# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.375 0.136 0.083 0.101 0.074 0.066 0.058 0.037 0.032 0.022 0.015 2 T 0.216 0.168 0.061 0.143 0.108 0.078 0.097 0.058 0.038 0.022 0.010 3 G 0.515 0.145 0.034 0.073 0.065 0.050 0.043 0.030 0.022 0.015 0.008 4 K 0.117 0.189 0.071 0.190 0.157 0.097 0.077 0.042 0.029 0.018 0.012 5 R 0.083 0.073 0.066 0.126 0.117 0.119 0.145 0.092 0.082 0.058 0.040 6 V 0.123 0.082 0.077 0.175 0.154 0.119 0.121 0.064 0.046 0.025 0.013 7 A 0.108 0.112 0.074 0.143 0.127 0.103 0.128 0.083 0.063 0.039 0.022 8 L 0.060 0.037 0.043 0.056 0.056 0.076 0.135 0.132 0.151 0.141 0.113 9 K 0.126 0.137 0.102 0.185 0.142 0.107 0.102 0.043 0.029 0.016 0.010 10 T 0.116 0.184 0.127 0.159 0.115 0.094 0.092 0.048 0.033 0.021 0.011 11 P 0.414 0.236 0.089 0.125 0.062 0.033 0.020 0.008 0.006 0.004 0.002 12 A 0.245 0.085 0.066 0.091 0.080 0.082 0.118 0.072 0.076 0.051 0.034 13 E 0.253 0.143 0.135 0.143 0.098 0.083 0.081 0.032 0.020 0.008 0.004 14 K 0.053 0.081 0.152 0.254 0.145 0.118 0.110 0.045 0.025 0.012 0.005 15 V 0.024 0.027 0.107 0.070 0.070 0.100 0.166 0.128 0.129 0.107 0.071 16 A 0.047 0.040 0.207 0.142 0.106 0.117 0.145 0.081 0.061 0.036 0.017 17 W 0.012 0.033 0.159 0.186 0.159 0.146 0.150 0.072 0.046 0.027 0.010 18 L 0.008 0.017 0.123 0.049 0.052 0.069 0.152 0.138 0.160 0.140 0.092 19 E 0.019 0.037 0.205 0.199 0.173 0.116 0.124 0.058 0.041 0.019 0.009 20 R 0.026 0.048 0.282 0.125 0.116 0.113 0.136 0.066 0.049 0.027 0.012 21 R 0.050 0.089 0.219 0.199 0.151 0.112 0.095 0.041 0.024 0.013 0.006 22 L 0.059 0.057 0.116 0.081 0.085 0.100 0.183 0.112 0.100 0.070 0.036 23 E 0.111 0.084 0.148 0.135 0.112 0.103 0.133 0.072 0.049 0.031 0.022 24 E 0.228 0.188 0.176 0.191 0.099 0.052 0.037 0.015 0.009 0.005 0.002 25 G 0.149 0.119 0.070 0.122 0.114 0.119 0.121 0.070 0.054 0.040 0.023 26 G 0.142 0.123 0.080 0.146 0.114 0.089 0.103 0.061 0.059 0.046 0.036 27 F 0.021 0.020 0.020 0.041 0.052 0.081 0.172 0.154 0.189 0.150 0.100 28 R 0.049 0.119 0.129 0.254 0.184 0.111 0.076 0.036 0.023 0.012 0.008 29 L 0.014 0.018 0.016 0.043 0.050 0.064 0.134 0.156 0.181 0.166 0.159 30 L 0.031 0.035 0.029 0.077 0.104 0.125 0.181 0.136 0.134 0.089 0.060 31 E 0.166 0.191 0.103 0.198 0.115 0.079 0.069 0.033 0.025 0.013 0.007 32 G 0.259 0.119 0.061 0.146 0.097 0.090 0.090 0.051 0.039 0.029 0.019 33 E 0.388 0.171 0.069 0.112 0.070 0.047 0.050 0.031 0.026 0.020 0.015 34 R 0.138 0.162 0.056 0.157 0.120 0.098 0.112 0.061 0.048 0.030 0.019 35 G 0.124 0.112 0.037 0.111 0.116 0.110 0.116 0.092 0.083 0.056 0.042 36 P 0.196 0.161 0.071 0.183 0.140 0.106 0.075 0.033 0.019 0.010 0.005 37 W 0.036 0.047 0.031 0.131 0.170 0.165 0.181 0.103 0.073 0.042 0.022 38 V 0.011 0.009 0.009 0.026 0.029 0.044 0.109 0.155 0.224 0.219 0.164 39 Q 0.024 0.064 0.093 0.230 0.202 0.152 0.131 0.052 0.032 0.014 0.007 40 I 0.009 0.015 0.027 0.031 0.033 0.049 0.134 0.167 0.204 0.177 0.154 41 L 0.033 0.059 0.070 0.129 0.132 0.147 0.190 0.101 0.067 0.045 0.027 42 Q 0.086 0.105 0.120 0.205 0.154 0.107 0.125 0.051 0.029 0.013 0.005 43 D 0.227 0.157 0.246 0.189 0.089 0.046 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 44 T 0.136 0.123 0.172 0.193 0.129 0.103 0.089 0.030 0.015 0.007 0.003 45 F 0.023 0.027 0.047 0.064 0.067 0.100 0.208 0.157 0.139 0.113 0.055 46 L 0.010 0.023 0.084 0.075 0.108 0.167 0.262 0.125 0.083 0.044 0.019 47 E 0.056 0.092 0.402 0.239 0.109 0.050 0.031 0.011 0.006 0.003 0.001 48 V 0.031 0.049 0.133 0.130 0.146 0.144 0.175 0.088 0.055 0.034 0.014 49 R 0.051 0.062 0.125 0.122 0.125 0.102 0.158 0.097 0.083 0.051 0.023 50 R 0.039 0.062 0.093 0.157 0.182 0.153 0.174 0.072 0.041 0.021 0.007 51 K 0.060 0.088 0.157 0.185 0.153 0.121 0.124 0.056 0.034 0.017 0.006 52 K 0.221 0.121 0.126 0.124 0.113 0.089 0.100 0.048 0.030 0.019 0.009 53 D 0.285 0.381 0.102 0.119 0.052 0.025 0.020 0.008 0.004 0.003 0.001 54 G 0.449 0.178 0.067 0.107 0.078 0.050 0.035 0.017 0.011 0.006 0.003 55 E 0.522 0.215 0.074 0.107 0.044 0.019 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 56 E 0.194 0.263 0.160 0.201 0.101 0.045 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 57 A 0.105 0.078 0.034 0.118 0.118 0.131 0.155 0.109 0.081 0.045 0.026 58 G 0.334 0.147 0.057 0.113 0.122 0.102 0.069 0.027 0.016 0.008 0.004 59 K 0.092 0.176 0.188 0.259 0.129 0.074 0.049 0.017 0.009 0.004 0.002 60 L 0.028 0.044 0.032 0.133 0.153 0.194 0.202 0.095 0.062 0.037 0.020 61 L 0.035 0.020 0.035 0.040 0.039 0.055 0.144 0.147 0.190 0.166 0.130 62 Q 0.036 0.064 0.109 0.259 0.202 0.140 0.120 0.039 0.019 0.008 0.003 63 V 0.007 0.012 0.056 0.037 0.035 0.048 0.121 0.136 0.201 0.191 0.157 64 Q 0.019 0.026 0.089 0.150 0.150 0.169 0.206 0.098 0.054 0.026 0.012 65 A 0.028 0.055 0.144 0.174 0.138 0.125 0.162 0.082 0.051 0.028 0.011 66 V 0.020 0.032 0.163 0.090 0.069 0.072 0.130 0.120 0.128 0.105 0.070 67 L 0.013 0.026 0.096 0.106 0.104 0.105 0.167 0.122 0.123 0.091 0.049 68 F 0.014 0.028 0.109 0.076 0.075 0.084 0.168 0.136 0.139 0.103 0.069 69 E 0.036 0.078 0.165 0.226 0.177 0.117 0.098 0.048 0.030 0.016 0.009 70 G 0.148 0.067 0.080 0.087 0.080 0.089 0.155 0.110 0.094 0.060 0.029 71 R 0.069 0.121 0.123 0.241 0.182 0.118 0.090 0.029 0.016 0.008 0.004 72 L 0.009 0.009 0.020 0.020 0.023 0.029 0.087 0.113 0.231 0.242 0.215 73 E 0.080 0.145 0.116 0.263 0.188 0.106 0.067 0.020 0.009 0.004 0.002 74 V 0.031 0.035 0.028 0.055 0.056 0.075 0.188 0.167 0.178 0.121 0.064 75 V 0.016 0.026 0.019 0.054 0.091 0.122 0.182 0.160 0.144 0.111 0.075 76 D 0.082 0.541 0.096 0.148 0.065 0.030 0.019 0.008 0.005 0.003 0.002 77 P 0.135 0.081 0.039 0.138 0.187 0.162 0.130 0.061 0.040 0.020 0.008 78 E 0.833 0.098 0.027 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.060 0.086 0.097 0.305 0.184 0.125 0.091 0.028 0.015 0.006 0.003 80 A 0.012 0.009 0.015 0.017 0.019 0.039 0.117 0.166 0.231 0.216 0.158 81 L 0.006 0.010 0.090 0.126 0.152 0.248 0.216 0.081 0.043 0.019 0.009 82 A 0.011 0.031 0.687 0.135 0.063 0.035 0.021 0.007 0.005 0.003 0.002 83 T 0.004 0.011 0.035 0.061 0.095 0.163 0.267 0.145 0.101 0.069 0.048 84 L 0.004 0.004 0.014 0.010 0.011 0.018 0.074 0.123 0.231 0.264 0.247 85 R 0.028 0.053 0.201 0.180 0.191 0.153 0.110 0.040 0.024 0.012 0.008 86 R 0.092 0.120 0.300 0.203 0.117 0.085 0.050 0.016 0.009 0.005 0.002 87 G 0.140 0.082 0.043 0.079 0.087 0.101 0.152 0.098 0.086 0.077 0.055 88 V 0.052 0.052 0.021 0.056 0.051 0.066 0.125 0.116 0.149 0.144 0.168 89 G 0.139 0.135 0.056 0.094 0.106 0.104 0.109 0.073 0.073 0.057 0.053 90 P 0.193 0.146 0.045 0.151 0.115 0.094 0.094 0.056 0.045 0.032 0.028 91 G 0.244 0.075 0.027 0.068 0.080 0.084 0.105 0.083 0.087 0.075 0.072 92 K 0.140 0.140 0.085 0.219 0.152 0.103 0.070 0.034 0.027 0.016 0.013 93 A 0.055 0.037 0.031 0.060 0.062 0.089 0.138 0.118 0.131 0.130 0.150 94 L 0.031 0.033 0.035 0.074 0.079 0.093 0.162 0.143 0.135 0.115 0.099 95 G 0.112 0.081 0.053 0.105 0.099 0.100 0.136 0.092 0.087 0.071 0.065 96 L 0.017 0.026 0.030 0.060 0.061 0.068 0.101 0.107 0.149 0.171 0.210 97 G 0.071 0.071 0.044 0.098 0.111 0.114 0.159 0.109 0.093 0.069 0.060 98 L 0.035 0.032 0.026 0.050 0.045 0.051 0.113 0.123 0.167 0.176 0.181 99 L 0.014 0.016 0.017 0.036 0.044 0.062 0.125 0.128 0.180 0.190 0.186 100 S 0.057 0.094 0.075 0.141 0.120 0.105 0.129 0.091 0.084 0.058 0.046 101 V 0.070 0.050 0.035 0.070 0.065 0.080 0.135 0.123 0.138 0.132 0.100 102 A 0.086 0.073 0.042 0.096 0.101 0.105 0.141 0.107 0.105 0.082 0.061 103 P 0.276 0.181 0.048 0.125 0.098 0.071 0.072 0.046 0.038 0.026 0.018