# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.936 2 W 0.630 0.026 0.003 0.008 0.016 0.010 0.307 3 L 0.833 0.010 0.005 0.006 0.011 0.004 0.130 4 T 0.904 0.002 0.009 0.006 0.012 0.005 0.061 5 K 0.906 0.003 0.014 0.014 0.009 0.009 0.045 6 L 0.913 0.004 0.005 0.010 0.008 0.006 0.054 7 V 0.734 0.011 0.004 0.007 0.027 0.008 0.207 8 L 0.395 0.042 0.005 0.010 0.114 0.017 0.417 9 N 0.085 0.011 0.002 0.003 0.199 0.006 0.694 10 P 0.006 0.003 0.127 0.193 0.063 0.554 0.054 11 A 0.003 0.004 0.118 0.251 0.076 0.478 0.070 12 S 0.004 0.008 0.190 0.435 0.051 0.089 0.224 13 R 0.003 0.003 0.068 0.788 0.020 0.083 0.036 14 A 0.005 0.002 0.080 0.794 0.013 0.083 0.024 15 A 0.006 0.006 0.094 0.782 0.015 0.064 0.034 16 R 0.007 0.006 0.056 0.814 0.016 0.056 0.045 17 R 0.013 0.007 0.171 0.599 0.044 0.107 0.058 18 D 0.015 0.004 0.158 0.496 0.039 0.211 0.078 19 L 0.013 0.010 0.114 0.378 0.101 0.218 0.166 20 A 0.012 0.021 0.030 0.182 0.327 0.231 0.197 21 N 0.009 0.017 0.015 0.056 0.220 0.057 0.627 22 P 0.001 0.001 0.194 0.630 0.011 0.137 0.026 23 Y 0.001 0.001 0.211 0.653 0.012 0.107 0.015 24 E 0.002 0.004 0.299 0.580 0.010 0.063 0.042 25 M 0.003 0.004 0.080 0.800 0.015 0.053 0.045 26 H 0.005 0.005 0.046 0.813 0.016 0.060 0.055 27 R 0.003 0.001 0.064 0.823 0.018 0.069 0.022 28 T 0.007 0.002 0.048 0.824 0.016 0.070 0.033 29 L 0.006 0.003 0.031 0.883 0.012 0.029 0.037 30 S 0.004 0.001 0.019 0.931 0.007 0.021 0.017 31 K 0.002 0.001 0.012 0.954 0.005 0.019 0.007 32 A 0.004 0.001 0.015 0.933 0.007 0.022 0.018 33 V 0.008 0.002 0.019 0.913 0.008 0.028 0.021 34 S 0.013 0.003 0.036 0.866 0.013 0.039 0.029 35 R 0.011 0.002 0.049 0.783 0.030 0.088 0.037 36 A 0.013 0.007 0.055 0.643 0.048 0.136 0.098 37 L 0.009 0.004 0.103 0.533 0.078 0.119 0.153 38 E 0.008 0.004 0.145 0.472 0.074 0.199 0.098 39 E 0.007 0.005 0.115 0.335 0.101 0.308 0.128 40 G 0.011 0.009 0.122 0.254 0.111 0.195 0.298 41 R 0.019 0.008 0.201 0.278 0.085 0.211 0.197 42 E 0.051 0.011 0.227 0.268 0.093 0.199 0.150 43 R 0.122 0.014 0.164 0.173 0.157 0.141 0.229 44 L 0.349 0.031 0.095 0.159 0.072 0.107 0.186 45 L 0.515 0.024 0.049 0.124 0.062 0.052 0.172 46 W 0.630 0.016 0.045 0.081 0.032 0.042 0.154 47 R 0.566 0.018 0.034 0.050 0.042 0.042 0.248 48 L 0.486 0.050 0.038 0.043 0.071 0.033 0.280 49 E 0.188 0.020 0.014 0.009 0.185 0.013 0.572 50 P 0.066 0.023 0.055 0.017 0.075 0.058 0.705 51 A 0.012 0.010 0.109 0.014 0.119 0.161 0.574 52 R 0.010 0.011 0.174 0.017 0.126 0.347 0.314 53 G 0.012 0.010 0.100 0.013 0.228 0.217 0.421 54 L 0.029 0.012 0.032 0.011 0.323 0.116 0.475 55 E 0.034 0.016 0.006 0.004 0.408 0.021 0.511 56 P 0.052 0.010 0.012 0.007 0.086 0.027 0.807 57 P 0.171 0.007 0.017 0.009 0.270 0.043 0.484 58 V 0.858 0.008 0.007 0.003 0.035 0.010 0.079 59 V 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 60 L 0.988 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 61 V 0.978 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.013 62 Q 0.925 0.002 0.001 0.003 0.009 0.003 0.057 63 T 0.662 0.013 0.003 0.002 0.031 0.011 0.278 64 L 0.200 0.017 0.005 0.003 0.219 0.042 0.514 65 T 0.110 0.020 0.009 0.004 0.304 0.068 0.485 66 E 0.030 0.016 0.027 0.010 0.297 0.032 0.588 67 P 0.024 0.017 0.109 0.031 0.192 0.236 0.390 68 D 0.022 0.020 0.234 0.050 0.146 0.254 0.275 69 W 0.013 0.006 0.515 0.138 0.060 0.141 0.126 70 S 0.026 0.006 0.358 0.224 0.067 0.175 0.143 71 V 0.062 0.048 0.304 0.240 0.076 0.134 0.136 72 L 0.083 0.040 0.046 0.104 0.246 0.050 0.430 73 D 0.051 0.013 0.050 0.158 0.133 0.111 0.484 74 E 0.008 0.002 0.089 0.161 0.059 0.646 0.034 75 G 0.027 0.009 0.111 0.119 0.071 0.576 0.089 76 Y 0.139 0.031 0.143 0.105 0.105 0.122 0.355 77 A 0.331 0.045 0.070 0.077 0.080 0.125 0.271 78 Q 0.343 0.028 0.072 0.073 0.075 0.082 0.328 79 V 0.394 0.079 0.037 0.036 0.120 0.045 0.289 80 F 0.227 0.056 0.003 0.004 0.251 0.014 0.446 81 P 0.060 0.009 0.002 0.001 0.060 0.014 0.856 82 P 0.036 0.019 0.022 0.007 0.075 0.027 0.815 83 K 0.032 0.019 0.058 0.010 0.202 0.022 0.658 84 P 0.013 0.017 0.326 0.043 0.126 0.159 0.316 85 F 0.013 0.026 0.357 0.109 0.106 0.152 0.238 86 H 0.006 0.008 0.479 0.110 0.078 0.059 0.261 87 P 0.003 0.001 0.574 0.122 0.030 0.193 0.077 88 A 0.009 0.013 0.468 0.118 0.034 0.253 0.105 89 L 0.016 0.030 0.077 0.083 0.294 0.080 0.420 90 K 0.019 0.006 0.009 0.015 0.143 0.033 0.776 91 P 0.008 0.003 0.043 0.061 0.129 0.691 0.065 92 G 0.032 0.002 0.040 0.023 0.166 0.669 0.068 93 Q 0.310 0.018 0.023 0.030 0.076 0.025 0.518 94 R 0.725 0.012 0.004 0.015 0.033 0.007 0.205 95 L 0.902 0.005 0.002 0.012 0.007 0.002 0.071 96 R 0.911 0.003 0.001 0.015 0.008 0.002 0.059 97 F 0.938 0.002 0.002 0.010 0.007 0.005 0.037 98 R 0.916 0.005 0.003 0.011 0.010 0.008 0.048 99 L 0.889 0.004 0.003 0.012 0.018 0.013 0.062 100 R 0.732 0.009 0.003 0.011 0.036 0.029 0.180 101 A 0.382 0.028 0.003 0.018 0.165 0.026 0.380 102 N 0.107 0.012 0.002 0.012 0.201 0.011 0.656 103 P 0.012 0.003 0.113 0.493 0.048 0.271 0.062 104 A 0.022 0.003 0.155 0.465 0.037 0.267 0.052 105 K 0.051 0.015 0.193 0.452 0.043 0.070 0.176 106 R 0.091 0.015 0.096 0.487 0.061 0.054 0.196 107 L 0.104 0.011 0.081 0.484 0.042 0.134 0.144 108 A 0.094 0.010 0.093 0.324 0.067 0.215 0.196 109 A 0.110 0.022 0.048 0.256 0.096 0.192 0.276 110 T 0.088 0.021 0.019 0.111 0.072 0.169 0.519 111 G 0.012 0.002 0.005 0.016 0.035 0.024 0.905