# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2205 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.011 0.016 0.029 0.029 0.043 0.111 0.156 0.218 0.209 0.169 2 W 0.006 0.013 0.017 0.095 0.133 0.162 0.233 0.145 0.098 0.063 0.035 3 L 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.011 0.049 0.115 0.242 0.295 0.271 4 T 0.003 0.005 0.008 0.046 0.076 0.099 0.215 0.217 0.190 0.097 0.043 5 K 0.002 0.009 0.011 0.041 0.058 0.124 0.213 0.192 0.170 0.117 0.063 6 L 0.001 0.001 0.002 0.006 0.008 0.015 0.064 0.155 0.266 0.294 0.188 7 V 0.003 0.005 0.006 0.024 0.035 0.055 0.175 0.209 0.206 0.164 0.119 8 L 0.002 0.004 0.005 0.014 0.018 0.027 0.088 0.148 0.238 0.268 0.188 9 N 0.014 0.050 0.021 0.160 0.178 0.172 0.183 0.111 0.072 0.029 0.010 10 P 0.134 0.087 0.047 0.112 0.106 0.115 0.144 0.114 0.073 0.052 0.018 11 A 0.242 0.157 0.072 0.144 0.110 0.074 0.070 0.044 0.039 0.031 0.017 12 S 0.112 0.179 0.051 0.120 0.094 0.095 0.114 0.079 0.080 0.050 0.027 13 R 0.283 0.099 0.081 0.175 0.122 0.094 0.065 0.032 0.028 0.015 0.006 14 A 0.233 0.112 0.162 0.141 0.085 0.072 0.074 0.040 0.037 0.024 0.021 15 A 0.052 0.024 0.061 0.073 0.065 0.109 0.176 0.144 0.138 0.095 0.062 16 R 0.037 0.034 0.101 0.107 0.098 0.130 0.188 0.129 0.097 0.056 0.023 17 R 0.019 0.042 0.496 0.106 0.077 0.069 0.067 0.041 0.038 0.026 0.018 18 D 0.094 0.105 0.219 0.162 0.132 0.095 0.080 0.039 0.036 0.024 0.014 19 L 0.128 0.045 0.035 0.054 0.057 0.079 0.136 0.104 0.138 0.127 0.097 20 A 0.260 0.123 0.055 0.097 0.089 0.095 0.108 0.064 0.056 0.034 0.021 21 N 0.125 0.158 0.059 0.121 0.120 0.095 0.101 0.078 0.069 0.047 0.028 22 P 0.094 0.175 0.040 0.132 0.131 0.122 0.126 0.073 0.054 0.033 0.020 23 Y 0.068 0.046 0.022 0.078 0.122 0.160 0.195 0.104 0.101 0.062 0.041 24 E 0.353 0.119 0.073 0.156 0.105 0.077 0.064 0.027 0.015 0.007 0.004 25 M 0.003 0.012 0.017 0.067 0.070 0.093 0.193 0.180 0.170 0.120 0.074 26 H 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.017 0.081 0.147 0.228 0.248 0.262 27 R 0.005 0.010 0.078 0.233 0.231 0.184 0.127 0.062 0.036 0.022 0.010 28 T 0.001 0.008 0.065 0.111 0.170 0.195 0.258 0.107 0.050 0.024 0.010 29 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.031 0.068 0.199 0.317 0.373 30 S 0.001 0.001 0.008 0.013 0.029 0.071 0.288 0.226 0.192 0.120 0.053 31 K 0.004 0.019 0.420 0.298 0.142 0.071 0.030 0.010 0.004 0.002 0.001 32 A 0.001 0.002 0.011 0.009 0.025 0.080 0.320 0.217 0.174 0.113 0.048 33 V 0.001 0.002 0.005 0.008 0.008 0.013 0.061 0.124 0.250 0.303 0.226 34 S 0.008 0.029 0.060 0.084 0.136 0.167 0.258 0.122 0.079 0.039 0.018 35 R 0.126 0.134 0.304 0.216 0.109 0.061 0.036 0.009 0.003 0.001 0.001 36 A 0.331 0.214 0.100 0.100 0.074 0.061 0.065 0.027 0.015 0.009 0.004 37 L 0.052 0.055 0.048 0.100 0.101 0.144 0.194 0.114 0.092 0.062 0.037 38 E 0.505 0.165 0.163 0.085 0.036 0.020 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 39 E 0.219 0.174 0.324 0.168 0.061 0.029 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 40 G 0.294 0.139 0.087 0.099 0.076 0.090 0.099 0.048 0.032 0.020 0.015 41 R 0.035 0.036 0.075 0.109 0.137 0.176 0.215 0.096 0.067 0.037 0.017 42 E 0.207 0.133 0.390 0.123 0.063 0.040 0.030 0.008 0.004 0.001 0.001 43 R 0.016 0.039 0.088 0.248 0.194 0.158 0.129 0.067 0.035 0.019 0.006 44 L 0.007 0.008 0.012 0.021 0.035 0.074 0.178 0.190 0.212 0.172 0.091 45 L 0.003 0.007 0.036 0.036 0.044 0.076 0.179 0.175 0.200 0.141 0.102 46 W 0.002 0.008 0.042 0.050 0.071 0.098 0.201 0.195 0.161 0.120 0.052 47 R 0.007 0.026 0.040 0.101 0.113 0.124 0.175 0.156 0.117 0.088 0.053 48 L 0.015 0.024 0.029 0.062 0.091 0.106 0.189 0.167 0.162 0.103 0.052 49 E 0.052 0.058 0.044 0.108 0.123 0.120 0.163 0.127 0.098 0.065 0.043 50 P 0.069 0.113 0.085 0.189 0.148 0.107 0.123 0.067 0.048 0.033 0.018 51 A 0.158 0.096 0.067 0.128 0.095 0.089 0.117 0.079 0.070 0.058 0.040 52 R 0.296 0.143 0.068 0.155 0.101 0.076 0.067 0.035 0.030 0.018 0.011 53 G 0.240 0.098 0.039 0.076 0.047 0.059 0.091 0.079 0.093 0.089 0.088 54 L 0.237 0.120 0.039 0.087 0.062 0.071 0.100 0.071 0.077 0.070 0.066 55 E 0.365 0.181 0.053 0.102 0.069 0.065 0.063 0.033 0.032 0.022 0.015 56 P 0.113 0.129 0.051 0.196 0.155 0.099 0.091 0.054 0.050 0.037 0.024 57 P 0.022 0.028 0.024 0.094 0.138 0.125 0.178 0.142 0.124 0.082 0.043 58 V 0.001 0.008 0.015 0.088 0.181 0.228 0.250 0.130 0.063 0.026 0.011 59 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.026 0.100 0.216 0.245 0.239 0.159 60 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.078 0.197 0.254 0.259 0.188 61 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.046 0.116 0.247 0.301 0.276 62 Q 0.001 0.001 0.002 0.007 0.010 0.019 0.078 0.138 0.258 0.274 0.213 63 T 0.002 0.009 0.005 0.042 0.060 0.076 0.198 0.209 0.188 0.134 0.076 64 L 0.021 0.043 0.030 0.139 0.173 0.148 0.190 0.123 0.077 0.040 0.015 65 T 0.131 0.143 0.062 0.241 0.199 0.109 0.070 0.028 0.012 0.004 0.002 66 E 0.097 0.110 0.031 0.158 0.158 0.131 0.130 0.083 0.055 0.030 0.015 67 P 0.158 0.087 0.025 0.089 0.099 0.112 0.139 0.101 0.088 0.065 0.036 68 D 0.359 0.259 0.050 0.135 0.078 0.048 0.037 0.015 0.010 0.005 0.003 69 W 0.042 0.028 0.014 0.055 0.069 0.094 0.151 0.157 0.165 0.136 0.088 70 S 0.301 0.275 0.088 0.157 0.079 0.039 0.028 0.013 0.009 0.006 0.005 71 V 0.098 0.087 0.058 0.153 0.130 0.127 0.152 0.083 0.056 0.036 0.019 72 L 0.036 0.028 0.016 0.046 0.058 0.079 0.137 0.141 0.171 0.159 0.130 73 D 0.122 0.210 0.166 0.208 0.118 0.068 0.051 0.024 0.018 0.009 0.005 74 E 0.421 0.156 0.099 0.147 0.076 0.044 0.030 0.012 0.008 0.004 0.003 75 G 0.223 0.144 0.064 0.116 0.098 0.085 0.092 0.059 0.053 0.038 0.027 76 Y 0.064 0.093 0.064 0.177 0.154 0.141 0.139 0.072 0.053 0.029 0.015 77 A 0.039 0.043 0.048 0.081 0.081 0.092 0.150 0.123 0.141 0.110 0.092 78 Q 0.054 0.077 0.095 0.156 0.137 0.121 0.137 0.089 0.068 0.041 0.023 79 V 0.076 0.081 0.042 0.121 0.133 0.125 0.161 0.107 0.082 0.047 0.026 80 F 0.038 0.030 0.020 0.044 0.054 0.073 0.136 0.143 0.174 0.159 0.128 81 P 0.466 0.208 0.051 0.099 0.066 0.039 0.033 0.016 0.012 0.007 0.004 82 P 0.180 0.109 0.036 0.100 0.094 0.087 0.113 0.095 0.089 0.062 0.034 83 K 0.335 0.156 0.042 0.131 0.099 0.069 0.070 0.040 0.030 0.019 0.010 84 P 0.096 0.065 0.031 0.108 0.113 0.128 0.164 0.109 0.093 0.061 0.033 85 F 0.037 0.031 0.019 0.060 0.072 0.089 0.146 0.169 0.164 0.125 0.088 86 H 0.054 0.058 0.036 0.111 0.127 0.137 0.175 0.129 0.091 0.052 0.030 87 P 0.137 0.091 0.078 0.126 0.115 0.104 0.125 0.086 0.070 0.047 0.023 88 A 0.236 0.169 0.067 0.191 0.139 0.082 0.069 0.025 0.014 0.006 0.003 89 L 0.004 0.004 0.002 0.009 0.013 0.021 0.068 0.118 0.204 0.239 0.318 90 K 0.176 0.393 0.152 0.169 0.067 0.026 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 91 P 0.495 0.187 0.076 0.144 0.053 0.026 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 92 G 0.620 0.154 0.046 0.081 0.049 0.024 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 93 Q 0.012 0.048 0.038 0.165 0.160 0.196 0.222 0.089 0.046 0.017 0.008 94 R 0.032 0.112 0.105 0.288 0.238 0.142 0.059 0.013 0.006 0.003 0.001 95 L 0.008 0.003 0.006 0.008 0.009 0.019 0.095 0.154 0.232 0.246 0.222 96 R 0.007 0.026 0.049 0.281 0.279 0.176 0.109 0.040 0.020 0.009 0.004 97 F 0.005 0.011 0.016 0.020 0.018 0.029 0.120 0.169 0.257 0.219 0.136 98 R 0.009 0.028 0.074 0.277 0.252 0.182 0.099 0.042 0.021 0.010 0.005 99 L 0.006 0.008 0.023 0.012 0.012 0.016 0.072 0.134 0.248 0.283 0.187 100 R 0.012 0.035 0.064 0.244 0.238 0.152 0.135 0.065 0.037 0.014 0.005 101 A 0.016 0.024 0.046 0.032 0.025 0.039 0.124 0.142 0.215 0.196 0.142 102 N 0.046 0.064 0.061 0.176 0.166 0.145 0.147 0.092 0.062 0.031 0.012 103 P 0.077 0.122 0.048 0.108 0.098 0.112 0.165 0.106 0.090 0.051 0.024 104 A 0.048 0.037 0.027 0.056 0.056 0.062 0.101 0.120 0.179 0.174 0.140 105 K 0.118 0.137 0.092 0.193 0.159 0.108 0.095 0.046 0.031 0.013 0.008 106 R 0.086 0.108 0.065 0.170 0.160 0.116 0.127 0.078 0.049 0.029 0.012 107 L 0.058 0.073 0.053 0.116 0.111 0.122 0.152 0.115 0.093 0.070 0.038 108 A 0.110 0.096 0.092 0.193 0.168 0.121 0.111 0.052 0.034 0.016 0.008 109 A 0.261 0.130 0.170 0.130 0.082 0.069 0.070 0.037 0.026 0.017 0.010 110 T 0.238 0.253 0.094 0.162 0.094 0.056 0.049 0.023 0.015 0.010 0.005 111 G 0.546 0.145 0.033 0.060 0.048 0.039 0.039 0.028 0.027 0.021 0.015