# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.839 0.116 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 2 T 0.788 0.143 0.045 0.018 0.005 0.001 0.001 3 G 0.658 0.190 0.086 0.048 0.016 0.003 0.001 4 K 0.415 0.313 0.173 0.074 0.021 0.004 0.001 5 R 0.304 0.268 0.234 0.129 0.053 0.011 0.001 6 V 0.344 0.236 0.183 0.142 0.075 0.019 0.001 7 A 0.274 0.255 0.215 0.158 0.074 0.022 0.002 8 L 0.189 0.136 0.178 0.259 0.185 0.051 0.003 9 K 0.454 0.309 0.156 0.062 0.015 0.003 0.001 10 T 0.640 0.245 0.074 0.030 0.009 0.002 0.001 11 P 0.688 0.190 0.074 0.033 0.011 0.003 0.001 12 A 0.495 0.161 0.125 0.134 0.071 0.015 0.001 13 E 0.471 0.279 0.147 0.073 0.023 0.006 0.001 14 K 0.437 0.320 0.148 0.067 0.021 0.006 0.001 15 V 0.287 0.156 0.171 0.188 0.135 0.057 0.006 16 A 0.209 0.174 0.160 0.186 0.158 0.098 0.016 17 W 0.220 0.191 0.189 0.179 0.118 0.083 0.020 18 L 0.129 0.101 0.142 0.214 0.264 0.134 0.015 19 E 0.225 0.295 0.241 0.150 0.065 0.021 0.003 20 R 0.240 0.312 0.200 0.137 0.076 0.030 0.004 21 R 0.284 0.288 0.224 0.131 0.057 0.015 0.002 22 L 0.292 0.237 0.184 0.182 0.086 0.018 0.001 23 E 0.534 0.273 0.120 0.052 0.016 0.003 0.001 24 E 0.598 0.275 0.087 0.030 0.008 0.002 0.001 25 G 0.219 0.298 0.243 0.164 0.060 0.015 0.001 26 G 0.063 0.163 0.254 0.288 0.174 0.053 0.004 27 F 0.022 0.037 0.089 0.220 0.377 0.232 0.023 28 R 0.046 0.179 0.300 0.291 0.140 0.041 0.004 29 L 0.034 0.053 0.089 0.210 0.349 0.245 0.020 30 L 0.058 0.130 0.207 0.301 0.230 0.070 0.004 31 E 0.259 0.381 0.224 0.102 0.028 0.006 0.001 32 G 0.357 0.309 0.191 0.106 0.031 0.005 0.001 33 E 0.472 0.295 0.141 0.067 0.021 0.004 0.001 34 R 0.454 0.311 0.152 0.063 0.017 0.003 0.001 35 G 0.128 0.196 0.277 0.263 0.114 0.022 0.001 36 P 0.248 0.348 0.233 0.116 0.042 0.012 0.001 37 W 0.040 0.080 0.145 0.250 0.282 0.184 0.018 38 V 0.024 0.041 0.083 0.195 0.337 0.289 0.031 39 Q 0.053 0.185 0.267 0.265 0.155 0.068 0.007 40 I 0.028 0.049 0.090 0.202 0.310 0.283 0.039 41 L 0.023 0.061 0.122 0.229 0.303 0.237 0.025 42 Q 0.144 0.214 0.229 0.200 0.134 0.068 0.012 43 D 0.276 0.296 0.225 0.130 0.053 0.017 0.003 44 T 0.235 0.288 0.221 0.143 0.075 0.034 0.004 45 F 0.051 0.077 0.132 0.243 0.280 0.197 0.020 46 L 0.053 0.085 0.149 0.250 0.281 0.164 0.017 47 E 0.258 0.330 0.228 0.120 0.048 0.014 0.002 48 V 0.153 0.207 0.236 0.237 0.127 0.036 0.004 49 R 0.143 0.192 0.237 0.235 0.148 0.043 0.003 50 R 0.201 0.270 0.257 0.187 0.073 0.012 0.001 51 K 0.547 0.284 0.117 0.041 0.010 0.001 0.001 52 K 0.822 0.129 0.032 0.012 0.004 0.001 0.001 53 D 0.894 0.085 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 54 G 0.831 0.113 0.037 0.015 0.003 0.001 0.001 55 E 0.872 0.098 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 56 E 0.773 0.164 0.044 0.015 0.003 0.001 0.001 57 A 0.517 0.238 0.143 0.078 0.022 0.003 0.001 58 G 0.318 0.276 0.217 0.136 0.046 0.007 0.001 59 K 0.249 0.366 0.240 0.111 0.028 0.005 0.001 60 L 0.090 0.165 0.215 0.247 0.196 0.078 0.009 61 L 0.027 0.048 0.104 0.247 0.339 0.206 0.029 62 Q 0.044 0.121 0.222 0.306 0.192 0.096 0.020 63 V 0.021 0.021 0.035 0.092 0.227 0.447 0.157 64 Q 0.026 0.062 0.097 0.168 0.216 0.310 0.121 65 A 0.067 0.104 0.160 0.213 0.206 0.187 0.063 66 V 0.058 0.079 0.108 0.187 0.222 0.258 0.088 67 L 0.069 0.077 0.089 0.148 0.213 0.289 0.116 68 F 0.053 0.091 0.118 0.179 0.212 0.265 0.081 69 E 0.092 0.172 0.232 0.250 0.162 0.073 0.019 70 G 0.136 0.184 0.191 0.198 0.161 0.108 0.023 71 R 0.078 0.241 0.270 0.226 0.127 0.051 0.006 72 L 0.041 0.040 0.083 0.197 0.367 0.250 0.023 73 E 0.136 0.311 0.287 0.188 0.063 0.014 0.001 74 V 0.088 0.128 0.158 0.255 0.248 0.116 0.008 75 V 0.079 0.124 0.192 0.279 0.224 0.092 0.009 76 D 0.268 0.385 0.215 0.096 0.028 0.007 0.001 77 P 0.271 0.278 0.217 0.148 0.064 0.019 0.003 78 E 0.580 0.259 0.092 0.042 0.019 0.006 0.001 79 R 0.270 0.361 0.228 0.100 0.032 0.008 0.001 80 A 0.093 0.102 0.150 0.270 0.253 0.120 0.012 81 L 0.096 0.193 0.243 0.247 0.153 0.059 0.008 82 A 0.229 0.368 0.222 0.122 0.044 0.013 0.002 83 T 0.114 0.163 0.213 0.257 0.177 0.067 0.009 84 L 0.060 0.061 0.103 0.207 0.287 0.234 0.047 85 R 0.182 0.294 0.247 0.168 0.071 0.031 0.007 86 R 0.319 0.278 0.173 0.124 0.069 0.030 0.006 87 G 0.196 0.168 0.161 0.172 0.160 0.112 0.031 88 V 0.161 0.135 0.158 0.186 0.168 0.136 0.056 89 G 0.221 0.172 0.150 0.160 0.135 0.103 0.058 90 P 0.236 0.176 0.138 0.141 0.122 0.114 0.072 91 G 0.174 0.128 0.112 0.144 0.175 0.167 0.099 92 K 0.144 0.178 0.203 0.184 0.133 0.101 0.058 93 A 0.099 0.090 0.095 0.132 0.171 0.233 0.180 94 L 0.067 0.059 0.076 0.128 0.185 0.260 0.224 95 G 0.083 0.101 0.113 0.126 0.141 0.224 0.212 96 L 0.044 0.048 0.067 0.119 0.163 0.270 0.290 97 G 0.052 0.060 0.074 0.124 0.181 0.279 0.230 98 L 0.059 0.055 0.067 0.115 0.177 0.312 0.215 99 L 0.064 0.064 0.081 0.137 0.185 0.301 0.168 100 S 0.135 0.134 0.142 0.171 0.184 0.181 0.054 101 V 0.131 0.129 0.140 0.189 0.197 0.167 0.047 102 A 0.180 0.158 0.175 0.223 0.171 0.079 0.014 103 P 0.494 0.270 0.131 0.068 0.026 0.009 0.002