# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.425 0.150 0.160 0.089 0.046 0.023 0.041 0.030 0.018 0.018 0.001 2 T 0.250 0.100 0.229 0.290 0.021 0.013 0.070 0.004 0.016 0.006 0.001 3 G 0.040 0.004 0.037 0.016 0.045 0.001 0.086 0.611 0.001 0.157 0.001 4 K 0.204 0.305 0.367 0.052 0.025 0.029 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 5 R 0.154 0.272 0.467 0.016 0.007 0.058 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 6 V 0.344 0.396 0.133 0.055 0.029 0.019 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 7 A 0.272 0.220 0.297 0.038 0.088 0.033 0.020 0.005 0.022 0.004 0.001 8 L 0.305 0.226 0.271 0.091 0.039 0.047 0.005 0.001 0.012 0.002 0.001 9 K 0.299 0.120 0.175 0.296 0.025 0.043 0.016 0.004 0.019 0.002 0.001 10 T 0.050 0.304 0.390 0.005 0.124 0.011 0.008 0.001 0.097 0.008 0.001 11 P 0.579 0.005 0.338 0.016 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 12 A 0.873 0.012 0.048 0.036 0.007 0.005 0.006 0.009 0.002 0.002 0.001 13 E 0.893 0.013 0.030 0.050 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 K 0.835 0.053 0.043 0.041 0.008 0.009 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 15 V 0.786 0.115 0.043 0.034 0.006 0.009 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 16 A 0.794 0.103 0.049 0.020 0.017 0.007 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 17 W 0.812 0.072 0.034 0.037 0.012 0.016 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 18 L 0.833 0.058 0.042 0.047 0.006 0.007 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 19 E 0.876 0.031 0.038 0.030 0.006 0.008 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 20 R 0.869 0.029 0.040 0.040 0.005 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 21 R 0.827 0.028 0.042 0.069 0.006 0.011 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 22 L 0.812 0.036 0.048 0.056 0.009 0.014 0.011 0.002 0.009 0.003 0.001 23 E 0.788 0.057 0.059 0.060 0.012 0.009 0.006 0.001 0.004 0.002 0.001 24 E 0.532 0.066 0.108 0.247 0.016 0.008 0.010 0.002 0.008 0.001 0.001 25 G 0.111 0.015 0.067 0.099 0.070 0.001 0.143 0.397 0.003 0.093 0.001 26 G 0.173 0.025 0.122 0.051 0.100 0.009 0.107 0.180 0.003 0.228 0.002 27 F 0.104 0.445 0.245 0.045 0.119 0.019 0.003 0.002 0.012 0.004 0.001 28 R 0.086 0.498 0.240 0.025 0.042 0.058 0.009 0.001 0.041 0.001 0.001 29 L 0.148 0.398 0.339 0.019 0.021 0.052 0.001 0.001 0.019 0.001 0.002 30 L 0.218 0.401 0.170 0.094 0.026 0.049 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 31 E 0.103 0.229 0.402 0.080 0.066 0.027 0.051 0.005 0.029 0.006 0.001 32 G 0.083 0.021 0.130 0.031 0.141 0.004 0.046 0.314 0.004 0.225 0.001 33 E 0.332 0.116 0.347 0.107 0.037 0.025 0.013 0.005 0.008 0.007 0.003 34 R 0.130 0.162 0.298 0.307 0.026 0.027 0.022 0.006 0.018 0.002 0.002 35 G 0.026 0.019 0.188 0.001 0.149 0.001 0.008 0.041 0.005 0.562 0.001 36 P 0.304 0.010 0.415 0.033 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.214 37 W 0.085 0.444 0.346 0.035 0.040 0.027 0.004 0.002 0.015 0.001 0.001 38 V 0.040 0.715 0.154 0.017 0.026 0.019 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 39 Q 0.031 0.524 0.345 0.003 0.009 0.061 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 40 I 0.060 0.567 0.230 0.008 0.016 0.070 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 41 L 0.145 0.239 0.421 0.026 0.020 0.107 0.003 0.001 0.036 0.002 0.001 42 Q 0.590 0.120 0.103 0.051 0.056 0.031 0.022 0.005 0.015 0.006 0.001 43 D 0.758 0.036 0.045 0.105 0.016 0.015 0.015 0.005 0.005 0.002 0.001 44 T 0.692 0.068 0.060 0.116 0.022 0.013 0.012 0.003 0.013 0.001 0.001 45 F 0.848 0.029 0.030 0.065 0.005 0.010 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 46 L 0.823 0.054 0.053 0.047 0.007 0.007 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 47 E 0.843 0.037 0.057 0.034 0.010 0.007 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 48 V 0.834 0.047 0.047 0.054 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 49 R 0.737 0.096 0.076 0.059 0.009 0.008 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 50 R 0.560 0.099 0.181 0.083 0.010 0.031 0.014 0.002 0.018 0.002 0.001 51 K 0.535 0.096 0.248 0.055 0.016 0.022 0.009 0.004 0.009 0.005 0.001 52 K 0.742 0.063 0.064 0.070 0.018 0.009 0.014 0.005 0.007 0.008 0.001 53 D 0.265 0.050 0.177 0.364 0.019 0.030 0.061 0.004 0.028 0.002 0.001 54 G 0.226 0.017 0.190 0.040 0.050 0.012 0.058 0.305 0.005 0.095 0.001 55 E 0.773 0.033 0.118 0.050 0.008 0.008 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 56 E 0.777 0.037 0.093 0.064 0.006 0.007 0.004 0.002 0.007 0.002 0.001 57 A 0.460 0.016 0.159 0.323 0.007 0.006 0.021 0.002 0.003 0.002 0.001 58 G 0.082 0.002 0.021 0.026 0.015 0.001 0.096 0.643 0.001 0.114 0.001 59 K 0.171 0.280 0.446 0.018 0.023 0.031 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 60 L 0.115 0.086 0.679 0.010 0.001 0.096 0.001 0.001 0.008 0.001 0.004 61 L 0.210 0.424 0.221 0.049 0.053 0.019 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 62 Q 0.125 0.497 0.231 0.014 0.062 0.046 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 63 V 0.151 0.538 0.242 0.007 0.013 0.037 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 64 Q 0.770 0.081 0.024 0.104 0.008 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 65 A 0.113 0.590 0.129 0.007 0.135 0.012 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 66 V 0.211 0.608 0.088 0.013 0.018 0.034 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 67 L 0.218 0.568 0.099 0.040 0.028 0.019 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 68 F 0.171 0.454 0.111 0.079 0.086 0.039 0.012 0.004 0.039 0.004 0.001 69 E 0.099 0.302 0.249 0.195 0.057 0.025 0.032 0.003 0.034 0.004 0.001 70 G 0.037 0.017 0.048 0.018 0.190 0.002 0.120 0.314 0.001 0.252 0.001 71 R 0.141 0.324 0.298 0.099 0.047 0.058 0.011 0.001 0.017 0.001 0.002 72 L 0.053 0.367 0.427 0.026 0.041 0.038 0.010 0.002 0.033 0.002 0.001 73 E 0.066 0.485 0.276 0.024 0.038 0.062 0.015 0.001 0.033 0.001 0.001 74 V 0.034 0.432 0.450 0.008 0.009 0.050 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 75 V 0.093 0.525 0.218 0.060 0.036 0.045 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 76 D 0.003 0.161 0.603 0.001 0.047 0.086 0.001 0.001 0.096 0.002 0.001 77 P 0.978 0.001 0.008 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.978 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 T 0.971 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 L 0.952 0.002 0.006 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 R 0.964 0.003 0.005 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 R 0.341 0.005 0.018 0.625 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 87 G 0.083 0.006 0.086 0.054 0.022 0.014 0.268 0.415 0.005 0.047 0.001 88 V 0.308 0.139 0.251 0.253 0.009 0.024 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 89 G 0.169 0.041 0.197 0.005 0.101 0.006 0.015 0.032 0.014 0.419 0.001 90 P 0.804 0.002 0.098 0.046 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 91 G 0.866 0.008 0.029 0.039 0.012 0.003 0.004 0.022 0.002 0.014 0.001 92 K 0.869 0.026 0.033 0.046 0.006 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 93 A 0.832 0.033 0.039 0.063 0.005 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 94 L 0.380 0.090 0.084 0.400 0.023 0.009 0.006 0.002 0.005 0.001 0.001 95 G 0.267 0.022 0.043 0.039 0.053 0.012 0.226 0.281 0.009 0.049 0.001 96 L 0.317 0.169 0.128 0.312 0.033 0.017 0.007 0.002 0.013 0.002 0.001 97 G 0.301 0.038 0.084 0.054 0.119 0.008 0.094 0.174 0.005 0.123 0.001 98 L 0.454 0.166 0.195 0.106 0.018 0.038 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 99 L 0.287 0.294 0.217 0.108 0.039 0.026 0.011 0.003 0.015 0.002 0.001 100 S 0.225 0.334 0.209 0.064 0.115 0.025 0.010 0.004 0.009 0.005 0.001 101 V 0.134 0.446 0.208 0.132 0.024 0.024 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 102 A 0.029 0.210 0.509 0.002 0.063 0.021 0.014 0.002 0.137 0.013 0.001 103 P 0.448 0.004 0.430 0.024 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061