# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.018 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.964 2 W 0.478 0.041 0.010 0.035 0.012 0.029 0.395 3 L 0.625 0.022 0.027 0.033 0.050 0.030 0.214 4 T 0.650 0.015 0.033 0.029 0.046 0.019 0.208 5 K 0.676 0.007 0.020 0.025 0.070 0.014 0.188 6 L 0.827 0.009 0.011 0.013 0.033 0.015 0.091 7 V 0.790 0.019 0.007 0.007 0.040 0.012 0.126 8 L 0.486 0.042 0.005 0.007 0.109 0.012 0.339 9 N 0.077 0.007 0.002 0.003 0.061 0.008 0.841 10 P 0.006 0.006 0.183 0.239 0.100 0.349 0.116 11 A 0.003 0.004 0.148 0.322 0.178 0.257 0.087 12 S 0.004 0.003 0.170 0.514 0.085 0.069 0.155 13 R 0.003 0.002 0.044 0.845 0.028 0.033 0.045 14 A 0.007 0.003 0.052 0.819 0.016 0.059 0.043 15 A 0.008 0.004 0.044 0.835 0.028 0.043 0.038 16 R 0.008 0.002 0.021 0.882 0.031 0.033 0.022 17 R 0.013 0.002 0.031 0.827 0.027 0.067 0.034 18 D 0.005 0.002 0.034 0.713 0.024 0.183 0.040 19 L 0.005 0.009 0.040 0.462 0.071 0.274 0.140 20 A 0.003 0.004 0.030 0.227 0.164 0.468 0.105 21 N 0.002 0.003 0.022 0.128 0.171 0.421 0.252 22 P 0.002 0.004 0.043 0.438 0.153 0.103 0.257 23 Y 0.004 0.004 0.033 0.690 0.065 0.077 0.127 24 E 0.004 0.002 0.039 0.848 0.022 0.053 0.032 25 M 0.005 0.004 0.040 0.865 0.013 0.044 0.030 26 H 0.010 0.003 0.020 0.911 0.011 0.025 0.020 27 R 0.017 0.001 0.021 0.924 0.009 0.012 0.015 28 T 0.005 0.001 0.028 0.935 0.005 0.016 0.009 29 L 0.003 0.001 0.041 0.922 0.005 0.019 0.009 30 S 0.002 0.001 0.107 0.839 0.004 0.038 0.008 31 K 0.002 0.001 0.106 0.663 0.011 0.212 0.006 32 A 0.002 0.001 0.112 0.563 0.045 0.242 0.034 33 V 0.006 0.032 0.036 0.127 0.320 0.060 0.420 34 S 0.006 0.009 0.072 0.103 0.157 0.422 0.232 35 R 0.004 0.005 0.083 0.059 0.172 0.398 0.280 36 A 0.005 0.014 0.140 0.092 0.151 0.088 0.510 37 L 0.006 0.005 0.260 0.267 0.065 0.259 0.139 38 E 0.006 0.003 0.336 0.258 0.045 0.238 0.113 39 E 0.012 0.017 0.314 0.229 0.113 0.127 0.189 40 G 0.020 0.012 0.147 0.305 0.114 0.157 0.246 41 R 0.023 0.007 0.119 0.286 0.081 0.280 0.204 42 E 0.021 0.005 0.074 0.162 0.102 0.529 0.106 43 R 0.064 0.008 0.040 0.089 0.178 0.296 0.323 44 L 0.135 0.032 0.020 0.056 0.115 0.052 0.590 45 L 0.454 0.029 0.029 0.062 0.076 0.060 0.291 46 W 0.613 0.028 0.033 0.048 0.034 0.033 0.211 47 R 0.611 0.014 0.035 0.043 0.046 0.026 0.226 48 L 0.549 0.027 0.033 0.043 0.048 0.044 0.256 49 E 0.166 0.015 0.013 0.021 0.084 0.017 0.685 50 P 0.100 0.010 0.024 0.014 0.052 0.041 0.759 51 A 0.054 0.010 0.121 0.048 0.167 0.370 0.230 52 R 0.031 0.010 0.177 0.039 0.172 0.385 0.186 53 G 0.033 0.017 0.154 0.051 0.285 0.128 0.331 54 L 0.049 0.018 0.050 0.040 0.296 0.169 0.378 55 E 0.102 0.021 0.017 0.027 0.397 0.080 0.356 56 P 0.160 0.010 0.005 0.004 0.116 0.032 0.673 57 P 0.451 0.005 0.001 0.001 0.072 0.005 0.465 58 V 0.941 0.002 0.001 0.001 0.031 0.001 0.025 59 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 60 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 61 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 62 Q 0.903 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.084 63 T 0.420 0.005 0.004 0.002 0.056 0.011 0.502 64 L 0.138 0.006 0.026 0.011 0.231 0.243 0.346 65 T 0.068 0.020 0.031 0.014 0.348 0.257 0.262 66 E 0.081 0.017 0.008 0.016 0.428 0.029 0.420 67 P 0.088 0.027 0.019 0.051 0.134 0.059 0.623 68 D 0.151 0.053 0.049 0.086 0.092 0.085 0.482 69 W 0.147 0.019 0.159 0.167 0.081 0.124 0.303 70 S 0.166 0.010 0.159 0.181 0.087 0.167 0.231 71 V 0.126 0.016 0.164 0.166 0.137 0.190 0.201 72 L 0.101 0.013 0.119 0.117 0.199 0.158 0.293 73 D 0.059 0.009 0.101 0.081 0.161 0.427 0.164 74 E 0.046 0.004 0.072 0.050 0.182 0.526 0.120 75 G 0.176 0.014 0.023 0.029 0.292 0.076 0.391 76 Y 0.314 0.015 0.012 0.010 0.117 0.049 0.482 77 A 0.731 0.015 0.008 0.005 0.039 0.022 0.178 78 Q 0.833 0.007 0.006 0.005 0.023 0.006 0.121 79 V 0.878 0.007 0.004 0.004 0.011 0.004 0.093 80 F 0.750 0.005 0.002 0.004 0.014 0.003 0.221 81 P 0.577 0.010 0.007 0.006 0.037 0.012 0.350 82 P 0.403 0.030 0.011 0.012 0.086 0.020 0.438 83 K 0.203 0.017 0.009 0.006 0.142 0.016 0.607 84 P 0.128 0.011 0.017 0.008 0.173 0.061 0.601 85 F 0.110 0.046 0.038 0.016 0.146 0.067 0.576 86 H 0.083 0.020 0.091 0.014 0.103 0.041 0.647 87 P 0.098 0.003 0.139 0.019 0.093 0.169 0.480 88 A 0.135 0.029 0.158 0.017 0.133 0.181 0.347 89 L 0.101 0.089 0.030 0.012 0.157 0.021 0.589 90 K 0.046 0.014 0.019 0.004 0.055 0.020 0.841 91 P 0.007 0.002 0.029 0.004 0.123 0.802 0.033 92 G 0.014 0.002 0.021 0.001 0.056 0.870 0.035 93 Q 0.160 0.010 0.003 0.001 0.048 0.006 0.773 94 R 0.806 0.010 0.001 0.001 0.030 0.005 0.148 95 L 0.949 0.005 0.001 0.001 0.007 0.002 0.037 96 R 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 97 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 98 R 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.024 99 L 0.914 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.072 100 R 0.839 0.005 0.003 0.002 0.038 0.012 0.102 101 A 0.691 0.026 0.003 0.005 0.088 0.012 0.175 102 N 0.268 0.007 0.004 0.005 0.153 0.022 0.541 103 P 0.154 0.006 0.036 0.026 0.200 0.218 0.361 104 A 0.348 0.033 0.053 0.053 0.110 0.170 0.233 105 K 0.496 0.037 0.037 0.057 0.083 0.036 0.253 106 R 0.453 0.024 0.030 0.063 0.055 0.033 0.342 107 L 0.258 0.028 0.056 0.105 0.116 0.134 0.302 108 A 0.145 0.015 0.079 0.120 0.159 0.195 0.287 109 A 0.095 0.011 0.055 0.111 0.218 0.231 0.277 110 T 0.078 0.018 0.028 0.084 0.119 0.226 0.448 111 G 0.007 0.003 0.005 0.017 0.030 0.017 0.922