# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.511 0.010 0.007 0.015 0.122 0.334 2 W 0.853 0.014 0.004 0.013 0.052 0.064 3 L 0.786 0.009 0.006 0.011 0.083 0.105 4 T 0.655 0.008 0.010 0.014 0.135 0.177 5 K 0.722 0.006 0.009 0.006 0.108 0.148 6 L 0.726 0.018 0.010 0.006 0.058 0.182 7 V 0.588 0.045 0.011 0.007 0.121 0.227 8 L 0.295 0.065 0.008 0.004 0.185 0.443 9 N 0.053 0.019 0.005 0.006 0.527 0.390 10 P 0.006 0.003 0.188 0.177 0.548 0.079 11 A 0.004 0.003 0.186 0.279 0.472 0.057 12 S 0.004 0.006 0.154 0.369 0.420 0.048 13 R 0.001 0.003 0.118 0.755 0.092 0.031 14 A 0.003 0.007 0.119 0.726 0.101 0.043 15 A 0.008 0.006 0.136 0.694 0.112 0.043 16 R 0.011 0.005 0.072 0.678 0.125 0.109 17 R 0.016 0.017 0.106 0.634 0.123 0.105 18 D 0.014 0.007 0.100 0.435 0.303 0.141 19 L 0.006 0.006 0.091 0.413 0.292 0.191 20 A 0.005 0.008 0.036 0.256 0.295 0.400 21 N 0.006 0.013 0.021 0.061 0.281 0.618 22 P 0.001 0.001 0.408 0.470 0.086 0.035 23 Y 0.001 0.001 0.428 0.465 0.088 0.017 24 E 0.001 0.002 0.295 0.584 0.107 0.011 25 M 0.003 0.006 0.094 0.722 0.107 0.069 26 H 0.004 0.005 0.070 0.738 0.109 0.075 27 R 0.006 0.002 0.100 0.735 0.113 0.045 28 T 0.005 0.003 0.043 0.797 0.079 0.073 29 L 0.004 0.005 0.044 0.846 0.053 0.048 30 S 0.006 0.003 0.027 0.830 0.052 0.083 31 K 0.004 0.001 0.026 0.908 0.036 0.026 32 A 0.004 0.001 0.018 0.940 0.021 0.017 33 V 0.007 0.002 0.013 0.932 0.021 0.025 34 S 0.007 0.001 0.015 0.921 0.023 0.032 35 R 0.004 0.001 0.023 0.928 0.024 0.021 36 A 0.007 0.002 0.032 0.881 0.041 0.037 37 L 0.007 0.002 0.028 0.857 0.052 0.054 38 E 0.008 0.002 0.027 0.842 0.061 0.060 39 E 0.008 0.003 0.024 0.719 0.125 0.122 40 G 0.007 0.003 0.053 0.610 0.159 0.168 41 R 0.011 0.003 0.082 0.602 0.173 0.129 42 E 0.028 0.004 0.094 0.613 0.166 0.094 43 R 0.042 0.005 0.057 0.693 0.111 0.093 44 L 0.079 0.009 0.046 0.680 0.076 0.110 45 L 0.095 0.006 0.058 0.651 0.072 0.116 46 W 0.099 0.007 0.050 0.672 0.062 0.109 47 R 0.099 0.012 0.043 0.615 0.080 0.152 48 L 0.086 0.034 0.023 0.193 0.177 0.487 49 E 0.048 0.024 0.020 0.064 0.274 0.570 50 P 0.029 0.017 0.033 0.025 0.450 0.446 51 A 0.009 0.015 0.149 0.023 0.552 0.253 52 R 0.010 0.016 0.144 0.023 0.613 0.194 53 G 0.009 0.011 0.121 0.012 0.581 0.266 54 L 0.017 0.027 0.028 0.009 0.413 0.506 55 E 0.038 0.026 0.011 0.003 0.371 0.550 56 P 0.053 0.005 0.007 0.002 0.428 0.505 57 P 0.292 0.009 0.005 0.001 0.236 0.457 58 V 0.951 0.005 0.001 0.001 0.014 0.029 59 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 60 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 61 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 62 Q 0.805 0.002 0.001 0.002 0.036 0.155 63 T 0.306 0.011 0.004 0.004 0.257 0.417 64 L 0.069 0.021 0.037 0.007 0.535 0.331 65 T 0.075 0.025 0.052 0.015 0.588 0.245 66 E 0.028 0.009 0.046 0.017 0.742 0.157 67 P 0.011 0.013 0.079 0.061 0.552 0.284 68 D 0.016 0.028 0.072 0.086 0.495 0.303 69 W 0.003 0.003 0.481 0.289 0.194 0.030 70 S 0.006 0.003 0.399 0.383 0.172 0.037 71 V 0.022 0.008 0.373 0.365 0.186 0.046 72 L 0.061 0.047 0.081 0.303 0.267 0.241 73 D 0.058 0.019 0.037 0.182 0.593 0.110 74 E 0.029 0.004 0.032 0.165 0.685 0.086 75 G 0.047 0.004 0.037 0.085 0.703 0.123 76 Y 0.424 0.040 0.036 0.071 0.329 0.100 77 A 0.590 0.026 0.022 0.092 0.088 0.183 78 Q 0.656 0.016 0.015 0.057 0.085 0.171 79 V 0.620 0.016 0.010 0.024 0.080 0.251 80 F 0.312 0.033 0.008 0.012 0.121 0.514 81 P 0.101 0.015 0.008 0.010 0.236 0.629 82 P 0.026 0.011 0.074 0.025 0.329 0.534 83 K 0.017 0.010 0.115 0.018 0.464 0.377 84 P 0.008 0.009 0.359 0.036 0.439 0.150 85 F 0.006 0.013 0.352 0.090 0.300 0.239 86 H 0.007 0.020 0.224 0.044 0.426 0.279 87 P 0.002 0.002 0.522 0.067 0.297 0.110 88 A 0.004 0.006 0.533 0.074 0.252 0.132 89 L 0.014 0.062 0.171 0.059 0.385 0.309 90 K 0.011 0.015 0.024 0.019 0.846 0.085 91 P 0.008 0.003 0.014 0.019 0.872 0.085 92 G 0.007 0.002 0.015 0.012 0.902 0.062 93 Q 0.364 0.050 0.008 0.006 0.505 0.068 94 R 0.748 0.014 0.002 0.006 0.047 0.183 95 L 0.927 0.006 0.001 0.005 0.020 0.042 96 R 0.957 0.001 0.001 0.005 0.009 0.026 97 F 0.945 0.002 0.001 0.011 0.010 0.031 98 R 0.890 0.002 0.003 0.014 0.026 0.064 99 L 0.791 0.006 0.007 0.025 0.050 0.122 100 R 0.513 0.012 0.009 0.030 0.119 0.316 101 A 0.175 0.025 0.006 0.036 0.142 0.616 102 N 0.039 0.009 0.004 0.019 0.184 0.746 103 P 0.015 0.004 0.065 0.553 0.202 0.162 104 A 0.023 0.006 0.106 0.537 0.223 0.106 105 K 0.044 0.011 0.153 0.537 0.194 0.061 106 R 0.043 0.015 0.081 0.646 0.122 0.093 107 L 0.022 0.008 0.097 0.639 0.140 0.094 108 A 0.028 0.008 0.091 0.454 0.218 0.200 109 A 0.021 0.012 0.041 0.364 0.202 0.359 110 T 0.015 0.015 0.013 0.276 0.147 0.534 111 G 0.005 0.002 0.001 0.005 0.050 0.938