# TARGET T0271 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.065 0.001 0.001 0.001 0.085 0.848 2 E 0.607 0.017 0.001 0.001 0.027 0.348 3 L 0.853 0.007 0.001 0.001 0.010 0.129 4 K 0.914 0.001 0.001 0.001 0.009 0.075 5 L 0.956 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 6 I 0.917 0.001 0.001 0.001 0.010 0.071 7 P 0.879 0.003 0.001 0.001 0.017 0.100 8 I 0.655 0.016 0.001 0.001 0.075 0.252 9 E 0.290 0.035 0.002 0.001 0.202 0.470 10 K 0.099 0.016 0.007 0.002 0.314 0.562 11 P 0.037 0.008 0.154 0.006 0.589 0.207 12 E 0.019 0.006 0.199 0.014 0.588 0.173 13 N 0.036 0.007 0.200 0.016 0.512 0.230 14 L 0.164 0.008 0.024 0.025 0.403 0.377 15 N 0.301 0.007 0.008 0.026 0.131 0.527 16 V 0.881 0.009 0.003 0.020 0.027 0.060 17 I 0.949 0.003 0.002 0.015 0.013 0.018 18 L 0.892 0.005 0.003 0.020 0.029 0.053 19 G 0.774 0.006 0.006 0.037 0.068 0.109 20 Q 0.371 0.010 0.029 0.147 0.235 0.208 21 A 0.087 0.015 0.068 0.244 0.402 0.182 22 H 0.040 0.009 0.298 0.300 0.291 0.062 23 F 0.035 0.012 0.240 0.459 0.191 0.063 24 I 0.021 0.003 0.085 0.802 0.062 0.026 25 K 0.014 0.003 0.043 0.817 0.078 0.046 26 T 0.007 0.002 0.015 0.829 0.077 0.070 27 V 0.003 0.001 0.013 0.910 0.041 0.032 28 E 0.002 0.001 0.009 0.901 0.045 0.041 29 D 0.003 0.002 0.012 0.903 0.034 0.046 30 L 0.002 0.001 0.002 0.978 0.005 0.012 31 H 0.001 0.001 0.002 0.978 0.009 0.009 32 E 0.001 0.001 0.002 0.989 0.006 0.003 33 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.013 0.004 34 L 0.001 0.001 0.003 0.979 0.014 0.003 35 V 0.001 0.001 0.019 0.958 0.019 0.003 36 T 0.001 0.001 0.020 0.949 0.022 0.008 37 A 0.001 0.002 0.014 0.937 0.020 0.026 38 V 0.002 0.008 0.034 0.105 0.697 0.154 39 P 0.001 0.001 0.062 0.044 0.810 0.083 40 G 0.006 0.001 0.089 0.014 0.850 0.040 41 I 0.144 0.003 0.021 0.005 0.784 0.042 42 R 0.686 0.014 0.012 0.002 0.153 0.133 43 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 44 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 45 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 46 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 47 F 0.965 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 48 S 0.816 0.011 0.006 0.001 0.099 0.067 49 E 0.321 0.014 0.079 0.004 0.517 0.065 50 A 0.120 0.006 0.093 0.006 0.686 0.090 51 S 0.107 0.031 0.044 0.005 0.677 0.136 52 G 0.157 0.015 0.022 0.005 0.478 0.323 53 K 0.344 0.014 0.017 0.014 0.201 0.411 54 R 0.727 0.020 0.018 0.017 0.087 0.131 55 L 0.842 0.008 0.007 0.020 0.045 0.079 56 V 0.873 0.011 0.003 0.015 0.040 0.058 57 R 0.692 0.031 0.008 0.023 0.103 0.144 58 R 0.321 0.028 0.033 0.037 0.285 0.295 59 S 0.072 0.014 0.042 0.026 0.444 0.402 60 G 0.013 0.009 0.020 0.012 0.371 0.576 61 T 0.004 0.014 0.002 0.005 0.204 0.771 62 D 0.001 0.002 0.006 0.070 0.135 0.787 63 E 0.001 0.001 0.011 0.965 0.014 0.011 64 A 0.001 0.001 0.014 0.963 0.020 0.002 65 L 0.001 0.001 0.009 0.969 0.017 0.003 66 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.003 67 E 0.001 0.001 0.006 0.962 0.021 0.011 68 L 0.001 0.001 0.010 0.978 0.009 0.003 69 A 0.001 0.001 0.007 0.978 0.011 0.004 70 V 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.003 71 K 0.001 0.001 0.003 0.963 0.018 0.015 72 N 0.001 0.001 0.005 0.939 0.020 0.035 73 L 0.003 0.004 0.019 0.909 0.032 0.032 74 L 0.006 0.005 0.049 0.859 0.046 0.034 75 N 0.008 0.002 0.050 0.820 0.064 0.055 76 L 0.008 0.004 0.037 0.744 0.084 0.123 77 A 0.012 0.011 0.017 0.353 0.288 0.318 78 C 0.012 0.005 0.015 0.392 0.355 0.221 79 G 0.043 0.004 0.008 0.142 0.488 0.314 80 H 0.430 0.019 0.007 0.043 0.333 0.168 81 V 0.849 0.008 0.003 0.011 0.047 0.082 82 F 0.957 0.003 0.003 0.006 0.010 0.021 83 L 0.971 0.001 0.004 0.005 0.007 0.013 84 I 0.966 0.002 0.003 0.005 0.008 0.016 85 V 0.939 0.006 0.002 0.008 0.014 0.031 86 L 0.722 0.009 0.011 0.023 0.114 0.121 87 G 0.090 0.006 0.152 0.088 0.456 0.207 88 E 0.011 0.004 0.471 0.076 0.393 0.045 89 G 0.008 0.005 0.362 0.162 0.420 0.044 90 F 0.011 0.023 0.145 0.182 0.448 0.192 91 Y 0.017 0.016 0.057 0.240 0.385 0.286 92 P 0.008 0.002 0.056 0.666 0.164 0.104 93 I 0.004 0.003 0.053 0.831 0.078 0.030 94 N 0.002 0.002 0.038 0.921 0.028 0.010 95 V 0.001 0.001 0.019 0.960 0.014 0.006 96 L 0.001 0.001 0.018 0.968 0.010 0.003 97 H 0.001 0.001 0.017 0.962 0.014 0.006 98 A 0.001 0.001 0.028 0.957 0.010 0.004 99 V 0.001 0.001 0.052 0.916 0.023 0.007 100 K 0.002 0.001 0.070 0.854 0.056 0.016 101 A 0.006 0.003 0.065 0.705 0.138 0.083 102 C 0.014 0.003 0.047 0.376 0.316 0.244 103 P 0.015 0.003 0.081 0.444 0.321 0.137 104 E 0.067 0.009 0.115 0.419 0.315 0.074 105 V 0.207 0.015 0.081 0.429 0.212 0.056 106 V 0.393 0.005 0.046 0.315 0.140 0.101 107 R 0.580 0.004 0.021 0.232 0.063 0.100 108 I 0.597 0.010 0.021 0.292 0.040 0.039 109 Y 0.507 0.005 0.021 0.391 0.038 0.039 110 A 0.577 0.005 0.034 0.284 0.053 0.047 111 A 0.559 0.005 0.053 0.165 0.121 0.098 112 T 0.301 0.010 0.061 0.174 0.305 0.149 113 A 0.197 0.007 0.054 0.058 0.396 0.287 114 N 0.135 0.006 0.011 0.007 0.444 0.396 115 P 0.179 0.005 0.014 0.002 0.311 0.489 116 L 0.796 0.003 0.003 0.001 0.066 0.131 117 K 0.970 0.002 0.001 0.001 0.010 0.017 118 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 119 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 120 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 121 A 0.979 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 122 E 0.957 0.004 0.001 0.001 0.014 0.025 123 E 0.702 0.010 0.003 0.002 0.215 0.068 124 G 0.101 0.007 0.017 0.008 0.819 0.048 125 E 0.037 0.003 0.021 0.007 0.897 0.035 126 Q 0.068 0.004 0.014 0.005 0.855 0.054 127 R 0.503 0.005 0.004 0.006 0.233 0.249 128 A 0.922 0.023 0.001 0.002 0.019 0.033 129 I 0.968 0.006 0.001 0.002 0.009 0.014 130 L 0.956 0.001 0.001 0.004 0.016 0.023 131 G 0.938 0.003 0.001 0.004 0.020 0.033 132 V 0.873 0.011 0.002 0.005 0.059 0.051 133 M 0.695 0.013 0.003 0.007 0.158 0.124 134 D 0.228 0.022 0.011 0.008 0.441 0.290 135 G 0.157 0.032 0.036 0.012 0.528 0.235 136 F 0.162 0.043 0.056 0.018 0.444 0.277 137 T 0.112 0.031 0.057 0.014 0.580 0.206 138 P 0.065 0.009 0.063 0.012 0.710 0.141 139 L 0.086 0.020 0.073 0.013 0.592 0.217 140 G 0.126 0.021 0.034 0.007 0.561 0.251 141 V 0.184 0.095 0.030 0.007 0.332 0.352 142 E 0.093 0.048 0.012 0.007 0.228 0.612 143 D 0.035 0.015 0.006 0.028 0.234 0.682 144 E 0.001 0.001 0.052 0.869 0.059 0.019 145 A 0.001 0.001 0.021 0.933 0.036 0.009 146 E 0.001 0.001 0.009 0.978 0.008 0.004 147 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 150 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 151 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 152 D 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.009 0.006 156 R 0.001 0.001 0.001 0.966 0.013 0.019 157 L 0.004 0.002 0.002 0.917 0.020 0.055 158 G 0.010 0.004 0.015 0.296 0.121 0.555 159 Y 0.030 0.010 0.032 0.256 0.121 0.551 160 K 0.070 0.019 0.023 0.148 0.085 0.655 161 L 0.002 0.002 0.001 0.010 0.016 0.968