# TARGET T0271 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.014 0.370 0.007 0.003 0.010 0.008 0.001 0.017 0.077 0.007 0.405 0.067 2 E 0.009 0.030 0.291 0.003 0.001 0.004 0.011 0.002 0.085 0.007 0.002 0.016 0.538 3 L 0.042 0.003 0.222 0.449 0.005 0.008 0.018 0.003 0.059 0.023 0.004 0.065 0.099 4 K 0.088 0.003 0.108 0.073 0.007 0.007 0.023 0.003 0.100 0.047 0.006 0.358 0.177 5 L 0.074 0.007 0.069 0.040 0.007 0.004 0.061 0.002 0.056 0.014 0.004 0.056 0.606 6 I 0.015 0.002 0.101 0.004 0.001 0.001 0.018 0.001 0.043 0.009 0.001 0.712 0.094 7 P 0.010 0.004 0.200 0.025 0.001 0.001 0.010 0.001 0.063 0.005 0.001 0.051 0.629 8 I 0.014 0.029 0.377 0.049 0.005 0.003 0.018 0.002 0.100 0.046 0.009 0.188 0.161 9 E 0.004 0.024 0.504 0.025 0.013 0.005 0.006 0.001 0.044 0.156 0.025 0.055 0.139 10 K 0.001 0.012 0.606 0.003 0.014 0.004 0.001 0.001 0.026 0.232 0.031 0.039 0.032 11 P 0.001 0.008 0.506 0.005 0.083 0.010 0.001 0.001 0.006 0.154 0.176 0.003 0.049 12 E 0.001 0.006 0.146 0.023 0.127 0.038 0.001 0.001 0.004 0.229 0.414 0.008 0.004 13 N 0.001 0.010 0.218 0.013 0.132 0.037 0.001 0.001 0.006 0.220 0.339 0.006 0.018 14 L 0.006 0.016 0.581 0.013 0.029 0.024 0.006 0.002 0.053 0.155 0.053 0.026 0.037 15 N 0.036 0.013 0.312 0.025 0.010 0.034 0.050 0.062 0.171 0.108 0.035 0.037 0.108 16 V 0.074 0.013 0.028 0.001 0.002 0.020 0.144 0.448 0.186 0.008 0.004 0.040 0.033 17 I 0.057 0.005 0.014 0.001 0.002 0.040 0.139 0.581 0.121 0.003 0.003 0.009 0.023 18 L 0.066 0.009 0.053 0.011 0.007 0.084 0.152 0.360 0.175 0.011 0.018 0.030 0.023 19 G 0.029 0.004 0.165 0.013 0.011 0.093 0.057 0.155 0.274 0.062 0.054 0.030 0.051 20 Q 0.007 0.015 0.281 0.012 0.044 0.168 0.013 0.026 0.169 0.127 0.095 0.009 0.034 21 A 0.005 0.010 0.266 0.010 0.125 0.285 0.005 0.004 0.058 0.129 0.077 0.014 0.013 22 H 0.004 0.015 0.115 0.004 0.161 0.362 0.003 0.001 0.028 0.096 0.191 0.006 0.014 23 F 0.003 0.014 0.094 0.002 0.128 0.393 0.002 0.001 0.013 0.083 0.257 0.002 0.010 24 I 0.002 0.010 0.174 0.002 0.072 0.489 0.002 0.001 0.010 0.127 0.096 0.007 0.007 25 K 0.001 0.010 0.203 0.001 0.027 0.497 0.001 0.001 0.007 0.157 0.089 0.004 0.005 26 T 0.001 0.012 0.218 0.001 0.010 0.564 0.001 0.001 0.004 0.137 0.047 0.001 0.008 27 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 29 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 31 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 35 V 0.001 0.001 0.015 0.001 0.035 0.874 0.001 0.001 0.001 0.011 0.057 0.003 0.002 36 T 0.001 0.004 0.034 0.001 0.058 0.548 0.001 0.001 0.002 0.060 0.278 0.004 0.010 37 A 0.002 0.037 0.215 0.007 0.040 0.222 0.001 0.001 0.003 0.156 0.280 0.005 0.031 38 V 0.001 0.005 0.482 0.005 0.039 0.025 0.001 0.001 0.001 0.332 0.082 0.018 0.011 39 P 0.001 0.002 0.090 0.008 0.086 0.042 0.001 0.001 0.001 0.156 0.606 0.001 0.008 40 G 0.003 0.006 0.102 0.005 0.068 0.017 0.001 0.001 0.006 0.177 0.590 0.014 0.011 41 I 0.027 0.027 0.406 0.003 0.007 0.024 0.013 0.011 0.213 0.083 0.016 0.031 0.139 42 R 0.136 0.009 0.145 0.150 0.002 0.018 0.087 0.029 0.182 0.040 0.009 0.097 0.095 43 F 0.191 0.006 0.034 0.008 0.001 0.007 0.127 0.172 0.253 0.005 0.001 0.073 0.122 44 G 0.221 0.002 0.036 0.023 0.004 0.024 0.240 0.220 0.061 0.007 0.002 0.074 0.085 45 L 0.195 0.003 0.025 0.013 0.006 0.027 0.395 0.145 0.079 0.005 0.005 0.035 0.066 46 A 0.228 0.003 0.049 0.009 0.004 0.030 0.259 0.064 0.123 0.011 0.012 0.106 0.101 47 F 0.256 0.014 0.101 0.029 0.005 0.047 0.204 0.018 0.073 0.016 0.029 0.033 0.174 48 S 0.070 0.009 0.330 0.019 0.010 0.047 0.052 0.002 0.047 0.087 0.021 0.194 0.111 49 E 0.018 0.024 0.182 0.005 0.101 0.082 0.010 0.001 0.026 0.140 0.297 0.015 0.100 50 A 0.006 0.039 0.110 0.008 0.073 0.032 0.011 0.001 0.008 0.149 0.522 0.018 0.024 51 S 0.001 0.008 0.083 0.006 0.030 0.008 0.001 0.001 0.004 0.151 0.691 0.009 0.009 52 G 0.002 0.006 0.335 0.017 0.009 0.006 0.001 0.001 0.005 0.416 0.173 0.013 0.018 53 K 0.006 0.023 0.474 0.025 0.033 0.017 0.005 0.001 0.012 0.215 0.051 0.029 0.110 54 R 0.036 0.027 0.226 0.088 0.034 0.028 0.030 0.003 0.043 0.172 0.065 0.057 0.191 55 L 0.088 0.033 0.173 0.052 0.018 0.029 0.124 0.014 0.083 0.053 0.045 0.144 0.144 56 V 0.109 0.021 0.177 0.012 0.007 0.025 0.210 0.014 0.076 0.022 0.009 0.089 0.228 57 R 0.089 0.018 0.259 0.020 0.009 0.028 0.106 0.012 0.100 0.046 0.015 0.139 0.159 58 R 0.039 0.039 0.320 0.012 0.031 0.034 0.029 0.007 0.168 0.088 0.077 0.070 0.088 59 S 0.004 0.012 0.294 0.012 0.040 0.017 0.005 0.004 0.073 0.230 0.268 0.007 0.035 60 G 0.001 0.021 0.300 0.003 0.032 0.011 0.001 0.001 0.017 0.356 0.237 0.010 0.009 61 T 0.001 0.083 0.460 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.008 0.366 0.042 0.005 0.013 62 D 0.001 0.010 0.748 0.001 0.002 0.039 0.001 0.001 0.002 0.188 0.007 0.001 0.004 63 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.966 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.945 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 0.936 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.001 75 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.061 0.851 0.001 0.001 0.001 0.006 0.074 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.817 0.001 0.001 0.001 0.019 0.132 0.001 0.001 77 A 0.001 0.002 0.050 0.001 0.013 0.635 0.001 0.001 0.001 0.030 0.263 0.002 0.003 78 C 0.001 0.004 0.227 0.002 0.012 0.367 0.001 0.001 0.004 0.144 0.233 0.002 0.004 79 G 0.001 0.004 0.371 0.008 0.012 0.085 0.001 0.001 0.014 0.327 0.167 0.004 0.007 80 H 0.009 0.020 0.437 0.006 0.016 0.145 0.015 0.032 0.152 0.086 0.028 0.021 0.035 81 V 0.054 0.010 0.099 0.038 0.006 0.166 0.130 0.154 0.209 0.034 0.011 0.028 0.061 82 F 0.059 0.003 0.018 0.007 0.002 0.041 0.235 0.349 0.221 0.004 0.002 0.036 0.024 83 L 0.050 0.002 0.012 0.014 0.001 0.035 0.331 0.392 0.128 0.002 0.001 0.005 0.026 84 I 0.057 0.002 0.037 0.008 0.002 0.024 0.423 0.271 0.122 0.005 0.004 0.030 0.015 85 V 0.052 0.005 0.090 0.010 0.004 0.034 0.271 0.163 0.235 0.030 0.010 0.032 0.064 86 L 0.030 0.012 0.207 0.032 0.016 0.047 0.115 0.042 0.192 0.055 0.077 0.043 0.133 87 G 0.009 0.014 0.275 0.090 0.041 0.075 0.021 0.014 0.059 0.184 0.153 0.022 0.043 88 E 0.002 0.022 0.317 0.020 0.080 0.063 0.002 0.001 0.036 0.284 0.127 0.017 0.030 89 G 0.001 0.018 0.326 0.010 0.136 0.105 0.002 0.001 0.015 0.200 0.152 0.009 0.027 90 F 0.001 0.035 0.331 0.008 0.075 0.160 0.003 0.001 0.036 0.154 0.160 0.008 0.030 91 Y 0.001 0.012 0.499 0.004 0.018 0.136 0.002 0.001 0.039 0.177 0.029 0.064 0.018 92 P 0.002 0.027 0.353 0.008 0.018 0.340 0.009 0.002 0.032 0.064 0.057 0.006 0.082 93 I 0.011 0.022 0.059 0.002 0.021 0.763 0.013 0.003 0.016 0.029 0.022 0.021 0.017 94 N 0.007 0.009 0.065 0.002 0.024 0.788 0.010 0.003 0.019 0.020 0.021 0.008 0.023 95 V 0.003 0.004 0.028 0.001 0.033 0.820 0.005 0.003 0.017 0.018 0.058 0.002 0.009 96 L 0.003 0.002 0.023 0.002 0.035 0.828 0.002 0.001 0.008 0.030 0.057 0.005 0.006 97 H 0.002 0.003 0.030 0.001 0.044 0.801 0.001 0.001 0.009 0.018 0.081 0.005 0.005 98 A 0.001 0.003 0.027 0.001 0.033 0.824 0.001 0.001 0.001 0.021 0.081 0.002 0.004 99 V 0.001 0.005 0.019 0.002 0.066 0.794 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 0.001 0.005 100 K 0.002 0.004 0.028 0.002 0.059 0.572 0.001 0.001 0.001 0.037 0.283 0.006 0.004 101 A 0.001 0.002 0.063 0.001 0.022 0.544 0.001 0.001 0.001 0.078 0.284 0.001 0.005 102 C 0.001 0.008 0.444 0.001 0.016 0.201 0.001 0.001 0.001 0.246 0.071 0.006 0.007 103 P 0.001 0.003 0.248 0.001 0.050 0.293 0.001 0.001 0.001 0.115 0.281 0.002 0.007 104 E 0.002 0.010 0.141 0.003 0.057 0.300 0.001 0.001 0.004 0.180 0.287 0.007 0.010 105 V 0.030 0.038 0.114 0.004 0.063 0.393 0.008 0.007 0.066 0.059 0.056 0.032 0.130 106 V 0.195 0.005 0.105 0.201 0.021 0.196 0.021 0.015 0.036 0.053 0.034 0.057 0.060 107 R 0.504 0.003 0.046 0.007 0.017 0.074 0.030 0.012 0.040 0.021 0.019 0.105 0.123 108 I 0.531 0.003 0.022 0.009 0.005 0.058 0.056 0.024 0.040 0.010 0.005 0.021 0.214 109 Y 0.434 0.003 0.053 0.051 0.004 0.081 0.066 0.019 0.039 0.013 0.013 0.157 0.067 110 A 0.491 0.004 0.057 0.008 0.004 0.051 0.041 0.013 0.034 0.015 0.038 0.080 0.163 111 A 0.264 0.009 0.153 0.016 0.012 0.118 0.010 0.011 0.014 0.084 0.108 0.039 0.162 112 T 0.059 0.057 0.299 0.010 0.021 0.052 0.004 0.001 0.009 0.141 0.187 0.081 0.079 113 A 0.003 0.032 0.336 0.001 0.010 0.011 0.001 0.001 0.003 0.412 0.145 0.011 0.036 114 N 0.001 0.007 0.587 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.339 0.048 0.001 0.009 115 P 0.001 0.002 0.041 0.001 0.101 0.039 0.001 0.001 0.001 0.111 0.700 0.002 0.003 116 L 0.017 0.002 0.063 0.007 0.078 0.043 0.001 0.001 0.001 0.167 0.599 0.011 0.012 117 K 0.241 0.005 0.156 0.006 0.042 0.041 0.009 0.002 0.005 0.130 0.049 0.073 0.241 118 V 0.662 0.005 0.066 0.011 0.001 0.016 0.021 0.006 0.011 0.007 0.002 0.025 0.167 119 V 0.809 0.001 0.011 0.015 0.001 0.007 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.058 0.073 120 V 0.812 0.001 0.007 0.010 0.001 0.006 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.065 0.071 121 A 0.793 0.001 0.008 0.006 0.001 0.010 0.013 0.005 0.003 0.002 0.003 0.032 0.122 122 E 0.601 0.009 0.044 0.007 0.002 0.014 0.010 0.001 0.003 0.017 0.011 0.106 0.174 123 E 0.071 0.011 0.333 0.003 0.006 0.018 0.002 0.001 0.003 0.101 0.072 0.089 0.292 124 G 0.008 0.004 0.079 0.007 0.016 0.012 0.001 0.001 0.001 0.307 0.510 0.020 0.036 125 E 0.011 0.005 0.062 0.024 0.015 0.013 0.001 0.001 0.001 0.265 0.546 0.018 0.042 126 Q 0.076 0.005 0.153 0.014 0.011 0.008 0.002 0.001 0.002 0.277 0.137 0.250 0.064 127 R 0.177 0.016 0.216 0.025 0.003 0.010 0.012 0.005 0.015 0.068 0.020 0.029 0.403 128 A 0.305 0.010 0.078 0.078 0.002 0.009 0.053 0.013 0.024 0.023 0.004 0.221 0.181 129 I 0.495 0.007 0.028 0.025 0.001 0.009 0.113 0.042 0.023 0.005 0.002 0.080 0.170 130 L 0.513 0.004 0.020 0.047 0.002 0.012 0.164 0.045 0.016 0.008 0.003 0.082 0.084 131 G 0.475 0.003 0.026 0.010 0.002 0.011 0.215 0.047 0.019 0.011 0.005 0.069 0.106 132 V 0.301 0.011 0.091 0.009 0.003 0.014 0.108 0.077 0.072 0.039 0.007 0.125 0.144 133 M 0.105 0.022 0.248 0.007 0.006 0.016 0.032 0.046 0.126 0.062 0.027 0.100 0.204 134 D 0.027 0.031 0.369 0.039 0.017 0.020 0.006 0.017 0.112 0.171 0.080 0.026 0.085 135 G 0.003 0.030 0.274 0.025 0.040 0.018 0.001 0.001 0.037 0.349 0.197 0.011 0.013 136 F 0.001 0.043 0.321 0.002 0.047 0.022 0.001 0.001 0.013 0.274 0.259 0.005 0.011 137 T 0.001 0.041 0.422 0.001 0.031 0.018 0.001 0.001 0.012 0.359 0.098 0.008 0.008 138 P 0.001 0.012 0.251 0.001 0.091 0.048 0.001 0.001 0.007 0.216 0.360 0.003 0.010 139 L 0.001 0.022 0.165 0.003 0.069 0.036 0.001 0.001 0.005 0.220 0.469 0.002 0.007 140 G 0.002 0.024 0.420 0.003 0.063 0.021 0.001 0.001 0.008 0.192 0.235 0.016 0.015 141 V 0.005 0.074 0.433 0.005 0.028 0.024 0.003 0.001 0.012 0.215 0.080 0.013 0.107 142 E 0.003 0.089 0.415 0.001 0.007 0.029 0.001 0.001 0.009 0.244 0.030 0.150 0.021 143 D 0.001 0.028 0.638 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 0.004 0.168 0.012 0.001 0.077 144 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 148 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 149 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 150 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 151 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 152 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 153 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 157 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.776 0.001 0.001 0.001 0.008 0.200 0.001 0.001 158 G 0.001 0.001 0.070 0.001 0.021 0.319 0.001 0.001 0.002 0.042 0.545 0.001 0.001 159 Y 0.002 0.025 0.311 0.001 0.073 0.317 0.002 0.001 0.010 0.091 0.151 0.007 0.011 160 K 0.003 0.091 0.390 0.001 0.030 0.230 0.005 0.001 0.038 0.036 0.099 0.011 0.066 161 L 0.001 0.005 0.883 0.002 0.004 0.063 0.001 0.001 0.004 0.017 0.007 0.003 0.012