# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.370 0.059 0.003 0.388 0.002 0.003 0.008 0.008 0.017 0.024 2 E 0.166 0.251 0.028 0.002 0.480 0.002 0.005 0.011 0.010 0.022 0.025 3 L 0.532 0.043 0.008 0.001 0.281 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.115 4 K 0.039 0.178 0.063 0.053 0.332 0.098 0.132 0.055 0.025 0.013 0.011 5 L 0.428 0.068 0.015 0.001 0.378 0.001 0.002 0.003 0.005 0.025 0.075 6 I 0.051 0.429 0.063 0.002 0.446 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 7 P 0.260 0.093 0.008 0.001 0.577 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 8 I 0.191 0.176 0.047 0.005 0.468 0.004 0.005 0.009 0.019 0.017 0.060 9 E 0.017 0.044 0.071 0.061 0.047 0.136 0.429 0.113 0.054 0.020 0.006 10 K 0.090 0.293 0.295 0.011 0.208 0.001 0.007 0.017 0.011 0.018 0.048 11 P 0.066 0.259 0.063 0.016 0.171 0.012 0.010 0.080 0.198 0.074 0.050 12 E 0.017 0.043 0.027 0.017 0.047 0.097 0.224 0.216 0.269 0.031 0.011 13 N 0.179 0.026 0.004 0.002 0.116 0.002 0.011 0.029 0.058 0.397 0.176 14 L 0.263 0.150 0.016 0.002 0.472 0.001 0.003 0.006 0.006 0.028 0.053 15 N 0.142 0.023 0.006 0.030 0.171 0.146 0.257 0.078 0.041 0.041 0.065 16 V 0.193 0.139 0.014 0.001 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 17 I 0.377 0.036 0.005 0.003 0.514 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.052 18 L 0.157 0.071 0.036 0.146 0.192 0.097 0.095 0.054 0.015 0.045 0.091 19 G 0.030 0.075 0.103 0.300 0.039 0.087 0.023 0.021 0.022 0.230 0.070 20 Q 0.070 0.164 0.079 0.091 0.151 0.048 0.041 0.066 0.070 0.176 0.044 21 A 0.123 0.127 0.040 0.022 0.199 0.043 0.064 0.139 0.096 0.078 0.068 22 H 0.122 0.131 0.043 0.048 0.225 0.038 0.051 0.073 0.064 0.151 0.052 23 F 0.226 0.124 0.014 0.008 0.462 0.008 0.011 0.062 0.024 0.026 0.036 24 I 0.279 0.075 0.015 0.007 0.401 0.013 0.017 0.063 0.022 0.018 0.089 25 K 0.114 0.199 0.057 0.014 0.338 0.009 0.039 0.159 0.023 0.014 0.032 26 T 0.106 0.336 0.078 0.005 0.173 0.002 0.006 0.210 0.028 0.025 0.030 27 V 0.019 0.015 0.003 0.002 0.020 0.004 0.006 0.657 0.240 0.023 0.012 28 E 0.004 0.018 0.006 0.004 0.010 0.017 0.030 0.816 0.084 0.009 0.002 29 D 0.026 0.016 0.007 0.002 0.019 0.001 0.007 0.767 0.070 0.076 0.009 30 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.858 0.120 0.012 0.001 31 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.880 0.095 0.005 0.001 32 E 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.016 0.889 0.067 0.011 0.001 33 A 0.008 0.008 0.003 0.001 0.020 0.005 0.021 0.852 0.065 0.015 0.002 34 L 0.036 0.014 0.003 0.002 0.044 0.003 0.014 0.685 0.112 0.073 0.016 35 V 0.032 0.044 0.012 0.006 0.052 0.023 0.107 0.466 0.133 0.104 0.021 36 T 0.043 0.111 0.051 0.016 0.111 0.015 0.078 0.260 0.112 0.167 0.035 37 A 0.119 0.145 0.083 0.018 0.151 0.013 0.038 0.128 0.096 0.148 0.062 38 V 0.030 0.351 0.243 0.049 0.121 0.018 0.019 0.096 0.046 0.017 0.010 39 P 0.013 0.064 0.045 0.035 0.030 0.081 0.240 0.347 0.120 0.017 0.007 40 G 0.037 0.045 0.023 0.024 0.047 0.029 0.043 0.131 0.152 0.400 0.069 41 I 0.159 0.203 0.030 0.004 0.353 0.006 0.010 0.070 0.048 0.058 0.059 42 R 0.128 0.108 0.024 0.013 0.261 0.025 0.074 0.235 0.057 0.041 0.033 43 F 0.209 0.123 0.021 0.014 0.355 0.013 0.019 0.127 0.042 0.037 0.040 44 G 0.175 0.095 0.015 0.021 0.373 0.018 0.023 0.189 0.028 0.020 0.043 45 L 0.292 0.080 0.010 0.004 0.369 0.004 0.010 0.135 0.019 0.018 0.061 46 A 0.161 0.089 0.019 0.011 0.217 0.013 0.034 0.290 0.054 0.060 0.053 47 F 0.143 0.102 0.019 0.009 0.200 0.013 0.035 0.226 0.133 0.069 0.052 48 S 0.067 0.128 0.046 0.018 0.126 0.035 0.082 0.305 0.117 0.050 0.025 49 E 0.126 0.078 0.038 0.013 0.108 0.019 0.080 0.223 0.107 0.144 0.066 50 A 0.094 0.120 0.071 0.071 0.108 0.116 0.121 0.136 0.055 0.067 0.042 51 S 0.031 0.180 0.149 0.187 0.054 0.066 0.078 0.068 0.046 0.111 0.031 52 G 0.019 0.102 0.183 0.193 0.043 0.041 0.012 0.082 0.073 0.214 0.037 53 K 0.070 0.063 0.015 0.016 0.119 0.029 0.074 0.293 0.166 0.116 0.039 54 R 0.156 0.147 0.043 0.013 0.396 0.013 0.027 0.106 0.035 0.029 0.036 55 L 0.236 0.104 0.017 0.006 0.466 0.008 0.017 0.073 0.020 0.021 0.032 56 V 0.191 0.163 0.028 0.006 0.432 0.008 0.015 0.059 0.016 0.033 0.048 57 R 0.143 0.276 0.115 0.008 0.307 0.006 0.011 0.045 0.015 0.032 0.043 58 R 0.096 0.102 0.053 0.021 0.123 0.048 0.174 0.228 0.067 0.056 0.032 59 S 0.038 0.231 0.199 0.098 0.085 0.060 0.057 0.064 0.037 0.100 0.032 60 G 0.037 0.127 0.134 0.200 0.067 0.099 0.028 0.033 0.018 0.189 0.070 61 T 0.071 0.260 0.172 0.024 0.145 0.014 0.013 0.032 0.018 0.190 0.060 62 D 0.057 0.106 0.062 0.006 0.157 0.002 0.003 0.395 0.119 0.070 0.024 63 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.878 0.108 0.009 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.025 0.003 0.001 65 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.018 0.001 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.008 0.001 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.018 0.002 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.041 0.005 0.001 70 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.048 0.001 0.001 71 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.025 0.947 0.017 0.001 0.001 72 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.914 0.042 0.027 0.001 73 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.871 0.103 0.014 0.002 74 L 0.002 0.009 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.839 0.123 0.003 0.001 75 N 0.004 0.003 0.002 0.002 0.007 0.003 0.034 0.824 0.100 0.021 0.002 76 L 0.015 0.018 0.009 0.007 0.022 0.022 0.133 0.623 0.116 0.030 0.006 77 A 0.043 0.020 0.006 0.012 0.028 0.016 0.058 0.396 0.160 0.215 0.045 78 C 0.033 0.146 0.081 0.030 0.089 0.046 0.112 0.256 0.125 0.065 0.017 79 G 0.055 0.051 0.027 0.028 0.060 0.033 0.058 0.146 0.132 0.318 0.092 80 H 0.205 0.186 0.035 0.010 0.371 0.007 0.014 0.035 0.030 0.062 0.046 81 V 0.237 0.068 0.007 0.009 0.511 0.021 0.048 0.040 0.016 0.012 0.032 82 F 0.163 0.073 0.004 0.002 0.743 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 83 L 0.254 0.029 0.001 0.001 0.692 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 84 I 0.280 0.068 0.005 0.001 0.580 0.001 0.003 0.007 0.002 0.005 0.048 85 V 0.313 0.115 0.019 0.006 0.303 0.005 0.018 0.021 0.008 0.053 0.140 86 L 0.087 0.139 0.062 0.147 0.113 0.118 0.081 0.083 0.048 0.071 0.052 87 G 0.007 0.027 0.054 0.245 0.012 0.283 0.090 0.118 0.093 0.060 0.011 88 E 0.027 0.049 0.061 0.086 0.038 0.110 0.134 0.169 0.152 0.138 0.037 89 G 0.015 0.050 0.035 0.075 0.034 0.031 0.046 0.222 0.246 0.231 0.017 90 F 0.056 0.049 0.024 0.010 0.073 0.020 0.059 0.247 0.280 0.132 0.051 91 Y 0.015 0.134 0.068 0.017 0.060 0.008 0.025 0.587 0.073 0.005 0.007 92 P 0.068 0.062 0.010 0.003 0.115 0.004 0.025 0.603 0.075 0.015 0.020 93 I 0.023 0.016 0.004 0.003 0.029 0.011 0.027 0.697 0.167 0.015 0.007 94 N 0.020 0.021 0.004 0.002 0.028 0.003 0.015 0.783 0.105 0.012 0.008 95 V 0.009 0.016 0.004 0.002 0.011 0.002 0.013 0.789 0.115 0.036 0.003 96 L 0.013 0.018 0.003 0.003 0.018 0.008 0.047 0.676 0.163 0.041 0.009 97 H 0.007 0.026 0.013 0.006 0.013 0.019 0.053 0.653 0.188 0.016 0.007 98 A 0.015 0.019 0.009 0.006 0.019 0.006 0.032 0.623 0.170 0.091 0.010 99 V 0.044 0.057 0.016 0.010 0.062 0.032 0.065 0.327 0.266 0.091 0.029 100 K 0.013 0.042 0.029 0.021 0.024 0.039 0.144 0.489 0.156 0.031 0.011 101 A 0.029 0.069 0.063 0.018 0.046 0.019 0.109 0.197 0.142 0.277 0.033 102 C 0.100 0.172 0.075 0.019 0.162 0.010 0.039 0.234 0.115 0.033 0.042 103 P 0.007 0.050 0.016 0.004 0.023 0.017 0.032 0.641 0.197 0.009 0.003 104 E 0.015 0.015 0.004 0.001 0.031 0.003 0.054 0.658 0.167 0.046 0.006 105 V 0.097 0.030 0.004 0.004 0.110 0.008 0.034 0.484 0.156 0.057 0.016 106 V 0.030 0.045 0.004 0.007 0.104 0.012 0.030 0.679 0.075 0.008 0.007 107 R 0.144 0.050 0.004 0.003 0.267 0.004 0.027 0.444 0.028 0.010 0.019 108 I 0.170 0.041 0.004 0.006 0.297 0.019 0.061 0.351 0.022 0.008 0.020 109 Y 0.146 0.066 0.006 0.010 0.250 0.021 0.051 0.356 0.049 0.018 0.028 110 A 0.179 0.082 0.012 0.005 0.189 0.007 0.029 0.250 0.086 0.080 0.081 111 A 0.071 0.076 0.015 0.013 0.095 0.031 0.080 0.279 0.147 0.163 0.029 112 T 0.054 0.100 0.048 0.025 0.096 0.041 0.119 0.269 0.145 0.079 0.024 113 A 0.023 0.065 0.068 0.079 0.043 0.104 0.156 0.195 0.145 0.101 0.020 114 N 0.243 0.124 0.061 0.008 0.344 0.006 0.035 0.058 0.035 0.028 0.057 115 P 0.099 0.075 0.013 0.003 0.140 0.007 0.020 0.203 0.282 0.109 0.049 116 L 0.162 0.108 0.015 0.011 0.324 0.027 0.073 0.127 0.066 0.054 0.032 117 K 0.213 0.067 0.008 0.011 0.533 0.019 0.059 0.056 0.013 0.009 0.013 118 V 0.192 0.063 0.003 0.001 0.722 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 119 V 0.256 0.048 0.002 0.001 0.653 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.030 120 V 0.352 0.070 0.008 0.001 0.422 0.001 0.002 0.005 0.002 0.019 0.118 121 A 0.132 0.340 0.105 0.018 0.288 0.015 0.018 0.021 0.008 0.024 0.032 122 E 0.154 0.190 0.108 0.047 0.214 0.056 0.068 0.057 0.025 0.041 0.040 123 E 0.041 0.120 0.103 0.252 0.063 0.133 0.094 0.063 0.041 0.057 0.034 124 G 0.027 0.057 0.105 0.356 0.031 0.122 0.037 0.039 0.047 0.145 0.035 125 E 0.064 0.132 0.042 0.040 0.123 0.035 0.053 0.112 0.124 0.230 0.045 126 Q 0.119 0.105 0.033 0.053 0.165 0.046 0.066 0.090 0.079 0.168 0.076 127 R 0.173 0.135 0.049 0.060 0.315 0.048 0.051 0.023 0.022 0.071 0.052 128 A 0.167 0.190 0.031 0.008 0.563 0.005 0.004 0.005 0.003 0.006 0.018 129 I 0.422 0.049 0.007 0.002 0.454 0.002 0.002 0.004 0.001 0.004 0.052 130 L 0.222 0.130 0.035 0.031 0.352 0.036 0.040 0.024 0.013 0.040 0.078 131 G 0.150 0.217 0.096 0.035 0.378 0.017 0.007 0.012 0.008 0.033 0.046 132 V 0.269 0.155 0.048 0.007 0.353 0.006 0.015 0.039 0.016 0.028 0.065 133 M 0.136 0.114 0.078 0.077 0.185 0.084 0.070 0.058 0.038 0.088 0.074 134 D 0.078 0.228 0.154 0.122 0.227 0.046 0.045 0.028 0.017 0.030 0.026 135 G 0.030 0.055 0.094 0.103 0.041 0.039 0.019 0.079 0.089 0.379 0.070 136 F 0.050 0.196 0.180 0.066 0.130 0.034 0.055 0.062 0.056 0.135 0.036 137 T 0.035 0.287 0.400 0.043 0.126 0.016 0.027 0.037 0.012 0.007 0.011 138 P 0.084 0.243 0.119 0.017 0.198 0.016 0.034 0.115 0.077 0.051 0.045 139 L 0.020 0.204 0.111 0.053 0.070 0.081 0.138 0.139 0.117 0.053 0.014 140 G 0.101 0.071 0.073 0.031 0.099 0.018 0.013 0.072 0.058 0.273 0.190 141 V 0.191 0.155 0.037 0.007 0.199 0.013 0.016 0.105 0.063 0.133 0.082 142 E 0.065 0.231 0.093 0.042 0.223 0.043 0.058 0.114 0.029 0.064 0.037 143 D 0.029 0.506 0.301 0.005 0.079 0.001 0.001 0.032 0.008 0.031 0.008 144 E 0.002 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.798 0.175 0.011 0.002 145 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.046 0.002 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.044 0.022 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.040 0.005 0.001 148 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.042 0.003 0.001 149 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.035 0.017 0.001 150 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.057 0.014 0.001 151 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.039 0.001 0.001 152 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.019 0.003 0.001 153 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.021 0.004 0.001 154 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.051 0.006 0.001 155 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.880 0.101 0.002 0.001 156 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.091 0.851 0.043 0.006 0.001 157 L 0.007 0.459 0.219 0.017 0.065 0.011 0.046 0.126 0.023 0.024 0.003 158 G 0.098 0.010 0.005 0.009 0.017 0.008 0.012 0.063 0.037 0.466 0.274 159 Y 0.067 0.374 0.094 0.011 0.221 0.011 0.017 0.094 0.047 0.040 0.025 160 K 0.097 0.232 0.080 0.013 0.281 0.014 0.030 0.125 0.053 0.036 0.038 161 L 0.145 0.185 0.059 0.013 0.234 0.014 0.052 0.144 0.078 0.039 0.036