# TARGET T0271 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.127 0.233 0.038 0.006 0.537 0.002 0.002 0.004 0.005 0.020 0.024 2 E 0.273 0.095 0.014 0.002 0.571 0.002 0.004 0.003 0.002 0.008 0.027 3 L 0.430 0.059 0.004 0.002 0.443 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 4 K 0.077 0.254 0.040 0.021 0.540 0.019 0.014 0.009 0.003 0.012 0.012 5 L 0.476 0.032 0.006 0.001 0.439 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.040 6 I 0.053 0.437 0.041 0.004 0.456 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 7 P 0.279 0.103 0.016 0.001 0.544 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.051 8 I 0.240 0.209 0.042 0.003 0.421 0.002 0.004 0.015 0.009 0.012 0.043 9 E 0.105 0.128 0.046 0.029 0.187 0.072 0.173 0.121 0.051 0.050 0.037 10 K 0.077 0.342 0.270 0.061 0.144 0.014 0.010 0.017 0.010 0.029 0.026 11 P 0.049 0.100 0.052 0.060 0.119 0.027 0.024 0.213 0.279 0.057 0.019 12 E 0.004 0.022 0.030 0.035 0.011 0.051 0.158 0.419 0.245 0.021 0.003 13 N 0.049 0.016 0.007 0.008 0.028 0.011 0.034 0.102 0.149 0.505 0.090 14 L 0.192 0.243 0.018 0.004 0.352 0.004 0.006 0.026 0.030 0.054 0.069 15 N 0.261 0.028 0.008 0.012 0.241 0.014 0.053 0.115 0.081 0.077 0.112 16 V 0.137 0.252 0.061 0.023 0.447 0.007 0.008 0.033 0.010 0.011 0.011 17 I 0.372 0.063 0.010 0.007 0.449 0.010 0.014 0.030 0.004 0.004 0.037 18 L 0.119 0.031 0.014 0.069 0.103 0.134 0.129 0.106 0.055 0.108 0.134 19 G 0.067 0.173 0.198 0.161 0.121 0.022 0.024 0.070 0.033 0.075 0.055 20 Q 0.050 0.111 0.085 0.051 0.074 0.049 0.040 0.250 0.135 0.112 0.042 21 A 0.029 0.055 0.027 0.017 0.058 0.020 0.061 0.435 0.218 0.048 0.031 22 H 0.021 0.032 0.016 0.015 0.037 0.010 0.030 0.468 0.246 0.111 0.015 23 F 0.049 0.052 0.018 0.004 0.085 0.004 0.019 0.452 0.227 0.068 0.020 24 I 0.030 0.032 0.006 0.004 0.041 0.008 0.039 0.571 0.211 0.035 0.023 25 K 0.018 0.031 0.011 0.007 0.043 0.017 0.127 0.571 0.121 0.043 0.011 26 T 0.044 0.143 0.062 0.007 0.055 0.004 0.018 0.440 0.105 0.101 0.021 27 V 0.004 0.007 0.003 0.001 0.008 0.003 0.007 0.682 0.250 0.031 0.003 28 E 0.002 0.016 0.006 0.003 0.006 0.007 0.026 0.832 0.092 0.008 0.003 29 D 0.013 0.021 0.008 0.001 0.023 0.002 0.014 0.749 0.108 0.054 0.006 30 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.747 0.228 0.016 0.001 31 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.870 0.117 0.002 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.843 0.108 0.032 0.001 33 A 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.025 0.867 0.079 0.015 0.002 34 L 0.013 0.004 0.001 0.002 0.018 0.003 0.027 0.667 0.180 0.074 0.010 35 V 0.011 0.016 0.004 0.005 0.028 0.017 0.100 0.626 0.136 0.049 0.007 36 T 0.030 0.056 0.022 0.011 0.076 0.007 0.083 0.420 0.165 0.118 0.013 37 A 0.072 0.071 0.029 0.012 0.107 0.014 0.139 0.341 0.111 0.075 0.029 38 V 0.032 0.171 0.226 0.109 0.089 0.058 0.051 0.148 0.063 0.037 0.015 39 P 0.007 0.072 0.044 0.061 0.025 0.130 0.270 0.236 0.135 0.017 0.004 40 G 0.057 0.015 0.012 0.008 0.029 0.016 0.038 0.053 0.181 0.499 0.093 41 I 0.182 0.271 0.021 0.001 0.422 0.001 0.001 0.007 0.013 0.029 0.051 42 R 0.193 0.022 0.007 0.026 0.192 0.109 0.142 0.077 0.054 0.085 0.093 43 F 0.198 0.171 0.061 0.058 0.363 0.006 0.004 0.021 0.019 0.055 0.044 44 G 0.188 0.165 0.042 0.037 0.451 0.018 0.015 0.021 0.010 0.019 0.034 45 L 0.281 0.090 0.014 0.005 0.504 0.004 0.006 0.019 0.010 0.011 0.055 46 A 0.248 0.093 0.014 0.005 0.482 0.005 0.016 0.028 0.009 0.020 0.079 47 F 0.322 0.075 0.020 0.009 0.368 0.012 0.012 0.029 0.015 0.052 0.085 48 S 0.103 0.206 0.124 0.073 0.249 0.054 0.048 0.056 0.033 0.024 0.031 49 E 0.145 0.181 0.072 0.026 0.190 0.017 0.033 0.068 0.071 0.121 0.075 50 A 0.224 0.079 0.039 0.024 0.178 0.041 0.060 0.063 0.036 0.154 0.103 51 S 0.019 0.172 0.129 0.248 0.047 0.125 0.137 0.042 0.021 0.048 0.012 52 G 0.010 0.036 0.151 0.598 0.013 0.034 0.008 0.021 0.023 0.078 0.030 53 K 0.043 0.115 0.084 0.041 0.087 0.042 0.107 0.224 0.191 0.051 0.014 54 R 0.133 0.262 0.087 0.003 0.416 0.002 0.007 0.032 0.020 0.016 0.022 55 L 0.244 0.129 0.016 0.006 0.465 0.011 0.020 0.031 0.016 0.020 0.041 56 V 0.161 0.194 0.037 0.008 0.468 0.011 0.017 0.024 0.013 0.026 0.041 57 R 0.244 0.173 0.068 0.011 0.325 0.015 0.020 0.027 0.018 0.028 0.072 58 R 0.139 0.197 0.074 0.021 0.322 0.017 0.020 0.058 0.046 0.058 0.048 59 S 0.046 0.102 0.054 0.089 0.072 0.070 0.113 0.070 0.073 0.247 0.064 60 G 0.010 0.127 0.251 0.323 0.036 0.082 0.045 0.034 0.022 0.055 0.015 61 T 0.044 0.289 0.183 0.023 0.095 0.021 0.024 0.083 0.069 0.100 0.070 62 D 0.145 0.154 0.087 0.005 0.227 0.004 0.003 0.158 0.108 0.055 0.054 63 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.733 0.235 0.010 0.001 64 A 0.001 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.886 0.083 0.010 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.087 0.012 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.955 0.039 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.959 0.034 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.031 0.003 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.057 0.002 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.043 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.952 0.033 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.896 0.088 0.008 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.836 0.148 0.010 0.001 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.788 0.186 0.002 0.001 75 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.103 0.760 0.111 0.016 0.001 76 L 0.012 0.155 0.106 0.032 0.048 0.031 0.150 0.312 0.095 0.052 0.008 77 A 0.061 0.056 0.053 0.028 0.046 0.011 0.013 0.127 0.092 0.401 0.111 78 C 0.008 0.087 0.047 0.027 0.037 0.105 0.155 0.321 0.153 0.054 0.006 79 G 0.074 0.034 0.021 0.013 0.077 0.016 0.033 0.097 0.086 0.444 0.106 80 H 0.087 0.285 0.045 0.006 0.368 0.007 0.023 0.062 0.035 0.059 0.024 81 V 0.234 0.071 0.005 0.001 0.614 0.002 0.004 0.038 0.008 0.004 0.018 82 F 0.160 0.075 0.006 0.010 0.675 0.007 0.006 0.036 0.005 0.005 0.013 83 L 0.271 0.027 0.001 0.001 0.657 0.001 0.005 0.014 0.002 0.002 0.020 84 I 0.291 0.060 0.005 0.002 0.593 0.002 0.007 0.017 0.002 0.002 0.018 85 V 0.267 0.077 0.009 0.002 0.537 0.005 0.010 0.019 0.004 0.009 0.062 86 L 0.318 0.069 0.024 0.014 0.259 0.027 0.031 0.064 0.028 0.048 0.118 87 G 0.019 0.046 0.038 0.132 0.034 0.232 0.240 0.134 0.068 0.044 0.011 88 E 0.057 0.086 0.101 0.108 0.084 0.064 0.053 0.123 0.111 0.152 0.061 89 G 0.057 0.088 0.037 0.020 0.093 0.019 0.054 0.261 0.211 0.121 0.039 90 F 0.056 0.082 0.034 0.014 0.116 0.013 0.036 0.234 0.171 0.200 0.044 91 Y 0.027 0.186 0.098 0.027 0.112 0.011 0.031 0.369 0.103 0.028 0.009 92 P 0.042 0.022 0.009 0.005 0.051 0.004 0.015 0.636 0.167 0.034 0.014 93 I 0.005 0.014 0.005 0.007 0.014 0.022 0.051 0.753 0.117 0.008 0.004 94 N 0.070 0.016 0.008 0.002 0.053 0.001 0.014 0.732 0.060 0.017 0.027 95 V 0.002 0.006 0.004 0.002 0.003 0.005 0.006 0.853 0.096 0.019 0.002 96 L 0.003 0.013 0.005 0.004 0.006 0.011 0.011 0.843 0.097 0.005 0.002 97 H 0.004 0.006 0.006 0.003 0.005 0.001 0.007 0.817 0.117 0.027 0.007 98 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.788 0.164 0.026 0.001 99 V 0.006 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.022 0.711 0.212 0.014 0.002 100 K 0.001 0.009 0.003 0.004 0.005 0.025 0.228 0.599 0.116 0.010 0.001 101 A 0.033 0.005 0.004 0.003 0.013 0.008 0.040 0.105 0.060 0.645 0.084 102 C 0.091 0.283 0.074 0.005 0.178 0.002 0.006 0.163 0.100 0.048 0.050 103 P 0.001 0.015 0.007 0.002 0.007 0.009 0.019 0.696 0.238 0.006 0.001 104 E 0.003 0.005 0.004 0.001 0.008 0.001 0.013 0.804 0.144 0.016 0.002 105 V 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.026 0.721 0.162 0.069 0.004 106 V 0.005 0.031 0.006 0.003 0.022 0.001 0.013 0.790 0.116 0.012 0.002 107 R 0.004 0.007 0.003 0.001 0.012 0.001 0.018 0.852 0.091 0.008 0.002 108 I 0.018 0.004 0.001 0.002 0.024 0.011 0.061 0.791 0.070 0.013 0.005 109 Y 0.071 0.013 0.004 0.006 0.077 0.020 0.075 0.627 0.072 0.016 0.019 110 A 0.030 0.030 0.013 0.006 0.041 0.011 0.033 0.604 0.192 0.023 0.016 111 A 0.021 0.018 0.004 0.013 0.024 0.026 0.054 0.420 0.251 0.145 0.024 112 T 0.015 0.040 0.014 0.026 0.044 0.041 0.277 0.325 0.134 0.077 0.007 113 A 0.031 0.078 0.039 0.025 0.068 0.082 0.202 0.135 0.107 0.205 0.028 114 N 0.171 0.153 0.077 0.008 0.517 0.002 0.003 0.010 0.007 0.018 0.033 115 P 0.055 0.122 0.022 0.006 0.105 0.008 0.050 0.192 0.326 0.085 0.029 116 L 0.189 0.095 0.017 0.005 0.299 0.006 0.028 0.089 0.061 0.131 0.080 117 K 0.050 0.188 0.022 0.014 0.271 0.059 0.232 0.115 0.017 0.024 0.007 118 V 0.366 0.015 0.001 0.001 0.588 0.002 0.003 0.007 0.001 0.002 0.014 119 V 0.261 0.025 0.002 0.007 0.647 0.010 0.005 0.010 0.001 0.003 0.029 120 V 0.254 0.065 0.010 0.002 0.573 0.006 0.008 0.010 0.002 0.019 0.053 121 A 0.136 0.277 0.023 0.001 0.511 0.001 0.004 0.008 0.002 0.007 0.029 122 E 0.187 0.092 0.015 0.026 0.171 0.028 0.012 0.012 0.014 0.222 0.222 123 E 0.003 0.153 0.739 0.088 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 G 0.002 0.004 0.017 0.060 0.001 0.065 0.094 0.438 0.304 0.012 0.003 125 E 0.001 0.228 0.365 0.277 0.007 0.043 0.033 0.022 0.012 0.011 0.001 126 Q 0.012 0.034 0.017 0.048 0.017 0.024 0.012 0.019 0.026 0.595 0.197 127 R 0.151 0.207 0.056 0.022 0.198 0.032 0.058 0.030 0.035 0.130 0.080 128 A 0.050 0.322 0.318 0.055 0.224 0.006 0.003 0.003 0.002 0.005 0.012 129 I 0.395 0.097 0.017 0.006 0.413 0.004 0.005 0.011 0.004 0.004 0.045 130 L 0.157 0.051 0.014 0.058 0.202 0.156 0.219 0.040 0.027 0.032 0.044 131 G 0.129 0.186 0.108 0.016 0.460 0.002 0.004 0.011 0.007 0.026 0.052 132 V 0.308 0.131 0.018 0.003 0.405 0.009 0.013 0.024 0.015 0.031 0.043 133 M 0.195 0.164 0.082 0.049 0.287 0.024 0.024 0.023 0.016 0.050 0.086 134 D 0.065 0.179 0.108 0.109 0.164 0.045 0.080 0.070 0.053 0.085 0.042 135 G 0.044 0.091 0.082 0.106 0.060 0.041 0.057 0.117 0.130 0.212 0.060 136 F 0.041 0.159 0.182 0.109 0.074 0.057 0.077 0.077 0.076 0.116 0.034 137 T 0.027 0.186 0.241 0.128 0.078 0.053 0.072 0.070 0.058 0.066 0.021 138 P 0.069 0.075 0.042 0.025 0.080 0.057 0.124 0.169 0.170 0.142 0.047 139 L 0.049 0.180 0.077 0.027 0.131 0.029 0.047 0.073 0.140 0.199 0.048 140 G 0.054 0.057 0.111 0.124 0.088 0.090 0.038 0.059 0.092 0.185 0.102 141 V 0.177 0.241 0.067 0.005 0.249 0.005 0.014 0.039 0.048 0.087 0.068 142 E 0.096 0.317 0.112 0.023 0.204 0.026 0.032 0.025 0.022 0.092 0.050 143 D 0.002 0.473 0.502 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.003 0.707 0.258 0.017 0.002 145 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.915 0.070 0.004 0.001 146 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.900 0.066 0.023 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.937 0.055 0.004 0.001 148 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.939 0.040 0.002 0.002 149 W 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.916 0.045 0.029 0.001 150 R 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.057 0.016 0.001 151 K 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.930 0.052 0.002 0.001 152 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.940 0.046 0.005 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.045 0.002 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.915 0.073 0.006 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.783 0.201 0.004 0.001 156 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.890 0.047 0.002 0.001 157 L 0.003 0.504 0.298 0.010 0.051 0.005 0.014 0.067 0.027 0.021 0.001 158 G 0.096 0.014 0.013 0.018 0.022 0.009 0.010 0.053 0.043 0.473 0.248 159 Y 0.090 0.251 0.078 0.008 0.252 0.010 0.016 0.116 0.090 0.056 0.033 160 K 0.074 0.262 0.064 0.015 0.284 0.010 0.027 0.144 0.059 0.032 0.029 161 L 0.176 0.163 0.052 0.013 0.248 0.021 0.036 0.106 0.061 0.066 0.057