# TARGET T0271 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0271.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.81558 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.618 0.235 0.090 0.041 0.014 0.003 0.001 2 E 0.591 0.247 0.098 0.046 0.014 0.003 0.001 3 L 0.180 0.161 0.250 0.271 0.120 0.018 0.001 4 K 0.458 0.365 0.132 0.036 0.008 0.002 0.001 5 L 0.222 0.311 0.262 0.145 0.049 0.010 0.001 6 I 0.049 0.066 0.147 0.278 0.342 0.112 0.005 7 P 0.157 0.369 0.282 0.137 0.043 0.010 0.001 8 I 0.057 0.086 0.146 0.285 0.300 0.119 0.007 9 E 0.172 0.372 0.272 0.132 0.041 0.010 0.001 10 K 0.166 0.319 0.254 0.186 0.063 0.011 0.001 11 P 0.215 0.222 0.241 0.213 0.094 0.015 0.001 12 E 0.555 0.325 0.094 0.022 0.004 0.001 0.001 13 N 0.376 0.371 0.181 0.061 0.010 0.001 0.001 14 L 0.038 0.080 0.171 0.324 0.296 0.089 0.002 15 N 0.058 0.162 0.282 0.276 0.168 0.050 0.005 16 V 0.025 0.035 0.056 0.118 0.241 0.423 0.101 17 I 0.021 0.045 0.066 0.133 0.258 0.368 0.109 18 L 0.026 0.041 0.074 0.145 0.211 0.307 0.194 19 G 0.054 0.080 0.115 0.180 0.211 0.245 0.115 20 Q 0.083 0.125 0.160 0.189 0.185 0.180 0.078 21 A 0.102 0.143 0.192 0.213 0.171 0.124 0.055 22 H 0.077 0.101 0.124 0.175 0.201 0.241 0.081 23 F 0.056 0.068 0.080 0.168 0.261 0.291 0.076 24 I 0.061 0.098 0.135 0.216 0.222 0.220 0.048 25 K 0.071 0.131 0.216 0.283 0.170 0.109 0.020 26 T 0.082 0.104 0.113 0.150 0.207 0.279 0.066 27 V 0.043 0.076 0.126 0.250 0.285 0.193 0.028 28 E 0.256 0.343 0.201 0.123 0.053 0.020 0.004 29 D 0.098 0.147 0.236 0.288 0.160 0.063 0.009 30 L 0.043 0.045 0.057 0.135 0.299 0.360 0.061 31 H 0.103 0.195 0.250 0.252 0.142 0.051 0.006 32 E 0.213 0.322 0.223 0.146 0.066 0.025 0.004 33 A 0.108 0.108 0.156 0.223 0.235 0.142 0.027 34 L 0.081 0.085 0.107 0.193 0.259 0.230 0.043 35 V 0.188 0.208 0.194 0.185 0.129 0.076 0.020 36 T 0.219 0.224 0.186 0.174 0.121 0.061 0.014 37 A 0.119 0.171 0.193 0.227 0.175 0.098 0.018 38 V 0.144 0.184 0.188 0.213 0.169 0.083 0.021 39 P 0.213 0.249 0.208 0.172 0.101 0.045 0.013 40 G 0.216 0.342 0.225 0.130 0.056 0.023 0.008 41 I 0.014 0.035 0.081 0.215 0.337 0.256 0.061 42 R 0.026 0.068 0.133 0.249 0.296 0.175 0.053 43 F 0.010 0.013 0.022 0.052 0.130 0.413 0.360 44 G 0.015 0.024 0.035 0.077 0.161 0.349 0.339 45 L 0.009 0.012 0.025 0.051 0.099 0.281 0.524 46 A 0.012 0.018 0.028 0.073 0.144 0.332 0.392 47 F 0.018 0.028 0.035 0.079 0.153 0.380 0.307 48 S 0.043 0.082 0.095 0.163 0.207 0.249 0.162 49 E 0.058 0.130 0.173 0.204 0.190 0.178 0.067 50 A 0.094 0.134 0.155 0.208 0.207 0.153 0.050 51 S 0.175 0.282 0.240 0.167 0.086 0.039 0.010 52 G 0.206 0.197 0.195 0.198 0.138 0.056 0.010 53 K 0.273 0.325 0.226 0.117 0.042 0.015 0.003 54 R 0.071 0.165 0.248 0.246 0.178 0.082 0.010 55 L 0.027 0.036 0.074 0.178 0.333 0.309 0.043 56 V 0.026 0.055 0.100 0.212 0.307 0.263 0.036 57 R 0.045 0.090 0.148 0.235 0.271 0.186 0.026 58 R 0.095 0.187 0.238 0.243 0.164 0.066 0.006 59 S 0.312 0.301 0.198 0.119 0.052 0.017 0.002 60 G 0.261 0.249 0.198 0.162 0.090 0.035 0.004 61 T 0.382 0.269 0.166 0.113 0.055 0.014 0.001 62 D 0.156 0.308 0.301 0.164 0.058 0.013 0.001 63 E 0.652 0.259 0.067 0.017 0.004 0.001 0.001 64 A 0.257 0.414 0.234 0.075 0.017 0.002 0.001 65 L 0.028 0.034 0.077 0.306 0.418 0.133 0.003 66 V 0.029 0.171 0.313 0.343 0.124 0.020 0.001 67 E 0.221 0.533 0.192 0.045 0.007 0.001 0.001 68 L 0.023 0.065 0.225 0.394 0.242 0.049 0.002 69 A 0.008 0.007 0.016 0.061 0.297 0.557 0.054 70 V 0.019 0.085 0.240 0.382 0.209 0.061 0.003 71 K 0.084 0.442 0.306 0.127 0.034 0.006 0.001 72 N 0.013 0.036 0.118 0.335 0.369 0.123 0.006 73 L 0.021 0.025 0.042 0.126 0.323 0.404 0.058 74 L 0.155 0.317 0.272 0.173 0.066 0.017 0.001 75 N 0.223 0.327 0.244 0.147 0.049 0.010 0.001 76 L 0.092 0.090 0.126 0.228 0.262 0.173 0.029 77 A 0.155 0.229 0.204 0.164 0.128 0.096 0.023 78 C 0.089 0.081 0.110 0.186 0.253 0.213 0.069 79 G 0.105 0.175 0.203 0.203 0.172 0.099 0.043 80 H 0.031 0.059 0.098 0.179 0.235 0.278 0.121 81 V 0.046 0.077 0.122 0.190 0.201 0.205 0.159 82 F 0.019 0.021 0.031 0.060 0.148 0.382 0.339 83 L 0.022 0.049 0.101 0.206 0.197 0.223 0.202 84 I 0.032 0.049 0.062 0.111 0.141 0.320 0.285 85 V 0.050 0.079 0.110 0.191 0.216 0.231 0.123 86 L 0.077 0.085 0.097 0.182 0.230 0.256 0.073 87 G 0.231 0.302 0.208 0.158 0.065 0.029 0.007 88 E 0.273 0.328 0.202 0.127 0.051 0.017 0.002 89 G 0.112 0.176 0.209 0.230 0.177 0.087 0.009 90 F 0.095 0.164 0.221 0.237 0.187 0.084 0.012 91 Y 0.031 0.063 0.117 0.221 0.283 0.234 0.052 92 P 0.045 0.083 0.111 0.173 0.231 0.241 0.116 93 I 0.015 0.029 0.054 0.121 0.257 0.384 0.141 94 N 0.021 0.068 0.138 0.239 0.269 0.188 0.076 95 V 0.004 0.009 0.019 0.054 0.161 0.466 0.287 96 L 0.005 0.012 0.023 0.097 0.275 0.428 0.160 97 H 0.040 0.223 0.285 0.232 0.122 0.077 0.021 98 A 0.014 0.079 0.206 0.381 0.236 0.075 0.008 99 V 0.007 0.015 0.034 0.122 0.356 0.422 0.045 100 K 0.078 0.210 0.291 0.250 0.124 0.042 0.005 101 A 0.176 0.334 0.240 0.153 0.067 0.028 0.003 102 C 0.069 0.122 0.230 0.295 0.209 0.067 0.007 103 P 0.302 0.319 0.201 0.119 0.044 0.012 0.003 104 E 0.305 0.325 0.192 0.105 0.048 0.020 0.004 105 V 0.146 0.152 0.160 0.210 0.210 0.107 0.015 106 V 0.084 0.122 0.176 0.245 0.214 0.128 0.031 107 R 0.158 0.188 0.212 0.225 0.130 0.070 0.016 108 I 0.145 0.088 0.093 0.142 0.192 0.236 0.105 109 Y 0.339 0.151 0.096 0.131 0.137 0.115 0.030 110 A 0.385 0.210 0.157 0.105 0.057 0.057 0.029 111 A 0.284 0.138 0.118 0.158 0.132 0.128 0.042 112 T 0.196 0.156 0.147 0.138 0.145 0.146 0.072 113 A 0.224 0.166 0.122 0.162 0.163 0.113 0.050 114 N 0.209 0.181 0.196 0.177 0.112 0.075 0.051 115 P 0.129 0.207 0.209 0.181 0.140 0.105 0.029 116 L 0.025 0.039 0.084 0.186 0.247 0.293 0.127 117 K 0.034 0.137 0.157 0.206 0.226 0.192 0.048 118 V 0.014 0.019 0.053 0.170 0.319 0.326 0.100 119 V 0.013 0.037 0.040 0.094 0.199 0.501 0.116 120 V 0.006 0.022 0.050 0.151 0.325 0.361 0.085 121 A 0.009 0.039 0.124 0.287 0.341 0.179 0.022 122 E 0.113 0.342 0.307 0.174 0.054 0.009 0.001 123 E 0.327 0.391 0.184 0.077 0.018 0.003 0.001 124 G 0.380 0.305 0.185 0.094 0.031 0.004 0.001 125 E 0.426 0.314 0.163 0.072 0.021 0.003 0.001 126 Q 0.149 0.290 0.284 0.195 0.069 0.013 0.001 127 R 0.041 0.167 0.268 0.291 0.171 0.057 0.005 128 A 0.003 0.011 0.032 0.114 0.325 0.441 0.073 129 I 0.001 0.006 0.019 0.073 0.211 0.454 0.236 130 L 0.001 0.002 0.005 0.016 0.059 0.325 0.590 131 G 0.002 0.006 0.012 0.037 0.105 0.326 0.511 132 V 0.002 0.005 0.010 0.025 0.080 0.325 0.553 133 M 0.004 0.009 0.014 0.039 0.118 0.336 0.480 134 D 0.020 0.049 0.079 0.159 0.231 0.302 0.160 135 G 0.035 0.069 0.103 0.177 0.257 0.257 0.100 136 F 0.069 0.122 0.187 0.234 0.215 0.136 0.037 137 T 0.121 0.232 0.226 0.205 0.132 0.069 0.016 138 P 0.113 0.157 0.196 0.238 0.191 0.089 0.017 139 L 0.186 0.220 0.207 0.183 0.132 0.062 0.010 140 G 0.183 0.295 0.277 0.161 0.059 0.021 0.004 141 V 0.038 0.053 0.089 0.242 0.348 0.211 0.020 142 E 0.069 0.221 0.328 0.261 0.103 0.017 0.001 143 D 0.388 0.405 0.150 0.045 0.010 0.002 0.001 144 E 0.679 0.235 0.067 0.016 0.002 0.001 0.001 145 A 0.667 0.232 0.069 0.025 0.007 0.001 0.001 146 E 0.443 0.297 0.164 0.078 0.016 0.002 0.001 147 V 0.177 0.354 0.312 0.129 0.026 0.002 0.001 148 A 0.765 0.195 0.033 0.007 0.001 0.001 0.001 149 W 0.207 0.324 0.288 0.145 0.032 0.004 0.001 150 R 0.059 0.064 0.136 0.333 0.335 0.072 0.001 151 K 0.339 0.331 0.230 0.085 0.013 0.001 0.001 152 D 0.509 0.393 0.080 0.015 0.002 0.001 0.001 153 L 0.202 0.120 0.199 0.286 0.158 0.033 0.001 154 L 0.188 0.148 0.175 0.243 0.184 0.061 0.002 155 R 0.473 0.319 0.130 0.059 0.017 0.003 0.001 156 R 0.399 0.315 0.185 0.079 0.019 0.004 0.001 157 L 0.363 0.118 0.134 0.164 0.159 0.059 0.004 158 G 0.512 0.277 0.132 0.059 0.016 0.004 0.001 159 Y 0.589 0.199 0.096 0.064 0.041 0.011 0.001 160 K 0.689 0.178 0.086 0.036 0.009 0.001 0.001 161 L 0.706 0.174 0.068 0.038 0.012 0.002 0.001