# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.566 0.195 0.037 0.086 0.018 0.007 0.002 0.027 0.001 0.001 2 W 0.070 0.418 0.318 0.019 0.047 0.076 0.015 0.002 0.032 0.002 0.001 3 L 0.096 0.440 0.309 0.024 0.036 0.071 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 4 T 0.318 0.368 0.057 0.174 0.060 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 5 K 0.037 0.542 0.199 0.008 0.137 0.027 0.019 0.001 0.029 0.001 0.001 6 L 0.078 0.449 0.350 0.023 0.015 0.058 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 7 V 0.027 0.665 0.176 0.009 0.040 0.027 0.005 0.001 0.052 0.001 0.001 8 L 0.079 0.116 0.621 0.106 0.009 0.060 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 9 N 0.001 0.163 0.536 0.001 0.051 0.067 0.002 0.001 0.178 0.001 0.001 10 P 0.976 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 A 0.733 0.003 0.022 0.231 0.003 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 12 S 0.357 0.025 0.341 0.181 0.015 0.040 0.004 0.001 0.033 0.001 0.001 13 R 0.975 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 14 A 0.968 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.926 0.002 0.007 0.059 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.918 0.006 0.011 0.052 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.879 0.024 0.032 0.048 0.005 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 18 D 0.580 0.021 0.081 0.242 0.005 0.029 0.024 0.002 0.015 0.001 0.001 19 L 0.520 0.028 0.099 0.306 0.006 0.016 0.012 0.005 0.007 0.001 0.001 20 A 0.256 0.099 0.264 0.264 0.050 0.024 0.012 0.012 0.007 0.012 0.001 21 N 0.010 0.082 0.531 0.005 0.028 0.123 0.005 0.001 0.213 0.002 0.001 22 P 0.946 0.001 0.010 0.038 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Y 0.920 0.004 0.011 0.057 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 24 E 0.846 0.005 0.023 0.113 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 25 M 0.788 0.014 0.039 0.112 0.006 0.008 0.019 0.006 0.005 0.003 0.001 26 H 0.774 0.029 0.045 0.108 0.008 0.015 0.011 0.003 0.005 0.002 0.001 27 R 0.870 0.031 0.031 0.036 0.009 0.006 0.009 0.003 0.003 0.002 0.001 28 T 0.817 0.042 0.046 0.064 0.005 0.015 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 29 L 0.850 0.025 0.037 0.064 0.003 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 30 S 0.882 0.028 0.034 0.038 0.005 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 31 K 0.899 0.019 0.027 0.036 0.006 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 32 A 0.874 0.023 0.046 0.034 0.006 0.006 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 33 V 0.905 0.021 0.027 0.037 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 34 S 0.854 0.031 0.036 0.054 0.008 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 35 R 0.870 0.019 0.030 0.061 0.007 0.004 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 36 A 0.746 0.021 0.068 0.115 0.011 0.013 0.011 0.005 0.007 0.002 0.001 37 L 0.616 0.050 0.141 0.125 0.011 0.025 0.011 0.002 0.017 0.002 0.001 38 E 0.806 0.020 0.080 0.061 0.006 0.011 0.009 0.003 0.003 0.002 0.001 39 E 0.476 0.020 0.105 0.344 0.011 0.009 0.017 0.006 0.008 0.002 0.001 40 G 0.415 0.016 0.194 0.075 0.043 0.009 0.051 0.112 0.007 0.075 0.001 41 R 0.753 0.026 0.084 0.095 0.009 0.010 0.013 0.004 0.003 0.004 0.001 42 E 0.548 0.082 0.118 0.169 0.023 0.015 0.021 0.012 0.008 0.004 0.001 43 R 0.337 0.279 0.203 0.078 0.032 0.028 0.012 0.002 0.028 0.001 0.001 44 L 0.368 0.224 0.258 0.043 0.015 0.058 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 45 L 0.322 0.343 0.147 0.090 0.028 0.037 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 46 W 0.235 0.344 0.189 0.055 0.119 0.019 0.010 0.004 0.018 0.006 0.001 47 R 0.191 0.292 0.263 0.088 0.039 0.074 0.019 0.003 0.028 0.002 0.002 48 L 0.177 0.270 0.329 0.108 0.022 0.043 0.010 0.002 0.037 0.002 0.001 49 E 0.050 0.271 0.475 0.002 0.068 0.017 0.020 0.001 0.088 0.008 0.001 50 P 0.166 0.007 0.682 0.013 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 51 A 0.248 0.165 0.300 0.083 0.086 0.023 0.027 0.033 0.020 0.014 0.001 52 R 0.214 0.127 0.225 0.213 0.031 0.045 0.105 0.007 0.028 0.004 0.002 53 G 0.162 0.091 0.128 0.090 0.180 0.007 0.037 0.226 0.004 0.076 0.001 54 L 0.131 0.283 0.334 0.132 0.044 0.042 0.011 0.002 0.017 0.002 0.002 55 E 0.020 0.370 0.351 0.002 0.048 0.009 0.012 0.001 0.182 0.005 0.001 56 P 0.018 0.003 0.819 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.147 57 P 0.066 0.012 0.782 0.010 0.001 0.048 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 58 V 0.009 0.639 0.277 0.004 0.029 0.021 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 59 V 0.004 0.818 0.125 0.001 0.008 0.017 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 60 L 0.007 0.537 0.355 0.001 0.005 0.073 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 61 V 0.009 0.762 0.101 0.004 0.028 0.053 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 62 Q 0.020 0.551 0.207 0.012 0.074 0.075 0.008 0.001 0.051 0.001 0.001 63 T 0.024 0.449 0.341 0.025 0.081 0.050 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 64 L 0.272 0.212 0.290 0.075 0.063 0.057 0.011 0.003 0.013 0.003 0.001 65 T 0.275 0.166 0.115 0.361 0.029 0.024 0.007 0.003 0.018 0.002 0.001 66 E 0.025 0.287 0.280 0.003 0.103 0.008 0.022 0.002 0.260 0.011 0.001 67 P 0.244 0.003 0.484 0.015 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.238 68 D 0.083 0.140 0.207 0.173 0.058 0.175 0.053 0.014 0.093 0.003 0.001 69 W 0.423 0.127 0.155 0.186 0.034 0.033 0.017 0.005 0.017 0.003 0.001 70 S 0.606 0.083 0.103 0.140 0.029 0.014 0.008 0.006 0.008 0.003 0.001 71 V 0.397 0.232 0.123 0.168 0.020 0.027 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 72 L 0.206 0.172 0.417 0.072 0.018 0.073 0.011 0.002 0.026 0.002 0.001 73 D 0.168 0.221 0.320 0.038 0.052 0.075 0.033 0.004 0.084 0.006 0.001 74 E 0.602 0.024 0.225 0.109 0.012 0.007 0.009 0.003 0.002 0.002 0.003 75 G 0.254 0.010 0.052 0.079 0.041 0.002 0.043 0.441 0.003 0.074 0.001 76 Y 0.366 0.143 0.308 0.095 0.028 0.023 0.014 0.003 0.017 0.003 0.001 77 A 0.330 0.206 0.267 0.074 0.044 0.024 0.021 0.008 0.019 0.005 0.002 78 Q 0.225 0.368 0.204 0.106 0.035 0.033 0.009 0.002 0.016 0.001 0.001 79 V 0.113 0.307 0.367 0.102 0.017 0.050 0.015 0.001 0.026 0.001 0.001 80 F 0.009 0.395 0.257 0.001 0.028 0.019 0.007 0.001 0.284 0.001 0.001 81 P 0.014 0.004 0.837 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.004 0.001 0.102 82 P 0.087 0.007 0.816 0.008 0.001 0.034 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 83 K 0.127 0.144 0.562 0.002 0.072 0.014 0.013 0.005 0.048 0.012 0.001 84 P 0.524 0.004 0.378 0.026 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 85 F 0.411 0.059 0.145 0.287 0.021 0.040 0.015 0.011 0.009 0.001 0.001 86 H 0.417 0.124 0.345 0.015 0.026 0.013 0.008 0.002 0.044 0.007 0.001 87 P 0.622 0.004 0.317 0.030 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 88 A 0.513 0.022 0.123 0.282 0.009 0.014 0.011 0.018 0.007 0.001 0.001 89 L 0.106 0.066 0.653 0.085 0.009 0.058 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 90 K 0.049 0.342 0.413 0.003 0.048 0.007 0.014 0.001 0.112 0.010 0.001 91 P 0.116 0.001 0.845 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 92 G 0.036 0.002 0.013 0.051 0.005 0.002 0.036 0.845 0.002 0.007 0.001 93 Q 0.024 0.136 0.715 0.019 0.010 0.073 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 94 R 0.029 0.570 0.333 0.017 0.018 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 95 L 0.024 0.738 0.159 0.010 0.040 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 R 0.024 0.739 0.141 0.008 0.043 0.023 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 97 F 0.017 0.694 0.131 0.006 0.114 0.022 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 98 R 0.034 0.638 0.197 0.006 0.020 0.045 0.002 0.001 0.057 0.001 0.001 99 L 0.077 0.483 0.315 0.014 0.028 0.056 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 100 R 0.136 0.460 0.164 0.091 0.053 0.045 0.013 0.001 0.036 0.001 0.001 101 A 0.081 0.285 0.317 0.089 0.166 0.023 0.009 0.006 0.009 0.015 0.001 102 N 0.010 0.226 0.416 0.003 0.065 0.046 0.007 0.001 0.224 0.003 0.001 103 P 0.866 0.003 0.073 0.034 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 104 A 0.797 0.012 0.060 0.089 0.009 0.004 0.008 0.013 0.002 0.006 0.001 105 K 0.632 0.058 0.109 0.151 0.011 0.016 0.008 0.003 0.009 0.001 0.002 106 R 0.432 0.144 0.287 0.024 0.016 0.023 0.032 0.002 0.036 0.003 0.001 107 L 0.577 0.035 0.308 0.044 0.002 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 108 A 0.585 0.070 0.123 0.090 0.051 0.013 0.032 0.014 0.012 0.010 0.001 109 A 0.542 0.093 0.175 0.120 0.021 0.027 0.007 0.002 0.010 0.002 0.002 110 T 0.256 0.155 0.148 0.364 0.029 0.017 0.008 0.002 0.018 0.001 0.001 111 G 0.107 0.044 0.139 0.037 0.141 0.005 0.038 0.157 0.007 0.325 0.001