# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.019 0.574 0.009 0.009 0.010 0.012 0.006 0.062 0.048 0.012 0.061 0.163 2 W 0.074 0.058 0.220 0.012 0.005 0.008 0.066 0.029 0.213 0.021 0.010 0.134 0.150 3 L 0.143 0.011 0.133 0.027 0.002 0.005 0.066 0.036 0.223 0.018 0.005 0.050 0.280 4 T 0.170 0.002 0.093 0.307 0.001 0.003 0.067 0.047 0.130 0.028 0.004 0.100 0.049 5 K 0.324 0.004 0.070 0.012 0.002 0.004 0.144 0.066 0.143 0.019 0.003 0.070 0.140 6 L 0.418 0.003 0.050 0.007 0.003 0.003 0.176 0.094 0.075 0.010 0.002 0.038 0.122 7 V 0.390 0.003 0.050 0.002 0.001 0.002 0.125 0.067 0.116 0.008 0.002 0.164 0.069 8 L 0.173 0.009 0.214 0.003 0.001 0.003 0.051 0.026 0.159 0.043 0.006 0.086 0.225 9 N 0.005 0.006 0.762 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.046 0.092 0.011 0.011 0.059 10 P 0.001 0.006 0.207 0.001 0.037 0.170 0.001 0.001 0.003 0.166 0.399 0.002 0.007 11 A 0.001 0.002 0.096 0.001 0.076 0.415 0.001 0.001 0.001 0.083 0.326 0.001 0.001 12 S 0.001 0.002 0.119 0.001 0.078 0.644 0.001 0.001 0.001 0.088 0.066 0.001 0.002 13 R 0.001 0.005 0.065 0.001 0.028 0.847 0.001 0.001 0.001 0.023 0.029 0.001 0.003 14 A 0.001 0.008 0.036 0.001 0.019 0.892 0.001 0.001 0.001 0.015 0.026 0.001 0.002 15 A 0.002 0.003 0.027 0.001 0.019 0.896 0.001 0.001 0.001 0.017 0.028 0.002 0.003 16 R 0.004 0.002 0.023 0.001 0.020 0.907 0.001 0.001 0.001 0.010 0.026 0.002 0.004 17 R 0.004 0.003 0.024 0.001 0.026 0.884 0.001 0.001 0.001 0.017 0.035 0.002 0.004 18 D 0.002 0.003 0.039 0.001 0.021 0.819 0.001 0.001 0.001 0.018 0.092 0.002 0.004 19 L 0.001 0.004 0.058 0.001 0.019 0.639 0.001 0.001 0.002 0.043 0.229 0.002 0.003 20 A 0.001 0.004 0.095 0.001 0.008 0.407 0.001 0.001 0.001 0.106 0.376 0.001 0.002 21 N 0.001 0.006 0.415 0.001 0.007 0.173 0.001 0.001 0.001 0.203 0.189 0.001 0.003 22 P 0.001 0.003 0.243 0.001 0.026 0.489 0.001 0.001 0.001 0.080 0.157 0.001 0.002 23 Y 0.001 0.002 0.047 0.001 0.028 0.801 0.001 0.001 0.001 0.039 0.080 0.001 0.001 24 E 0.001 0.002 0.030 0.001 0.016 0.901 0.001 0.001 0.001 0.018 0.030 0.001 0.002 25 M 0.001 0.003 0.029 0.001 0.009 0.918 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.002 26 H 0.002 0.002 0.022 0.001 0.009 0.939 0.001 0.001 0.002 0.008 0.009 0.001 0.004 27 R 0.004 0.002 0.014 0.002 0.010 0.938 0.001 0.001 0.002 0.007 0.008 0.003 0.008 28 T 0.005 0.001 0.011 0.001 0.017 0.928 0.002 0.001 0.003 0.004 0.017 0.005 0.006 29 L 0.003 0.002 0.009 0.001 0.025 0.917 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 0.001 0.006 30 S 0.002 0.001 0.017 0.002 0.058 0.845 0.001 0.001 0.001 0.018 0.046 0.004 0.003 31 K 0.002 0.002 0.019 0.001 0.072 0.709 0.001 0.001 0.002 0.023 0.163 0.002 0.005 32 A 0.003 0.009 0.087 0.001 0.048 0.428 0.001 0.001 0.002 0.070 0.342 0.003 0.007 33 V 0.001 0.009 0.571 0.001 0.017 0.054 0.001 0.001 0.002 0.236 0.099 0.005 0.007 34 S 0.001 0.005 0.240 0.001 0.044 0.047 0.001 0.001 0.001 0.169 0.489 0.001 0.003 35 R 0.001 0.007 0.187 0.001 0.051 0.036 0.001 0.001 0.001 0.359 0.354 0.002 0.002 36 A 0.001 0.009 0.625 0.001 0.060 0.051 0.001 0.001 0.001 0.198 0.052 0.001 0.003 37 L 0.001 0.002 0.150 0.001 0.262 0.224 0.001 0.001 0.001 0.073 0.286 0.001 0.001 38 E 0.001 0.006 0.098 0.001 0.285 0.195 0.001 0.001 0.001 0.071 0.341 0.001 0.003 39 E 0.001 0.016 0.245 0.001 0.279 0.235 0.001 0.001 0.001 0.120 0.093 0.002 0.008 40 G 0.001 0.030 0.395 0.003 0.115 0.197 0.001 0.001 0.002 0.138 0.098 0.008 0.012 41 R 0.002 0.025 0.266 0.008 0.099 0.109 0.001 0.001 0.001 0.121 0.350 0.005 0.014 42 E 0.006 0.006 0.186 0.006 0.067 0.053 0.001 0.001 0.002 0.221 0.426 0.012 0.014 43 R 0.038 0.008 0.336 0.009 0.035 0.050 0.007 0.002 0.026 0.185 0.177 0.026 0.100 44 L 0.158 0.025 0.250 0.008 0.008 0.036 0.054 0.016 0.112 0.038 0.014 0.138 0.142 45 L 0.263 0.013 0.108 0.013 0.006 0.047 0.095 0.036 0.105 0.019 0.013 0.106 0.177 46 W 0.308 0.011 0.110 0.015 0.008 0.032 0.078 0.026 0.067 0.018 0.017 0.146 0.165 47 R 0.204 0.010 0.183 0.007 0.004 0.019 0.045 0.013 0.052 0.018 0.010 0.228 0.206 48 L 0.073 0.016 0.318 0.021 0.010 0.021 0.013 0.003 0.033 0.029 0.014 0.037 0.412 49 E 0.025 0.010 0.424 0.066 0.028 0.029 0.004 0.001 0.015 0.103 0.019 0.222 0.055 50 P 0.012 0.014 0.339 0.018 0.102 0.044 0.003 0.001 0.012 0.151 0.080 0.019 0.207 51 A 0.003 0.006 0.186 0.009 0.252 0.083 0.002 0.001 0.003 0.145 0.252 0.038 0.019 52 R 0.001 0.009 0.261 0.002 0.178 0.071 0.002 0.001 0.004 0.143 0.285 0.015 0.028 53 G 0.001 0.009 0.309 0.002 0.219 0.061 0.001 0.001 0.002 0.163 0.209 0.007 0.018 54 L 0.001 0.006 0.224 0.005 0.140 0.046 0.001 0.001 0.002 0.210 0.354 0.004 0.008 55 E 0.001 0.007 0.217 0.021 0.073 0.013 0.001 0.001 0.003 0.323 0.328 0.006 0.007 56 P 0.002 0.017 0.648 0.009 0.013 0.003 0.004 0.001 0.027 0.162 0.073 0.009 0.033 57 P 0.008 0.005 0.593 0.023 0.001 0.001 0.010 0.009 0.164 0.115 0.007 0.032 0.033 58 V 0.016 0.002 0.098 0.014 0.001 0.001 0.055 0.178 0.546 0.036 0.001 0.017 0.036 59 V 0.012 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.110 0.680 0.181 0.001 0.001 0.004 0.006 60 L 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.131 0.776 0.075 0.001 0.001 0.002 0.003 61 V 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.153 0.712 0.117 0.001 0.001 0.002 0.004 62 Q 0.015 0.001 0.069 0.005 0.001 0.001 0.111 0.376 0.369 0.012 0.001 0.023 0.016 63 T 0.005 0.005 0.539 0.005 0.002 0.002 0.015 0.026 0.247 0.080 0.010 0.019 0.046 64 L 0.003 0.012 0.428 0.008 0.023 0.015 0.004 0.002 0.047 0.256 0.150 0.006 0.048 65 T 0.003 0.042 0.348 0.009 0.053 0.035 0.001 0.001 0.013 0.287 0.171 0.019 0.018 66 E 0.001 0.012 0.543 0.001 0.052 0.032 0.001 0.001 0.003 0.283 0.047 0.013 0.013 67 P 0.001 0.015 0.507 0.001 0.122 0.051 0.001 0.001 0.002 0.102 0.177 0.002 0.019 68 D 0.002 0.019 0.357 0.001 0.200 0.079 0.001 0.001 0.003 0.120 0.200 0.008 0.010 69 W 0.005 0.014 0.222 0.002 0.305 0.132 0.001 0.001 0.002 0.140 0.155 0.007 0.016 70 S 0.008 0.013 0.201 0.002 0.268 0.214 0.001 0.001 0.002 0.090 0.166 0.018 0.016 71 V 0.014 0.016 0.155 0.003 0.267 0.225 0.001 0.001 0.002 0.099 0.175 0.008 0.034 72 L 0.008 0.012 0.225 0.003 0.167 0.227 0.001 0.001 0.002 0.127 0.181 0.027 0.020 73 D 0.003 0.016 0.212 0.007 0.148 0.116 0.001 0.001 0.003 0.153 0.305 0.007 0.028 74 E 0.003 0.014 0.235 0.006 0.092 0.098 0.001 0.001 0.002 0.215 0.304 0.012 0.018 75 G 0.006 0.013 0.351 0.016 0.053 0.069 0.001 0.001 0.004 0.263 0.167 0.024 0.033 76 Y 0.021 0.022 0.402 0.008 0.055 0.042 0.005 0.001 0.025 0.136 0.133 0.044 0.104 77 A 0.120 0.018 0.294 0.025 0.027 0.042 0.031 0.007 0.054 0.090 0.057 0.039 0.195 78 Q 0.233 0.015 0.152 0.005 0.009 0.017 0.038 0.004 0.094 0.033 0.015 0.311 0.073 79 V 0.169 0.021 0.116 0.004 0.005 0.013 0.041 0.008 0.096 0.030 0.012 0.024 0.461 80 F 0.058 0.012 0.288 0.041 0.003 0.011 0.008 0.002 0.042 0.079 0.015 0.394 0.045 81 P 0.008 0.007 0.630 0.008 0.003 0.005 0.002 0.001 0.022 0.065 0.014 0.032 0.205 82 P 0.005 0.024 0.679 0.013 0.014 0.012 0.001 0.001 0.012 0.123 0.032 0.010 0.077 83 K 0.003 0.013 0.472 0.004 0.025 0.017 0.001 0.001 0.009 0.161 0.042 0.230 0.023 84 P 0.001 0.009 0.639 0.006 0.024 0.009 0.001 0.001 0.003 0.081 0.071 0.004 0.153 85 F 0.003 0.043 0.577 0.003 0.037 0.014 0.001 0.001 0.005 0.152 0.061 0.076 0.028 86 H 0.001 0.018 0.728 0.003 0.028 0.009 0.001 0.001 0.003 0.128 0.014 0.016 0.052 87 P 0.002 0.009 0.441 0.015 0.176 0.037 0.001 0.001 0.004 0.127 0.139 0.009 0.042 88 A 0.012 0.038 0.367 0.006 0.164 0.028 0.002 0.001 0.009 0.136 0.125 0.047 0.067 89 L 0.014 0.126 0.431 0.003 0.060 0.012 0.003 0.001 0.013 0.149 0.047 0.034 0.109 90 K 0.001 0.020 0.761 0.003 0.016 0.004 0.001 0.001 0.007 0.103 0.027 0.016 0.041 91 P 0.001 0.001 0.031 0.003 0.023 0.006 0.001 0.001 0.001 0.069 0.861 0.002 0.004 92 G 0.001 0.002 0.047 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.115 0.801 0.003 0.006 93 Q 0.023 0.013 0.520 0.003 0.010 0.004 0.002 0.001 0.006 0.253 0.031 0.051 0.081 94 R 0.142 0.019 0.219 0.010 0.001 0.003 0.014 0.001 0.043 0.032 0.004 0.027 0.484 95 L 0.425 0.004 0.028 0.008 0.001 0.001 0.030 0.003 0.015 0.004 0.001 0.428 0.055 96 R 0.639 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.035 0.003 0.009 0.001 0.001 0.024 0.275 97 F 0.651 0.001 0.014 0.023 0.001 0.001 0.048 0.005 0.011 0.002 0.001 0.180 0.064 98 R 0.675 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.051 0.003 0.010 0.001 0.001 0.080 0.164 99 L 0.606 0.003 0.019 0.015 0.003 0.002 0.052 0.002 0.006 0.003 0.002 0.060 0.227 100 R 0.516 0.003 0.057 0.024 0.002 0.003 0.042 0.002 0.011 0.014 0.006 0.166 0.155 101 A 0.158 0.013 0.200 0.013 0.003 0.005 0.019 0.001 0.022 0.080 0.018 0.095 0.373 102 N 0.012 0.006 0.526 0.009 0.004 0.011 0.002 0.001 0.009 0.233 0.021 0.079 0.089 103 P 0.015 0.012 0.167 0.013 0.036 0.093 0.003 0.001 0.005 0.175 0.302 0.027 0.153 104 A 0.037 0.018 0.191 0.031 0.043 0.143 0.004 0.001 0.005 0.186 0.184 0.104 0.055 105 K 0.039 0.028 0.246 0.008 0.031 0.137 0.005 0.001 0.009 0.135 0.032 0.088 0.241 106 R 0.030 0.029 0.391 0.015 0.036 0.133 0.004 0.001 0.009 0.086 0.027 0.066 0.173 107 L 0.014 0.016 0.248 0.019 0.144 0.227 0.002 0.001 0.004 0.115 0.119 0.019 0.074 108 A 0.009 0.019 0.262 0.007 0.144 0.140 0.001 0.001 0.003 0.142 0.221 0.027 0.026 109 A 0.003 0.019 0.284 0.001 0.094 0.078 0.001 0.001 0.002 0.215 0.269 0.010 0.023 110 T 0.002 0.021 0.511 0.001 0.040 0.056 0.001 0.001 0.002 0.114 0.225 0.010 0.017 111 G 0.001 0.003 0.792 0.001 0.014 0.044 0.001 0.001 0.001 0.086 0.051 0.003 0.006