# TARGET T0271 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 22 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.649 0.248 0.072 0.025 0.005 0.001 0.001 2 E 0.319 0.427 0.171 0.067 0.014 0.002 0.001 3 L 0.023 0.054 0.134 0.320 0.372 0.094 0.004 4 K 0.146 0.420 0.282 0.122 0.025 0.004 0.001 5 L 0.103 0.238 0.261 0.224 0.125 0.047 0.003 6 I 0.005 0.017 0.067 0.238 0.395 0.257 0.021 7 P 0.045 0.239 0.291 0.254 0.137 0.033 0.002 8 I 0.008 0.025 0.063 0.187 0.390 0.291 0.036 9 E 0.073 0.269 0.309 0.255 0.075 0.018 0.001 10 K 0.157 0.320 0.229 0.179 0.090 0.022 0.002 11 P 0.108 0.205 0.239 0.245 0.157 0.044 0.002 12 E 0.229 0.287 0.205 0.174 0.083 0.021 0.001 13 N 0.242 0.404 0.235 0.090 0.024 0.005 0.001 14 L 0.023 0.060 0.112 0.254 0.351 0.187 0.012 15 N 0.013 0.072 0.161 0.309 0.293 0.134 0.017 16 V 0.007 0.012 0.024 0.061 0.159 0.455 0.281 17 I 0.003 0.003 0.007 0.025 0.086 0.395 0.482 18 L 0.004 0.009 0.019 0.046 0.108 0.344 0.471 19 G 0.004 0.009 0.017 0.042 0.090 0.272 0.567 20 Q 0.006 0.016 0.032 0.072 0.162 0.341 0.372 21 A 0.032 0.068 0.092 0.132 0.190 0.276 0.209 22 H 0.023 0.051 0.073 0.154 0.233 0.272 0.194 23 F 0.023 0.028 0.049 0.120 0.223 0.376 0.183 24 I 0.027 0.040 0.064 0.119 0.225 0.316 0.209 25 K 0.045 0.086 0.117 0.220 0.232 0.188 0.112 26 T 0.016 0.032 0.061 0.128 0.241 0.332 0.190 27 V 0.031 0.049 0.051 0.091 0.174 0.374 0.230 28 E 0.050 0.113 0.163 0.240 0.220 0.152 0.062 29 D 0.050 0.082 0.113 0.165 0.244 0.247 0.099 30 L 0.049 0.044 0.043 0.093 0.164 0.395 0.212 31 H 0.059 0.076 0.112 0.229 0.260 0.201 0.063 32 E 0.090 0.131 0.172 0.213 0.222 0.126 0.047 33 A 0.087 0.086 0.095 0.158 0.227 0.246 0.101 34 L 0.018 0.025 0.042 0.096 0.154 0.350 0.316 35 V 0.066 0.098 0.117 0.151 0.173 0.212 0.183 36 T 0.084 0.075 0.075 0.120 0.186 0.256 0.205 37 A 0.038 0.050 0.078 0.145 0.213 0.295 0.182 38 V 0.088 0.128 0.136 0.211 0.210 0.158 0.070 39 P 0.092 0.146 0.169 0.196 0.193 0.146 0.058 40 G 0.036 0.075 0.147 0.219 0.240 0.194 0.090 41 I 0.014 0.029 0.048 0.105 0.206 0.377 0.222 42 R 0.008 0.029 0.050 0.132 0.232 0.306 0.243 43 F 0.003 0.005 0.013 0.032 0.098 0.330 0.519 44 G 0.002 0.005 0.008 0.024 0.071 0.271 0.618 45 L 0.003 0.003 0.006 0.013 0.038 0.202 0.735 46 A 0.001 0.002 0.004 0.015 0.040 0.178 0.759 47 F 0.003 0.009 0.017 0.032 0.058 0.192 0.690 48 S 0.002 0.005 0.010 0.038 0.088 0.289 0.567 49 E 0.003 0.008 0.014 0.040 0.164 0.401 0.369 50 A 0.009 0.018 0.030 0.071 0.196 0.402 0.273 51 S 0.034 0.085 0.165 0.221 0.218 0.207 0.069 52 G 0.028 0.081 0.139 0.264 0.256 0.188 0.044 53 K 0.041 0.126 0.173 0.244 0.224 0.151 0.040 54 R 0.009 0.030 0.079 0.182 0.311 0.296 0.095 55 L 0.005 0.008 0.024 0.059 0.149 0.403 0.352 56 V 0.007 0.010 0.019 0.050 0.132 0.382 0.402 57 R 0.015 0.034 0.060 0.125 0.216 0.350 0.199 58 R 0.014 0.033 0.066 0.149 0.239 0.341 0.157 59 S 0.072 0.162 0.190 0.221 0.187 0.134 0.034 60 G 0.058 0.153 0.213 0.244 0.198 0.105 0.029 61 T 0.102 0.152 0.172 0.239 0.213 0.105 0.016 62 D 0.044 0.145 0.233 0.275 0.214 0.082 0.007 63 E 0.220 0.457 0.219 0.082 0.018 0.003 0.001 64 A 0.073 0.319 0.346 0.187 0.061 0.011 0.002 65 L 0.001 0.005 0.030 0.138 0.444 0.360 0.022 66 V 0.003 0.058 0.148 0.307 0.335 0.135 0.013 67 E 0.031 0.362 0.336 0.196 0.063 0.012 0.001 68 L 0.001 0.013 0.108 0.393 0.364 0.115 0.006 69 A 0.001 0.002 0.002 0.012 0.100 0.595 0.288 70 V 0.001 0.017 0.092 0.346 0.365 0.163 0.016 71 K 0.008 0.106 0.272 0.387 0.189 0.038 0.001 72 N 0.001 0.005 0.018 0.116 0.409 0.415 0.036 73 L 0.001 0.004 0.008 0.029 0.180 0.615 0.164 74 L 0.017 0.128 0.267 0.354 0.180 0.052 0.003 75 N 0.022 0.131 0.231 0.343 0.198 0.067 0.006 76 L 0.008 0.025 0.045 0.121 0.300 0.415 0.085 77 A 0.011 0.046 0.091 0.185 0.305 0.287 0.075 78 C 0.017 0.036 0.058 0.128 0.195 0.331 0.233 79 G 0.045 0.066 0.076 0.157 0.265 0.267 0.124 80 H 0.009 0.017 0.037 0.074 0.161 0.334 0.367 81 V 0.002 0.006 0.018 0.048 0.100 0.256 0.570 82 F 0.003 0.012 0.020 0.049 0.086 0.220 0.610 83 L 0.002 0.003 0.009 0.022 0.068 0.226 0.670 84 I 0.006 0.008 0.020 0.042 0.108 0.294 0.523 85 V 0.009 0.016 0.031 0.055 0.080 0.280 0.529 86 L 0.015 0.019 0.040 0.106 0.171 0.305 0.344 87 G 0.031 0.056 0.102 0.140 0.243 0.304 0.124 88 E 0.035 0.076 0.105 0.216 0.292 0.200 0.075 89 G 0.049 0.081 0.107 0.133 0.215 0.299 0.117 90 F 0.170 0.135 0.099 0.169 0.171 0.205 0.051 91 Y 0.214 0.140 0.145 0.195 0.153 0.108 0.046 92 P 0.173 0.146 0.107 0.148 0.165 0.185 0.076 93 I 0.150 0.151 0.166 0.196 0.194 0.114 0.029 94 N 0.201 0.185 0.160 0.175 0.156 0.094 0.029 95 V 0.076 0.091 0.114 0.196 0.238 0.211 0.073 96 L 0.073 0.091 0.126 0.226 0.271 0.179 0.034 97 H 0.124 0.197 0.208 0.210 0.164 0.079 0.018 98 A 0.126 0.139 0.187 0.259 0.167 0.096 0.025 99 V 0.061 0.066 0.081 0.153 0.254 0.306 0.080 100 K 0.127 0.186 0.193 0.204 0.177 0.089 0.024 101 A 0.260 0.237 0.156 0.136 0.108 0.080 0.023 102 C 0.095 0.131 0.166 0.216 0.196 0.160 0.036 103 P 0.180 0.202 0.178 0.206 0.147 0.074 0.012 104 E 0.116 0.168 0.153 0.186 0.219 0.135 0.024 105 V 0.047 0.060 0.101 0.196 0.260 0.267 0.070 106 V 0.037 0.037 0.048 0.111 0.207 0.373 0.188 107 R 0.051 0.075 0.103 0.173 0.223 0.237 0.138 108 I 0.043 0.036 0.049 0.087 0.177 0.377 0.231 109 Y 0.086 0.077 0.093 0.165 0.219 0.256 0.104 110 A 0.075 0.090 0.103 0.147 0.197 0.266 0.123 111 A 0.069 0.083 0.097 0.190 0.213 0.245 0.103 112 T 0.136 0.171 0.144 0.179 0.173 0.137 0.059 113 A 0.247 0.232 0.192 0.163 0.098 0.053 0.016 114 N 0.143 0.155 0.167 0.195 0.183 0.127 0.030 115 P 0.103 0.116 0.154 0.226 0.197 0.170 0.033 116 L 0.041 0.076 0.121 0.214 0.269 0.216 0.065 117 K 0.067 0.175 0.245 0.243 0.165 0.082 0.023 118 V 0.019 0.032 0.063 0.174 0.331 0.321 0.060 119 V 0.010 0.023 0.047 0.118 0.243 0.441 0.118 120 V 0.019 0.056 0.112 0.232 0.289 0.236 0.054 121 A 0.046 0.087 0.119 0.185 0.320 0.213 0.030 122 E 0.080 0.171 0.254 0.316 0.139 0.036 0.003 123 E 0.323 0.275 0.157 0.150 0.071 0.020 0.002 124 G 0.569 0.290 0.089 0.034 0.012 0.004 0.001 125 E 0.595 0.243 0.095 0.046 0.015 0.005 0.001 126 Q 0.227 0.238 0.222 0.180 0.097 0.034 0.003 127 R 0.046 0.152 0.211 0.278 0.221 0.081 0.010 128 A 0.016 0.031 0.052 0.141 0.276 0.347 0.136 129 I 0.002 0.005 0.013 0.037 0.101 0.285 0.556 130 L 0.002 0.002 0.004 0.012 0.034 0.194 0.752 131 G 0.003 0.005 0.010 0.030 0.074 0.250 0.627 132 V 0.002 0.006 0.012 0.026 0.065 0.229 0.661 133 M 0.005 0.009 0.015 0.039 0.100 0.299 0.532 134 D 0.018 0.045 0.081 0.137 0.207 0.285 0.228 135 G 0.050 0.083 0.122 0.184 0.204 0.237 0.120 136 F 0.138 0.151 0.151 0.182 0.192 0.146 0.040 137 T 0.176 0.204 0.222 0.200 0.127 0.061 0.010 138 P 0.148 0.186 0.187 0.217 0.168 0.080 0.013 139 L 0.186 0.256 0.232 0.188 0.100 0.034 0.004 140 G 0.268 0.271 0.214 0.150 0.075 0.019 0.001 141 V 0.202 0.180 0.214 0.219 0.141 0.042 0.003 142 E 0.325 0.282 0.204 0.136 0.046 0.007 0.001 143 D 0.625 0.258 0.083 0.028 0.006 0.001 0.001 144 E 0.699 0.215 0.062 0.020 0.004 0.001 0.001 145 A 0.777 0.174 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 146 E 0.550 0.260 0.112 0.062 0.014 0.002 0.001 147 V 0.347 0.309 0.221 0.100 0.021 0.002 0.001 148 A 0.725 0.234 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 149 W 0.327 0.411 0.188 0.063 0.010 0.001 0.001 150 R 0.078 0.095 0.154 0.306 0.295 0.071 0.002 151 K 0.205 0.369 0.276 0.122 0.027 0.002 0.001 152 D 0.498 0.415 0.074 0.012 0.001 0.001 0.001 153 L 0.098 0.135 0.299 0.362 0.095 0.011 0.001 154 L 0.281 0.125 0.087 0.184 0.225 0.093 0.006 155 R 0.435 0.325 0.161 0.064 0.014 0.001 0.001 156 R 0.492 0.317 0.141 0.041 0.007 0.001 0.001 157 L 0.220 0.180 0.149 0.207 0.158 0.080 0.007 158 G 0.278 0.237 0.220 0.163 0.078 0.022 0.001 159 Y 0.519 0.262 0.125 0.066 0.023 0.005 0.001 160 K 0.531 0.272 0.123 0.059 0.014 0.002 0.001 161 L 0.486 0.194 0.136 0.120 0.053 0.011 0.001