# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.135 0.259 0.078 0.010 0.391 0.007 0.014 0.056 0.018 0.012 0.019 2 W 0.199 0.214 0.027 0.003 0.443 0.003 0.009 0.036 0.010 0.019 0.036 3 L 0.374 0.079 0.013 0.005 0.379 0.006 0.008 0.024 0.012 0.023 0.078 4 T 0.084 0.048 0.016 0.060 0.149 0.149 0.194 0.186 0.064 0.028 0.023 5 K 0.142 0.166 0.041 0.008 0.501 0.007 0.020 0.052 0.026 0.017 0.020 6 L 0.239 0.109 0.010 0.003 0.517 0.006 0.010 0.033 0.014 0.017 0.042 7 V 0.218 0.095 0.011 0.002 0.472 0.002 0.008 0.031 0.014 0.067 0.081 8 L 0.050 0.356 0.168 0.026 0.198 0.032 0.043 0.026 0.016 0.050 0.035 9 N 0.311 0.046 0.011 0.001 0.588 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.038 10 P 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.003 0.338 0.616 0.024 0.003 11 A 0.005 0.030 0.017 0.003 0.009 0.011 0.108 0.430 0.162 0.217 0.007 12 S 0.036 0.416 0.080 0.006 0.157 0.002 0.006 0.172 0.045 0.071 0.009 13 R 0.003 0.004 0.003 0.001 0.004 0.004 0.008 0.749 0.193 0.025 0.006 14 A 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.002 0.010 0.825 0.112 0.030 0.004 15 A 0.004 0.005 0.002 0.001 0.009 0.002 0.007 0.811 0.129 0.028 0.002 16 R 0.006 0.008 0.003 0.002 0.010 0.003 0.012 0.731 0.188 0.033 0.004 17 R 0.005 0.019 0.009 0.003 0.015 0.006 0.058 0.644 0.199 0.038 0.004 18 D 0.027 0.039 0.018 0.004 0.051 0.009 0.099 0.489 0.149 0.098 0.017 19 L 0.027 0.046 0.009 0.003 0.038 0.006 0.041 0.446 0.185 0.175 0.024 20 A 0.025 0.095 0.050 0.041 0.061 0.086 0.136 0.147 0.100 0.224 0.035 21 N 0.313 0.130 0.068 0.003 0.362 0.001 0.003 0.016 0.009 0.021 0.074 22 P 0.004 0.012 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 0.517 0.411 0.037 0.003 23 Y 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.025 0.754 0.184 0.020 0.001 24 E 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 0.794 0.129 0.039 0.004 25 M 0.002 0.005 0.003 0.002 0.004 0.003 0.009 0.808 0.116 0.046 0.002 26 H 0.004 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.797 0.128 0.045 0.003 27 R 0.001 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.009 0.880 0.089 0.006 0.001 28 T 0.004 0.010 0.005 0.001 0.007 0.002 0.019 0.874 0.054 0.022 0.003 29 L 0.006 0.007 0.002 0.002 0.007 0.002 0.010 0.792 0.121 0.048 0.003 30 S 0.004 0.016 0.004 0.002 0.010 0.003 0.011 0.823 0.107 0.017 0.002 31 K 0.003 0.006 0.002 0.002 0.006 0.003 0.014 0.835 0.103 0.023 0.002 32 A 0.007 0.018 0.010 0.002 0.016 0.004 0.019 0.840 0.062 0.019 0.003 33 V 0.012 0.014 0.004 0.002 0.015 0.003 0.011 0.812 0.085 0.035 0.006 34 S 0.010 0.031 0.009 0.004 0.023 0.006 0.017 0.760 0.108 0.028 0.005 35 R 0.006 0.020 0.008 0.002 0.013 0.004 0.020 0.734 0.151 0.037 0.005 36 A 0.017 0.030 0.014 0.003 0.030 0.006 0.043 0.680 0.109 0.057 0.009 37 L 0.031 0.084 0.037 0.009 0.049 0.009 0.032 0.546 0.129 0.062 0.013 38 E 0.017 0.037 0.024 0.020 0.027 0.030 0.079 0.553 0.132 0.067 0.013 39 E 0.027 0.146 0.115 0.033 0.058 0.026 0.085 0.322 0.099 0.074 0.017 40 G 0.020 0.069 0.092 0.079 0.026 0.042 0.032 0.314 0.121 0.170 0.035 41 R 0.041 0.113 0.024 0.019 0.084 0.021 0.047 0.407 0.156 0.069 0.020 42 E 0.049 0.059 0.013 0.011 0.090 0.025 0.064 0.396 0.171 0.095 0.026 43 R 0.100 0.131 0.030 0.010 0.256 0.015 0.047 0.221 0.074 0.086 0.029 44 L 0.276 0.108 0.017 0.004 0.376 0.005 0.011 0.112 0.024 0.028 0.038 45 L 0.209 0.126 0.017 0.007 0.357 0.007 0.018 0.108 0.039 0.045 0.065 46 W 0.154 0.216 0.034 0.008 0.382 0.008 0.014 0.090 0.032 0.028 0.034 47 R 0.148 0.190 0.036 0.004 0.416 0.005 0.021 0.093 0.027 0.029 0.031 48 L 0.179 0.157 0.076 0.015 0.283 0.014 0.032 0.060 0.041 0.070 0.074 49 E 0.093 0.209 0.152 0.032 0.185 0.026 0.114 0.109 0.033 0.018 0.029 50 P 0.051 0.222 0.162 0.029 0.113 0.020 0.023 0.110 0.126 0.099 0.046 51 A 0.063 0.170 0.074 0.025 0.134 0.031 0.054 0.138 0.175 0.101 0.034 52 R 0.026 0.154 0.103 0.074 0.073 0.078 0.128 0.146 0.125 0.072 0.021 53 G 0.035 0.048 0.054 0.077 0.045 0.048 0.031 0.076 0.088 0.428 0.070 54 L 0.189 0.158 0.101 0.021 0.252 0.020 0.038 0.051 0.037 0.067 0.066 55 E 0.020 0.141 0.414 0.115 0.059 0.049 0.082 0.071 0.023 0.015 0.011 56 P 0.036 0.411 0.284 0.022 0.142 0.010 0.020 0.045 0.012 0.007 0.011 57 P 0.196 0.185 0.026 0.006 0.400 0.010 0.015 0.038 0.027 0.046 0.051 58 V 0.165 0.110 0.009 0.003 0.663 0.007 0.014 0.009 0.003 0.005 0.012 59 V 0.153 0.125 0.006 0.002 0.704 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 60 L 0.249 0.047 0.002 0.001 0.671 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.020 61 V 0.359 0.051 0.005 0.001 0.488 0.003 0.004 0.005 0.002 0.011 0.070 62 Q 0.196 0.179 0.025 0.006 0.455 0.008 0.018 0.016 0.005 0.018 0.074 63 T 0.195 0.259 0.083 0.007 0.337 0.005 0.008 0.019 0.009 0.026 0.051 64 L 0.207 0.102 0.029 0.018 0.207 0.022 0.023 0.113 0.106 0.099 0.076 65 T 0.023 0.241 0.190 0.134 0.080 0.069 0.049 0.071 0.064 0.068 0.011 66 E 0.080 0.140 0.129 0.040 0.160 0.017 0.055 0.231 0.081 0.031 0.035 67 P 0.021 0.186 0.146 0.020 0.083 0.024 0.070 0.237 0.151 0.049 0.014 68 D 0.133 0.194 0.050 0.004 0.297 0.003 0.017 0.090 0.065 0.088 0.060 69 W 0.046 0.025 0.004 0.001 0.052 0.002 0.005 0.314 0.464 0.061 0.026 70 S 0.008 0.039 0.009 0.002 0.028 0.010 0.058 0.466 0.319 0.053 0.006 71 V 0.050 0.045 0.010 0.002 0.062 0.003 0.033 0.268 0.150 0.356 0.021 72 L 0.136 0.176 0.084 0.019 0.162 0.013 0.027 0.125 0.081 0.104 0.074 73 D 0.013 0.140 0.273 0.200 0.043 0.106 0.039 0.099 0.046 0.032 0.009 74 E 0.008 0.061 0.082 0.072 0.019 0.078 0.199 0.275 0.143 0.051 0.012 75 G 0.018 0.048 0.064 0.147 0.021 0.041 0.025 0.099 0.089 0.375 0.074 76 Y 0.123 0.139 0.025 0.006 0.235 0.008 0.024 0.093 0.126 0.169 0.053 77 A 0.140 0.176 0.040 0.005 0.365 0.007 0.012 0.076 0.077 0.059 0.044 78 Q 0.217 0.144 0.038 0.005 0.398 0.008 0.033 0.071 0.033 0.024 0.030 79 V 0.129 0.138 0.108 0.030 0.222 0.029 0.084 0.080 0.042 0.087 0.049 80 F 0.063 0.309 0.247 0.056 0.130 0.014 0.030 0.064 0.025 0.034 0.029 81 P 0.016 0.367 0.350 0.053 0.085 0.020 0.014 0.054 0.021 0.013 0.007 82 P 0.027 0.350 0.195 0.036 0.106 0.025 0.035 0.055 0.070 0.076 0.025 83 K 0.048 0.262 0.234 0.027 0.186 0.019 0.065 0.068 0.048 0.018 0.024 84 P 0.035 0.183 0.077 0.007 0.100 0.016 0.075 0.196 0.206 0.085 0.020 85 F 0.026 0.096 0.063 0.015 0.057 0.012 0.049 0.053 0.133 0.454 0.041 86 H 0.119 0.204 0.054 0.008 0.286 0.004 0.014 0.120 0.118 0.023 0.051 87 P 0.005 0.026 0.011 0.002 0.016 0.009 0.025 0.304 0.553 0.043 0.006 88 A 0.016 0.012 0.004 0.002 0.019 0.003 0.047 0.201 0.209 0.472 0.014 89 L 0.152 0.239 0.089 0.008 0.178 0.006 0.024 0.081 0.051 0.109 0.063 90 K 0.008 0.193 0.553 0.117 0.045 0.031 0.010 0.018 0.009 0.009 0.006 91 P 0.005 0.026 0.033 0.022 0.012 0.068 0.329 0.365 0.127 0.009 0.003 92 G 0.034 0.045 0.037 0.027 0.034 0.020 0.021 0.067 0.106 0.496 0.115 93 Q 0.114 0.281 0.037 0.004 0.427 0.003 0.010 0.034 0.022 0.045 0.023 94 R 0.235 0.111 0.014 0.003 0.553 0.006 0.015 0.025 0.008 0.010 0.021 95 L 0.260 0.110 0.008 0.005 0.578 0.005 0.005 0.005 0.002 0.004 0.019 96 R 0.321 0.046 0.003 0.008 0.536 0.012 0.013 0.011 0.002 0.007 0.040 97 F 0.202 0.138 0.011 0.004 0.609 0.003 0.003 0.008 0.001 0.004 0.018 98 R 0.180 0.139 0.011 0.002 0.579 0.003 0.008 0.023 0.007 0.016 0.032 99 L 0.323 0.121 0.014 0.003 0.419 0.005 0.009 0.022 0.007 0.015 0.063 100 R 0.215 0.099 0.027 0.009 0.315 0.009 0.026 0.048 0.027 0.121 0.105 101 A 0.058 0.349 0.217 0.044 0.184 0.024 0.027 0.033 0.018 0.029 0.017 102 N 0.175 0.244 0.110 0.007 0.380 0.003 0.009 0.032 0.008 0.006 0.027 103 P 0.026 0.040 0.017 0.004 0.039 0.007 0.017 0.401 0.364 0.068 0.017 104 A 0.026 0.123 0.044 0.019 0.074 0.028 0.077 0.394 0.131 0.069 0.015 105 K 0.054 0.104 0.036 0.024 0.089 0.025 0.056 0.343 0.108 0.136 0.026 106 R 0.078 0.135 0.075 0.017 0.167 0.016 0.038 0.309 0.079 0.057 0.029 107 L 0.077 0.129 0.041 0.016 0.140 0.027 0.045 0.302 0.117 0.066 0.039 108 A 0.090 0.095 0.055 0.035 0.108 0.032 0.058 0.254 0.099 0.109 0.065 109 A 0.105 0.099 0.043 0.026 0.137 0.031 0.071 0.235 0.090 0.108 0.054 110 T 0.035 0.184 0.112 0.073 0.090 0.059 0.121 0.137 0.072 0.093 0.024 111 G 0.043 0.120 0.152 0.105 0.067 0.038 0.022 0.089 0.077 0.231 0.056