.012 0.012 0.003 0.118 0.295 66 V 0.499 0.001 0.011 0.006 0.002 0.013 0.053 0.004 0.014 0.004 0.003 0.150 0.240 67 L 0.603 0.002 0.014 0.013 0.001 0.019 0.055 0.007 0.013 0.003 0.005 0.132 0.131 68 F 0.397 0.005 0.041 0.025 0.003 0.029 0.044 0.004 0.021 0.016 0.026 0.162 0.227 69 E 0.199 0.003 0.084 0.057 0.008 0.025 0.013 0.001 0.012 0.065 0.204 0.137 0.192 70 G 0.162 0.004 0.091 0.028 0.010 0.012 0.006 0.001 0.007 0.166 0.257 0.154 0.102 71 R 0.129 0.012 0.206 0.009 0.011 0.018 0.015 0.001 0.022 0.064 0.075 0.098 0.339 72 L 0.185 0.016 0.147 0.030 0.008 0.009 0.036 0.002 0.032 0.036 0.018 0.125 0.355 73 E 0.192 0.006 0.123 0.019 0.007 0.008 0.041 0.001 0.030 0.037 0.020 0.361 0.155 74 V 0.050 0.031 0.128 0.002 0.004 0.006 0.027 0.001 0.035 0.027 0.008 0.033 0.648 75 V 0.009 0.043 0.337 0.006 0.001 0.005 0.005 0.001 0.036 0.090 0.005 0.428 0.034 76 D 0.001 0.010 0.778 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 0.086 0.001 0.002 0.109 77 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 80 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 83 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 85 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.001 0.001 86 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 0.698 0.001 0.001 0.001 0.008 0.263 0.001 0.001 87 G 0.001 0.003 0.040 0.001 0.030 0.311 0.001 0.001 0.002 0.049 0.563 0.001 0.001 88 V 0.001 0.039 0.563 0.001 0.005 0.075 0.001 0.001 0.012 0.252 0.041 0.002 0.009 89 G 0.001 0.040 0.610 0.004 0.008 0.046 0.001 0.001 0.011 0.226 0.034 0.014 0.005 90 P 0.001 0.014 0.211 0.007 0.103 0.284 0.001 0.002 0.007 0.126 0.236 0.001 0.008 91 G 0.001 0.010 0.121 0.003 0.263 0.297 0.001 0.003 0.006 0.076 0.211 0.004 0.004 92 K 0.002 0.008 0.139 0.005 0.271 0.326 0.001 0.003 0.007 0.105 0.121 0.005 0.007 93 A 0.009 0.022 0.119 0.002 0.178 0.402 0.003 0.012 0.018 0.046 0.154 0.008 0.027 94 L 0.018 0.029 0.092 0.021 0.098 0.262 0.005 0.012 0.013 0.077 0.331 0.020 0.019 95 G 0.026 0.021 0.245 0.031 0.053 0.079 0.004 0.003 0.012 0.146 0.287 0.042 0.049 96 L 0.036 0.013 0.325 0.034 0.038 0.037 0.007 0.007 0.024 0.150 0.158 0.060 0.112 97 G 0.085 0.018 0.195 0.023 0.035 0.030 0.017 0.012 0.052 0.116 0.146 0.186 0.085 98 L 0.191 0.018 0.110 0.009 0.020 0.021 0.061 0.021 0.079 0.030 0.020 0.055 0.365 99 L 0.208 0.008 0.089 0.148 0.017 0.017 0.076 0.019 0.059 0.037 0.037 0.184 0.102 100 S 0.195 0.009 0.142 0.029 0.017 0.014 0.078 0.021 0.077 0.047 0.060 0.113 0.197 101 V 0.074 0.019 0.315 0.011 0.008 0.007 0.030 0.009 0.082 0.100 0.023 0.086 0.235 102 A 0.009 0.013 0.652 0.007 0.001 0.002 0.004 0.001 0.036 0.081 0.007 0.138 0.050 103 P 0.001 0.014 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.003 0.005 0.059