# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.79634 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.048 0.052 0.068 0.068 0.093 0.135 0.127 0.139 0.119 0.090 2 E 0.118 0.209 0.133 0.273 0.153 0.064 0.033 0.009 0.005 0.002 0.001 3 L 0.008 0.006 0.008 0.015 0.023 0.036 0.100 0.157 0.241 0.226 0.181 4 K 0.121 0.175 0.124 0.283 0.170 0.072 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 5 L 0.051 0.091 0.074 0.189 0.176 0.143 0.138 0.065 0.041 0.020 0.011 6 I 0.005 0.006 0.005 0.019 0.035 0.065 0.156 0.165 0.204 0.187 0.153 7 P 0.209 0.305 0.126 0.222 0.090 0.029 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 8 I 0.005 0.003 0.002 0.007 0.011 0.018 0.083 0.130 0.237 0.252 0.253 9 E 0.258 0.325 0.099 0.185 0.077 0.031 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 10 K 0.109 0.209 0.046 0.195 0.142 0.121 0.096 0.040 0.023 0.013 0.007 11 P 0.115 0.077 0.031 0.090 0.101 0.124 0.138 0.097 0.094 0.070 0.063 12 E 0.496 0.195 0.076 0.127 0.058 0.025 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 13 N 0.287 0.240 0.097 0.210 0.098 0.037 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 14 L 0.014 0.018 0.013 0.050 0.076 0.108 0.182 0.174 0.163 0.117 0.085 15 N 0.043 0.123 0.091 0.278 0.213 0.146 0.073 0.019 0.008 0.003 0.002 16 V 0.001 0.004 0.005 0.018 0.027 0.051 0.157 0.198 0.237 0.190 0.111 17 I 0.005 0.007 0.009 0.030 0.039 0.067 0.168 0.182 0.193 0.164 0.137 18 L 0.005 0.012 0.012 0.037 0.042 0.051 0.139 0.160 0.204 0.180 0.158 19 G 0.019 0.027 0.023 0.083 0.083 0.100 0.171 0.150 0.151 0.116 0.076 20 Q 0.023 0.047 0.043 0.141 0.146 0.133 0.170 0.115 0.092 0.058 0.032 21 A 0.052 0.051 0.048 0.100 0.105 0.107 0.167 0.127 0.114 0.074 0.054 22 H 0.036 0.048 0.044 0.129 0.137 0.152 0.200 0.112 0.079 0.043 0.019 23 F 0.020 0.028 0.028 0.057 0.060 0.069 0.172 0.163 0.173 0.143 0.088 24 I 0.016 0.018 0.035 0.058 0.062 0.087 0.157 0.147 0.180 0.140 0.100 25 K 0.031 0.052 0.082 0.164 0.191 0.172 0.158 0.075 0.042 0.022 0.011 26 T 0.011 0.084 0.054 0.113 0.087 0.090 0.158 0.144 0.126 0.092 0.042 27 V 0.016 0.017 0.026 0.047 0.072 0.104 0.216 0.164 0.161 0.108 0.069 28 E 0.399 0.178 0.189 0.141 0.054 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 29 D 0.014 0.059 0.060 0.187 0.189 0.175 0.183 0.075 0.035 0.016 0.007 30 L 0.002 0.004 0.009 0.013 0.015 0.021 0.066 0.113 0.225 0.266 0.265 31 H 0.013 0.015 0.033 0.087 0.162 0.242 0.284 0.091 0.049 0.016 0.007 32 E 0.030 0.056 0.384 0.298 0.122 0.064 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 33 A 0.003 0.006 0.013 0.025 0.041 0.086 0.219 0.195 0.176 0.145 0.093 34 L 0.005 0.005 0.018 0.017 0.013 0.020 0.076 0.128 0.210 0.243 0.264 35 V 0.007 0.025 0.122 0.129 0.183 0.169 0.172 0.087 0.055 0.033 0.019 36 T 0.055 0.100 0.191 0.188 0.136 0.122 0.102 0.045 0.030 0.019 0.011 37 A 0.051 0.056 0.029 0.088 0.103 0.112 0.185 0.137 0.110 0.078 0.051 38 V 0.065 0.065 0.027 0.074 0.078 0.098 0.148 0.114 0.119 0.099 0.112 39 P 0.192 0.119 0.069 0.142 0.115 0.105 0.112 0.055 0.044 0.029 0.018 40 G 0.366 0.161 0.068 0.139 0.100 0.067 0.052 0.020 0.013 0.007 0.004 41 I 0.018 0.016 0.014 0.036 0.039 0.045 0.110 0.147 0.186 0.192 0.196 42 R 0.016 0.053 0.058 0.154 0.177 0.207 0.165 0.073 0.052 0.028 0.019 43 F 0.005 0.007 0.009 0.018 0.021 0.034 0.126 0.180 0.227 0.209 0.162 44 G 0.017 0.014 0.015 0.042 0.054 0.083 0.163 0.166 0.158 0.147 0.143 45 L 0.005 0.007 0.009 0.016 0.016 0.023 0.071 0.115 0.224 0.258 0.256 46 A 0.005 0.010 0.010 0.038 0.044 0.056 0.131 0.156 0.199 0.184 0.167 47 F 0.006 0.011 0.016 0.032 0.040 0.055 0.129 0.143 0.195 0.199 0.172 48 S 0.028 0.038 0.039 0.115 0.136 0.131 0.169 0.128 0.106 0.066 0.044 49 E 0.019 0.031 0.022 0.067 0.077 0.118 0.199 0.152 0.146 0.099 0.069 50 A 0.018 0.011 0.013 0.023 0.031 0.048 0.108 0.121 0.181 0.210 0.235 51 S 0.108 0.197 0.075 0.206 0.146 0.099 0.093 0.036 0.023 0.011 0.007 52 G 0.213 0.122 0.051 0.142 0.124 0.100 0.100 0.061 0.043 0.027 0.018 53 K 0.332 0.263 0.096 0.175 0.074 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 54 R 0.011 0.044 0.030 0.156 0.194 0.236 0.203 0.069 0.033 0.016 0.008 55 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.013 0.051 0.116 0.224 0.286 0.297 56 V 0.003 0.009 0.010 0.041 0.073 0.109 0.246 0.176 0.158 0.104 0.070 57 R 0.003 0.013 0.028 0.073 0.089 0.094 0.174 0.158 0.175 0.116 0.078 58 R 0.019 0.022 0.021 0.097 0.129 0.174 0.242 0.133 0.083 0.054 0.025 59 S 0.175 0.148 0.056 0.187 0.138 0.091 0.115 0.047 0.027 0.012 0.004 60 G 0.121 0.065 0.028 0.073 0.085 0.089 0.155 0.133 0.111 0.091 0.049 61 T 0.051 0.603 0.079 0.128 0.060 0.037 0.022 0.008 0.005 0.004 0.003 62 D 0.016 0.056 0.026 0.115 0.210 0.223 0.203 0.083 0.043 0.017 0.007 63 E 0.884 0.082 0.015 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.152 0.144 0.141 0.364 0.138 0.045 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.021 0.094 0.161 0.255 0.259 0.192 66 V 0.001 0.002 0.024 0.064 0.139 0.300 0.311 0.100 0.040 0.014 0.005 67 E 0.008 0.029 0.826 0.109 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.003 0.018 0.036 0.081 0.228 0.406 0.139 0.053 0.025 0.010 69 A 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.035 0.088 0.216 0.312 0.336 70 V 0.001 0.004 0.090 0.098 0.200 0.271 0.235 0.063 0.025 0.011 0.005 71 K 0.013 0.031 0.720 0.162 0.053 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.002 0.005 0.014 0.022 0.050 0.136 0.390 0.177 0.114 0.059 0.030 73 L 0.004 0.003 0.013 0.009 0.008 0.013 0.059 0.107 0.210 0.260 0.313 74 L 0.011 0.023 0.183 0.154 0.196 0.174 0.158 0.055 0.025 0.014 0.008 75 N 0.021 0.065 0.411 0.187 0.128 0.099 0.058 0.016 0.009 0.004 0.002 76 L 0.004 0.004 0.007 0.010 0.014 0.029 0.136 0.155 0.212 0.236 0.194 77 A 0.085 0.059 0.050 0.092 0.099 0.125 0.187 0.097 0.093 0.063 0.052 78 C 0.021 0.024 0.054 0.054 0.049 0.059 0.159 0.132 0.165 0.156 0.127 79 G 0.037 0.037 0.041 0.101 0.121 0.138 0.196 0.118 0.106 0.068 0.036 80 H 0.008 0.011 0.018 0.032 0.037 0.057 0.188 0.169 0.197 0.174 0.107 81 V 0.003 0.005 0.020 0.027 0.037 0.066 0.155 0.160 0.189 0.184 0.154 82 F 0.002 0.003 0.012 0.008 0.007 0.011 0.072 0.143 0.241 0.286 0.215 83 L 0.001 0.003 0.014 0.017 0.016 0.027 0.088 0.158 0.221 0.254 0.201 84 I 0.001 0.002 0.013 0.006 0.007 0.012 0.059 0.117 0.251 0.289 0.243 85 V 0.002 0.003 0.015 0.031 0.040 0.057 0.175 0.208 0.241 0.149 0.079 86 L 0.002 0.005 0.014 0.024 0.025 0.043 0.138 0.164 0.261 0.200 0.125 87 G 0.035 0.041 0.045 0.158 0.189 0.185 0.195 0.083 0.048 0.016 0.006 88 E 0.218 0.187 0.082 0.188 0.126 0.090 0.067 0.025 0.011 0.004 0.001 89 G 0.112 0.095 0.046 0.139 0.137 0.095 0.117 0.097 0.084 0.053 0.025 90 F 0.053 0.079 0.029 0.135 0.160 0.171 0.161 0.092 0.064 0.035 0.021 91 Y 0.005 0.014 0.010 0.029 0.050 0.080 0.182 0.192 0.203 0.148 0.087 92 P 0.011 0.025 0.019 0.048 0.056 0.086 0.188 0.174 0.176 0.132 0.084 93 I 0.033 0.020 0.023 0.042 0.042 0.055 0.127 0.141 0.184 0.186 0.149 94 N 0.013 0.025 0.044 0.102 0.111 0.122 0.178 0.135 0.123 0.085 0.062 95 V 0.001 0.005 0.017 0.020 0.016 0.019 0.074 0.130 0.215 0.259 0.244 96 L 0.001 0.002 0.016 0.019 0.027 0.043 0.121 0.141 0.205 0.213 0.214 97 H 0.024 0.031 0.224 0.190 0.162 0.141 0.141 0.044 0.026 0.011 0.006 98 A 0.002 0.010 0.048 0.079 0.127 0.189 0.303 0.128 0.067 0.033 0.014 99 V 0.001 0.002 0.008 0.006 0.005 0.008 0.042 0.074 0.188 0.298 0.366 100 K 0.024 0.029 0.065 0.160 0.197 0.189 0.203 0.074 0.035 0.015 0.008 101 A 0.072 0.154 0.350 0.208 0.106 0.059 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 102 C 0.005 0.015 0.009 0.038 0.067 0.127 0.282 0.180 0.131 0.095 0.051 103 P 0.541 0.171 0.048 0.096 0.059 0.037 0.029 0.009 0.006 0.003 0.002 104 E 0.297 0.125 0.105 0.163 0.118 0.083 0.072 0.021 0.010 0.004 0.002 105 V 0.014 0.025 0.039 0.085 0.084 0.115 0.196 0.146 0.136 0.099 0.060 106 V 0.011 0.014 0.035 0.042 0.044 0.063 0.172 0.184 0.193 0.149 0.092 107 R 0.021 0.053 0.168 0.255 0.217 0.151 0.082 0.030 0.015 0.007 0.003 108 I 0.006 0.009 0.050 0.025 0.021 0.029 0.096 0.142 0.222 0.231 0.167 109 Y 0.011 0.019 0.049 0.093 0.102 0.111 0.213 0.154 0.136 0.073 0.039 110 A 0.015 0.026 0.066 0.046 0.037 0.055 0.166 0.135 0.163 0.160 0.131 111 A 0.013 0.017 0.083 0.070 0.067 0.073 0.124 0.131 0.168 0.146 0.109 112 T 0.028 0.053 0.092 0.112 0.085 0.097 0.161 0.119 0.115 0.082 0.057 113 A 0.044 0.033 0.061 0.066 0.065 0.073 0.133 0.128 0.153 0.133 0.110 114 N 0.046 0.055 0.065 0.118 0.106 0.127 0.176 0.110 0.099 0.063 0.036 115 P 0.069 0.084 0.085 0.135 0.116 0.096 0.133 0.090 0.088 0.063 0.041 116 L 0.009 0.011 0.015 0.035 0.040 0.057 0.137 0.151 0.210 0.189 0.147 117 K 0.032 0.089 0.076 0.230 0.194 0.163 0.131 0.043 0.023 0.012 0.006 118 V 0.001 0.003 0.005 0.015 0.018 0.032 0.104 0.171 0.243 0.229 0.180 119 V 0.002 0.004 0.006 0.019 0.031 0.056 0.158 0.182 0.217 0.188 0.136 120 V 0.001 0.007 0.008 0.035 0.048 0.056 0.140 0.162 0.217 0.185 0.143 121 A 0.001 0.003 0.005 0.025 0.042 0.062 0.153 0.175 0.237 0.172 0.126 122 E 0.087 0.100 0.062 0.237 0.189 0.136 0.114 0.043 0.021 0.007 0.003 123 E 0.190 0.202 0.064 0.205 0.121 0.088 0.077 0.030 0.015 0.006 0.002 124 G 0.252 0.182 0.060 0.145 0.089 0.074 0.068 0.042 0.036 0.028 0.025 125 E 0.200 0.211 0.090 0.198 0.131 0.076 0.056 0.020 0.010 0.005 0.003 126 Q 0.149 0.139 0.089 0.179 0.147 0.110 0.098 0.044 0.026 0.012 0.008 127 R 0.010 0.037 0.026 0.148 0.177 0.182 0.180 0.114 0.067 0.038 0.020 128 A 0.003 0.004 0.004 0.016 0.038 0.077 0.195 0.213 0.207 0.147 0.095 129 I 0.001 0.002 0.004 0.010 0.017 0.035 0.118 0.170 0.234 0.211 0.198 130 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.022 0.087 0.161 0.228 0.267 0.219 131 G 0.001 0.002 0.003 0.010 0.015 0.030 0.098 0.183 0.237 0.215 0.206 132 V 0.003 0.003 0.003 0.008 0.009 0.018 0.074 0.135 0.214 0.267 0.266 133 M 0.002 0.003 0.004 0.015 0.023 0.038 0.099 0.162 0.232 0.222 0.199 134 D 0.012 0.038 0.024 0.085 0.102 0.109 0.174 0.151 0.130 0.093 0.081 135 G 0.178 0.110 0.064 0.161 0.129 0.097 0.093 0.059 0.046 0.036 0.027 136 F 0.047 0.049 0.021 0.093 0.128 0.126 0.179 0.127 0.109 0.070 0.050 137 T 0.200 0.168 0.052 0.144 0.118 0.089 0.082 0.052 0.046 0.029 0.020 138 P 0.154 0.058 0.027 0.077 0.077 0.093 0.133 0.098 0.104 0.091 0.087 139 L 0.079 0.114 0.039 0.131 0.138 0.128 0.174 0.082 0.060 0.035 0.019 140 G 0.305 0.199 0.061 0.121 0.090 0.075 0.066 0.034 0.023 0.016 0.009 141 V 0.050 0.030 0.029 0.066 0.064 0.072 0.136 0.120 0.144 0.153 0.137 142 E 0.070 0.094 0.085 0.095 0.104 0.123 0.201 0.102 0.067 0.036 0.021 143 D 0.101 0.309 0.212 0.255 0.081 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 144 E 0.498 0.150 0.145 0.108 0.049 0.027 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 145 A 0.683 0.089 0.165 0.041 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.036 0.066 0.358 0.167 0.074 0.104 0.142 0.036 0.012 0.004 0.001 147 V 0.006 0.019 0.262 0.156 0.154 0.190 0.153 0.040 0.013 0.005 0.001 148 A 0.041 0.028 0.846 0.047 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 149 W 0.003 0.020 0.434 0.243 0.166 0.085 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 150 R 0.001 0.006 0.140 0.015 0.023 0.055 0.230 0.179 0.176 0.121 0.054 151 K 0.002 0.007 0.383 0.220 0.212 0.112 0.052 0.009 0.003 0.001 0.001 152 D 0.017 0.035 0.877 0.051 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.001 0.006 0.142 0.070 0.084 0.130 0.292 0.133 0.088 0.040 0.014 154 L 0.001 0.001 0.068 0.007 0.010 0.020 0.152 0.178 0.239 0.201 0.122 155 R 0.001 0.008 0.583 0.213 0.124 0.046 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 156 R 0.004 0.026 0.515 0.148 0.140 0.103 0.048 0.010 0.004 0.002 0.001 157 L 0.003 0.005 0.010 0.012 0.018 0.040 0.176 0.187 0.236 0.198 0.116 158 G 0.115 0.122 0.105 0.124 0.107 0.101 0.152 0.076 0.053 0.030 0.015 159 Y 0.044 0.072 0.192 0.128 0.108 0.096 0.115 0.081 0.074 0.057 0.034 160 K 0.098 0.191 0.152 0.207 0.148 0.083 0.066 0.027 0.016 0.008 0.004 161 L 0.108 0.059 0.029 0.063 0.072 0.080 0.139 0.123 0.140 0.108 0.079