# TARGET T0272 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0272.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.132 0.159 0.199 0.204 0.165 0.046 2 W 0.057 0.058 0.094 0.168 0.249 0.271 0.102 3 L 0.050 0.042 0.053 0.089 0.163 0.370 0.233 4 T 0.084 0.116 0.146 0.207 0.206 0.169 0.071 5 K 0.087 0.130 0.165 0.199 0.195 0.160 0.064 6 L 0.077 0.062 0.069 0.136 0.248 0.309 0.097 7 V 0.114 0.142 0.162 0.187 0.184 0.164 0.047 8 L 0.133 0.133 0.148 0.195 0.205 0.142 0.044 9 N 0.294 0.276 0.196 0.135 0.065 0.027 0.008 10 P 0.379 0.228 0.150 0.126 0.076 0.034 0.008 11 A 0.382 0.233 0.153 0.114 0.066 0.039 0.013 12 S 0.386 0.187 0.136 0.127 0.099 0.054 0.010 13 R 0.419 0.234 0.161 0.105 0.054 0.022 0.004 14 A 0.420 0.285 0.152 0.085 0.037 0.017 0.004 15 A 0.278 0.177 0.171 0.168 0.115 0.074 0.017 16 R 0.316 0.225 0.170 0.152 0.094 0.039 0.005 17 R 0.443 0.228 0.131 0.101 0.061 0.031 0.006 18 D 0.359 0.261 0.179 0.120 0.054 0.024 0.004 19 L 0.279 0.153 0.146 0.167 0.150 0.087 0.018 20 A 0.485 0.235 0.124 0.087 0.044 0.020 0.005 21 N 0.556 0.248 0.109 0.054 0.023 0.008 0.003 22 P 0.514 0.247 0.126 0.072 0.030 0.009 0.002 23 Y 0.281 0.217 0.202 0.179 0.093 0.025 0.003 24 E 0.409 0.332 0.152 0.066 0.028 0.011 0.003 25 M 0.179 0.162 0.186 0.214 0.163 0.080 0.016 26 H 0.093 0.079 0.093 0.200 0.262 0.223 0.051 27 R 0.112 0.206 0.235 0.232 0.133 0.066 0.016 28 T 0.112 0.221 0.243 0.224 0.124 0.060 0.015 29 L 0.043 0.043 0.069 0.150 0.261 0.336 0.098 30 S 0.091 0.143 0.181 0.233 0.205 0.125 0.023 31 K 0.183 0.262 0.235 0.169 0.094 0.047 0.010 32 A 0.120 0.140 0.179 0.237 0.217 0.097 0.009 33 V 0.081 0.124 0.190 0.243 0.217 0.128 0.016 34 S 0.152 0.159 0.183 0.224 0.196 0.079 0.006 35 R 0.349 0.315 0.199 0.097 0.032 0.007 0.001 36 A 0.392 0.307 0.163 0.096 0.033 0.009 0.001 37 L 0.280 0.262 0.206 0.155 0.075 0.021 0.002 38 E 0.656 0.229 0.075 0.029 0.009 0.002 0.001 39 E 0.629 0.227 0.087 0.041 0.013 0.003 0.001 40 G 0.326 0.268 0.195 0.140 0.058 0.012 0.001 41 R 0.152 0.280 0.284 0.193 0.074 0.015 0.001 42 E 0.141 0.330 0.288 0.166 0.058 0.014 0.002 43 R 0.010 0.045 0.138 0.290 0.339 0.163 0.015 44 L 0.003 0.007 0.021 0.075 0.256 0.508 0.130 45 L 0.004 0.013 0.029 0.084 0.195 0.427 0.247 46 W 0.002 0.006 0.013 0.035 0.104 0.388 0.451 47 R 0.002 0.011 0.027 0.083 0.200 0.384 0.292 48 L 0.003 0.008 0.020 0.070 0.190 0.417 0.292 49 E 0.024 0.070 0.119 0.215 0.259 0.231 0.082 50 P 0.044 0.102 0.143 0.191 0.219 0.228 0.073 51 A 0.092 0.124 0.163 0.219 0.211 0.150 0.040 52 R 0.201 0.282 0.215 0.160 0.088 0.044 0.011 53 G 0.275 0.205 0.155 0.158 0.118 0.071 0.019 54 L 0.190 0.174 0.190 0.207 0.155 0.072 0.012 55 E 0.358 0.325 0.176 0.091 0.035 0.012 0.004 56 P 0.203 0.241 0.209 0.189 0.103 0.043 0.013 57 P 0.045 0.082 0.140 0.225 0.287 0.182 0.038 58 V 0.017 0.033 0.099 0.211 0.292 0.270 0.078 59 V 0.011 0.015 0.025 0.050 0.140 0.454 0.305 60 L 0.005 0.009 0.016 0.046 0.150 0.427 0.348 61 V 0.004 0.009 0.019 0.055 0.154 0.418 0.341 62 Q 0.005 0.015 0.033 0.107 0.261 0.422 0.157 63 T 0.012 0.056 0.135 0.240 0.273 0.235 0.050 64 L 0.023 0.076 0.173 0.264 0.279 0.155 0.030 65 T 0.297 0.346 0.187 0.095 0.047 0.023 0.005 66 E 0.218 0.273 0.249 0.165 0.071 0.021 0.003 67 P 0.263 0.206 0.172 0.162 0.122 0.066 0.009 68 D 0.165 0.234 0.220 0.187 0.127 0.059 0.008 69 W 0.056 0.089 0.163 0.275 0.262 0.138 0.017 70 S 0.332 0.340 0.179 0.096 0.038 0.014 0.002 71 V 0.168 0.271 0.243 0.196 0.090 0.029 0.003 72 L 0.083 0.072 0.123 0.268 0.308 0.136 0.010 73 D 0.325 0.339 0.212 0.090 0.027 0.006 0.001 74 E 0.435 0.326 0.150 0.061 0.020 0.007 0.001 75 G 0.150 0.225 0.241 0.199 0.126 0.053 0.006 76 Y 0.048 0.088 0.151 0.225 0.260 0.197 0.031 77 A 0.036 0.065 0.106 0.183 0.255 0.286 0.071 78 Q 0.033 0.058 0.083 0.164 0.274 0.311 0.076 79 V 0.059 0.123 0.182 0.242 0.219 0.145 0.029 80 F 0.061 0.112 0.185 0.270 0.246 0.111 0.016 81 P 0.308 0.328 0.204 0.105 0.040 0.012 0.002 82 P 0.430 0.292 0.154 0.083 0.032 0.008 0.001 83 K 0.588 0.249 0.103 0.043 0.013 0.003 0.001 84 P 0.547 0.262 0.110 0.055 0.020 0.005 0.001 85 F 0.221 0.176 0.209 0.221 0.132 0.038 0.003 86 H 0.373 0.278 0.187 0.112 0.040 0.010 0.001 87 P 0.500 0.306 0.124 0.051 0.015 0.004 0.001 88 A 0.281 0.204 0.187 0.182 0.110 0.033 0.003 89 L 0.171 0.198 0.249 0.231 0.114 0.034 0.003 90 K 0.547 0.296 0.099 0.040 0.013 0.005 0.001 91 P 0.584 0.226 0.103 0.059 0.022 0.005 0.001 92 G 0.625 0.231 0.085 0.036 0.016 0.005 0.001 93 Q 0.250 0.257 0.236 0.164 0.070 0.020 0.003 94 R 0.194 0.297 0.241 0.162 0.074 0.027 0.004 95 L 0.087 0.115 0.149 0.222 0.253 0.152 0.021 96 R 0.033 0.099 0.183 0.282 0.236 0.133 0.033 97 F 0.013 0.025 0.043 0.124 0.252 0.411 0.132 98 R 0.022 0.082 0.170 0.283 0.247 0.148 0.048 99 L 0.040 0.054 0.078 0.159 0.247 0.316 0.106 100 R 0.058 0.167 0.229 0.241 0.164 0.109 0.033 101 A 0.098 0.114 0.156 0.218 0.225 0.153 0.038 102 N 0.253 0.301 0.221 0.141 0.059 0.020 0.004 103 P 0.381 0.228 0.144 0.125 0.079 0.037 0.006 104 A 0.349 0.187 0.155 0.153 0.100 0.046 0.010 105 K 0.449 0.303 0.142 0.072 0.025 0.008 0.001 106 R 0.465 0.252 0.143 0.089 0.039 0.011 0.001 107 L 0.479 0.234 0.128 0.093 0.048 0.017 0.002 108 A 0.471 0.239 0.146 0.086 0.040 0.016 0.002 109 A 0.481 0.197 0.135 0.110 0.056 0.019 0.002 110 T 0.675 0.191 0.080 0.037 0.012 0.003 0.001 111 G 0.716 0.174 0.068 0.030 0.009 0.002 0.001