# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.070 0.059 0.080 0.073 0.090 0.120 0.109 0.116 0.097 0.071 2 E 0.156 0.223 0.112 0.254 0.144 0.060 0.033 0.010 0.005 0.002 0.001 3 L 0.011 0.007 0.008 0.017 0.027 0.042 0.108 0.167 0.236 0.214 0.161 4 K 0.150 0.205 0.117 0.267 0.153 0.062 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 5 L 0.066 0.096 0.077 0.196 0.179 0.140 0.126 0.059 0.036 0.017 0.009 6 I 0.005 0.007 0.005 0.019 0.036 0.068 0.164 0.171 0.202 0.182 0.141 7 P 0.193 0.309 0.131 0.230 0.091 0.028 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 8 I 0.006 0.003 0.002 0.007 0.011 0.018 0.083 0.131 0.237 0.252 0.251 9 E 0.259 0.329 0.103 0.182 0.075 0.029 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 10 K 0.105 0.208 0.046 0.199 0.141 0.121 0.097 0.040 0.023 0.013 0.007 11 P 0.114 0.076 0.031 0.090 0.102 0.126 0.138 0.097 0.094 0.069 0.063 12 E 0.492 0.196 0.078 0.127 0.059 0.026 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 13 N 0.289 0.239 0.097 0.209 0.098 0.037 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 14 L 0.014 0.018 0.013 0.050 0.075 0.107 0.182 0.174 0.164 0.118 0.086 15 N 0.043 0.122 0.091 0.278 0.213 0.147 0.074 0.019 0.008 0.004 0.002 16 V 0.001 0.004 0.005 0.017 0.027 0.051 0.156 0.198 0.238 0.191 0.111 17 I 0.005 0.007 0.009 0.030 0.038 0.067 0.168 0.182 0.193 0.164 0.136 18 L 0.005 0.011 0.012 0.036 0.041 0.050 0.138 0.160 0.204 0.181 0.160 19 G 0.019 0.026 0.023 0.082 0.083 0.100 0.172 0.150 0.152 0.117 0.077 20 Q 0.023 0.047 0.043 0.141 0.146 0.133 0.170 0.115 0.092 0.058 0.032 21 A 0.051 0.051 0.048 0.100 0.105 0.107 0.167 0.128 0.115 0.075 0.054 22 H 0.036 0.048 0.044 0.129 0.137 0.152 0.200 0.113 0.079 0.043 0.020 23 F 0.020 0.028 0.028 0.057 0.060 0.069 0.172 0.163 0.173 0.143 0.088 24 I 0.016 0.018 0.035 0.058 0.062 0.087 0.157 0.147 0.180 0.140 0.100 25 K 0.031 0.052 0.081 0.163 0.190 0.172 0.159 0.076 0.042 0.022 0.011 26 T 0.011 0.083 0.054 0.113 0.087 0.090 0.158 0.144 0.127 0.092 0.042 27 V 0.016 0.017 0.027 0.047 0.072 0.104 0.216 0.164 0.161 0.108 0.069 28 E 0.398 0.178 0.189 0.141 0.054 0.020 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 29 D 0.014 0.059 0.060 0.187 0.189 0.175 0.183 0.075 0.035 0.016 0.007 30 L 0.002 0.004 0.009 0.013 0.015 0.021 0.066 0.114 0.225 0.266 0.264 31 H 0.013 0.015 0.033 0.088 0.162 0.242 0.284 0.091 0.049 0.016 0.007 32 E 0.030 0.056 0.381 0.299 0.123 0.065 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 33 A 0.003 0.006 0.013 0.025 0.041 0.085 0.218 0.195 0.176 0.145 0.093 34 L 0.005 0.005 0.018 0.017 0.013 0.020 0.076 0.129 0.210 0.243 0.263 35 V 0.007 0.025 0.121 0.129 0.182 0.169 0.172 0.087 0.055 0.033 0.019 36 T 0.054 0.099 0.188 0.187 0.136 0.123 0.104 0.046 0.031 0.019 0.011 37 A 0.051 0.057 0.030 0.088 0.104 0.111 0.184 0.136 0.109 0.078 0.051 38 V 0.065 0.066 0.027 0.075 0.079 0.098 0.148 0.113 0.118 0.098 0.111 39 P 0.191 0.119 0.069 0.142 0.115 0.105 0.113 0.055 0.044 0.029 0.018 40 G 0.367 0.162 0.068 0.139 0.100 0.067 0.052 0.020 0.013 0.007 0.004 41 I 0.019 0.017 0.014 0.037 0.039 0.046 0.110 0.147 0.186 0.191 0.195 42 R 0.016 0.053 0.058 0.155 0.177 0.206 0.165 0.073 0.051 0.028 0.019 43 F 0.006 0.007 0.010 0.019 0.021 0.035 0.128 0.181 0.226 0.207 0.161 44 G 0.018 0.014 0.015 0.044 0.056 0.084 0.163 0.166 0.156 0.144 0.140 45 L 0.005 0.007 0.009 0.016 0.016 0.023 0.072 0.116 0.224 0.256 0.252 46 A 0.006 0.010 0.010 0.040 0.046 0.058 0.132 0.155 0.197 0.181 0.165 47 F 0.007 0.012 0.016 0.032 0.040 0.056 0.130 0.145 0.197 0.198 0.167 48 S 0.030 0.040 0.039 0.119 0.139 0.131 0.167 0.126 0.102 0.064 0.043 49 E 0.021 0.034 0.024 0.071 0.079 0.119 0.198 0.149 0.143 0.096 0.066 50 A 0.018 0.011 0.013 0.023 0.032 0.050 0.112 0.125 0.180 0.208 0.228 51 S 0.116 0.229 0.081 0.214 0.138 0.087 0.076 0.028 0.018 0.008 0.005 52 G 0.141 0.090 0.041 0.124 0.126 0.118 0.133 0.088 0.067 0.044 0.028 53 K 0.376 0.262 0.092 0.158 0.063 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 54 R 0.010 0.041 0.029 0.154 0.192 0.235 0.209 0.072 0.035 0.016 0.008 55 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.014 0.053 0.118 0.223 0.286 0.291 56 V 0.004 0.009 0.010 0.043 0.076 0.113 0.247 0.174 0.156 0.101 0.068 57 R 0.003 0.014 0.033 0.079 0.095 0.097 0.176 0.155 0.168 0.109 0.071 58 R 0.020 0.023 0.022 0.099 0.131 0.176 0.242 0.131 0.080 0.052 0.024 59 S 0.179 0.151 0.057 0.185 0.134 0.089 0.114 0.047 0.027 0.012 0.004 60 G 0.125 0.066 0.028 0.073 0.085 0.089 0.154 0.131 0.110 0.090 0.049 61 T 0.052 0.605 0.079 0.127 0.059 0.037 0.022 0.008 0.005 0.004 0.003 62 D 0.016 0.057 0.027 0.115 0.210 0.223 0.202 0.083 0.043 0.017 0.007 63 E 0.884 0.082 0.015 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.154 0.144 0.142 0.364 0.137 0.044 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 65 L 0.001 0.001 0.004 0.005 0.007 0.021 0.094 0.161 0.255 0.259 0.192 66 V 0.001 0.002 0.024 0.064 0.138 0.300 0.312 0.100 0.040 0.014 0.005 67 E 0.008 0.029 0.826 0.109 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.003 0.018 0.036 0.082 0.229 0.406 0.138 0.053 0.025 0.010 69 A 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.004 0.035 0.088 0.216 0.312 0.336 70 V 0.001 0.004 0.089 0.097 0.200 0.272 0.236 0.063 0.025 0.011 0.005 71 K 0.013 0.031 0.722 0.162 0.052 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.002 0.005 0.014 0.022 0.050 0.136 0.391 0.177 0.114 0.058 0.030 73 L 0.004 0.003 0.013 0.009 0.008 0.012 0.059 0.107 0.210 0.261 0.314 74 L 0.011 0.022 0.183 0.154 0.196 0.174 0.158 0.055 0.025 0.014 0.007 75 N 0.021 0.065 0.412 0.187 0.128 0.099 0.058 0.016 0.009 0.004 0.002 76 L 0.004 0.004 0.007 0.010 0.014 0.029 0.136 0.155 0.212 0.237 0.195 77 A 0.084 0.059 0.050 0.092 0.099 0.125 0.187 0.097 0.093 0.063 0.052 78 C 0.021 0.024 0.053 0.054 0.048 0.058 0.159 0.132 0.166 0.157 0.128 79 G 0.037 0.037 0.040 0.101 0.121 0.138 0.197 0.118 0.106 0.068 0.036 80 H 0.008 0.011 0.018 0.032 0.037 0.057 0.188 0.169 0.197 0.174 0.107 81 V 0.003 0.005 0.019 0.027 0.036 0.065 0.155 0.160 0.190 0.184 0.155 82 F 0.002 0.003 0.012 0.008 0.006 0.011 0.072 0.143 0.242 0.287 0.214 83 L 0.001 0.003 0.013 0.016 0.016 0.026 0.086 0.158 0.221 0.256 0.203 84 I 0.001 0.002 0.012 0.006 0.006 0.012 0.058 0.116 0.251 0.291 0.245 85 V 0.002 0.003 0.014 0.030 0.039 0.055 0.172 0.209 0.244 0.152 0.082 86 L 0.002 0.005 0.013 0.023 0.025 0.042 0.137 0.164 0.262 0.201 0.126 87 G 0.033 0.040 0.044 0.156 0.188 0.186 0.198 0.085 0.049 0.016 0.006 88 E 0.218 0.186 0.081 0.189 0.126 0.090 0.068 0.025 0.011 0.004 0.001 89 G 0.109 0.095 0.046 0.139 0.138 0.096 0.117 0.097 0.085 0.054 0.025 90 F 0.049 0.075 0.028 0.131 0.159 0.173 0.165 0.095 0.067 0.037 0.022 91 Y 0.005 0.013 0.009 0.028 0.049 0.079 0.180 0.192 0.205 0.150 0.090 92 P 0.010 0.024 0.017 0.046 0.054 0.084 0.186 0.176 0.180 0.137 0.088 93 I 0.033 0.019 0.022 0.041 0.041 0.054 0.125 0.140 0.185 0.188 0.152 94 N 0.013 0.024 0.043 0.099 0.109 0.121 0.179 0.137 0.125 0.087 0.064 95 V 0.001 0.004 0.016 0.020 0.016 0.018 0.072 0.128 0.214 0.261 0.249 96 L 0.001 0.001 0.015 0.018 0.026 0.042 0.119 0.140 0.205 0.215 0.219 97 H 0.023 0.030 0.222 0.188 0.162 0.142 0.143 0.044 0.026 0.012 0.006 98 A 0.002 0.010 0.047 0.077 0.125 0.190 0.306 0.129 0.067 0.034 0.014 99 V 0.001 0.002 0.008 0.006 0.005 0.008 0.041 0.074 0.187 0.299 0.369 100 K 0.024 0.029 0.064 0.158 0.196 0.189 0.205 0.075 0.036 0.015 0.008 101 A 0.072 0.155 0.349 0.209 0.106 0.059 0.034 0.009 0.004 0.002 0.001 102 C 0.005 0.015 0.009 0.038 0.067 0.127 0.282 0.180 0.131 0.095 0.051 103 P 0.543 0.171 0.048 0.095 0.058 0.037 0.028 0.009 0.006 0.003 0.002 104 E 0.296 0.124 0.105 0.163 0.118 0.083 0.072 0.022 0.010 0.004 0.002 105 V 0.014 0.025 0.039 0.085 0.084 0.115 0.196 0.146 0.137 0.100 0.060 106 V 0.012 0.014 0.035 0.042 0.044 0.063 0.172 0.184 0.193 0.149 0.092 107 R 0.021 0.052 0.168 0.254 0.216 0.151 0.082 0.030 0.015 0.007 0.003 108 I 0.006 0.009 0.050 0.025 0.021 0.029 0.096 0.142 0.222 0.231 0.167 109 Y 0.012 0.019 0.049 0.093 0.102 0.111 0.213 0.154 0.136 0.073 0.039 110 A 0.015 0.026 0.067 0.047 0.037 0.055 0.166 0.135 0.163 0.160 0.130 111 A 0.013 0.017 0.083 0.069 0.066 0.073 0.123 0.131 0.169 0.147 0.109 112 T 0.028 0.053 0.092 0.111 0.085 0.097 0.161 0.119 0.115 0.082 0.057 113 A 0.044 0.033 0.061 0.066 0.065 0.072 0.133 0.128 0.154 0.133 0.111 114 N 0.045 0.055 0.065 0.118 0.105 0.126 0.176 0.111 0.099 0.063 0.036 115 P 0.069 0.084 0.085 0.135 0.116 0.096 0.133 0.090 0.088 0.063 0.041 116 L 0.009 0.011 0.015 0.034 0.039 0.057 0.137 0.151 0.210 0.189 0.147 117 K 0.032 0.089 0.076 0.230 0.194 0.163 0.131 0.043 0.023 0.012 0.006 118 V 0.001 0.003 0.005 0.014 0.017 0.032 0.104 0.170 0.244 0.230 0.180 119 V 0.002 0.004 0.006 0.019 0.031 0.056 0.158 0.183 0.217 0.187 0.136 120 V 0.001 0.007 0.008 0.035 0.047 0.056 0.140 0.162 0.217 0.185 0.143 121 A 0.001 0.003 0.005 0.025 0.042 0.062 0.153 0.175 0.237 0.172 0.126 122 E 0.087 0.101 0.062 0.237 0.189 0.136 0.114 0.043 0.021 0.007 0.003 123 E 0.190 0.202 0.064 0.205 0.121 0.088 0.077 0.030 0.015 0.006 0.002 124 G 0.252 0.182 0.060 0.145 0.089 0.074 0.068 0.042 0.036 0.028 0.025 125 E 0.200 0.212 0.090 0.198 0.131 0.076 0.056 0.020 0.010 0.005 0.003 126 Q 0.148 0.139 0.089 0.179 0.147 0.110 0.098 0.044 0.026 0.012 0.008 127 R 0.010 0.037 0.026 0.148 0.176 0.182 0.181 0.114 0.067 0.039 0.020 128 A 0.003 0.004 0.004 0.016 0.038 0.077 0.195 0.213 0.207 0.148 0.096 129 I 0.001 0.002 0.004 0.010 0.017 0.035 0.117 0.170 0.234 0.211 0.198 130 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.022 0.086 0.161 0.228 0.267 0.219 131 G 0.001 0.002 0.002 0.010 0.015 0.030 0.098 0.183 0.237 0.216 0.206 132 V 0.003 0.003 0.003 0.008 0.009 0.018 0.074 0.135 0.214 0.267 0.266 133 M 0.002 0.003 0.004 0.015 0.023 0.038 0.099 0.162 0.232 0.223 0.200 134 D 0.012 0.038 0.024 0.085 0.102 0.109 0.174 0.151 0.130 0.093 0.082 135 G 0.177 0.110 0.064 0.161 0.129 0.097 0.093 0.059 0.046 0.036 0.027 136 F 0.047 0.049 0.021 0.093 0.129 0.126 0.179 0.127 0.109 0.070 0.050 137 T 0.200 0.168 0.052 0.144 0.118 0.089 0.082 0.052 0.046 0.029 0.020 138 P 0.154 0.058 0.027 0.077 0.076 0.093 0.133 0.098 0.104 0.092 0.087 139 L 0.079 0.114 0.039 0.131 0.138 0.128 0.174 0.082 0.060 0.035 0.018 140 G 0.305 0.198 0.061 0.121 0.090 0.075 0.066 0.035 0.024 0.016 0.009 141 V 0.050 0.030 0.029 0.066 0.065 0.072 0.136 0.120 0.143 0.152 0.136 142 E 0.070 0.094 0.085 0.095 0.104 0.123 0.202 0.103 0.067 0.036 0.021 143 D 0.101 0.308 0.213 0.256 0.081 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 144 E 0.495 0.150 0.146 0.108 0.050 0.028 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 145 A 0.681 0.089 0.167 0.042 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.035 0.065 0.362 0.167 0.074 0.103 0.141 0.035 0.012 0.004 0.001 147 V 0.006 0.018 0.259 0.155 0.155 0.191 0.155 0.041 0.013 0.005 0.001 148 A 0.041 0.027 0.846 0.047 0.018 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 149 W 0.003 0.019 0.432 0.243 0.166 0.085 0.038 0.008 0.003 0.001 0.001 150 R 0.001 0.006 0.143 0.015 0.023 0.055 0.229 0.178 0.176 0.120 0.054 151 K 0.002 0.007 0.392 0.225 0.208 0.106 0.049 0.008 0.002 0.001 0.001 152 D 0.016 0.034 0.879 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.001 0.006 0.149 0.065 0.078 0.123 0.288 0.137 0.094 0.043 0.015 154 L 0.001 0.001 0.061 0.008 0.012 0.024 0.170 0.189 0.237 0.190 0.107 155 R 0.001 0.010 0.620 0.202 0.110 0.038 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 156 R 0.005 0.031 0.513 0.146 0.139 0.101 0.050 0.010 0.004 0.002 0.001 157 L 0.003 0.005 0.010 0.013 0.019 0.042 0.178 0.188 0.234 0.197 0.111 158 G 0.209 0.201 0.116 0.137 0.100 0.074 0.088 0.036 0.023 0.011 0.005 159 Y 0.061 0.077 0.159 0.119 0.100 0.089 0.116 0.088 0.085 0.066 0.040 160 K 0.135 0.218 0.143 0.190 0.130 0.074 0.059 0.025 0.015 0.007 0.004 161 L 0.194 0.110 0.043 0.106 0.108 0.099 0.121 0.081 0.069 0.043 0.026