# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.177 0.016 0.185 0.017 0.012 0.037 0.032 0.006 0.029 0.047 0.020 0.253 0.171 2 W 0.283 0.026 0.089 0.013 0.006 0.021 0.083 0.013 0.047 0.017 0.012 0.128 0.262 3 L 0.271 0.009 0.099 0.044 0.009 0.027 0.074 0.016 0.064 0.018 0.015 0.153 0.201 4 T 0.300 0.003 0.106 0.104 0.006 0.018 0.067 0.008 0.052 0.044 0.015 0.096 0.183 5 K 0.184 0.005 0.080 0.037 0.009 0.033 0.065 0.016 0.125 0.083 0.020 0.239 0.104 6 L 0.119 0.012 0.127 0.009 0.009 0.027 0.061 0.007 0.081 0.035 0.015 0.024 0.474 7 V 0.032 0.024 0.335 0.008 0.003 0.014 0.025 0.003 0.096 0.058 0.013 0.333 0.058 8 L 0.007 0.059 0.633 0.004 0.001 0.008 0.006 0.002 0.043 0.065 0.010 0.019 0.143 9 N 0.001 0.006 0.918 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.065 0.001 0.002 0.004 10 P 0.001 0.001 0.022 0.001 0.088 0.569 0.001 0.001 0.001 0.016 0.304 0.001 0.001 11 A 0.001 0.004 0.011 0.001 0.102 0.461 0.001 0.001 0.001 0.031 0.389 0.001 0.001 12 S 0.001 0.003 0.116 0.001 0.087 0.670 0.001 0.001 0.001 0.061 0.060 0.001 0.001 13 R 0.001 0.002 0.008 0.001 0.023 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 14 A 0.001 0.005 0.014 0.001 0.037 0.884 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.001 0.002 15 A 0.001 0.005 0.042 0.001 0.071 0.813 0.001 0.001 0.001 0.016 0.047 0.001 0.003 16 R 0.001 0.005 0.037 0.001 0.061 0.835 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 0.001 0.002 17 R 0.001 0.006 0.053 0.001 0.087 0.699 0.001 0.001 0.001 0.041 0.108 0.001 0.002 18 D 0.001 0.004 0.065 0.001 0.079 0.603 0.001 0.001 0.001 0.040 0.203 0.001 0.003 19 L 0.001 0.019 0.162 0.001 0.040 0.381 0.001 0.001 0.002 0.114 0.274 0.001 0.006 20 A 0.001 0.043 0.288 0.001 0.008 0.178 0.001 0.001 0.002 0.346 0.123 0.006 0.003 21 N 0.001 0.008 0.545 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.417 0.007 0.001 0.001 22 P 0.001 0.001 0.014 0.001 0.072 0.752 0.001 0.001 0.001 0.013 0.148 0.001 0.001 23 Y 0.001 0.002 0.008 0.001 0.087 0.725 0.001 0.001 0.001 0.007 0.170 0.001 0.001 24 E 0.001 0.003 0.032 0.001 0.111 0.764 0.001 0.001 0.001 0.009 0.080 0.001 0.001 25 M 0.001 0.009 0.076 0.001 0.061 0.763 0.001 0.001 0.001 0.017 0.070 0.001 0.002 26 H 0.001 0.005 0.117 0.001 0.055 0.712 0.001 0.001 0.001 0.038 0.066 0.001 0.003 27 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.071 0.811 0.001 0.001 0.001 0.018 0.079 0.001 0.001 28 T 0.001 0.002 0.033 0.001 0.033 0.839 0.001 0.001 0.001 0.017 0.070 0.001 0.004 29 L 0.001 0.005 0.058 0.001 0.033 0.821 0.001 0.001 0.004 0.022 0.049 0.001 0.004 30 S 0.001 0.004 0.063 0.001 0.017 0.846 0.001 0.001 0.006 0.017 0.038 0.002 0.004 31 K 0.001 0.002 0.033 0.002 0.026 0.867 0.001 0.001 0.004 0.030 0.026 0.003 0.004 32 A 0.002 0.003 0.045 0.001 0.024 0.858 0.001 0.001 0.008 0.020 0.025 0.006 0.007 33 V 0.003 0.006 0.048 0.001 0.018 0.855 0.002 0.002 0.010 0.013 0.027 0.004 0.011 34 S 0.003 0.008 0.066 0.002 0.030 0.787 0.001 0.001 0.007 0.023 0.059 0.006 0.008 35 R 0.004 0.005 0.103 0.001 0.048 0.601 0.001 0.001 0.006 0.063 0.147 0.010 0.009 36 A 0.002 0.005 0.164 0.001 0.048 0.533 0.001 0.001 0.003 0.062 0.171 0.003 0.009 37 L 0.001 0.007 0.307 0.001 0.076 0.385 0.001 0.001 0.001 0.122 0.088 0.005 0.007 38 E 0.001 0.004 0.123 0.001 0.103 0.426 0.001 0.001 0.001 0.048 0.287 0.003 0.004 39 E 0.001 0.005 0.112 0.001 0.094 0.440 0.001 0.001 0.001 0.045 0.298 0.001 0.003 40 G 0.001 0.008 0.197 0.001 0.083 0.433 0.001 0.001 0.001 0.087 0.182 0.003 0.004 41 R 0.001 0.004 0.226 0.004 0.106 0.304 0.001 0.001 0.001 0.108 0.235 0.004 0.006 42 E 0.005 0.004 0.216 0.004 0.115 0.244 0.001 0.001 0.008 0.153 0.212 0.016 0.021 43 R 0.013 0.008 0.220 0.005 0.100 0.204 0.004 0.002 0.022 0.165 0.181 0.020 0.054 44 L 0.045 0.024 0.195 0.013 0.046 0.199 0.024 0.019 0.105 0.070 0.083 0.064 0.114 45 L 0.181 0.015 0.095 0.078 0.023 0.111 0.060 0.040 0.106 0.035 0.029 0.100 0.126 46 W 0.259 0.007 0.077 0.013 0.017 0.105 0.074 0.064 0.089 0.023 0.029 0.139 0.105 47 R 0.193 0.007 0.087 0.007 0.013 0.080 0.070 0.086 0.142 0.024 0.037 0.107 0.145 48 L 0.076 0.021 0.313 0.018 0.011 0.054 0.037 0.029 0.136 0.053 0.022 0.045 0.187 49 E 0.006 0.013 0.499 0.005 0.007 0.022 0.003 0.003 0.062 0.125 0.030 0.198 0.026 50 P 0.001 0.013 0.770 0.006 0.006 0.010 0.001 0.001 0.008 0.050 0.042 0.002 0.091 51 A 0.001 0.032 0.744 0.008 0.041 0.012 0.001 0.001 0.003 0.090 0.042 0.019 0.009 52 R 0.001 0.012 0.410 0.006 0.116 0.017 0.001 0.001 0.003 0.202 0.213 0.009 0.013 53 G 0.001 0.013 0.257 0.002 0.136 0.015 0.001 0.001 0.003 0.254 0.306 0.004 0.009 54 L 0.001 0.024 0.486 0.004 0.051 0.016 0.001 0.002 0.007 0.248 0.134 0.007 0.019 55 E 0.001 0.023 0.488 0.009 0.019 0.008 0.001 0.001 0.009 0.365 0.054 0.014 0.009 56 P 0.001 0.006 0.677 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.012 0.233 0.041 0.004 0.008 57 P 0.003 0.007 0.682 0.020 0.008 0.001 0.005 0.004 0.067 0.132 0.041 0.010 0.019 58 V 0.039 0.007 0.182 0.008 0.003 0.001 0.065 0.120 0.400 0.072 0.004 0.050 0.050 59 V 0.036 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.099 0.565 0.252 0.003 0.001 0.012 0.014 60 L 0.041 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.139 0.707 0.096 0.001 0.001 0.007 0.004 61 V 0.065 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.181 0.591 0.122 0.001 0.001 0.007 0.015 62 Q 0.051 0.002 0.081 0.013 0.002 0.002 0.078 0.306 0.375 0.013 0.004 0.049 0.025 63 T 0.011 0.007 0.475 0.024 0.007 0.002 0.013 0.036 0.269 0.055 0.020 0.019 0.063 64 L 0.004 0.014 0.600 0.011 0.021 0.004 0.002 0.004 0.044 0.180 0.072 0.014 0.030 65 T 0.001 0.021 0.490 0.012 0.027 0.006 0.001 0.001 0.025 0.303 0.082 0.006 0.023 66 E 0.001 0.006 0.413 0.002 0.045 0.010 0.001 0.001 0.004 0.453 0.051 0.012 0.003 67 P 0.001 0.016 0.300 0.003 0.094 0.034 0.001 0.001 0.004 0.153 0.377 0.002 0.017 68 D 0.002 0.034 0.303 0.004 0.138 0.039 0.001 0.001 0.007 0.127 0.310 0.018 0.018 69 W 0.007 0.025 0.310 0.010 0.247 0.092 0.001 0.001 0.007 0.103 0.122 0.007 0.069 70 S 0.017 0.022 0.312 0.011 0.136 0.090 0.005 0.003 0.028 0.104 0.086 0.157 0.031 71 V 0.025 0.064 0.202 0.004 0.108 0.110 0.009 0.006 0.037 0.058 0.062 0.019 0.296 72 L 0.014 0.053 0.473 0.037 0.042 0.079 0.004 0.004 0.018 0.106 0.049 0.070 0.051 73 D 0.003 0.012 0.466 0.013 0.055 0.070 0.001 0.001 0.010 0.181 0.113 0.039 0.036 74 E 0.001 0.004 0.060 0.005 0.077 0.085 0.001 0.001 0.003 0.098 0.649 0.004 0.014 75 G 0.006 0.013 0.113 0.016 0.055 0.041 0.001 0.001 0.004 0.120 0.587 0.026 0.017 76 Y 0.030 0.056 0.308 0.009 0.051 0.048 0.006 0.003 0.029 0.117 0.093 0.095 0.156 77 A 0.090 0.044 0.210 0.021 0.049 0.060 0.017 0.005 0.031 0.055 0.067 0.072 0.278 78 Q 0.146 0.022 0.168 0.016 0.042 0.054 0.031 0.006 0.022 0.065 0.060 0.257 0.112 79 V 0.084 0.047 0.218 0.008 0.023 0.040 0.025 0.005 0.030 0.069 0.046 0.051 0.354 80 F 0.006 0.030 0.652 0.007 0.007 0.013 0.003 0.001 0.008 0.140 0.025 0.072 0.036 81 P 0.001 0.006 0.852 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.079 0.037 0.003 0.015 82 P 0.001 0.010 0.708 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.171 0.080 0.002 0.006 83 K 0.001 0.011 0.637 0.001 0.028 0.008 0.001 0.001 0.001 0.233 0.068 0.012 0.002 84 P 0.001 0.026 0.530 0.001 0.060 0.019 0.001 0.001 0.002 0.130 0.213 0.001 0.019 85 F 0.001 0.078 0.405 0.002 0.084 0.025 0.001 0.001 0.002 0.164 0.222 0.008 0.009 86 H 0.001 0.039 0.479 0.001 0.115 0.027 0.001 0.001 0.002 0.229 0.080 0.017 0.009 87 P 0.001 0.010 0.219 0.002 0.291 0.046 0.001 0.001 0.001 0.059 0.354 0.002 0.015 88 A 0.003 0.023 0.159 0.001 0.264 0.044 0.001 0.001 0.002 0.096 0.383 0.008 0.015 89 L 0.004 0.058 0.359 0.006 0.077 0.038 0.001 0.001 0.004 0.259 0.163 0.008 0.021 90 K 0.001 0.009 0.714 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.244 0.012 0.010 0.002 91 P 0.001 0.002 0.101 0.002 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.075 0.794 0.001 0.003 92 G 0.001 0.004 0.075 0.005 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.070 0.822 0.002 0.004 93 Q 0.010 0.022 0.623 0.003 0.018 0.015 0.004 0.001 0.022 0.129 0.033 0.065 0.055 94 R 0.058 0.028 0.259 0.026 0.004 0.010 0.046 0.004 0.073 0.036 0.010 0.045 0.400 95 L 0.205 0.006 0.057 0.017 0.002 0.007 0.078 0.012 0.051 0.010 0.003 0.483 0.069 96 R 0.296 0.005 0.038 0.016 0.002 0.016 0.101 0.027 0.072 0.010 0.003 0.045 0.368 97 F 0.351 0.002 0.040 0.022 0.001 0.012 0.119 0.020 0.039 0.007 0.002 0.309 0.076 98 R 0.461 0.002 0.047 0.010 0.002 0.021 0.077 0.021 0.030 0.008 0.006 0.088 0.227 99 L 0.441 0.004 0.076 0.016 0.009 0.023 0.060 0.006 0.015 0.011 0.019 0.105 0.216 100 R 0.303 0.008 0.140 0.029 0.015 0.024 0.033 0.003 0.013 0.042 0.061 0.184 0.147 101 A 0.151 0.026 0.232 0.008 0.018 0.034 0.015 0.002 0.010 0.147 0.054 0.061 0.243 102 N 0.007 0.015 0.622 0.008 0.008 0.024 0.001 0.001 0.003 0.180 0.021 0.072 0.039 103 P 0.002 0.005 0.248 0.007 0.106 0.163 0.001 0.001 0.002 0.107 0.318 0.004 0.037 104 A 0.007 0.011 0.146 0.007 0.120 0.194 0.002 0.001 0.003 0.123 0.337 0.033 0.016 105 K 0.010 0.021 0.266 0.004 0.116 0.188 0.002 0.001 0.007 0.210 0.107 0.022 0.045 106 R 0.010 0.041 0.301 0.009 0.070 0.268 0.003 0.002 0.018 0.106 0.064 0.032 0.077 107 L 0.018 0.032 0.182 0.019 0.118 0.233 0.004 0.003 0.011 0.083 0.187 0.044 0.066 108 A 0.028 0.021 0.200 0.011 0.143 0.164 0.005 0.003 0.012 0.071 0.241 0.026 0.075 109 A 0.048 0.045 0.251 0.009 0.093 0.120 0.008 0.003 0.011 0.085 0.172 0.073 0.082 110 T 0.015 0.032 0.298 0.009 0.041 0.087 0.004 0.002 0.008 0.155 0.261 0.042 0.046 111 G 0.003 0.011 0.494 0.006 0.016 0.025 0.001 0.001 0.003 0.251 0.145 0.024 0.021