# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.495 0.257 0.033 0.129 0.014 0.013 0.003 0.023 0.002 0.001 2 E 0.022 0.422 0.412 0.013 0.014 0.078 0.009 0.001 0.028 0.001 0.001 3 L 0.021 0.475 0.425 0.005 0.019 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 4 K 0.085 0.612 0.128 0.060 0.052 0.028 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 5 L 0.014 0.464 0.445 0.010 0.025 0.026 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 6 I 0.002 0.769 0.104 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 7 P 0.008 0.093 0.769 0.002 0.001 0.113 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 8 I 0.024 0.576 0.291 0.010 0.027 0.045 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 9 E 0.213 0.219 0.363 0.098 0.012 0.069 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 10 K 0.011 0.395 0.390 0.003 0.086 0.011 0.011 0.001 0.091 0.003 0.001 11 P 0.112 0.013 0.756 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 0.003 0.001 0.071 12 E 0.584 0.069 0.153 0.112 0.037 0.011 0.008 0.012 0.006 0.008 0.001 13 N 0.156 0.129 0.114 0.329 0.091 0.039 0.078 0.031 0.025 0.008 0.001 14 L 0.062 0.488 0.278 0.052 0.059 0.025 0.008 0.002 0.025 0.001 0.001 15 N 0.170 0.252 0.202 0.148 0.051 0.088 0.053 0.002 0.031 0.002 0.002 16 V 0.013 0.818 0.105 0.003 0.041 0.008 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 17 I 0.026 0.686 0.163 0.003 0.006 0.065 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 18 L 0.026 0.461 0.258 0.022 0.012 0.079 0.006 0.001 0.136 0.001 0.001 19 G 0.045 0.043 0.114 0.015 0.302 0.016 0.053 0.140 0.006 0.262 0.002 20 Q 0.299 0.271 0.203 0.080 0.055 0.040 0.013 0.003 0.028 0.006 0.002 21 A 0.445 0.083 0.297 0.075 0.025 0.029 0.016 0.009 0.005 0.012 0.004 22 H 0.326 0.150 0.116 0.179 0.068 0.032 0.092 0.013 0.022 0.003 0.001 23 F 0.305 0.191 0.151 0.132 0.051 0.042 0.082 0.015 0.022 0.008 0.001 24 I 0.194 0.445 0.243 0.021 0.029 0.042 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 25 K 0.652 0.107 0.126 0.060 0.015 0.023 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 26 T 0.225 0.294 0.234 0.045 0.069 0.076 0.008 0.003 0.042 0.003 0.001 27 V 0.905 0.034 0.016 0.025 0.004 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 28 E 0.970 0.003 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 D 0.769 0.011 0.014 0.160 0.009 0.015 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 30 L 0.967 0.002 0.003 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 H 0.986 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 E 0.982 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 A 0.980 0.003 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.939 0.010 0.010 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 35 V 0.826 0.031 0.018 0.109 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 36 T 0.666 0.074 0.045 0.176 0.019 0.007 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 37 A 0.483 0.074 0.109 0.251 0.025 0.019 0.018 0.006 0.010 0.005 0.001 38 V 0.047 0.327 0.185 0.004 0.018 0.018 0.012 0.001 0.387 0.001 0.001 39 P 0.169 0.001 0.772 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 40 G 0.096 0.010 0.037 0.081 0.040 0.005 0.072 0.625 0.003 0.031 0.001 41 I 0.050 0.390 0.472 0.011 0.032 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 42 R 0.224 0.438 0.227 0.051 0.014 0.030 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 43 F 0.057 0.683 0.091 0.032 0.109 0.011 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 44 G 0.050 0.567 0.115 0.009 0.204 0.014 0.007 0.004 0.024 0.005 0.001 45 L 0.084 0.616 0.189 0.011 0.062 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 46 A 0.120 0.433 0.296 0.017 0.048 0.064 0.002 0.002 0.017 0.002 0.001 47 F 0.295 0.354 0.095 0.086 0.103 0.032 0.006 0.002 0.024 0.003 0.001 48 S 0.539 0.164 0.131 0.053 0.064 0.026 0.009 0.002 0.009 0.004 0.001 49 E 0.482 0.129 0.086 0.184 0.043 0.034 0.017 0.003 0.021 0.001 0.001 50 A 0.500 0.096 0.229 0.091 0.033 0.023 0.011 0.004 0.010 0.003 0.001 51 S 0.240 0.092 0.116 0.459 0.038 0.012 0.019 0.006 0.015 0.003 0.001 52 G 0.167 0.025 0.158 0.038 0.085 0.006 0.067 0.192 0.008 0.253 0.001 53 K 0.567 0.063 0.211 0.119 0.014 0.010 0.007 0.003 0.002 0.002 0.003 54 R 0.221 0.276 0.307 0.079 0.025 0.036 0.022 0.002 0.032 0.001 0.001 55 L 0.138 0.280 0.492 0.021 0.014 0.040 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 56 V 0.099 0.702 0.065 0.039 0.046 0.020 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 57 R 0.052 0.393 0.439 0.015 0.024 0.055 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 58 R 0.180 0.337 0.209 0.083 0.046 0.070 0.016 0.003 0.056 0.001 0.001 59 S 0.078 0.345 0.176 0.154 0.134 0.021 0.042 0.007 0.034 0.009 0.001 60 G 0.018 0.019 0.091 0.027 0.309 0.003 0.032 0.155 0.001 0.345 0.001 61 T 0.013 0.132 0.506 0.038 0.188 0.082 0.004 0.001 0.023 0.012 0.001 62 D 0.589 0.024 0.199 0.040 0.021 0.077 0.005 0.001 0.035 0.008 0.001 63 E 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 L 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 N 0.825 0.001 0.002 0.162 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 73 L 0.950 0.003 0.005 0.035 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 74 L 0.967 0.002 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.716 0.003 0.005 0.252 0.002 0.004 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 76 L 0.570 0.079 0.153 0.147 0.005 0.026 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 77 A 0.613 0.077 0.086 0.137 0.017 0.017 0.024 0.011 0.012 0.005 0.001 78 C 0.326 0.139 0.158 0.224 0.075 0.012 0.032 0.011 0.013 0.010 0.001 79 G 0.188 0.048 0.153 0.100 0.152 0.008 0.058 0.184 0.005 0.103 0.001 80 H 0.099 0.313 0.285 0.099 0.131 0.039 0.012 0.004 0.013 0.005 0.001 81 V 0.033 0.686 0.163 0.029 0.053 0.017 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 82 F 0.006 0.805 0.115 0.002 0.048 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 83 L 0.007 0.821 0.126 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 84 I 0.011 0.728 0.164 0.001 0.012 0.049 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 85 V 0.029 0.598 0.217 0.007 0.011 0.086 0.002 0.001 0.050 0.001 0.001 86 L 0.115 0.313 0.276 0.124 0.035 0.071 0.011 0.001 0.050 0.002 0.001 87 G 0.146 0.066 0.120 0.049 0.222 0.009 0.084 0.077 0.007 0.220 0.001 88 E 0.205 0.094 0.139 0.317 0.061 0.031 0.104 0.016 0.023 0.007 0.003 89 G 0.197 0.083 0.152 0.077 0.137 0.010 0.038 0.159 0.004 0.141 0.001 90 F 0.309 0.206 0.167 0.171 0.029 0.050 0.025 0.004 0.033 0.004 0.002 91 Y 0.145 0.327 0.296 0.009 0.039 0.031 0.027 0.001 0.118 0.006 0.001 92 P 0.612 0.007 0.254 0.009 0.001 0.075 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 93 I 0.867 0.039 0.041 0.021 0.005 0.017 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 94 N 0.804 0.031 0.032 0.034 0.005 0.059 0.016 0.003 0.014 0.001 0.001 95 V 0.842 0.036 0.018 0.080 0.002 0.015 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 96 L 0.875 0.032 0.045 0.021 0.004 0.014 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 97 H 0.958 0.005 0.004 0.024 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 98 A 0.923 0.009 0.006 0.049 0.004 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 99 V 0.845 0.032 0.029 0.082 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 K 0.925 0.011 0.027 0.028 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.488 0.013 0.026 0.438 0.004 0.005 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 102 C 0.131 0.165 0.473 0.004 0.016 0.020 0.008 0.001 0.180 0.001 0.001 103 P 0.842 0.001 0.122 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 104 E 0.540 0.138 0.113 0.111 0.051 0.015 0.014 0.007 0.007 0.002 0.001 105 V 0.182 0.506 0.206 0.025 0.029 0.038 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 106 V 0.476 0.235 0.061 0.168 0.028 0.012 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 107 R 0.047 0.598 0.206 0.011 0.098 0.026 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 108 I 0.056 0.760 0.109 0.006 0.013 0.027 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 109 Y 0.163 0.604 0.078 0.027 0.033 0.033 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 110 A 0.098 0.451 0.257 0.030 0.074 0.053 0.008 0.002 0.027 0.001 0.001 111 A 0.146 0.305 0.161 0.125 0.134 0.054 0.025 0.009 0.034 0.008 0.001 112 T 0.127 0.304 0.118 0.149 0.222 0.027 0.012 0.004 0.019 0.018 0.001 113 A 0.133 0.172 0.137 0.247 0.170 0.051 0.030 0.018 0.025 0.017 0.001 114 N 0.009 0.214 0.216 0.009 0.124 0.080 0.032 0.001 0.312 0.003 0.001 115 P 0.402 0.030 0.284 0.120 0.003 0.071 0.009 0.002 0.005 0.001 0.073 116 L 0.157 0.250 0.379 0.072 0.060 0.039 0.020 0.004 0.017 0.001 0.001 117 K 0.151 0.361 0.274 0.121 0.028 0.033 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 118 V 0.009 0.762 0.181 0.003 0.018 0.012 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 119 V 0.010 0.771 0.152 0.002 0.006 0.031 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 120 V 0.011 0.721 0.171 0.006 0.008 0.051 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 121 A 0.030 0.469 0.306 0.014 0.100 0.055 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 122 E 0.185 0.367 0.204 0.104 0.053 0.047 0.004 0.001 0.031 0.003 0.001 123 E 0.141 0.242 0.237 0.172 0.130 0.014 0.028 0.003 0.024 0.009 0.001 124 G 0.104 0.023 0.073 0.042 0.118 0.006 0.074 0.252 0.006 0.302 0.001 125 E 0.262 0.141 0.200 0.256 0.046 0.030 0.027 0.007 0.022 0.006 0.003 126 Q 0.138 0.178 0.188 0.138 0.122 0.030 0.110 0.057 0.015 0.020 0.002 127 R 0.064 0.350 0.281 0.147 0.088 0.026 0.019 0.004 0.018 0.003 0.001 128 A 0.034 0.428 0.291 0.013 0.199 0.009 0.005 0.004 0.008 0.008 0.001 129 I 0.024 0.780 0.120 0.005 0.025 0.025 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 130 L 0.037 0.534 0.277 0.029 0.022 0.040 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 131 G 0.031 0.167 0.190 0.009 0.464 0.015 0.031 0.051 0.007 0.034 0.001 132 V 0.101 0.544 0.228 0.040 0.034 0.032 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 133 M 0.103 0.465 0.218 0.058 0.054 0.049 0.007 0.002 0.041 0.004 0.001 134 D 0.102 0.149 0.190 0.301 0.041 0.067 0.079 0.004 0.063 0.004 0.001 135 G 0.046 0.022 0.049 0.082 0.088 0.004 0.111 0.499 0.003 0.095 0.001 136 F 0.114 0.252 0.371 0.131 0.056 0.023 0.016 0.010 0.014 0.012 0.002 137 T 0.023 0.257 0.520 0.002 0.038 0.014 0.018 0.001 0.122 0.005 0.001 138 P 0.143 0.004 0.624 0.004 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 0.171 139 L 0.254 0.072 0.316 0.265 0.023 0.026 0.019 0.007 0.014 0.001 0.003 140 G 0.057 0.028 0.058 0.029 0.208 0.005 0.123 0.365 0.003 0.123 0.001 141 V 0.114 0.463 0.271 0.068 0.041 0.028 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 142 E 0.151 0.276 0.277 0.164 0.062 0.047 0.006 0.001 0.013 0.003 0.001 143 D 0.012 0.208 0.478 0.007 0.196 0.053 0.001 0.001 0.040 0.004 0.001 144 E 0.987 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.969 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.980 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 A 0.986 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 W 0.923 0.001 0.003 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 R 0.970 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 L 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 R 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 L 0.429 0.002 0.004 0.564 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 158 G 0.075 0.001 0.009 0.020 0.005 0.001 0.257 0.586 0.003 0.042 0.001 159 Y 0.191 0.191 0.425 0.098 0.032 0.040 0.007 0.002 0.009 0.004 0.001 160 K 0.194 0.208 0.417 0.063 0.017 0.065 0.008 0.002 0.025 0.001 0.001 161 L 0.249 0.228 0.296 0.078 0.044 0.054 0.010 0.003 0.033 0.005 0.001