# TARGET T0272 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.286 0.230 0.180 0.153 0.104 0.043 0.005 2 W 0.050 0.103 0.150 0.255 0.275 0.152 0.016 3 L 0.022 0.027 0.049 0.136 0.277 0.399 0.091 4 T 0.028 0.051 0.084 0.178 0.242 0.310 0.108 5 K 0.015 0.031 0.084 0.153 0.247 0.325 0.145 6 L 0.002 0.003 0.009 0.032 0.122 0.419 0.414 7 V 0.015 0.028 0.059 0.123 0.247 0.427 0.100 8 L 0.008 0.011 0.031 0.102 0.266 0.494 0.088 9 N 0.038 0.146 0.233 0.288 0.207 0.081 0.007 10 P 0.162 0.204 0.241 0.222 0.128 0.041 0.004 11 A 0.685 0.201 0.068 0.031 0.011 0.004 0.001 12 S 0.754 0.159 0.054 0.023 0.008 0.002 0.001 13 R 0.659 0.199 0.089 0.038 0.012 0.003 0.001 14 A 0.520 0.275 0.122 0.061 0.018 0.004 0.001 15 A 0.260 0.206 0.193 0.184 0.121 0.034 0.003 16 R 0.309 0.293 0.196 0.129 0.057 0.015 0.001 17 R 0.332 0.252 0.170 0.143 0.072 0.027 0.003 18 D 0.296 0.227 0.172 0.157 0.099 0.044 0.006 19 L 0.245 0.180 0.170 0.188 0.139 0.068 0.010 20 A 0.379 0.254 0.151 0.112 0.069 0.029 0.005 21 N 0.416 0.266 0.150 0.097 0.048 0.018 0.003 22 P 0.178 0.160 0.153 0.199 0.167 0.117 0.026 23 Y 0.078 0.108 0.143 0.202 0.248 0.182 0.039 24 E 0.092 0.143 0.168 0.215 0.203 0.141 0.037 25 M 0.026 0.042 0.067 0.145 0.247 0.362 0.110 26 H 0.010 0.020 0.036 0.096 0.241 0.415 0.181 27 R 0.021 0.065 0.127 0.209 0.255 0.246 0.076 28 T 0.011 0.036 0.095 0.220 0.275 0.280 0.083 29 L 0.006 0.006 0.010 0.036 0.145 0.494 0.303 30 S 0.010 0.022 0.053 0.154 0.290 0.357 0.114 31 K 0.024 0.095 0.194 0.241 0.229 0.181 0.035 32 A 0.006 0.013 0.041 0.134 0.312 0.419 0.075 33 V 0.017 0.049 0.102 0.236 0.358 0.223 0.015 34 S 0.131 0.242 0.285 0.226 0.098 0.017 0.001 35 R 0.433 0.320 0.164 0.066 0.014 0.002 0.001 36 A 0.705 0.219 0.055 0.017 0.003 0.001 0.001 37 L 0.799 0.150 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 38 E 0.808 0.146 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 39 E 0.636 0.225 0.090 0.036 0.010 0.002 0.001 40 G 0.494 0.273 0.131 0.070 0.025 0.005 0.001 41 R 0.229 0.248 0.250 0.176 0.074 0.020 0.003 42 E 0.250 0.265 0.166 0.149 0.106 0.051 0.012 43 R 0.084 0.162 0.239 0.273 0.161 0.068 0.012 44 L 0.030 0.048 0.092 0.215 0.292 0.271 0.052 45 L 0.022 0.020 0.034 0.080 0.170 0.434 0.239 46 W 0.019 0.024 0.043 0.106 0.257 0.431 0.120 47 R 0.015 0.049 0.130 0.252 0.317 0.201 0.036 48 L 0.053 0.128 0.200 0.274 0.228 0.102 0.015 49 E 0.178 0.238 0.225 0.206 0.112 0.037 0.004 50 P 0.357 0.310 0.171 0.104 0.044 0.014 0.001 51 A 0.360 0.224 0.185 0.144 0.067 0.019 0.002 52 R 0.714 0.198 0.058 0.021 0.007 0.003 0.001 53 G 0.329 0.185 0.154 0.175 0.117 0.037 0.004 54 L 0.314 0.274 0.201 0.132 0.061 0.017 0.002 55 E 0.392 0.340 0.151 0.080 0.028 0.008 0.001 56 P 0.087 0.245 0.292 0.251 0.098 0.024 0.002 57 P 0.018 0.054 0.106 0.239 0.342 0.211 0.030 58 V 0.007 0.044 0.115 0.258 0.302 0.217 0.057 59 V 0.002 0.004 0.012 0.042 0.130 0.445 0.364 60 L 0.001 0.003 0.011 0.038 0.113 0.406 0.428 61 V 0.001 0.002 0.007 0.024 0.090 0.399 0.476 62 Q 0.005 0.019 0.061 0.164 0.270 0.334 0.147 63 T 0.009 0.036 0.079 0.158 0.295 0.330 0.092 64 L 0.020 0.091 0.203 0.316 0.222 0.119 0.028 65 T 0.078 0.168 0.184 0.241 0.206 0.107 0.016 66 E 0.077 0.165 0.230 0.226 0.184 0.107 0.011 67 P 0.103 0.145 0.169 0.247 0.207 0.115 0.013 68 D 0.257 0.262 0.187 0.141 0.097 0.050 0.006 69 W 0.158 0.162 0.203 0.242 0.169 0.060 0.006 70 S 0.505 0.295 0.112 0.053 0.024 0.009 0.001 71 V 0.250 0.282 0.231 0.159 0.061 0.016 0.002 72 L 0.210 0.178 0.203 0.228 0.141 0.039 0.003 73 D 0.527 0.285 0.116 0.053 0.015 0.004 0.001 74 E 0.598 0.244 0.095 0.042 0.015 0.005 0.001 75 G 0.383 0.284 0.179 0.103 0.040 0.010 0.001 76 Y 0.343 0.294 0.187 0.114 0.047 0.013 0.002 77 A 0.211 0.152 0.161 0.207 0.166 0.086 0.017 78 Q 0.230 0.206 0.182 0.181 0.132 0.062 0.008 79 V 0.189 0.191 0.198 0.190 0.138 0.077 0.016 80 F 0.137 0.115 0.129 0.214 0.225 0.145 0.034 81 P 0.223 0.207 0.177 0.164 0.123 0.083 0.023 82 P 0.209 0.211 0.177 0.168 0.131 0.083 0.020 83 K 0.174 0.241 0.221 0.191 0.111 0.052 0.010 84 P 0.216 0.204 0.178 0.179 0.140 0.072 0.011 85 F 0.165 0.170 0.175 0.213 0.180 0.087 0.010 86 H 0.178 0.255 0.242 0.201 0.095 0.027 0.002 87 P 0.322 0.305 0.177 0.124 0.055 0.015 0.001 88 A 0.341 0.365 0.180 0.081 0.026 0.007 0.001 89 L 0.073 0.101 0.187 0.367 0.232 0.039 0.001 90 K 0.373 0.398 0.161 0.055 0.011 0.001 0.001 91 P 0.646 0.259 0.069 0.022 0.004 0.001 0.001 92 G 0.403 0.374 0.144 0.062 0.014 0.003 0.001 93 Q 0.127 0.280 0.262 0.216 0.099 0.015 0.001 94 R 0.091 0.327 0.304 0.196 0.068 0.014 0.001 95 L 0.007 0.023 0.053 0.155 0.360 0.371 0.031 96 R 0.008 0.061 0.198 0.375 0.270 0.081 0.008 97 F 0.008 0.029 0.048 0.112 0.281 0.431 0.090 98 R 0.007 0.052 0.190 0.372 0.248 0.109 0.023 99 L 0.008 0.022 0.035 0.104 0.262 0.429 0.140 100 R 0.025 0.103 0.172 0.245 0.228 0.176 0.050 101 A 0.069 0.093 0.115 0.183 0.205 0.258 0.076 102 N 0.123 0.168 0.175 0.198 0.181 0.128 0.027 103 P 0.197 0.188 0.184 0.188 0.148 0.081 0.014 104 A 0.230 0.173 0.170 0.191 0.155 0.073 0.008 105 K 0.237 0.251 0.223 0.172 0.090 0.024 0.003 106 R 0.305 0.242 0.206 0.158 0.073 0.014 0.001 107 L 0.457 0.267 0.162 0.086 0.024 0.004 0.001 108 A 0.762 0.178 0.043 0.013 0.003 0.001 0.001 109 A 0.798 0.138 0.042 0.018 0.005 0.001 0.001 110 T 0.840 0.110 0.033 0.013 0.004 0.001 0.001 111 G 0.807 0.127 0.040 0.018 0.007 0.002 0.001