# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.089 0.002 0.001 0.001 0.077 0.831 2 W 0.556 0.015 0.001 0.001 0.060 0.366 3 L 0.696 0.016 0.002 0.002 0.056 0.227 4 T 0.784 0.005 0.008 0.003 0.053 0.147 5 K 0.865 0.005 0.006 0.002 0.036 0.086 6 L 0.854 0.007 0.004 0.003 0.045 0.086 7 V 0.776 0.035 0.004 0.006 0.065 0.114 8 L 0.433 0.023 0.005 0.011 0.136 0.391 9 N 0.081 0.020 0.006 0.014 0.348 0.531 10 P 0.014 0.006 0.064 0.177 0.455 0.284 11 A 0.018 0.012 0.054 0.361 0.363 0.192 12 S 0.011 0.011 0.050 0.658 0.181 0.090 13 R 0.006 0.002 0.025 0.863 0.069 0.035 14 A 0.005 0.001 0.022 0.907 0.046 0.018 15 A 0.007 0.002 0.030 0.896 0.047 0.017 16 R 0.010 0.002 0.030 0.842 0.080 0.037 17 R 0.018 0.007 0.053 0.741 0.120 0.060 18 D 0.020 0.010 0.037 0.623 0.210 0.100 19 L 0.014 0.012 0.037 0.425 0.332 0.179 20 A 0.011 0.007 0.014 0.277 0.414 0.277 21 N 0.010 0.009 0.010 0.153 0.420 0.398 22 P 0.012 0.008 0.006 0.604 0.161 0.209 23 Y 0.011 0.003 0.003 0.830 0.044 0.109 24 E 0.003 0.001 0.001 0.980 0.007 0.008 25 M 0.002 0.001 0.002 0.991 0.002 0.002 26 H 0.002 0.001 0.004 0.989 0.002 0.002 27 R 0.003 0.001 0.004 0.989 0.002 0.002 28 T 0.002 0.001 0.006 0.988 0.002 0.002 29 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.002 0.002 30 S 0.002 0.001 0.011 0.979 0.005 0.003 31 K 0.004 0.001 0.013 0.957 0.014 0.012 32 A 0.003 0.002 0.011 0.877 0.039 0.067 33 V 0.012 0.034 0.006 0.207 0.418 0.323 34 S 0.019 0.020 0.005 0.045 0.624 0.287 35 R 0.005 0.008 0.005 0.022 0.678 0.282 36 A 0.005 0.011 0.026 0.034 0.803 0.121 37 L 0.003 0.006 0.238 0.240 0.440 0.074 38 E 0.004 0.005 0.240 0.206 0.488 0.058 39 E 0.006 0.011 0.203 0.196 0.520 0.065 40 G 0.011 0.019 0.066 0.223 0.388 0.293 41 R 0.016 0.015 0.066 0.109 0.517 0.278 42 E 0.020 0.012 0.076 0.064 0.468 0.360 43 R 0.074 0.005 0.042 0.022 0.417 0.439 44 L 0.371 0.018 0.033 0.030 0.213 0.334 45 L 0.666 0.012 0.010 0.020 0.081 0.211 46 W 0.790 0.014 0.005 0.016 0.048 0.127 47 R 0.729 0.012 0.007 0.018 0.071 0.162 48 L 0.426 0.015 0.017 0.026 0.166 0.351 49 E 0.204 0.010 0.026 0.032 0.280 0.447 50 P 0.064 0.009 0.039 0.027 0.441 0.419 51 A 0.028 0.014 0.102 0.049 0.553 0.253 52 R 0.024 0.011 0.136 0.038 0.586 0.204 53 G 0.033 0.011 0.152 0.041 0.591 0.171 54 L 0.049 0.019 0.099 0.049 0.534 0.249 55 E 0.105 0.025 0.045 0.028 0.444 0.353 56 P 0.162 0.007 0.014 0.010 0.297 0.511 57 P 0.483 0.007 0.009 0.006 0.140 0.355 58 V 0.906 0.005 0.002 0.002 0.021 0.063 59 V 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 60 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 61 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.004 0.014 62 Q 0.945 0.003 0.001 0.001 0.009 0.041 63 T 0.741 0.007 0.004 0.004 0.118 0.126 64 L 0.273 0.010 0.041 0.011 0.413 0.253 65 T 0.062 0.007 0.077 0.018 0.502 0.333 66 E 0.053 0.006 0.106 0.032 0.511 0.291 67 P 0.035 0.006 0.029 0.027 0.376 0.525 68 D 0.028 0.026 0.051 0.084 0.298 0.513 69 W 0.021 0.005 0.262 0.242 0.357 0.112 70 S 0.018 0.007 0.266 0.330 0.264 0.115 71 V 0.015 0.005 0.272 0.336 0.275 0.097 72 L 0.018 0.004 0.218 0.270 0.364 0.126 73 D 0.020 0.007 0.184 0.172 0.456 0.161 74 E 0.022 0.009 0.134 0.116 0.482 0.237 75 G 0.047 0.005 0.064 0.034 0.494 0.356 76 Y 0.124 0.007 0.058 0.027 0.358 0.426 77 A 0.497 0.019 0.044 0.026 0.176 0.237 78 Q 0.697 0.011 0.023 0.018 0.105 0.146 79 V 0.751 0.009 0.013 0.018 0.067 0.143 80 F 0.680 0.015 0.010 0.012 0.087 0.197 81 P 0.402 0.006 0.006 0.014 0.124 0.448 82 P 0.247 0.008 0.009 0.025 0.146 0.565 83 K 0.352 0.036 0.006 0.013 0.206 0.387 84 P 0.277 0.019 0.014 0.023 0.272 0.396 85 F 0.176 0.010 0.050 0.034 0.380 0.350 86 H 0.109 0.027 0.251 0.039 0.360 0.215 87 P 0.074 0.011 0.364 0.047 0.294 0.210 88 A 0.081 0.013 0.311 0.036 0.306 0.253 89 L 0.121 0.141 0.069 0.038 0.293 0.337 90 K 0.053 0.029 0.011 0.007 0.848 0.051 91 P 0.024 0.006 0.014 0.006 0.918 0.033 92 G 0.022 0.001 0.004 0.001 0.930 0.042 93 Q 0.441 0.012 0.002 0.001 0.486 0.057 94 R 0.848 0.006 0.001 0.001 0.021 0.124 95 L 0.962 0.008 0.001 0.001 0.006 0.024 96 R 0.968 0.002 0.001 0.001 0.008 0.021 97 F 0.956 0.002 0.001 0.001 0.008 0.032 98 R 0.933 0.003 0.001 0.001 0.016 0.045 99 L 0.892 0.007 0.003 0.002 0.027 0.070 100 R 0.779 0.013 0.003 0.003 0.092 0.110 101 A 0.599 0.045 0.006 0.004 0.168 0.178 102 N 0.208 0.014 0.005 0.004 0.509 0.260 103 P 0.163 0.008 0.018 0.016 0.530 0.265 104 A 0.439 0.037 0.019 0.024 0.317 0.164 105 K 0.437 0.087 0.021 0.025 0.280 0.150 106 R 0.239 0.046 0.021 0.027 0.383 0.284 107 L 0.166 0.044 0.049 0.025 0.426 0.289 108 A 0.058 0.013 0.067 0.031 0.584 0.246 109 A 0.050 0.032 0.078 0.043 0.474 0.322 110 T 0.031 0.019 0.035 0.041 0.321 0.553 111 G 0.004 0.010 0.012 0.017 0.230 0.727