# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.068 0.084 0.064 0.038 0.079 0.046 0.084 0.316 0.089 0.097 0.037 2 T 0.029 0.217 0.121 0.119 0.078 0.057 0.118 0.143 0.051 0.049 0.018 3 G 0.039 0.069 0.116 0.152 0.042 0.050 0.016 0.071 0.054 0.309 0.082 4 K 0.060 0.300 0.073 0.012 0.215 0.010 0.023 0.177 0.068 0.047 0.014 5 R 0.297 0.105 0.015 0.004 0.314 0.007 0.017 0.112 0.037 0.027 0.064 6 V 0.095 0.199 0.040 0.020 0.314 0.026 0.046 0.142 0.064 0.033 0.021 7 A 0.151 0.164 0.033 0.007 0.366 0.007 0.014 0.158 0.035 0.036 0.029 8 L 0.176 0.214 0.034 0.007 0.317 0.008 0.016 0.111 0.025 0.038 0.053 9 K 0.162 0.067 0.036 0.015 0.145 0.018 0.038 0.072 0.050 0.255 0.141 10 T 0.013 0.514 0.343 0.008 0.082 0.002 0.004 0.022 0.006 0.004 0.003 11 P 0.032 0.273 0.128 0.008 0.069 0.004 0.008 0.297 0.095 0.067 0.020 12 A 0.008 0.016 0.005 0.002 0.014 0.004 0.012 0.699 0.221 0.014 0.004 13 E 0.002 0.011 0.003 0.002 0.007 0.006 0.014 0.884 0.063 0.007 0.001 14 K 0.012 0.008 0.002 0.001 0.018 0.001 0.008 0.818 0.069 0.058 0.004 15 V 0.031 0.015 0.003 0.001 0.038 0.002 0.006 0.807 0.061 0.030 0.006 16 A 0.007 0.020 0.004 0.002 0.027 0.002 0.007 0.877 0.044 0.007 0.003 17 W 0.019 0.012 0.003 0.001 0.024 0.001 0.008 0.889 0.027 0.010 0.006 18 L 0.013 0.012 0.003 0.002 0.017 0.004 0.017 0.862 0.050 0.016 0.004 19 E 0.028 0.022 0.005 0.004 0.042 0.007 0.026 0.757 0.072 0.027 0.009 20 R 0.026 0.082 0.026 0.005 0.055 0.007 0.021 0.656 0.076 0.038 0.009 21 R 0.032 0.078 0.039 0.006 0.080 0.007 0.026 0.601 0.066 0.050 0.012 22 L 0.034 0.065 0.023 0.009 0.040 0.011 0.036 0.619 0.108 0.038 0.017 23 E 0.031 0.038 0.043 0.020 0.024 0.022 0.097 0.545 0.123 0.037 0.020 24 E 0.012 0.165 0.101 0.062 0.049 0.089 0.202 0.263 0.035 0.018 0.005 25 G 0.019 0.221 0.298 0.157 0.036 0.015 0.009 0.018 0.010 0.162 0.056 26 G 0.072 0.066 0.086 0.207 0.045 0.088 0.022 0.076 0.031 0.201 0.106 27 F 0.197 0.163 0.020 0.006 0.401 0.005 0.005 0.072 0.040 0.034 0.055 28 R 0.148 0.218 0.040 0.006 0.457 0.006 0.011 0.061 0.019 0.013 0.021 29 L 0.388 0.086 0.027 0.007 0.295 0.010 0.025 0.081 0.019 0.020 0.042 30 L 0.099 0.092 0.122 0.135 0.150 0.114 0.078 0.108 0.036 0.035 0.031 31 E 0.043 0.134 0.059 0.186 0.067 0.114 0.146 0.098 0.037 0.073 0.043 32 G 0.039 0.065 0.114 0.154 0.049 0.048 0.013 0.041 0.066 0.342 0.068 33 E 0.060 0.140 0.073 0.029 0.134 0.050 0.086 0.221 0.128 0.066 0.015 34 R 0.062 0.154 0.152 0.094 0.071 0.029 0.090 0.080 0.063 0.152 0.053 35 G 0.013 0.100 0.215 0.423 0.028 0.085 0.017 0.031 0.019 0.051 0.018 36 P 0.070 0.327 0.079 0.014 0.239 0.011 0.018 0.118 0.054 0.048 0.022 37 W 0.285 0.125 0.019 0.004 0.383 0.008 0.017 0.066 0.025 0.023 0.045 38 V 0.188 0.153 0.014 0.004 0.563 0.006 0.007 0.036 0.007 0.005 0.014 39 Q 0.188 0.128 0.013 0.002 0.576 0.002 0.006 0.044 0.006 0.007 0.028 40 I 0.244 0.170 0.034 0.005 0.293 0.006 0.014 0.114 0.016 0.026 0.078 41 L 0.112 0.192 0.074 0.024 0.160 0.020 0.036 0.196 0.047 0.064 0.073 42 Q 0.045 0.148 0.052 0.025 0.082 0.024 0.032 0.330 0.164 0.067 0.031 43 D 0.030 0.078 0.032 0.015 0.062 0.035 0.071 0.490 0.133 0.035 0.017 44 T 0.024 0.059 0.031 0.015 0.039 0.011 0.040 0.464 0.141 0.157 0.019 45 F 0.047 0.043 0.016 0.008 0.041 0.011 0.028 0.580 0.098 0.107 0.021 46 L 0.042 0.079 0.018 0.007 0.089 0.008 0.013 0.559 0.132 0.036 0.018 47 E 0.059 0.026 0.009 0.004 0.085 0.005 0.024 0.635 0.110 0.023 0.021 48 V 0.043 0.037 0.016 0.005 0.070 0.009 0.052 0.601 0.099 0.058 0.010 49 R 0.058 0.138 0.037 0.006 0.157 0.010 0.043 0.403 0.061 0.068 0.019 50 R 0.069 0.213 0.074 0.006 0.241 0.006 0.018 0.218 0.045 0.087 0.022 51 K 0.041 0.161 0.210 0.010 0.061 0.007 0.030 0.383 0.061 0.022 0.016 52 K 0.014 0.047 0.031 0.028 0.027 0.064 0.141 0.534 0.075 0.029 0.010 53 D 0.006 0.580 0.254 0.054 0.057 0.007 0.011 0.012 0.004 0.011 0.004 54 G 0.025 0.022 0.061 0.085 0.016 0.024 0.005 0.045 0.038 0.483 0.196 55 E 0.063 0.197 0.061 0.013 0.152 0.017 0.051 0.300 0.097 0.036 0.014 56 E 0.102 0.045 0.052 0.052 0.065 0.045 0.061 0.239 0.111 0.166 0.062 57 A 0.010 0.092 0.079 0.338 0.024 0.144 0.169 0.094 0.022 0.021 0.007 58 G 0.027 0.031 0.052 0.123 0.017 0.039 0.011 0.037 0.048 0.522 0.093 59 K 0.012 0.498 0.237 0.017 0.114 0.010 0.010 0.059 0.024 0.016 0.002 60 L 0.509 0.051 0.006 0.001 0.296 0.002 0.009 0.034 0.012 0.012 0.067 61 L 0.096 0.302 0.061 0.018 0.417 0.020 0.020 0.036 0.010 0.007 0.012 62 Q 0.292 0.128 0.010 0.001 0.505 0.001 0.003 0.021 0.004 0.007 0.027 63 V 0.506 0.038 0.007 0.007 0.313 0.007 0.006 0.022 0.007 0.012 0.075 64 Q 0.080 0.124 0.021 0.054 0.314 0.089 0.107 0.163 0.028 0.011 0.010 65 A 0.288 0.090 0.009 0.002 0.511 0.002 0.007 0.046 0.008 0.006 0.030 66 V 0.260 0.091 0.009 0.006 0.514 0.010 0.012 0.047 0.008 0.009 0.034 67 L 0.419 0.051 0.007 0.008 0.298 0.016 0.024 0.048 0.012 0.024 0.093 68 F 0.214 0.119 0.065 0.089 0.210 0.060 0.029 0.063 0.024 0.057 0.069 69 E 0.034 0.053 0.032 0.180 0.040 0.129 0.213 0.126 0.063 0.103 0.028 70 G 0.021 0.094 0.146 0.276 0.032 0.099 0.030 0.058 0.050 0.164 0.031 71 R 0.092 0.223 0.059 0.016 0.252 0.012 0.027 0.095 0.086 0.101 0.037 72 L 0.272 0.136 0.020 0.002 0.434 0.003 0.006 0.023 0.024 0.021 0.060 73 E 0.076 0.319 0.049 0.004 0.457 0.006 0.014 0.031 0.017 0.013 0.014 74 V 0.367 0.081 0.013 0.001 0.391 0.001 0.006 0.021 0.011 0.032 0.077 75 V 0.023 0.305 0.309 0.051 0.111 0.050 0.071 0.030 0.014 0.020 0.015 76 D 0.194 0.274 0.075 0.001 0.422 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.030 77 P 0.001 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.473 0.493 0.015 0.001 78 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.877 0.096 0.008 0.001 79 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.916 0.049 0.027 0.001 80 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.035 0.009 0.001 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.053 0.005 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.020 0.001 0.001 83 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.960 0.027 0.004 0.001 84 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.862 0.108 0.011 0.001 85 R 0.003 0.007 0.004 0.002 0.005 0.004 0.034 0.767 0.144 0.027 0.003 86 R 0.001 0.542 0.230 0.017 0.028 0.023 0.067 0.063 0.019 0.009 0.001 87 G 0.035 0.004 0.003 0.008 0.006 0.006 0.024 0.049 0.034 0.520 0.311 88 V 0.104 0.193 0.058 0.051 0.121 0.054 0.112 0.090 0.059 0.081 0.077 89 G 0.010 0.118 0.193 0.434 0.043 0.073 0.017 0.044 0.024 0.030 0.014 90 P 0.043 0.223 0.115 0.033 0.101 0.018 0.040 0.219 0.148 0.042 0.017 91 G 0.017 0.030 0.016 0.009 0.024 0.015 0.028 0.358 0.343 0.133 0.026 92 K 0.020 0.052 0.020 0.012 0.033 0.016 0.074 0.385 0.254 0.108 0.025 93 A 0.052 0.060 0.017 0.009 0.077 0.020 0.093 0.374 0.173 0.102 0.023 94 L 0.060 0.264 0.102 0.033 0.122 0.036 0.054 0.121 0.092 0.079 0.038 95 G 0.078 0.045 0.046 0.080 0.052 0.041 0.032 0.093 0.064 0.349 0.119 96 L 0.143 0.164 0.043 0.031 0.160 0.027 0.059 0.103 0.086 0.110 0.073 97 G 0.046 0.109 0.097 0.156 0.091 0.079 0.043 0.146 0.085 0.106 0.041 98 L 0.181 0.121 0.026 0.007 0.331 0.007 0.025 0.115 0.089 0.066 0.033 99 L 0.216 0.150 0.031 0.008 0.365 0.012 0.021 0.075 0.039 0.027 0.056 100 S 0.156 0.186 0.053 0.007 0.401 0.007 0.030 0.068 0.025 0.026 0.041 101 V 0.173 0.143 0.055 0.016 0.195 0.015 0.032 0.082 0.080 0.132 0.078 102 A 0.034 0.377 0.314 0.050 0.120 0.011 0.013 0.040 0.020 0.010 0.011 103 P 0.034 0.249 0.114 0.030 0.098 0.039 0.061 0.195 0.112 0.047 0.020