# TARGET T0271 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 2 E 0.624 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.358 3 L 0.856 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.132 4 K 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 5 L 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 6 I 0.933 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.064 7 P 0.909 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.081 8 I 0.707 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.272 9 E 0.415 0.017 0.002 0.001 0.091 0.008 0.467 10 K 0.189 0.030 0.003 0.002 0.177 0.012 0.586 11 P 0.041 0.011 0.024 0.005 0.101 0.047 0.770 12 E 0.005 0.001 0.104 0.013 0.133 0.702 0.040 13 N 0.010 0.003 0.144 0.020 0.122 0.652 0.048 14 L 0.074 0.016 0.085 0.051 0.210 0.136 0.428 15 N 0.381 0.028 0.013 0.039 0.112 0.057 0.369 16 V 0.823 0.009 0.005 0.045 0.030 0.020 0.067 17 I 0.901 0.012 0.002 0.041 0.004 0.016 0.025 18 L 0.816 0.006 0.004 0.067 0.014 0.039 0.053 19 G 0.595 0.007 0.010 0.073 0.093 0.101 0.120 20 Q 0.201 0.004 0.048 0.295 0.144 0.113 0.195 21 A 0.075 0.005 0.110 0.509 0.100 0.122 0.081 22 H 0.056 0.009 0.116 0.643 0.048 0.091 0.037 23 F 0.038 0.008 0.074 0.778 0.017 0.057 0.028 24 I 0.021 0.003 0.035 0.856 0.021 0.036 0.028 25 K 0.033 0.003 0.045 0.788 0.032 0.063 0.035 26 T 0.042 0.005 0.031 0.738 0.026 0.080 0.079 27 V 0.002 0.001 0.036 0.926 0.007 0.022 0.006 28 E 0.002 0.001 0.019 0.933 0.017 0.018 0.011 29 D 0.001 0.001 0.008 0.960 0.005 0.020 0.006 30 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.008 0.002 31 H 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.011 0.002 32 E 0.002 0.001 0.002 0.981 0.003 0.007 0.004 33 A 0.002 0.001 0.004 0.982 0.002 0.005 0.004 34 L 0.008 0.001 0.006 0.961 0.004 0.015 0.004 35 V 0.009 0.001 0.008 0.872 0.005 0.097 0.008 36 T 0.016 0.002 0.006 0.698 0.019 0.232 0.027 37 A 0.025 0.022 0.011 0.471 0.060 0.212 0.198 38 V 0.023 0.008 0.015 0.083 0.192 0.060 0.618 39 P 0.003 0.001 0.020 0.019 0.123 0.805 0.028 40 G 0.008 0.002 0.012 0.002 0.055 0.882 0.040 41 I 0.218 0.009 0.002 0.002 0.055 0.011 0.704 42 R 0.838 0.007 0.001 0.001 0.073 0.005 0.076 43 F 0.984 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 44 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 45 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 46 A 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 47 F 0.901 0.008 0.002 0.001 0.020 0.003 0.064 48 S 0.734 0.012 0.003 0.003 0.039 0.007 0.202 49 E 0.319 0.015 0.018 0.004 0.097 0.119 0.427 50 A 0.207 0.046 0.012 0.003 0.236 0.120 0.377 51 S 0.065 0.028 0.008 0.001 0.513 0.080 0.304 52 G 0.035 0.010 0.012 0.002 0.588 0.080 0.273 53 K 0.086 0.009 0.092 0.026 0.247 0.144 0.396 54 R 0.463 0.015 0.049 0.026 0.143 0.050 0.253 55 L 0.861 0.017 0.014 0.018 0.023 0.010 0.057 56 V 0.916 0.012 0.005 0.015 0.007 0.005 0.040 57 R 0.879 0.013 0.004 0.011 0.011 0.005 0.077 58 R 0.576 0.009 0.017 0.016 0.056 0.038 0.288 59 S 0.196 0.007 0.029 0.021 0.243 0.206 0.298 60 G 0.051 0.019 0.056 0.022 0.333 0.304 0.215 61 T 0.015 0.023 0.016 0.018 0.463 0.063 0.403 62 D 0.006 0.006 0.008 0.076 0.144 0.021 0.739 63 E 0.001 0.001 0.020 0.957 0.005 0.016 0.002 64 A 0.001 0.001 0.005 0.981 0.002 0.012 0.001 65 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.005 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.008 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.973 0.001 0.023 0.002 73 L 0.001 0.001 0.004 0.969 0.003 0.017 0.007 74 L 0.001 0.001 0.032 0.914 0.002 0.049 0.002 75 N 0.001 0.001 0.053 0.712 0.008 0.223 0.003 76 L 0.001 0.002 0.046 0.749 0.014 0.173 0.014 77 A 0.008 0.015 0.025 0.574 0.075 0.230 0.073 78 C 0.012 0.002 0.045 0.412 0.065 0.396 0.068 79 G 0.035 0.005 0.043 0.225 0.162 0.431 0.098 80 H 0.205 0.015 0.031 0.316 0.072 0.115 0.246 81 V 0.499 0.010 0.013 0.247 0.054 0.077 0.100 82 F 0.596 0.004 0.014 0.287 0.025 0.029 0.046 83 L 0.773 0.002 0.014 0.162 0.010 0.012 0.028 84 I 0.803 0.004 0.012 0.144 0.005 0.009 0.024 85 V 0.783 0.008 0.018 0.123 0.007 0.025 0.035 86 L 0.568 0.010 0.033 0.148 0.035 0.077 0.130 87 G 0.289 0.008 0.085 0.081 0.189 0.191 0.158 88 E 0.072 0.003 0.088 0.044 0.213 0.471 0.109 89 G 0.096 0.017 0.072 0.046 0.162 0.367 0.241 90 F 0.118 0.035 0.029 0.050 0.226 0.130 0.411 91 Y 0.206 0.020 0.016 0.108 0.233 0.049 0.370 92 P 0.086 0.008 0.040 0.684 0.039 0.026 0.117 93 I 0.047 0.009 0.045 0.807 0.017 0.016 0.058 94 N 0.048 0.003 0.060 0.768 0.018 0.046 0.057 95 V 0.044 0.005 0.065 0.714 0.023 0.082 0.066 96 L 0.030 0.003 0.072 0.746 0.037 0.065 0.046 97 H 0.037 0.001 0.091 0.714 0.057 0.060 0.040 98 A 0.040 0.002 0.091 0.716 0.046 0.056 0.048 99 V 0.052 0.019 0.099 0.641 0.044 0.089 0.056 100 K 0.091 0.008 0.048 0.410 0.089 0.257 0.097 101 A 0.054 0.012 0.018 0.239 0.173 0.359 0.145 102 C 0.035 0.007 0.008 0.066 0.278 0.039 0.568 103 P 0.024 0.006 0.094 0.198 0.216 0.165 0.297 104 E 0.067 0.014 0.134 0.265 0.171 0.209 0.140 105 V 0.344 0.013 0.076 0.212 0.040 0.100 0.215 106 V 0.523 0.003 0.011 0.177 0.063 0.020 0.202 107 R 0.754 0.002 0.006 0.127 0.052 0.010 0.049 108 I 0.704 0.010 0.009 0.224 0.007 0.010 0.036 109 Y 0.483 0.002 0.007 0.452 0.007 0.011 0.037 110 A 0.517 0.003 0.019 0.330 0.022 0.045 0.064 111 A 0.302 0.004 0.037 0.249 0.067 0.238 0.104 112 T 0.118 0.012 0.057 0.178 0.132 0.364 0.139 113 A 0.044 0.017 0.043 0.056 0.411 0.170 0.259 114 N 0.043 0.009 0.015 0.007 0.424 0.050 0.453 115 P 0.134 0.006 0.032 0.006 0.223 0.173 0.427 116 L 0.617 0.006 0.006 0.003 0.076 0.038 0.254 117 K 0.917 0.002 0.002 0.001 0.037 0.002 0.038 118 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 119 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 120 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 121 A 0.910 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.082 122 E 0.814 0.012 0.001 0.001 0.040 0.006 0.127 123 E 0.313 0.007 0.010 0.002 0.106 0.056 0.506 124 G 0.043 0.007 0.023 0.003 0.231 0.618 0.075 125 E 0.078 0.006 0.023 0.011 0.245 0.555 0.083 126 Q 0.226 0.006 0.009 0.005 0.413 0.096 0.246 127 R 0.563 0.015 0.003 0.003 0.072 0.016 0.328 128 A 0.922 0.016 0.002 0.002 0.012 0.007 0.039 129 I 0.955 0.004 0.002 0.004 0.006 0.005 0.024 130 L 0.937 0.002 0.004 0.003 0.009 0.007 0.038 131 G 0.873 0.008 0.006 0.006 0.025 0.012 0.071 132 V 0.786 0.029 0.008 0.008 0.037 0.013 0.119 133 M 0.523 0.029 0.020 0.011 0.079 0.045 0.292 134 D 0.139 0.020 0.032 0.013 0.201 0.410 0.185 135 G 0.031 0.016 0.027 0.006 0.235 0.543 0.143 136 F 0.032 0.101 0.021 0.011 0.311 0.105 0.418 137 T 0.015 0.035 0.024 0.009 0.287 0.111 0.519 138 P 0.009 0.025 0.035 0.013 0.256 0.282 0.379 139 L 0.012 0.019 0.048 0.013 0.194 0.414 0.300 140 G 0.029 0.025 0.039 0.015 0.278 0.250 0.364 141 V 0.039 0.063 0.015 0.013 0.261 0.055 0.555 142 E 0.012 0.040 0.003 0.007 0.126 0.014 0.798 143 D 0.002 0.004 0.001 0.006 0.040 0.001 0.947 144 E 0.001 0.001 0.008 0.963 0.005 0.014 0.009 145 A 0.001 0.001 0.008 0.967 0.004 0.014 0.006 146 E 0.001 0.001 0.010 0.967 0.002 0.012 0.009 147 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.005 0.003 148 A 0.001 0.001 0.001 0.973 0.005 0.014 0.007 149 W 0.001 0.001 0.001 0.958 0.003 0.032 0.005 150 R 0.001 0.001 0.001 0.952 0.008 0.021 0.017 151 K 0.001 0.001 0.002 0.978 0.004 0.011 0.004 152 D 0.001 0.001 0.001 0.973 0.004 0.018 0.004 153 L 0.001 0.001 0.001 0.967 0.004 0.021 0.007 154 L 0.001 0.001 0.002 0.965 0.007 0.013 0.012 155 R 0.002 0.001 0.020 0.927 0.007 0.031 0.013 156 R 0.003 0.001 0.017 0.895 0.013 0.062 0.009 157 L 0.004 0.001 0.030 0.739 0.021 0.180 0.025 158 G 0.014 0.004 0.023 0.387 0.065 0.440 0.067 159 Y 0.066 0.009 0.024 0.159 0.178 0.171 0.394 160 K 0.082 0.036 0.025 0.103 0.006 0.097 0.651 161 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998