# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.024 0.028 0.059 0.065 0.089 0.157 0.160 0.173 0.136 0.093 2 W 0.012 0.021 0.022 0.102 0.135 0.159 0.216 0.135 0.097 0.063 0.036 3 L 0.003 0.003 0.005 0.010 0.011 0.015 0.055 0.117 0.224 0.275 0.281 4 T 0.006 0.014 0.020 0.076 0.111 0.127 0.208 0.178 0.151 0.074 0.036 5 K 0.021 0.053 0.058 0.137 0.132 0.154 0.174 0.113 0.084 0.049 0.025 6 L 0.005 0.007 0.010 0.023 0.025 0.035 0.103 0.163 0.234 0.233 0.162 7 V 0.034 0.048 0.043 0.108 0.114 0.116 0.198 0.133 0.107 0.062 0.037 8 L 0.028 0.038 0.033 0.071 0.074 0.081 0.146 0.146 0.161 0.137 0.084 9 N 0.098 0.207 0.059 0.196 0.144 0.103 0.090 0.048 0.032 0.015 0.007 10 P 0.368 0.099 0.041 0.076 0.072 0.072 0.093 0.068 0.054 0.037 0.019 11 A 0.244 0.166 0.063 0.131 0.107 0.082 0.083 0.044 0.035 0.026 0.017 12 S 0.068 0.148 0.057 0.105 0.082 0.093 0.131 0.099 0.100 0.071 0.045 13 R 0.335 0.101 0.109 0.179 0.121 0.077 0.045 0.017 0.010 0.005 0.002 14 A 0.311 0.146 0.195 0.155 0.081 0.052 0.037 0.012 0.006 0.003 0.002 15 A 0.023 0.021 0.080 0.075 0.069 0.099 0.195 0.156 0.141 0.092 0.049 16 R 0.042 0.029 0.105 0.123 0.113 0.114 0.181 0.120 0.090 0.056 0.027 17 R 0.013 0.040 0.451 0.144 0.111 0.086 0.069 0.037 0.026 0.015 0.008 18 D 0.026 0.085 0.203 0.182 0.173 0.136 0.105 0.041 0.026 0.016 0.007 19 L 0.042 0.025 0.025 0.038 0.048 0.068 0.154 0.134 0.172 0.166 0.128 20 A 0.268 0.128 0.080 0.088 0.083 0.079 0.108 0.066 0.052 0.031 0.019 21 N 0.245 0.260 0.119 0.156 0.092 0.048 0.038 0.019 0.012 0.008 0.004 22 P 0.258 0.206 0.068 0.119 0.106 0.083 0.074 0.038 0.025 0.015 0.008 23 Y 0.287 0.119 0.067 0.136 0.110 0.091 0.086 0.039 0.031 0.019 0.014 24 E 0.278 0.139 0.095 0.151 0.104 0.078 0.073 0.034 0.024 0.015 0.009 25 M 0.038 0.050 0.040 0.091 0.073 0.083 0.142 0.142 0.147 0.116 0.078 26 H 0.040 0.039 0.047 0.076 0.086 0.121 0.173 0.142 0.122 0.087 0.065 27 R 0.060 0.070 0.161 0.190 0.161 0.125 0.101 0.053 0.041 0.025 0.014 28 T 0.046 0.073 0.137 0.186 0.174 0.135 0.127 0.057 0.034 0.020 0.011 29 L 0.018 0.019 0.045 0.039 0.031 0.036 0.087 0.106 0.188 0.227 0.204 30 S 0.035 0.049 0.104 0.117 0.116 0.137 0.184 0.106 0.083 0.046 0.022 31 K 0.103 0.107 0.324 0.224 0.107 0.065 0.041 0.015 0.009 0.004 0.002 32 A 0.083 0.073 0.124 0.087 0.096 0.113 0.170 0.095 0.074 0.052 0.032 33 V 0.063 0.063 0.077 0.106 0.085 0.089 0.139 0.102 0.113 0.097 0.066 34 S 0.052 0.052 0.081 0.072 0.076 0.097 0.180 0.124 0.123 0.089 0.056 35 R 0.147 0.124 0.321 0.173 0.102 0.059 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 36 A 0.126 0.129 0.145 0.125 0.114 0.106 0.112 0.053 0.038 0.031 0.021 37 L 0.050 0.079 0.068 0.113 0.103 0.114 0.164 0.098 0.097 0.072 0.043 38 E 0.594 0.113 0.150 0.073 0.033 0.018 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 39 E 0.286 0.214 0.227 0.153 0.059 0.029 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 40 G 0.073 0.062 0.047 0.072 0.075 0.119 0.196 0.128 0.109 0.076 0.043 41 R 0.080 0.055 0.085 0.166 0.186 0.174 0.154 0.052 0.030 0.012 0.005 42 E 0.089 0.114 0.474 0.161 0.073 0.045 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 43 R 0.005 0.012 0.030 0.113 0.142 0.186 0.216 0.144 0.087 0.048 0.017 44 L 0.008 0.004 0.009 0.012 0.018 0.032 0.114 0.174 0.244 0.232 0.153 45 L 0.002 0.006 0.038 0.044 0.061 0.107 0.207 0.179 0.172 0.108 0.077 46 W 0.002 0.008 0.046 0.055 0.059 0.079 0.167 0.187 0.187 0.145 0.065 47 R 0.003 0.008 0.010 0.029 0.045 0.074 0.185 0.206 0.191 0.150 0.098 48 L 0.004 0.006 0.009 0.013 0.015 0.025 0.083 0.139 0.243 0.253 0.209 49 E 0.023 0.033 0.026 0.080 0.108 0.118 0.172 0.160 0.134 0.089 0.057 50 P 0.031 0.062 0.042 0.117 0.109 0.115 0.179 0.137 0.107 0.067 0.033 51 A 0.052 0.037 0.035 0.071 0.074 0.087 0.138 0.133 0.144 0.130 0.099 52 R 0.183 0.143 0.063 0.199 0.132 0.092 0.081 0.044 0.033 0.019 0.011 53 G 0.271 0.106 0.039 0.092 0.067 0.077 0.100 0.075 0.072 0.056 0.044 54 L 0.161 0.088 0.030 0.074 0.059 0.070 0.111 0.094 0.105 0.103 0.105 55 E 0.352 0.228 0.047 0.117 0.075 0.056 0.049 0.026 0.023 0.016 0.012 56 P 0.150 0.127 0.038 0.137 0.128 0.096 0.100 0.072 0.068 0.051 0.033 57 P 0.032 0.041 0.022 0.111 0.159 0.153 0.192 0.118 0.087 0.055 0.030 58 V 0.002 0.012 0.014 0.084 0.139 0.181 0.231 0.147 0.100 0.057 0.031 59 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.020 0.045 0.118 0.203 0.234 0.220 0.145 60 L 0.002 0.002 0.003 0.013 0.019 0.033 0.115 0.215 0.237 0.213 0.149 61 V 0.001 0.002 0.003 0.009 0.012 0.022 0.084 0.160 0.250 0.246 0.212 62 Q 0.001 0.004 0.007 0.032 0.049 0.071 0.171 0.184 0.221 0.160 0.100 63 T 0.024 0.074 0.034 0.170 0.171 0.132 0.185 0.101 0.064 0.031 0.013 64 L 0.006 0.007 0.005 0.024 0.033 0.043 0.110 0.159 0.234 0.227 0.153 65 T 0.162 0.255 0.087 0.238 0.148 0.062 0.032 0.009 0.004 0.001 0.001 66 E 0.155 0.142 0.045 0.173 0.138 0.112 0.115 0.061 0.035 0.017 0.008 67 P 0.281 0.131 0.036 0.109 0.104 0.099 0.091 0.055 0.042 0.031 0.021 68 D 0.118 0.254 0.056 0.202 0.138 0.090 0.072 0.031 0.021 0.011 0.007 69 W 0.018 0.016 0.009 0.038 0.064 0.086 0.163 0.171 0.188 0.144 0.102 70 S 0.400 0.235 0.104 0.152 0.062 0.025 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 71 V 0.037 0.085 0.050 0.191 0.180 0.157 0.165 0.071 0.039 0.019 0.008 72 L 0.011 0.009 0.006 0.019 0.030 0.053 0.111 0.138 0.200 0.200 0.224 73 D 0.184 0.288 0.165 0.196 0.091 0.041 0.022 0.007 0.004 0.001 0.001 74 E 0.412 0.196 0.098 0.161 0.065 0.035 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 75 G 0.176 0.126 0.051 0.129 0.111 0.096 0.103 0.071 0.062 0.044 0.030 76 Y 0.012 0.039 0.027 0.107 0.131 0.163 0.223 0.123 0.092 0.051 0.031 77 A 0.012 0.028 0.034 0.067 0.085 0.106 0.175 0.142 0.158 0.112 0.081 78 Q 0.019 0.034 0.041 0.102 0.128 0.144 0.208 0.141 0.096 0.055 0.031 79 V 0.096 0.100 0.051 0.150 0.154 0.116 0.137 0.085 0.059 0.033 0.018 80 F 0.017 0.025 0.011 0.046 0.075 0.096 0.185 0.168 0.180 0.123 0.074 81 P 0.443 0.206 0.048 0.109 0.069 0.042 0.041 0.020 0.013 0.006 0.003 82 P 0.269 0.103 0.036 0.108 0.109 0.102 0.122 0.069 0.045 0.025 0.011 83 K 0.498 0.233 0.046 0.104 0.051 0.026 0.020 0.010 0.006 0.004 0.002 84 P 0.280 0.153 0.040 0.114 0.107 0.100 0.093 0.051 0.035 0.018 0.008 85 F 0.090 0.055 0.023 0.062 0.072 0.094 0.146 0.150 0.133 0.104 0.071 86 H 0.172 0.178 0.063 0.139 0.122 0.095 0.103 0.060 0.040 0.021 0.009 87 P 0.447 0.170 0.090 0.134 0.074 0.037 0.025 0.011 0.007 0.003 0.001 88 A 0.281 0.120 0.040 0.097 0.082 0.074 0.106 0.073 0.059 0.041 0.026 89 L 0.058 0.056 0.027 0.087 0.092 0.098 0.141 0.131 0.127 0.105 0.081 90 K 0.236 0.300 0.097 0.142 0.089 0.054 0.041 0.018 0.013 0.006 0.004 91 P 0.347 0.159 0.087 0.145 0.081 0.065 0.056 0.028 0.017 0.010 0.005 92 G 0.663 0.153 0.037 0.064 0.040 0.019 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 93 Q 0.054 0.109 0.065 0.206 0.150 0.130 0.141 0.069 0.044 0.022 0.011 94 R 0.087 0.130 0.108 0.204 0.175 0.136 0.089 0.033 0.021 0.011 0.006 95 L 0.027 0.019 0.025 0.048 0.050 0.079 0.193 0.177 0.177 0.124 0.081 96 R 0.018 0.035 0.047 0.186 0.193 0.167 0.158 0.090 0.059 0.032 0.015 97 F 0.013 0.022 0.045 0.051 0.047 0.062 0.140 0.157 0.205 0.156 0.101 98 R 0.009 0.022 0.061 0.152 0.165 0.161 0.161 0.112 0.079 0.050 0.029 99 L 0.014 0.019 0.064 0.043 0.043 0.053 0.132 0.150 0.188 0.183 0.111 100 R 0.027 0.051 0.094 0.209 0.195 0.146 0.144 0.067 0.040 0.019 0.007 101 A 0.038 0.043 0.075 0.056 0.044 0.058 0.128 0.129 0.172 0.153 0.103 102 N 0.137 0.195 0.110 0.187 0.131 0.087 0.069 0.037 0.026 0.015 0.006 103 P 0.264 0.151 0.062 0.103 0.083 0.079 0.096 0.060 0.053 0.033 0.017 104 A 0.274 0.110 0.046 0.083 0.077 0.068 0.085 0.072 0.075 0.063 0.045 105 K 0.210 0.141 0.089 0.157 0.118 0.085 0.083 0.046 0.037 0.020 0.013 106 R 0.177 0.115 0.093 0.157 0.112 0.097 0.091 0.059 0.047 0.033 0.019 107 L 0.146 0.122 0.098 0.135 0.109 0.102 0.101 0.071 0.056 0.040 0.020 108 A 0.196 0.106 0.096 0.119 0.089 0.077 0.101 0.073 0.067 0.047 0.029 109 A 0.181 0.079 0.090 0.088 0.067 0.068 0.102 0.079 0.090 0.084 0.071 110 T 0.184 0.193 0.105 0.158 0.111 0.077 0.069 0.038 0.032 0.020 0.012 111 G 0.428 0.165 0.052 0.087 0.065 0.048 0.042 0.033 0.033 0.027 0.020