# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.937 2 E 0.605 0.040 0.003 0.001 0.007 0.006 0.338 3 L 0.774 0.010 0.005 0.001 0.011 0.003 0.197 4 K 0.826 0.001 0.008 0.001 0.033 0.005 0.126 5 L 0.957 0.002 0.003 0.001 0.003 0.003 0.032 6 I 0.960 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 7 P 0.938 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.053 8 I 0.567 0.004 0.003 0.001 0.026 0.017 0.383 9 E 0.488 0.013 0.005 0.003 0.193 0.025 0.274 10 K 0.224 0.016 0.003 0.003 0.202 0.006 0.546 11 P 0.074 0.011 0.049 0.014 0.060 0.058 0.735 12 E 0.027 0.004 0.124 0.055 0.126 0.599 0.067 13 N 0.060 0.006 0.115 0.051 0.118 0.515 0.136 14 L 0.276 0.012 0.024 0.037 0.073 0.037 0.541 15 N 0.537 0.008 0.009 0.031 0.181 0.053 0.181 16 V 0.933 0.003 0.004 0.014 0.011 0.008 0.028 17 I 0.947 0.008 0.001 0.017 0.003 0.001 0.022 18 L 0.915 0.006 0.006 0.020 0.012 0.006 0.036 19 G 0.620 0.005 0.024 0.026 0.062 0.044 0.220 20 Q 0.349 0.004 0.065 0.073 0.161 0.083 0.265 21 A 0.215 0.013 0.129 0.121 0.182 0.134 0.206 22 H 0.161 0.023 0.179 0.096 0.177 0.201 0.163 23 F 0.262 0.029 0.155 0.124 0.096 0.197 0.138 24 I 0.239 0.031 0.052 0.153 0.112 0.046 0.367 25 K 0.192 0.036 0.019 0.093 0.110 0.040 0.510 26 T 0.100 0.046 0.023 0.138 0.084 0.033 0.577 27 V 0.002 0.001 0.056 0.907 0.004 0.019 0.011 28 E 0.001 0.001 0.067 0.898 0.007 0.020 0.006 29 D 0.001 0.001 0.043 0.932 0.003 0.010 0.011 30 L 0.001 0.001 0.016 0.973 0.001 0.006 0.003 31 H 0.001 0.001 0.008 0.983 0.001 0.007 0.001 32 E 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.007 0.001 33 A 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.010 0.001 34 L 0.008 0.002 0.012 0.943 0.002 0.030 0.003 35 V 0.012 0.002 0.021 0.907 0.006 0.045 0.006 36 T 0.020 0.002 0.015 0.815 0.018 0.112 0.019 37 A 0.020 0.012 0.012 0.666 0.074 0.113 0.104 38 V 0.016 0.010 0.009 0.088 0.223 0.031 0.622 39 P 0.005 0.002 0.025 0.089 0.088 0.700 0.090 40 G 0.013 0.002 0.024 0.040 0.143 0.717 0.061 41 I 0.213 0.018 0.018 0.070 0.194 0.039 0.448 42 R 0.499 0.010 0.007 0.083 0.147 0.030 0.223 43 F 0.841 0.008 0.006 0.055 0.023 0.015 0.052 44 G 0.846 0.005 0.003 0.084 0.015 0.006 0.042 45 L 0.820 0.002 0.004 0.128 0.008 0.006 0.033 46 A 0.762 0.006 0.004 0.135 0.008 0.010 0.075 47 F 0.577 0.007 0.023 0.215 0.031 0.048 0.099 48 S 0.409 0.008 0.044 0.259 0.059 0.100 0.120 49 E 0.225 0.014 0.098 0.264 0.067 0.165 0.169 50 A 0.137 0.027 0.073 0.128 0.133 0.306 0.195 51 S 0.070 0.017 0.055 0.056 0.223 0.347 0.232 52 G 0.057 0.009 0.067 0.043 0.382 0.169 0.273 53 K 0.081 0.007 0.160 0.042 0.229 0.208 0.273 54 R 0.231 0.010 0.242 0.046 0.134 0.185 0.153 55 L 0.618 0.026 0.071 0.050 0.046 0.049 0.139 56 V 0.818 0.019 0.015 0.037 0.014 0.017 0.079 57 R 0.818 0.017 0.010 0.034 0.016 0.014 0.091 58 R 0.696 0.034 0.009 0.026 0.037 0.046 0.152 59 S 0.267 0.010 0.011 0.010 0.170 0.301 0.231 60 G 0.073 0.016 0.006 0.006 0.375 0.197 0.326 61 T 0.036 0.037 0.004 0.008 0.276 0.043 0.598 62 D 0.009 0.011 0.023 0.355 0.129 0.029 0.444 63 E 0.001 0.001 0.014 0.967 0.002 0.014 0.002 64 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.003 0.001 65 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 70 V 0.001 0.001 0.006 0.969 0.002 0.018 0.003 71 K 0.001 0.001 0.008 0.950 0.002 0.039 0.001 72 N 0.001 0.001 0.007 0.856 0.003 0.126 0.007 73 L 0.002 0.002 0.029 0.797 0.016 0.089 0.064 74 L 0.010 0.003 0.071 0.568 0.113 0.146 0.089 75 N 0.052 0.010 0.124 0.398 0.102 0.233 0.080 76 L 0.085 0.023 0.046 0.304 0.175 0.134 0.232 77 A 0.090 0.014 0.036 0.131 0.108 0.134 0.488 78 C 0.042 0.010 0.122 0.187 0.071 0.440 0.129 79 G 0.084 0.009 0.078 0.033 0.168 0.493 0.136 80 H 0.323 0.015 0.024 0.007 0.206 0.051 0.373 81 V 0.661 0.006 0.007 0.006 0.084 0.022 0.214 82 F 0.932 0.002 0.005 0.006 0.008 0.004 0.043 83 L 0.976 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.008 84 I 0.974 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.007 85 V 0.912 0.004 0.004 0.016 0.004 0.007 0.054 86 L 0.531 0.008 0.027 0.033 0.087 0.073 0.241 87 G 0.101 0.008 0.052 0.028 0.320 0.369 0.120 88 E 0.025 0.006 0.080 0.013 0.198 0.543 0.135 89 G 0.034 0.019 0.019 0.014 0.207 0.108 0.600 90 F 0.068 0.054 0.017 0.017 0.137 0.052 0.656 91 Y 0.139 0.018 0.012 0.051 0.427 0.022 0.330 92 P 0.157 0.010 0.049 0.233 0.066 0.063 0.424 93 I 0.137 0.021 0.111 0.556 0.050 0.035 0.089 94 N 0.156 0.013 0.097 0.557 0.060 0.037 0.080 95 V 0.062 0.004 0.066 0.791 0.012 0.036 0.029 96 L 0.029 0.003 0.047 0.865 0.009 0.023 0.024 97 H 0.019 0.001 0.091 0.804 0.016 0.045 0.024 98 A 0.019 0.002 0.098 0.749 0.013 0.102 0.016 99 V 0.035 0.009 0.144 0.584 0.038 0.135 0.055 100 K 0.030 0.014 0.113 0.408 0.084 0.257 0.095 101 A 0.023 0.011 0.052 0.303 0.123 0.311 0.177 102 C 0.018 0.006 0.021 0.099 0.261 0.029 0.565 103 P 0.011 0.002 0.170 0.446 0.064 0.180 0.127 104 E 0.071 0.009 0.200 0.246 0.118 0.255 0.100 105 V 0.376 0.025 0.097 0.195 0.033 0.050 0.224 106 V 0.786 0.004 0.013 0.073 0.034 0.013 0.078 107 R 0.916 0.002 0.004 0.045 0.009 0.005 0.018 108 I 0.937 0.001 0.002 0.038 0.002 0.006 0.013 109 Y 0.924 0.004 0.003 0.039 0.004 0.008 0.018 110 A 0.899 0.004 0.004 0.030 0.008 0.015 0.040 111 A 0.736 0.004 0.009 0.019 0.065 0.041 0.126 112 T 0.462 0.024 0.006 0.006 0.121 0.041 0.340 113 A 0.153 0.022 0.009 0.005 0.366 0.075 0.369 114 N 0.094 0.008 0.006 0.001 0.277 0.020 0.594 115 P 0.053 0.008 0.216 0.026 0.193 0.315 0.189 116 L 0.204 0.006 0.172 0.020 0.175 0.185 0.237 117 K 0.601 0.006 0.057 0.012 0.103 0.030 0.191 118 V 0.971 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.017 119 V 0.987 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 120 V 0.986 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.005 121 A 0.960 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.027 122 E 0.839 0.005 0.005 0.006 0.034 0.026 0.085 123 E 0.494 0.013 0.029 0.015 0.136 0.166 0.147 124 G 0.121 0.005 0.067 0.010 0.235 0.398 0.164 125 E 0.109 0.009 0.077 0.006 0.239 0.365 0.195 126 Q 0.239 0.012 0.052 0.004 0.275 0.237 0.181 127 R 0.511 0.007 0.017 0.001 0.196 0.068 0.200 128 A 0.883 0.005 0.003 0.001 0.019 0.006 0.083 129 I 0.972 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 130 L 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 131 G 0.950 0.002 0.002 0.001 0.008 0.003 0.034 132 V 0.888 0.004 0.004 0.002 0.012 0.008 0.083 133 M 0.826 0.016 0.004 0.002 0.029 0.021 0.103 134 D 0.536 0.037 0.007 0.002 0.114 0.069 0.234 135 G 0.219 0.015 0.010 0.003 0.297 0.135 0.321 136 F 0.103 0.029 0.011 0.004 0.293 0.058 0.502 137 T 0.084 0.027 0.013 0.004 0.140 0.028 0.705 138 P 0.062 0.027 0.144 0.041 0.111 0.125 0.489 139 L 0.050 0.027 0.186 0.035 0.229 0.238 0.236 140 G 0.065 0.013 0.138 0.033 0.236 0.233 0.281 141 V 0.099 0.035 0.058 0.054 0.112 0.079 0.564 142 E 0.078 0.073 0.010 0.035 0.195 0.049 0.560 143 D 0.023 0.020 0.003 0.035 0.158 0.011 0.749 144 E 0.001 0.001 0.015 0.965 0.002 0.012 0.006 145 A 0.001 0.001 0.020 0.965 0.001 0.012 0.002 146 E 0.001 0.001 0.033 0.946 0.001 0.012 0.007 147 V 0.001 0.001 0.012 0.957 0.003 0.021 0.006 148 A 0.001 0.001 0.007 0.910 0.003 0.076 0.004 149 W 0.001 0.002 0.013 0.849 0.008 0.088 0.039 150 R 0.001 0.001 0.010 0.910 0.007 0.024 0.047 151 K 0.001 0.001 0.012 0.975 0.002 0.008 0.003 152 D 0.001 0.001 0.009 0.981 0.001 0.008 0.001 153 L 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.007 0.001 154 L 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.009 0.002 155 R 0.001 0.001 0.009 0.959 0.002 0.026 0.002 156 R 0.002 0.001 0.009 0.906 0.005 0.072 0.007 157 L 0.004 0.002 0.008 0.755 0.014 0.182 0.034 158 G 0.017 0.007 0.011 0.189 0.065 0.541 0.171 159 Y 0.092 0.019 0.011 0.055 0.127 0.069 0.626 160 K 0.087 0.026 0.002 0.022 0.045 0.012 0.806 161 L 0.007 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.983