# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.202 0.056 0.015 0.450 0.006 0.009 0.012 0.010 0.021 0.038 2 W 0.152 0.267 0.062 0.006 0.441 0.006 0.007 0.009 0.006 0.017 0.027 3 L 0.427 0.048 0.007 0.005 0.291 0.004 0.004 0.012 0.016 0.037 0.150 4 T 0.072 0.175 0.081 0.118 0.195 0.110 0.097 0.046 0.034 0.049 0.023 5 K 0.148 0.191 0.046 0.003 0.527 0.003 0.007 0.016 0.012 0.018 0.029 6 L 0.321 0.087 0.012 0.004 0.481 0.007 0.005 0.010 0.006 0.009 0.058 7 V 0.134 0.206 0.046 0.007 0.513 0.006 0.017 0.019 0.006 0.013 0.033 8 L 0.102 0.280 0.065 0.015 0.260 0.022 0.025 0.021 0.018 0.111 0.081 9 N 0.158 0.228 0.138 0.013 0.416 0.002 0.001 0.005 0.004 0.008 0.026 10 P 0.012 0.053 0.031 0.022 0.029 0.021 0.041 0.350 0.338 0.089 0.014 11 A 0.015 0.063 0.036 0.020 0.031 0.028 0.120 0.399 0.147 0.125 0.015 12 S 0.027 0.081 0.020 0.004 0.059 0.006 0.017 0.478 0.177 0.110 0.021 13 R 0.017 0.025 0.008 0.002 0.020 0.006 0.015 0.686 0.157 0.050 0.015 14 A 0.016 0.025 0.010 0.004 0.027 0.004 0.014 0.711 0.128 0.052 0.009 15 A 0.020 0.036 0.012 0.005 0.037 0.006 0.020 0.725 0.106 0.026 0.008 16 R 0.030 0.040 0.017 0.005 0.062 0.005 0.018 0.658 0.124 0.028 0.012 17 R 0.031 0.032 0.015 0.008 0.050 0.010 0.035 0.626 0.146 0.035 0.012 18 D 0.034 0.041 0.019 0.012 0.045 0.018 0.066 0.555 0.135 0.059 0.016 19 L 0.030 0.045 0.028 0.026 0.053 0.040 0.098 0.451 0.106 0.108 0.016 20 A 0.019 0.164 0.094 0.129 0.045 0.113 0.129 0.128 0.047 0.113 0.020 21 N 0.058 0.104 0.172 0.147 0.089 0.021 0.009 0.061 0.023 0.193 0.121 22 P 0.080 0.096 0.026 0.013 0.095 0.019 0.030 0.354 0.164 0.092 0.032 23 Y 0.060 0.066 0.041 0.028 0.090 0.023 0.029 0.465 0.100 0.061 0.036 24 E 0.021 0.046 0.011 0.005 0.037 0.008 0.019 0.725 0.084 0.029 0.015 25 M 0.009 0.011 0.004 0.002 0.009 0.003 0.010 0.839 0.087 0.021 0.004 26 H 0.005 0.006 0.003 0.001 0.005 0.001 0.002 0.858 0.098 0.017 0.003 27 R 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.903 0.074 0.004 0.001 28 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.928 0.052 0.003 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.883 0.102 0.008 0.001 30 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.708 0.264 0.010 0.001 31 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.795 0.146 0.004 0.001 32 A 0.002 0.008 0.004 0.002 0.007 0.017 0.168 0.551 0.160 0.078 0.002 33 V 0.158 0.099 0.027 0.006 0.224 0.004 0.019 0.169 0.088 0.122 0.084 34 S 0.012 0.044 0.024 0.018 0.031 0.047 0.108 0.441 0.211 0.058 0.007 35 R 0.032 0.118 0.061 0.017 0.084 0.025 0.036 0.080 0.062 0.424 0.059 36 A 0.179 0.151 0.054 0.006 0.339 0.003 0.006 0.065 0.073 0.056 0.069 37 L 0.009 0.039 0.015 0.004 0.021 0.005 0.016 0.427 0.396 0.059 0.009 38 E 0.007 0.021 0.007 0.004 0.023 0.008 0.034 0.555 0.228 0.109 0.005 39 E 0.024 0.060 0.018 0.007 0.040 0.014 0.060 0.467 0.134 0.154 0.022 40 G 0.064 0.077 0.052 0.019 0.072 0.022 0.070 0.353 0.124 0.109 0.038 41 R 0.036 0.088 0.050 0.035 0.061 0.039 0.080 0.359 0.160 0.071 0.022 42 E 0.033 0.183 0.089 0.065 0.091 0.035 0.063 0.170 0.112 0.134 0.025 43 R 0.089 0.073 0.038 0.032 0.091 0.018 0.026 0.106 0.077 0.324 0.127 44 L 0.164 0.209 0.029 0.006 0.447 0.004 0.007 0.046 0.022 0.034 0.032 45 L 0.239 0.074 0.018 0.015 0.425 0.013 0.027 0.056 0.030 0.044 0.058 46 W 0.167 0.256 0.082 0.010 0.410 0.003 0.003 0.014 0.007 0.018 0.029 47 R 0.140 0.291 0.075 0.007 0.406 0.003 0.005 0.020 0.007 0.014 0.030 48 L 0.169 0.177 0.118 0.032 0.257 0.021 0.023 0.059 0.032 0.046 0.065 49 E 0.035 0.268 0.196 0.088 0.121 0.060 0.074 0.092 0.034 0.017 0.013 50 P 0.150 0.180 0.078 0.018 0.210 0.016 0.021 0.081 0.067 0.107 0.072 51 A 0.075 0.178 0.067 0.032 0.159 0.034 0.052 0.157 0.135 0.076 0.036 52 R 0.083 0.079 0.045 0.039 0.094 0.037 0.084 0.123 0.117 0.210 0.088 53 G 0.120 0.200 0.095 0.037 0.206 0.023 0.032 0.075 0.067 0.089 0.056 54 L 0.084 0.110 0.069 0.050 0.135 0.065 0.086 0.116 0.109 0.131 0.043 55 E 0.039 0.155 0.246 0.137 0.090 0.046 0.077 0.060 0.052 0.078 0.021 56 P 0.166 0.231 0.071 0.017 0.265 0.011 0.021 0.034 0.033 0.075 0.075 57 P 0.173 0.209 0.034 0.007 0.493 0.006 0.006 0.008 0.006 0.027 0.032 58 V 0.272 0.059 0.006 0.003 0.610 0.004 0.008 0.005 0.001 0.007 0.025 59 V 0.280 0.061 0.002 0.001 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 60 L 0.122 0.118 0.006 0.001 0.747 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 V 0.551 0.021 0.002 0.001 0.379 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 62 Q 0.218 0.185 0.043 0.056 0.256 0.078 0.033 0.015 0.006 0.018 0.091 63 T 0.076 0.387 0.178 0.019 0.292 0.002 0.002 0.006 0.004 0.010 0.025 64 L 0.129 0.087 0.076 0.059 0.141 0.050 0.067 0.172 0.137 0.050 0.032 65 T 0.038 0.240 0.224 0.069 0.111 0.043 0.108 0.081 0.037 0.036 0.014 66 E 0.110 0.305 0.160 0.039 0.184 0.019 0.034 0.058 0.034 0.023 0.034 67 P 0.068 0.304 0.165 0.028 0.180 0.021 0.029 0.081 0.058 0.039 0.028 68 D 0.108 0.156 0.072 0.024 0.192 0.026 0.036 0.130 0.108 0.092 0.058 69 W 0.165 0.113 0.042 0.020 0.172 0.019 0.027 0.107 0.102 0.145 0.088 70 S 0.089 0.199 0.097 0.030 0.181 0.019 0.036 0.146 0.090 0.073 0.040 71 V 0.135 0.138 0.052 0.013 0.192 0.010 0.020 0.151 0.123 0.112 0.054 72 L 0.106 0.231 0.121 0.039 0.192 0.028 0.029 0.108 0.063 0.050 0.034 73 D 0.059 0.136 0.070 0.044 0.122 0.054 0.117 0.213 0.102 0.056 0.027 74 E 0.117 0.114 0.069 0.037 0.137 0.021 0.032 0.095 0.088 0.207 0.084 75 G 0.084 0.265 0.111 0.045 0.229 0.023 0.021 0.062 0.050 0.071 0.040 76 Y 0.162 0.108 0.048 0.028 0.235 0.021 0.034 0.093 0.069 0.119 0.083 77 A 0.190 0.168 0.040 0.019 0.337 0.013 0.019 0.060 0.040 0.062 0.051 78 Q 0.138 0.206 0.035 0.007 0.486 0.007 0.010 0.033 0.017 0.032 0.029 79 V 0.335 0.092 0.027 0.006 0.402 0.005 0.007 0.019 0.011 0.026 0.072 80 F 0.081 0.357 0.149 0.034 0.279 0.017 0.014 0.020 0.011 0.016 0.021 81 P 0.127 0.296 0.100 0.014 0.304 0.008 0.015 0.037 0.023 0.031 0.045 82 P 0.110 0.203 0.128 0.034 0.198 0.014 0.028 0.065 0.082 0.084 0.054 83 K 0.026 0.282 0.324 0.071 0.107 0.016 0.031 0.059 0.054 0.022 0.009 84 P 0.058 0.213 0.056 0.008 0.128 0.019 0.129 0.238 0.108 0.030 0.014 85 F 0.067 0.100 0.032 0.012 0.088 0.013 0.026 0.061 0.112 0.404 0.086 86 H 0.084 0.132 0.087 0.055 0.182 0.015 0.019 0.117 0.234 0.042 0.031 87 P 0.005 0.019 0.020 0.014 0.009 0.020 0.037 0.367 0.484 0.022 0.004 88 A 0.015 0.038 0.006 0.001 0.032 0.002 0.042 0.136 0.220 0.494 0.015 89 L 0.251 0.244 0.072 0.007 0.250 0.006 0.009 0.022 0.023 0.065 0.051 90 K 0.008 0.125 0.716 0.110 0.029 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 91 P 0.001 0.002 0.002 0.007 0.001 0.081 0.758 0.123 0.024 0.001 0.001 92 G 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.875 0.094 93 Q 0.022 0.583 0.036 0.003 0.321 0.004 0.010 0.005 0.003 0.010 0.003 94 R 0.488 0.018 0.002 0.001 0.448 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 95 L 0.129 0.237 0.014 0.013 0.570 0.010 0.004 0.002 0.001 0.003 0.017 96 R 0.391 0.036 0.003 0.001 0.491 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.069 97 F 0.366 0.116 0.012 0.004 0.427 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.064 98 R 0.244 0.143 0.018 0.007 0.515 0.009 0.009 0.004 0.003 0.005 0.042 99 L 0.454 0.043 0.006 0.003 0.422 0.003 0.002 0.003 0.002 0.008 0.055 100 R 0.211 0.116 0.031 0.021 0.504 0.016 0.023 0.015 0.008 0.021 0.035 101 A 0.200 0.187 0.075 0.042 0.294 0.022 0.010 0.007 0.006 0.053 0.103 102 N 0.145 0.157 0.061 0.012 0.563 0.002 0.003 0.013 0.012 0.009 0.024 103 P 0.036 0.095 0.045 0.011 0.087 0.011 0.025 0.230 0.360 0.082 0.018 104 A 0.162 0.112 0.026 0.004 0.237 0.007 0.057 0.156 0.076 0.116 0.046 105 K 0.126 0.209 0.038 0.011 0.224 0.028 0.065 0.093 0.053 0.111 0.042 106 R 0.051 0.440 0.264 0.022 0.140 0.005 0.005 0.022 0.011 0.019 0.021 107 L 0.034 0.062 0.045 0.033 0.067 0.054 0.067 0.365 0.196 0.059 0.020 108 A 0.029 0.199 0.221 0.065 0.060 0.026 0.048 0.155 0.102 0.074 0.021 109 A 0.044 0.072 0.074 0.057 0.068 0.046 0.098 0.245 0.128 0.134 0.034 110 T 0.024 0.217 0.192 0.120 0.072 0.042 0.046 0.099 0.046 0.112 0.030 111 G 0.028 0.094 0.138 0.192 0.059 0.060 0.023 0.059 0.049 0.212 0.085