# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.79634 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.051 0.485 0.245 0.040 0.113 0.016 0.016 0.003 0.027 0.002 0.001 2 E 0.040 0.424 0.395 0.017 0.015 0.072 0.009 0.001 0.026 0.001 0.001 3 L 0.032 0.487 0.397 0.007 0.020 0.036 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 4 K 0.098 0.582 0.144 0.059 0.053 0.028 0.005 0.001 0.029 0.001 0.001 5 L 0.021 0.444 0.449 0.014 0.024 0.029 0.003 0.001 0.013 0.001 0.002 6 I 0.003 0.766 0.110 0.001 0.023 0.015 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 7 P 0.009 0.095 0.768 0.002 0.001 0.112 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 8 I 0.025 0.579 0.287 0.010 0.026 0.045 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 9 E 0.220 0.218 0.358 0.097 0.012 0.068 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 10 K 0.011 0.392 0.392 0.003 0.084 0.012 0.011 0.001 0.092 0.003 0.001 11 P 0.112 0.013 0.755 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.071 12 E 0.587 0.069 0.151 0.112 0.037 0.011 0.008 0.012 0.006 0.008 0.001 13 N 0.157 0.129 0.113 0.329 0.091 0.039 0.078 0.031 0.025 0.008 0.001 14 L 0.063 0.487 0.277 0.053 0.059 0.025 0.008 0.002 0.025 0.001 0.001 15 N 0.171 0.251 0.201 0.148 0.051 0.088 0.053 0.002 0.031 0.002 0.002 16 V 0.013 0.818 0.105 0.003 0.041 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 17 I 0.026 0.686 0.163 0.003 0.006 0.065 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 18 L 0.026 0.461 0.259 0.022 0.012 0.078 0.006 0.001 0.135 0.001 0.001 19 G 0.045 0.042 0.114 0.015 0.300 0.016 0.054 0.142 0.006 0.263 0.002 20 Q 0.300 0.271 0.203 0.080 0.055 0.040 0.013 0.003 0.028 0.006 0.002 21 A 0.445 0.083 0.296 0.075 0.025 0.029 0.016 0.009 0.005 0.012 0.004 22 H 0.325 0.149 0.116 0.179 0.068 0.032 0.093 0.013 0.022 0.003 0.001 23 F 0.303 0.192 0.151 0.132 0.051 0.042 0.082 0.015 0.022 0.008 0.001 24 I 0.192 0.447 0.244 0.021 0.029 0.042 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 25 K 0.650 0.108 0.126 0.061 0.016 0.023 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 26 T 0.221 0.296 0.235 0.045 0.070 0.076 0.008 0.003 0.042 0.003 0.001 27 V 0.905 0.034 0.016 0.025 0.004 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 E 0.971 0.003 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.770 0.011 0.014 0.159 0.009 0.015 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 30 L 0.967 0.002 0.003 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 H 0.986 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.982 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.981 0.002 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.940 0.010 0.010 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 V 0.830 0.031 0.017 0.108 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 36 T 0.670 0.072 0.044 0.174 0.019 0.006 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 37 A 0.485 0.072 0.108 0.251 0.024 0.019 0.018 0.006 0.010 0.005 0.001 38 V 0.048 0.326 0.185 0.004 0.018 0.018 0.012 0.001 0.388 0.001 0.001 39 P 0.170 0.001 0.771 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 40 G 0.099 0.010 0.037 0.081 0.039 0.005 0.071 0.623 0.003 0.031 0.001 41 I 0.053 0.388 0.472 0.011 0.032 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 42 R 0.237 0.428 0.224 0.052 0.014 0.030 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 43 F 0.063 0.677 0.091 0.033 0.108 0.011 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 44 G 0.054 0.562 0.116 0.010 0.202 0.015 0.007 0.004 0.024 0.006 0.001 45 L 0.090 0.611 0.187 0.012 0.062 0.021 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 46 A 0.126 0.428 0.294 0.017 0.049 0.063 0.002 0.002 0.017 0.002 0.001 47 F 0.309 0.350 0.091 0.088 0.096 0.032 0.005 0.002 0.025 0.003 0.001 48 S 0.559 0.160 0.124 0.049 0.059 0.025 0.008 0.002 0.008 0.004 0.001 49 E 0.497 0.129 0.092 0.169 0.041 0.035 0.015 0.003 0.019 0.001 0.001 50 A 0.533 0.087 0.216 0.086 0.029 0.020 0.011 0.004 0.010 0.002 0.001 51 S 0.251 0.068 0.109 0.497 0.029 0.009 0.018 0.006 0.010 0.003 0.001 52 G 0.108 0.016 0.145 0.029 0.071 0.005 0.068 0.251 0.006 0.300 0.001 53 K 0.526 0.068 0.241 0.121 0.016 0.010 0.006 0.003 0.002 0.002 0.003 54 R 0.208 0.277 0.324 0.074 0.024 0.036 0.023 0.002 0.031 0.001 0.001 55 L 0.137 0.281 0.493 0.020 0.014 0.040 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 56 V 0.101 0.697 0.064 0.041 0.046 0.021 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 57 R 0.052 0.387 0.446 0.014 0.024 0.056 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 58 R 0.185 0.335 0.207 0.083 0.046 0.069 0.015 0.003 0.055 0.001 0.001 59 S 0.078 0.344 0.173 0.159 0.134 0.020 0.041 0.007 0.035 0.008 0.001 60 G 0.018 0.018 0.090 0.027 0.307 0.003 0.033 0.157 0.001 0.345 0.001 61 T 0.013 0.131 0.507 0.038 0.188 0.082 0.004 0.001 0.022 0.012 0.001 62 D 0.588 0.024 0.200 0.041 0.021 0.077 0.005 0.001 0.035 0.008 0.001 63 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.824 0.001 0.002 0.163 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 73 L 0.950 0.003 0.005 0.035 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.967 0.002 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.718 0.003 0.005 0.250 0.002 0.004 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 76 L 0.574 0.078 0.151 0.147 0.004 0.026 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 77 A 0.616 0.077 0.086 0.137 0.017 0.017 0.024 0.011 0.012 0.005 0.001 78 C 0.330 0.138 0.157 0.224 0.074 0.012 0.031 0.011 0.013 0.010 0.001 79 G 0.190 0.048 0.153 0.100 0.151 0.008 0.058 0.183 0.005 0.103 0.001 80 H 0.102 0.310 0.284 0.100 0.129 0.039 0.012 0.004 0.013 0.005 0.001 81 V 0.035 0.684 0.162 0.030 0.053 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 82 F 0.007 0.803 0.115 0.002 0.049 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 L 0.008 0.820 0.127 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 84 I 0.011 0.729 0.162 0.002 0.012 0.049 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 85 V 0.031 0.595 0.217 0.007 0.011 0.087 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 86 L 0.119 0.312 0.269 0.128 0.037 0.069 0.012 0.001 0.050 0.002 0.001 87 G 0.142 0.063 0.117 0.049 0.216 0.009 0.087 0.081 0.007 0.227 0.001 88 E 0.203 0.094 0.143 0.317 0.059 0.032 0.104 0.016 0.023 0.007 0.003 89 G 0.196 0.085 0.150 0.079 0.135 0.009 0.040 0.163 0.004 0.138 0.001 90 F 0.302 0.205 0.168 0.169 0.030 0.052 0.029 0.004 0.034 0.005 0.002 91 Y 0.141 0.338 0.296 0.009 0.038 0.031 0.025 0.001 0.116 0.005 0.001 92 P 0.610 0.008 0.257 0.009 0.001 0.075 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 93 I 0.866 0.039 0.041 0.021 0.005 0.017 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 94 N 0.802 0.032 0.033 0.034 0.005 0.059 0.016 0.003 0.014 0.001 0.001 95 V 0.840 0.037 0.018 0.080 0.002 0.015 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 96 L 0.872 0.033 0.046 0.020 0.004 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 97 H 0.957 0.005 0.004 0.024 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.922 0.010 0.006 0.049 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.844 0.033 0.030 0.083 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 K 0.925 0.011 0.027 0.028 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.489 0.013 0.026 0.436 0.005 0.005 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 102 C 0.131 0.165 0.472 0.004 0.016 0.020 0.008 0.001 0.181 0.001 0.001 103 P 0.840 0.001 0.124 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 104 E 0.539 0.137 0.114 0.112 0.051 0.015 0.015 0.007 0.007 0.002 0.001 105 V 0.181 0.505 0.207 0.025 0.029 0.038 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 106 V 0.476 0.235 0.060 0.168 0.028 0.012 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 107 R 0.047 0.599 0.205 0.011 0.098 0.026 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 108 I 0.056 0.760 0.109 0.006 0.013 0.027 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 109 Y 0.162 0.605 0.078 0.027 0.033 0.033 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 110 A 0.098 0.451 0.257 0.030 0.074 0.053 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 111 A 0.146 0.305 0.161 0.125 0.134 0.054 0.025 0.009 0.034 0.008 0.001 112 T 0.127 0.304 0.118 0.149 0.222 0.027 0.012 0.004 0.019 0.018 0.001 113 A 0.133 0.172 0.137 0.247 0.170 0.051 0.030 0.018 0.025 0.017 0.001 114 N 0.009 0.214 0.215 0.009 0.124 0.080 0.032 0.001 0.312 0.003 0.001 115 P 0.404 0.030 0.283 0.120 0.003 0.071 0.009 0.002 0.005 0.001 0.072 116 L 0.158 0.250 0.378 0.072 0.060 0.039 0.020 0.004 0.017 0.001 0.001 117 K 0.151 0.361 0.274 0.121 0.028 0.033 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 118 V 0.009 0.762 0.181 0.003 0.018 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 119 V 0.010 0.771 0.152 0.002 0.006 0.031 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 120 V 0.011 0.721 0.170 0.006 0.008 0.051 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 121 A 0.030 0.469 0.307 0.014 0.099 0.055 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 122 E 0.185 0.367 0.204 0.103 0.053 0.047 0.004 0.001 0.031 0.003 0.001 123 E 0.142 0.242 0.236 0.173 0.129 0.014 0.027 0.003 0.023 0.009 0.001 124 G 0.104 0.023 0.073 0.042 0.118 0.006 0.075 0.252 0.006 0.301 0.001 125 E 0.263 0.141 0.200 0.256 0.046 0.030 0.027 0.007 0.022 0.006 0.003 126 Q 0.139 0.177 0.188 0.138 0.122 0.030 0.110 0.058 0.015 0.020 0.002 127 R 0.065 0.348 0.282 0.148 0.087 0.026 0.019 0.004 0.018 0.003 0.001 128 A 0.035 0.427 0.291 0.014 0.199 0.009 0.005 0.004 0.008 0.008 0.001 129 I 0.025 0.779 0.121 0.005 0.025 0.025 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 130 L 0.037 0.533 0.278 0.029 0.022 0.040 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 131 G 0.032 0.166 0.190 0.009 0.463 0.015 0.031 0.051 0.007 0.034 0.001 132 V 0.102 0.543 0.228 0.040 0.034 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 133 M 0.104 0.465 0.217 0.058 0.054 0.049 0.007 0.002 0.041 0.004 0.001 134 D 0.102 0.149 0.191 0.301 0.041 0.067 0.079 0.004 0.063 0.004 0.001 135 G 0.046 0.022 0.049 0.082 0.088 0.004 0.110 0.500 0.003 0.095 0.001 136 F 0.114 0.253 0.372 0.130 0.056 0.023 0.016 0.010 0.014 0.012 0.002 137 T 0.023 0.255 0.523 0.002 0.038 0.014 0.018 0.001 0.121 0.005 0.001 138 P 0.144 0.004 0.624 0.004 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.170 139 L 0.254 0.072 0.315 0.266 0.023 0.026 0.019 0.007 0.014 0.001 0.002 140 G 0.058 0.028 0.058 0.029 0.209 0.005 0.123 0.364 0.003 0.123 0.001 141 V 0.114 0.463 0.272 0.068 0.041 0.028 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 142 E 0.152 0.275 0.276 0.165 0.062 0.047 0.006 0.001 0.012 0.003 0.001 143 D 0.012 0.208 0.477 0.007 0.196 0.053 0.001 0.001 0.040 0.004 0.001 144 E 0.987 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.969 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.980 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 W 0.925 0.001 0.002 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 R 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 D 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 R 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 L 0.526 0.002 0.004 0.468 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 G 0.152 0.002 0.013 0.037 0.007 0.003 0.223 0.523 0.005 0.034 0.001 159 Y 0.201 0.256 0.381 0.069 0.037 0.035 0.006 0.001 0.010 0.004 0.001 160 K 0.228 0.181 0.376 0.059 0.011 0.094 0.013 0.001 0.035 0.001 0.001 161 L 0.255 0.215 0.307 0.082 0.027 0.066 0.006 0.002 0.037 0.002 0.001