# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.014 0.588 0.015 0.005 0.003 0.005 0.001 0.007 0.066 0.014 0.149 0.101 2 E 0.037 0.022 0.422 0.003 0.002 0.002 0.009 0.001 0.023 0.014 0.004 0.152 0.311 3 L 0.075 0.009 0.176 0.046 0.018 0.008 0.021 0.001 0.047 0.022 0.006 0.066 0.505 4 K 0.028 0.001 0.076 0.281 0.007 0.003 0.017 0.001 0.068 0.056 0.008 0.422 0.031 5 L 0.042 0.004 0.035 0.005 0.004 0.001 0.043 0.003 0.132 0.009 0.003 0.024 0.693 6 I 0.025 0.007 0.078 0.006 0.001 0.001 0.022 0.003 0.194 0.013 0.001 0.598 0.053 7 P 0.016 0.014 0.273 0.010 0.001 0.002 0.020 0.008 0.257 0.006 0.002 0.025 0.366 8 I 0.013 0.022 0.493 0.041 0.017 0.007 0.016 0.017 0.134 0.036 0.053 0.050 0.099 9 E 0.008 0.008 0.454 0.018 0.029 0.005 0.008 0.004 0.043 0.210 0.075 0.073 0.064 10 K 0.001 0.015 0.670 0.005 0.018 0.004 0.001 0.001 0.013 0.214 0.014 0.017 0.028 11 P 0.001 0.014 0.624 0.006 0.104 0.027 0.001 0.002 0.013 0.089 0.090 0.006 0.026 12 E 0.001 0.017 0.195 0.028 0.137 0.026 0.001 0.004 0.015 0.207 0.343 0.014 0.012 13 N 0.005 0.011 0.294 0.019 0.153 0.020 0.004 0.003 0.019 0.127 0.307 0.013 0.025 14 L 0.004 0.010 0.474 0.020 0.026 0.013 0.005 0.018 0.098 0.234 0.036 0.033 0.028 15 N 0.025 0.006 0.255 0.115 0.009 0.008 0.022 0.076 0.128 0.233 0.035 0.036 0.052 16 V 0.065 0.004 0.030 0.003 0.002 0.005 0.074 0.543 0.196 0.007 0.002 0.028 0.041 17 I 0.105 0.005 0.012 0.003 0.001 0.006 0.163 0.540 0.115 0.001 0.001 0.025 0.023 18 L 0.061 0.004 0.042 0.015 0.001 0.007 0.112 0.554 0.139 0.004 0.007 0.029 0.024 19 G 0.043 0.006 0.291 0.030 0.006 0.010 0.024 0.145 0.214 0.050 0.066 0.059 0.057 20 Q 0.010 0.008 0.413 0.027 0.059 0.031 0.005 0.017 0.119 0.131 0.093 0.021 0.065 21 A 0.008 0.017 0.235 0.035 0.175 0.080 0.004 0.004 0.054 0.161 0.154 0.026 0.048 22 H 0.005 0.017 0.173 0.021 0.188 0.092 0.003 0.004 0.030 0.166 0.264 0.017 0.022 23 F 0.010 0.017 0.160 0.008 0.165 0.234 0.006 0.012 0.047 0.091 0.196 0.011 0.043 24 I 0.022 0.017 0.209 0.013 0.084 0.338 0.012 0.019 0.055 0.088 0.076 0.028 0.038 25 K 0.024 0.015 0.166 0.003 0.039 0.394 0.009 0.014 0.056 0.109 0.055 0.073 0.041 26 T 0.012 0.011 0.218 0.001 0.020 0.508 0.004 0.004 0.029 0.037 0.034 0.009 0.113 27 V 0.001 0.003 0.036 0.001 0.018 0.900 0.001 0.001 0.006 0.007 0.019 0.003 0.003 28 E 0.001 0.001 0.021 0.001 0.016 0.910 0.001 0.001 0.002 0.015 0.029 0.002 0.002 29 D 0.001 0.001 0.022 0.001 0.011 0.934 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.001 0.002 30 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 31 H 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 32 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 34 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 35 V 0.001 0.002 0.006 0.001 0.014 0.880 0.001 0.001 0.001 0.005 0.090 0.001 0.001 36 T 0.001 0.002 0.029 0.001 0.028 0.709 0.001 0.001 0.002 0.041 0.182 0.002 0.002 37 A 0.001 0.011 0.129 0.001 0.052 0.523 0.001 0.001 0.005 0.108 0.159 0.001 0.010 38 V 0.001 0.013 0.512 0.002 0.007 0.098 0.001 0.001 0.006 0.323 0.028 0.008 0.003 39 P 0.001 0.005 0.233 0.012 0.021 0.045 0.001 0.001 0.002 0.146 0.532 0.001 0.004 40 G 0.002 0.007 0.183 0.011 0.022 0.015 0.001 0.001 0.006 0.171 0.569 0.005 0.008 41 I 0.017 0.023 0.542 0.002 0.022 0.026 0.008 0.005 0.074 0.139 0.031 0.055 0.056 42 R 0.056 0.016 0.306 0.028 0.007 0.021 0.064 0.029 0.203 0.074 0.011 0.037 0.148 43 F 0.142 0.007 0.055 0.027 0.004 0.019 0.147 0.175 0.209 0.016 0.005 0.136 0.058 44 G 0.230 0.006 0.046 0.013 0.005 0.037 0.186 0.198 0.127 0.007 0.006 0.034 0.104 45 L 0.212 0.003 0.039 0.018 0.004 0.060 0.212 0.214 0.112 0.008 0.005 0.072 0.042 46 A 0.246 0.004 0.071 0.017 0.005 0.063 0.134 0.157 0.127 0.012 0.011 0.053 0.101 47 F 0.223 0.007 0.175 0.022 0.018 0.091 0.054 0.048 0.087 0.048 0.040 0.071 0.116 48 S 0.095 0.011 0.265 0.027 0.041 0.117 0.014 0.009 0.045 0.132 0.082 0.070 0.093 49 E 0.019 0.009 0.301 0.009 0.102 0.166 0.003 0.003 0.021 0.121 0.155 0.029 0.062 50 A 0.010 0.018 0.284 0.004 0.092 0.158 0.002 0.001 0.006 0.113 0.239 0.031 0.040 51 S 0.007 0.016 0.218 0.008 0.066 0.157 0.002 0.001 0.002 0.141 0.343 0.014 0.026 52 G 0.005 0.009 0.240 0.005 0.080 0.205 0.001 0.001 0.002 0.202 0.219 0.017 0.015 53 K 0.010 0.005 0.196 0.008 0.092 0.315 0.001 0.001 0.003 0.134 0.182 0.015 0.038 54 R 0.026 0.009 0.117 0.013 0.090 0.394 0.006 0.003 0.017 0.115 0.119 0.027 0.064 55 L 0.076 0.013 0.126 0.016 0.057 0.346 0.030 0.014 0.069 0.046 0.040 0.038 0.129 56 V 0.091 0.028 0.139 0.011 0.022 0.277 0.058 0.035 0.132 0.026 0.025 0.088 0.069 57 R 0.089 0.026 0.152 0.005 0.013 0.244 0.041 0.041 0.140 0.024 0.022 0.090 0.113 58 R 0.036 0.016 0.334 0.015 0.017 0.195 0.014 0.023 0.083 0.062 0.090 0.039 0.076 59 S 0.004 0.012 0.256 0.005 0.017 0.097 0.002 0.004 0.020 0.194 0.350 0.016 0.023 60 G 0.001 0.016 0.310 0.002 0.015 0.035 0.001 0.001 0.007 0.313 0.285 0.008 0.008 61 T 0.001 0.030 0.522 0.001 0.013 0.045 0.001 0.001 0.004 0.288 0.083 0.004 0.009 62 D 0.001 0.003 0.180 0.001 0.019 0.614 0.001 0.001 0.001 0.113 0.068 0.001 0.001 63 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 74 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.024 0.904 0.001 0.001 0.001 0.010 0.050 0.001 0.001 75 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.035 0.825 0.001 0.001 0.001 0.013 0.109 0.001 0.001 76 L 0.001 0.002 0.029 0.001 0.050 0.689 0.001 0.002 0.002 0.026 0.198 0.001 0.002 77 A 0.001 0.012 0.115 0.002 0.050 0.309 0.001 0.002 0.005 0.060 0.438 0.002 0.004 78 C 0.002 0.017 0.315 0.009 0.044 0.117 0.002 0.005 0.018 0.159 0.285 0.014 0.014 79 G 0.003 0.006 0.311 0.044 0.020 0.012 0.002 0.003 0.018 0.275 0.286 0.008 0.012 80 H 0.016 0.005 0.304 0.020 0.010 0.007 0.017 0.037 0.135 0.309 0.056 0.050 0.034 81 V 0.048 0.003 0.137 0.019 0.003 0.003 0.083 0.281 0.309 0.031 0.004 0.017 0.062 82 F 0.066 0.001 0.005 0.003 0.001 0.002 0.127 0.636 0.132 0.002 0.001 0.018 0.007 83 L 0.076 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.163 0.672 0.071 0.001 0.001 0.003 0.009 84 I 0.141 0.001 0.010 0.003 0.001 0.003 0.185 0.508 0.112 0.001 0.001 0.026 0.011 85 V 0.130 0.004 0.109 0.017 0.002 0.006 0.116 0.186 0.265 0.009 0.005 0.020 0.128 86 L 0.051 0.013 0.292 0.061 0.018 0.016 0.024 0.036 0.159 0.089 0.046 0.114 0.081 87 G 0.006 0.012 0.272 0.032 0.074 0.029 0.001 0.002 0.025 0.342 0.128 0.020 0.057 88 E 0.001 0.004 0.155 0.022 0.157 0.070 0.001 0.001 0.006 0.247 0.324 0.005 0.009 89 G 0.001 0.024 0.196 0.002 0.177 0.117 0.001 0.001 0.009 0.135 0.313 0.009 0.015 90 F 0.008 0.057 0.308 0.003 0.058 0.174 0.005 0.005 0.018 0.179 0.132 0.005 0.049 91 Y 0.008 0.025 0.327 0.004 0.026 0.203 0.002 0.002 0.017 0.232 0.041 0.100 0.014 92 P 0.005 0.007 0.263 0.005 0.023 0.540 0.002 0.003 0.011 0.027 0.042 0.003 0.069 93 I 0.005 0.006 0.116 0.004 0.026 0.702 0.003 0.005 0.016 0.039 0.030 0.042 0.006 94 N 0.009 0.008 0.164 0.002 0.027 0.630 0.005 0.002 0.009 0.059 0.037 0.007 0.042 95 V 0.008 0.008 0.023 0.002 0.020 0.850 0.004 0.013 0.014 0.004 0.037 0.006 0.011 96 L 0.005 0.003 0.009 0.007 0.042 0.888 0.001 0.002 0.003 0.005 0.029 0.002 0.003 97 H 0.003 0.001 0.019 0.002 0.085 0.798 0.001 0.001 0.002 0.014 0.064 0.004 0.006 98 A 0.002 0.002 0.020 0.001 0.092 0.816 0.001 0.001 0.003 0.005 0.048 0.004 0.006 99 V 0.002 0.004 0.046 0.001 0.124 0.739 0.001 0.001 0.004 0.016 0.041 0.002 0.019 100 K 0.004 0.007 0.054 0.004 0.097 0.609 0.001 0.001 0.002 0.028 0.162 0.022 0.008 101 A 0.004 0.004 0.058 0.004 0.068 0.411 0.001 0.001 0.001 0.054 0.380 0.003 0.011 102 C 0.001 0.005 0.557 0.001 0.008 0.087 0.001 0.001 0.002 0.307 0.022 0.006 0.005 103 P 0.001 0.001 0.236 0.002 0.093 0.453 0.001 0.001 0.002 0.053 0.154 0.001 0.005 104 E 0.002 0.007 0.065 0.002 0.076 0.657 0.002 0.003 0.017 0.063 0.088 0.007 0.013 105 V 0.011 0.006 0.027 0.005 0.067 0.746 0.007 0.006 0.037 0.019 0.034 0.008 0.026 106 V 0.041 0.005 0.051 0.031 0.013 0.620 0.021 0.014 0.085 0.016 0.016 0.039 0.047 107 R 0.188 0.003 0.028 0.016 0.008 0.412 0.046 0.046 0.103 0.010 0.009 0.070 0.062 108 I 0.155 0.002 0.023 0.007 0.006 0.406 0.052 0.065 0.103 0.011 0.008 0.030 0.132 109 Y 0.191 0.004 0.025 0.011 0.004 0.444 0.074 0.036 0.044 0.010 0.013 0.099 0.046 110 A 0.150 0.009 0.062 0.020 0.008 0.374 0.048 0.045 0.044 0.019 0.044 0.057 0.120 111 A 0.192 0.008 0.088 0.021 0.024 0.314 0.023 0.014 0.013 0.035 0.108 0.065 0.097 112 T 0.087 0.009 0.190 0.012 0.048 0.155 0.007 0.004 0.013 0.107 0.205 0.084 0.079 113 A 0.028 0.024 0.204 0.009 0.053 0.118 0.004 0.001 0.005 0.243 0.234 0.012 0.066 114 N 0.003 0.015 0.496 0.008 0.012 0.014 0.001 0.001 0.004 0.350 0.058 0.025 0.014 115 P 0.004 0.006 0.338 0.035 0.106 0.014 0.001 0.001 0.004 0.169 0.284 0.004 0.036 116 L 0.066 0.008 0.314 0.041 0.090 0.007 0.011 0.002 0.020 0.219 0.078 0.096 0.048 117 K 0.234 0.005 0.107 0.023 0.054 0.009 0.045 0.021 0.068 0.116 0.014 0.125 0.180 118 V 0.554 0.002 0.019 0.010 0.003 0.002 0.109 0.061 0.051 0.004 0.002 0.053 0.132 119 V 0.636 0.002 0.008 0.008 0.001 0.001 0.127 0.042 0.021 0.001 0.001 0.125 0.029 120 V 0.477 0.002 0.022 0.005 0.001 0.001 0.130 0.043 0.050 0.001 0.001 0.029 0.239 121 A 0.331 0.003 0.124 0.045 0.001 0.001 0.053 0.014 0.063 0.009 0.007 0.215 0.134 122 E 0.108 0.016 0.241 0.016 0.006 0.002 0.022 0.004 0.079 0.075 0.040 0.077 0.316 123 E 0.009 0.013 0.281 0.024 0.025 0.003 0.002 0.001 0.017 0.198 0.273 0.071 0.081 124 G 0.002 0.003 0.125 0.008 0.020 0.001 0.001 0.001 0.002 0.282 0.528 0.013 0.016 125 E 0.006 0.010 0.223 0.009 0.026 0.002 0.002 0.001 0.004 0.317 0.309 0.046 0.046 126 Q 0.024 0.010 0.262 0.019 0.015 0.001 0.005 0.001 0.006 0.424 0.080 0.071 0.081 127 R 0.110 0.006 0.278 0.052 0.005 0.001 0.044 0.011 0.042 0.137 0.017 0.125 0.173 128 A 0.343 0.008 0.066 0.008 0.001 0.001 0.178 0.034 0.036 0.014 0.001 0.094 0.216 129 I 0.448 0.003 0.014 0.020 0.001 0.001 0.233 0.095 0.045 0.002 0.001 0.070 0.070 130 L 0.390 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.242 0.154 0.058 0.001 0.001 0.057 0.055 131 G 0.306 0.001 0.026 0.016 0.001 0.002 0.177 0.239 0.102 0.006 0.003 0.066 0.055 132 V 0.273 0.006 0.130 0.024 0.003 0.002 0.101 0.075 0.103 0.023 0.010 0.111 0.138 133 M 0.096 0.021 0.371 0.021 0.009 0.004 0.038 0.037 0.082 0.053 0.028 0.066 0.175 134 D 0.014 0.013 0.381 0.049 0.018 0.006 0.007 0.011 0.053 0.205 0.133 0.058 0.052 135 G 0.004 0.009 0.224 0.024 0.021 0.004 0.001 0.001 0.010 0.434 0.233 0.007 0.026 136 F 0.006 0.057 0.374 0.002 0.023 0.007 0.002 0.002 0.012 0.380 0.068 0.037 0.030 137 T 0.002 0.041 0.524 0.006 0.027 0.007 0.001 0.001 0.008 0.261 0.076 0.015 0.033 138 P 0.002 0.014 0.493 0.016 0.063 0.016 0.001 0.001 0.006 0.119 0.234 0.004 0.033 139 L 0.014 0.027 0.209 0.012 0.075 0.025 0.003 0.002 0.007 0.213 0.327 0.067 0.020 140 G 0.040 0.028 0.251 0.002 0.074 0.025 0.008 0.003 0.024 0.188 0.185 0.070 0.104 141 V 0.030 0.073 0.423 0.006 0.031 0.023 0.010 0.003 0.019 0.070 0.047 0.034 0.231 142 E 0.032 0.086 0.370 0.025 0.015 0.020 0.008 0.001 0.006 0.135 0.065 0.176 0.062 143 D 0.004 0.016 0.642 0.001 0.007 0.037 0.001 0.001 0.007 0.133 0.032 0.015 0.103 144 E 0.001 0.001 0.034 0.001 0.047 0.848 0.001 0.001 0.001 0.018 0.045 0.001 0.003 145 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.058 0.879 0.001 0.001 0.001 0.010 0.036 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.066 0.878 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.001 0.002 147 V 0.001 0.001 0.016 0.001 0.010 0.957 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.002 148 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 149 W 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 150 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 151 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 157 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.468 0.001 0.001 0.001 0.006 0.515 0.001 0.001 158 G 0.001 0.002 0.053 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.032 0.862 0.001 0.001 159 Y 0.001 0.019 0.751 0.001 0.012 0.028 0.001 0.001 0.006 0.110 0.046 0.010 0.015 160 K 0.003 0.054 0.641 0.003 0.016 0.023 0.001 0.001 0.016 0.121 0.050 0.030 0.042 161 L 0.001 0.017 0.830 0.002 0.009 0.009 0.001 0.001 0.006 0.078 0.016 0.007 0.024