# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.006 0.003 0.002 0.096 0.731 2 E 0.597 0.010 0.003 0.002 0.040 0.349 3 L 0.769 0.007 0.006 0.003 0.036 0.179 4 K 0.809 0.003 0.008 0.004 0.036 0.140 5 L 0.925 0.001 0.002 0.001 0.014 0.056 6 I 0.928 0.002 0.001 0.002 0.011 0.055 7 P 0.903 0.005 0.001 0.002 0.018 0.071 8 I 0.707 0.008 0.003 0.002 0.055 0.225 9 E 0.493 0.013 0.007 0.003 0.150 0.335 10 K 0.181 0.021 0.011 0.002 0.403 0.382 11 P 0.037 0.012 0.076 0.005 0.744 0.127 12 E 0.034 0.005 0.134 0.008 0.716 0.103 13 N 0.039 0.005 0.122 0.008 0.709 0.118 14 L 0.211 0.022 0.025 0.011 0.465 0.267 15 N 0.454 0.009 0.006 0.005 0.140 0.385 16 V 0.886 0.016 0.003 0.004 0.027 0.064 17 I 0.937 0.008 0.002 0.008 0.022 0.024 18 L 0.842 0.011 0.005 0.018 0.045 0.079 19 G 0.453 0.011 0.016 0.048 0.175 0.298 20 Q 0.168 0.004 0.160 0.196 0.271 0.200 21 A 0.084 0.003 0.149 0.324 0.287 0.153 22 H 0.101 0.015 0.193 0.335 0.269 0.087 23 F 0.233 0.009 0.097 0.328 0.211 0.121 24 I 0.362 0.013 0.058 0.325 0.136 0.105 25 K 0.268 0.016 0.034 0.458 0.124 0.100 26 T 0.240 0.017 0.026 0.477 0.047 0.192 27 V 0.009 0.001 0.023 0.930 0.011 0.027 28 E 0.004 0.001 0.038 0.932 0.011 0.014 29 D 0.003 0.001 0.025 0.959 0.008 0.004 30 L 0.001 0.001 0.006 0.987 0.003 0.003 31 H 0.001 0.001 0.004 0.989 0.003 0.003 32 E 0.002 0.001 0.006 0.984 0.006 0.002 33 A 0.002 0.001 0.005 0.984 0.007 0.002 34 L 0.002 0.001 0.007 0.979 0.008 0.004 35 V 0.002 0.001 0.013 0.967 0.014 0.004 36 T 0.005 0.001 0.009 0.955 0.019 0.012 37 A 0.009 0.005 0.008 0.768 0.046 0.165 38 V 0.016 0.017 0.011 0.099 0.650 0.207 39 P 0.010 0.003 0.018 0.031 0.829 0.108 40 G 0.024 0.003 0.021 0.013 0.842 0.097 41 I 0.397 0.036 0.013 0.008 0.454 0.091 42 R 0.715 0.010 0.005 0.010 0.070 0.190 43 F 0.941 0.004 0.002 0.006 0.016 0.032 44 G 0.968 0.001 0.001 0.007 0.008 0.015 45 L 0.971 0.001 0.001 0.010 0.006 0.012 46 A 0.938 0.002 0.002 0.025 0.013 0.020 47 F 0.835 0.005 0.006 0.039 0.046 0.069 48 S 0.674 0.007 0.018 0.048 0.123 0.130 49 E 0.311 0.008 0.060 0.055 0.353 0.213 50 A 0.152 0.021 0.078 0.072 0.455 0.222 51 S 0.093 0.025 0.070 0.061 0.501 0.250 52 G 0.065 0.008 0.185 0.131 0.452 0.160 53 K 0.087 0.005 0.191 0.239 0.333 0.145 54 R 0.238 0.007 0.156 0.260 0.241 0.098 55 L 0.455 0.010 0.058 0.239 0.133 0.105 56 V 0.607 0.013 0.019 0.206 0.064 0.091 57 R 0.664 0.015 0.013 0.135 0.102 0.072 58 R 0.531 0.018 0.012 0.076 0.201 0.162 59 S 0.120 0.012 0.011 0.053 0.404 0.399 60 G 0.028 0.020 0.006 0.017 0.328 0.600 61 T 0.010 0.012 0.002 0.022 0.149 0.805 62 D 0.002 0.001 0.012 0.801 0.070 0.115 63 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 69 A 0.001 0.001 0.004 0.985 0.005 0.004 70 V 0.002 0.001 0.007 0.982 0.006 0.003 71 K 0.002 0.001 0.010 0.970 0.012 0.006 72 N 0.004 0.001 0.012 0.912 0.021 0.051 73 L 0.004 0.002 0.031 0.891 0.034 0.039 74 L 0.013 0.001 0.054 0.841 0.052 0.039 75 N 0.021 0.002 0.061 0.810 0.055 0.051 76 L 0.081 0.012 0.042 0.635 0.081 0.149 77 A 0.101 0.021 0.034 0.378 0.172 0.294 78 C 0.140 0.011 0.051 0.230 0.305 0.262 79 G 0.181 0.007 0.042 0.076 0.371 0.322 80 H 0.587 0.009 0.015 0.033 0.197 0.160 81 V 0.828 0.003 0.003 0.017 0.058 0.091 82 F 0.963 0.001 0.001 0.013 0.011 0.011 83 L 0.972 0.001 0.001 0.019 0.003 0.004 84 I 0.975 0.001 0.001 0.017 0.003 0.004 85 V 0.951 0.002 0.001 0.018 0.011 0.018 86 L 0.672 0.008 0.004 0.030 0.209 0.077 87 G 0.151 0.012 0.015 0.019 0.668 0.136 88 E 0.018 0.003 0.025 0.014 0.884 0.057 89 G 0.068 0.011 0.021 0.010 0.793 0.099 90 F 0.388 0.079 0.019 0.034 0.204 0.277 91 Y 0.555 0.040 0.016 0.036 0.134 0.219 92 P 0.472 0.009 0.030 0.150 0.129 0.209 93 I 0.427 0.015 0.034 0.254 0.091 0.179 94 N 0.283 0.016 0.027 0.446 0.066 0.161 95 V 0.126 0.004 0.031 0.755 0.032 0.051 96 L 0.041 0.002 0.032 0.867 0.033 0.025 97 H 0.018 0.002 0.030 0.913 0.026 0.011 98 A 0.018 0.003 0.045 0.861 0.046 0.027 99 V 0.011 0.001 0.060 0.830 0.070 0.028 100 K 0.013 0.004 0.037 0.764 0.099 0.084 101 A 0.009 0.005 0.025 0.553 0.109 0.298 102 C 0.014 0.006 0.017 0.243 0.202 0.519 103 P 0.023 0.002 0.067 0.442 0.247 0.219 104 E 0.145 0.005 0.076 0.452 0.210 0.112 105 V 0.510 0.010 0.027 0.304 0.091 0.059 106 V 0.667 0.004 0.012 0.219 0.044 0.054 107 R 0.775 0.002 0.006 0.161 0.023 0.033 108 I 0.754 0.002 0.004 0.203 0.014 0.023 109 Y 0.628 0.003 0.005 0.309 0.019 0.036 110 A 0.639 0.005 0.014 0.242 0.038 0.062 111 A 0.570 0.008 0.036 0.178 0.098 0.111 112 T 0.398 0.011 0.052 0.088 0.229 0.221 113 A 0.235 0.016 0.052 0.040 0.349 0.308 114 N 0.132 0.015 0.025 0.009 0.496 0.323 115 P 0.118 0.006 0.060 0.017 0.613 0.186 116 L 0.309 0.005 0.045 0.014 0.404 0.223 117 K 0.771 0.004 0.018 0.015 0.122 0.070 118 V 0.929 0.001 0.002 0.017 0.021 0.030 119 V 0.963 0.001 0.001 0.015 0.006 0.015 120 V 0.971 0.001 0.001 0.011 0.005 0.012 121 A 0.958 0.001 0.001 0.008 0.010 0.023 122 E 0.890 0.004 0.001 0.006 0.050 0.050 123 E 0.499 0.015 0.007 0.010 0.321 0.149 124 G 0.107 0.006 0.045 0.006 0.734 0.102 125 E 0.123 0.013 0.089 0.004 0.650 0.122 126 Q 0.193 0.013 0.043 0.003 0.579 0.169 127 R 0.442 0.004 0.010 0.001 0.258 0.285 128 A 0.896 0.005 0.001 0.001 0.025 0.072 129 I 0.971 0.003 0.001 0.001 0.007 0.018 130 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.005 0.014 131 G 0.956 0.001 0.001 0.001 0.013 0.029 132 V 0.905 0.003 0.001 0.001 0.025 0.065 133 M 0.773 0.009 0.003 0.003 0.083 0.129 134 D 0.369 0.018 0.008 0.006 0.294 0.305 135 G 0.100 0.013 0.012 0.013 0.499 0.362 136 F 0.087 0.024 0.014 0.008 0.421 0.446 137 T 0.111 0.045 0.015 0.013 0.361 0.455 138 P 0.047 0.037 0.069 0.041 0.694 0.112 139 L 0.035 0.018 0.063 0.027 0.719 0.139 140 G 0.025 0.006 0.037 0.011 0.723 0.197 141 V 0.196 0.074 0.020 0.014 0.451 0.244 142 E 0.215 0.090 0.006 0.014 0.118 0.556 143 D 0.116 0.035 0.005 0.031 0.173 0.640 144 E 0.003 0.001 0.051 0.888 0.036 0.022 145 A 0.002 0.001 0.045 0.919 0.024 0.010 146 E 0.002 0.001 0.030 0.941 0.021 0.006 147 V 0.001 0.001 0.006 0.976 0.008 0.008 148 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 149 W 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 150 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 151 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 155 R 0.001 0.001 0.006 0.988 0.005 0.001 156 R 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 157 L 0.001 0.001 0.006 0.916 0.024 0.052 158 G 0.003 0.001 0.004 0.042 0.079 0.872 159 Y 0.038 0.015 0.010 0.032 0.117 0.789 160 K 0.122 0.025 0.005 0.034 0.126 0.688 161 L 0.053 0.008 0.003 0.027 0.092 0.816