# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.2205 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.558 0.170 0.040 0.097 0.023 0.009 0.002 0.035 0.001 0.001 2 W 0.077 0.406 0.291 0.024 0.052 0.088 0.018 0.002 0.039 0.002 0.001 3 L 0.104 0.429 0.320 0.024 0.043 0.062 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 4 T 0.369 0.267 0.045 0.236 0.063 0.009 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 5 K 0.027 0.569 0.129 0.011 0.213 0.013 0.015 0.001 0.021 0.001 0.001 6 L 0.041 0.659 0.217 0.008 0.023 0.030 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 7 V 0.027 0.730 0.134 0.009 0.020 0.028 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 8 L 0.046 0.320 0.488 0.047 0.019 0.063 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 9 N 0.004 0.149 0.454 0.002 0.041 0.116 0.005 0.001 0.226 0.002 0.001 10 P 0.962 0.001 0.008 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.815 0.004 0.015 0.152 0.004 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 12 S 0.624 0.019 0.093 0.196 0.010 0.023 0.008 0.003 0.020 0.002 0.001 13 R 0.916 0.005 0.019 0.036 0.001 0.004 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 14 A 0.944 0.004 0.019 0.024 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 15 A 0.923 0.004 0.012 0.051 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 16 R 0.917 0.008 0.013 0.046 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.924 0.015 0.026 0.024 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 D 0.641 0.021 0.048 0.238 0.005 0.021 0.013 0.002 0.009 0.001 0.001 19 L 0.464 0.069 0.136 0.276 0.010 0.015 0.020 0.002 0.008 0.001 0.001 20 A 0.286 0.072 0.097 0.400 0.028 0.031 0.049 0.017 0.014 0.006 0.001 21 N 0.008 0.105 0.450 0.006 0.033 0.096 0.016 0.001 0.283 0.002 0.001 22 P 0.822 0.003 0.045 0.109 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 23 Y 0.713 0.026 0.067 0.150 0.012 0.010 0.006 0.005 0.006 0.005 0.001 24 E 0.860 0.011 0.026 0.083 0.005 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 25 M 0.897 0.009 0.039 0.034 0.002 0.009 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 26 H 0.959 0.003 0.005 0.028 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 T 0.987 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 S 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.979 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 V 0.881 0.010 0.011 0.087 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 34 S 0.846 0.007 0.077 0.052 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 35 R 0.707 0.013 0.049 0.181 0.009 0.007 0.016 0.012 0.003 0.003 0.001 36 A 0.764 0.019 0.089 0.060 0.015 0.014 0.014 0.004 0.011 0.010 0.001 37 L 0.889 0.007 0.040 0.044 0.003 0.008 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 38 E 0.887 0.007 0.017 0.069 0.003 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.658 0.016 0.050 0.248 0.009 0.004 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 40 G 0.423 0.027 0.124 0.181 0.035 0.010 0.070 0.083 0.012 0.034 0.001 41 R 0.679 0.040 0.109 0.077 0.012 0.017 0.042 0.005 0.010 0.008 0.001 42 E 0.481 0.048 0.120 0.231 0.023 0.017 0.044 0.020 0.005 0.010 0.001 43 R 0.243 0.158 0.146 0.194 0.061 0.039 0.108 0.016 0.033 0.002 0.001 44 L 0.176 0.420 0.260 0.045 0.036 0.030 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 45 L 0.180 0.465 0.213 0.049 0.018 0.042 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 46 W 0.100 0.499 0.179 0.045 0.120 0.025 0.006 0.002 0.020 0.004 0.001 47 R 0.069 0.568 0.218 0.025 0.051 0.038 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 48 L 0.103 0.384 0.339 0.055 0.019 0.053 0.005 0.001 0.038 0.001 0.001 49 E 0.026 0.295 0.435 0.001 0.049 0.021 0.013 0.001 0.154 0.004 0.001 50 P 0.206 0.004 0.613 0.011 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 51 A 0.330 0.175 0.171 0.151 0.074 0.024 0.031 0.021 0.017 0.005 0.001 52 R 0.163 0.115 0.133 0.383 0.032 0.026 0.105 0.008 0.032 0.003 0.001 53 G 0.083 0.070 0.224 0.064 0.200 0.012 0.062 0.167 0.005 0.112 0.001 54 L 0.190 0.165 0.288 0.244 0.029 0.050 0.014 0.002 0.014 0.002 0.001 55 E 0.030 0.371 0.349 0.003 0.126 0.004 0.011 0.002 0.092 0.011 0.001 56 P 0.022 0.004 0.868 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.090 57 P 0.056 0.015 0.866 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 58 V 0.028 0.736 0.136 0.014 0.060 0.013 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 59 V 0.002 0.910 0.060 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 60 L 0.005 0.785 0.148 0.001 0.005 0.038 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 61 V 0.004 0.826 0.076 0.002 0.036 0.031 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 62 Q 0.018 0.657 0.147 0.025 0.072 0.044 0.003 0.001 0.033 0.001 0.001 63 T 0.008 0.381 0.260 0.013 0.291 0.023 0.002 0.001 0.017 0.004 0.001 64 L 0.552 0.091 0.087 0.176 0.044 0.020 0.012 0.006 0.007 0.004 0.001 65 T 0.169 0.407 0.215 0.111 0.050 0.017 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 66 E 0.039 0.165 0.424 0.003 0.015 0.014 0.013 0.001 0.322 0.004 0.001 67 P 0.218 0.002 0.518 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.245 68 D 0.161 0.077 0.205 0.267 0.034 0.123 0.057 0.031 0.038 0.005 0.002 69 W 0.267 0.204 0.260 0.147 0.038 0.037 0.017 0.005 0.020 0.003 0.001 70 S 0.539 0.107 0.119 0.152 0.037 0.017 0.010 0.006 0.009 0.004 0.001 71 V 0.331 0.295 0.135 0.124 0.041 0.028 0.007 0.002 0.035 0.001 0.001 72 L 0.243 0.177 0.375 0.060 0.022 0.075 0.010 0.002 0.034 0.003 0.002 73 D 0.392 0.126 0.206 0.114 0.027 0.074 0.027 0.004 0.026 0.003 0.001 74 E 0.365 0.081 0.134 0.299 0.042 0.014 0.039 0.010 0.011 0.003 0.001 75 G 0.193 0.042 0.174 0.078 0.109 0.005 0.042 0.240 0.005 0.113 0.001 76 Y 0.252 0.155 0.275 0.150 0.064 0.027 0.044 0.010 0.015 0.006 0.001 77 A 0.173 0.330 0.246 0.080 0.116 0.016 0.012 0.007 0.014 0.006 0.001 78 Q 0.094 0.635 0.130 0.044 0.073 0.012 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 79 V 0.036 0.492 0.366 0.031 0.016 0.033 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 80 F 0.003 0.489 0.208 0.001 0.014 0.013 0.003 0.001 0.269 0.001 0.001 81 P 0.007 0.004 0.934 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.003 0.001 0.030 82 P 0.065 0.009 0.843 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 83 K 0.039 0.295 0.488 0.001 0.073 0.013 0.010 0.001 0.076 0.004 0.001 84 P 0.274 0.006 0.636 0.018 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 85 F 0.230 0.160 0.232 0.214 0.055 0.057 0.018 0.016 0.015 0.003 0.001 86 H 0.105 0.202 0.414 0.008 0.028 0.028 0.013 0.001 0.196 0.005 0.001 87 P 0.524 0.005 0.408 0.014 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.002 0.032 88 A 0.485 0.055 0.173 0.209 0.013 0.032 0.014 0.008 0.010 0.001 0.001 89 L 0.109 0.113 0.618 0.080 0.017 0.042 0.006 0.002 0.009 0.002 0.001 90 K 0.047 0.316 0.439 0.002 0.036 0.008 0.013 0.001 0.132 0.004 0.001 91 P 0.068 0.001 0.910 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 92 G 0.021 0.001 0.007 0.028 0.004 0.001 0.020 0.910 0.001 0.008 0.001 93 Q 0.008 0.087 0.819 0.007 0.006 0.055 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 94 R 0.014 0.489 0.439 0.013 0.010 0.024 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 95 L 0.006 0.787 0.133 0.008 0.049 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 96 R 0.004 0.780 0.119 0.003 0.054 0.019 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 97 F 0.001 0.775 0.093 0.001 0.109 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 98 R 0.003 0.685 0.197 0.001 0.009 0.044 0.001 0.001 0.060 0.001 0.001 99 L 0.007 0.647 0.271 0.002 0.016 0.037 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 100 R 0.017 0.732 0.147 0.008 0.023 0.040 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 101 A 0.040 0.488 0.294 0.027 0.090 0.036 0.003 0.001 0.015 0.005 0.001 102 N 0.006 0.311 0.244 0.001 0.089 0.036 0.012 0.001 0.299 0.001 0.001 103 P 0.570 0.006 0.293 0.031 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 104 A 0.432 0.123 0.294 0.068 0.036 0.026 0.006 0.005 0.008 0.002 0.002 105 K 0.381 0.306 0.167 0.066 0.016 0.032 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 106 R 0.156 0.351 0.402 0.010 0.012 0.035 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 107 L 0.591 0.123 0.204 0.034 0.006 0.027 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 108 A 0.488 0.139 0.165 0.074 0.059 0.026 0.022 0.006 0.014 0.005 0.001 109 A 0.523 0.097 0.148 0.095 0.049 0.023 0.031 0.012 0.015 0.007 0.001 110 T 0.240 0.133 0.119 0.460 0.021 0.007 0.005 0.002 0.012 0.001 0.001 111 G 0.048 0.020 0.098 0.022 0.106 0.004 0.088 0.236 0.006 0.371 0.001