# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.025 0.003 0.006 0.052 0.022 0.055 0.838 2 T 0.068 0.025 0.019 0.114 0.054 0.241 0.479 3 G 0.101 0.011 0.026 0.083 0.226 0.196 0.356 4 K 0.228 0.011 0.026 0.078 0.115 0.058 0.483 5 R 0.482 0.038 0.041 0.135 0.041 0.029 0.235 6 V 0.525 0.026 0.037 0.126 0.057 0.030 0.200 7 A 0.469 0.016 0.056 0.105 0.050 0.071 0.232 8 L 0.268 0.022 0.039 0.127 0.101 0.096 0.348 9 K 0.155 0.016 0.024 0.154 0.240 0.103 0.308 10 T 0.046 0.007 0.002 0.035 0.631 0.008 0.270 11 P 0.029 0.007 0.019 0.581 0.062 0.129 0.175 12 A 0.007 0.002 0.023 0.891 0.009 0.045 0.022 13 E 0.024 0.004 0.031 0.860 0.018 0.020 0.044 14 K 0.035 0.002 0.016 0.906 0.009 0.010 0.022 15 V 0.037 0.002 0.009 0.922 0.005 0.012 0.012 16 A 0.024 0.002 0.006 0.934 0.005 0.020 0.009 17 W 0.031 0.001 0.008 0.923 0.004 0.021 0.012 18 L 0.060 0.003 0.014 0.870 0.006 0.025 0.023 19 E 0.033 0.002 0.014 0.895 0.009 0.025 0.022 20 R 0.031 0.002 0.021 0.844 0.021 0.052 0.030 21 R 0.037 0.004 0.022 0.761 0.030 0.100 0.047 22 L 0.061 0.009 0.031 0.625 0.060 0.115 0.099 23 E 0.104 0.010 0.039 0.490 0.081 0.146 0.131 24 E 0.053 0.007 0.044 0.299 0.089 0.456 0.053 25 G 0.055 0.003 0.023 0.067 0.149 0.623 0.080 26 G 0.209 0.015 0.020 0.035 0.182 0.149 0.390 27 F 0.623 0.022 0.012 0.015 0.050 0.021 0.257 28 R 0.839 0.020 0.011 0.012 0.033 0.007 0.078 29 L 0.861 0.015 0.018 0.017 0.011 0.011 0.067 30 L 0.805 0.027 0.018 0.018 0.021 0.024 0.085 31 E 0.503 0.019 0.042 0.026 0.065 0.201 0.144 32 G 0.103 0.004 0.070 0.013 0.178 0.398 0.235 33 E 0.110 0.019 0.044 0.015 0.244 0.308 0.261 34 R 0.107 0.037 0.024 0.008 0.370 0.255 0.199 35 G 0.108 0.015 0.008 0.004 0.413 0.053 0.398 36 P 0.211 0.008 0.009 0.007 0.111 0.056 0.598 37 W 0.695 0.042 0.013 0.014 0.026 0.023 0.187 38 V 0.852 0.010 0.007 0.020 0.008 0.005 0.098 39 Q 0.928 0.005 0.006 0.019 0.010 0.003 0.030 40 I 0.905 0.012 0.007 0.025 0.008 0.005 0.038 41 L 0.767 0.014 0.012 0.051 0.019 0.017 0.120 42 Q 0.288 0.007 0.074 0.245 0.098 0.066 0.221 43 D 0.082 0.004 0.172 0.204 0.169 0.225 0.143 44 T 0.066 0.008 0.129 0.220 0.160 0.296 0.121 45 F 0.144 0.022 0.086 0.412 0.045 0.214 0.076 46 L 0.305 0.012 0.056 0.404 0.043 0.083 0.097 47 E 0.345 0.006 0.043 0.413 0.033 0.047 0.114 48 V 0.252 0.012 0.063 0.456 0.030 0.042 0.144 49 R 0.223 0.016 0.047 0.414 0.059 0.088 0.153 50 R 0.237 0.016 0.038 0.263 0.063 0.129 0.254 51 K 0.114 0.005 0.019 0.085 0.106 0.055 0.616 52 K 0.057 0.018 0.024 0.113 0.157 0.156 0.476 53 D 0.024 0.018 0.020 0.089 0.249 0.258 0.341 54 G 0.018 0.005 0.075 0.203 0.183 0.321 0.194 55 E 0.033 0.008 0.144 0.373 0.096 0.154 0.193 56 E 0.062 0.028 0.184 0.372 0.068 0.154 0.133 57 A 0.054 0.022 0.146 0.320 0.066 0.304 0.088 58 G 0.061 0.007 0.080 0.159 0.131 0.386 0.174 59 K 0.192 0.014 0.041 0.074 0.275 0.074 0.330 60 L 0.420 0.014 0.032 0.101 0.095 0.047 0.291 61 L 0.701 0.008 0.011 0.027 0.053 0.021 0.179 62 Q 0.928 0.005 0.003 0.012 0.013 0.008 0.032 63 V 0.961 0.002 0.001 0.007 0.004 0.003 0.021 64 Q 0.961 0.001 0.001 0.005 0.007 0.002 0.023 65 A 0.957 0.001 0.001 0.006 0.008 0.003 0.025 66 V 0.943 0.002 0.001 0.008 0.011 0.003 0.032 67 L 0.923 0.003 0.002 0.020 0.008 0.007 0.038 68 F 0.858 0.008 0.003 0.022 0.013 0.025 0.070 69 E 0.592 0.007 0.008 0.025 0.059 0.210 0.099 70 G 0.358 0.001 0.007 0.006 0.182 0.374 0.071 71 R 0.641 0.012 0.013 0.013 0.060 0.090 0.171 72 L 0.807 0.017 0.008 0.010 0.027 0.016 0.115 73 E 0.848 0.003 0.012 0.007 0.024 0.010 0.096 74 V 0.840 0.012 0.008 0.006 0.020 0.010 0.103 75 V 0.471 0.046 0.005 0.016 0.151 0.014 0.297 76 D 0.044 0.009 0.001 0.005 0.098 0.002 0.841 77 P 0.001 0.001 0.079 0.747 0.009 0.121 0.042 78 E 0.001 0.001 0.046 0.894 0.003 0.053 0.003 79 R 0.001 0.001 0.078 0.885 0.003 0.024 0.009 80 A 0.001 0.002 0.020 0.935 0.003 0.026 0.014 81 L 0.001 0.001 0.007 0.970 0.002 0.016 0.004 82 A 0.001 0.001 0.007 0.972 0.001 0.016 0.003 83 T 0.001 0.001 0.007 0.977 0.001 0.011 0.003 84 L 0.001 0.001 0.018 0.947 0.007 0.019 0.006 85 R 0.001 0.002 0.042 0.878 0.012 0.058 0.007 86 R 0.001 0.001 0.029 0.463 0.009 0.495 0.003 87 G 0.002 0.004 0.018 0.222 0.085 0.566 0.102 88 V 0.005 0.013 0.007 0.052 0.342 0.049 0.532 89 G 0.008 0.018 0.004 0.037 0.409 0.063 0.461 90 P 0.005 0.004 0.028 0.405 0.059 0.427 0.072 91 G 0.021 0.009 0.077 0.554 0.086 0.176 0.076 92 K 0.051 0.013 0.094 0.584 0.063 0.075 0.120 93 A 0.104 0.045 0.124 0.456 0.069 0.110 0.092 94 L 0.087 0.017 0.106 0.295 0.052 0.360 0.082 95 G 0.104 0.013 0.063 0.140 0.102 0.430 0.148 96 L 0.208 0.018 0.088 0.080 0.123 0.156 0.327 97 G 0.368 0.029 0.085 0.034 0.146 0.155 0.183 98 L 0.455 0.029 0.076 0.037 0.064 0.064 0.274 99 L 0.631 0.025 0.028 0.018 0.031 0.025 0.243 100 S 0.553 0.018 0.028 0.017 0.052 0.027 0.305 101 V 0.461 0.050 0.025 0.019 0.092 0.024 0.330 102 A 0.139 0.016 0.003 0.003 0.135 0.006 0.698 103 P 0.050 0.012 0.017 0.007 0.047 0.029 0.839