; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 07/27/04_17:12:31 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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A.....R.....ARI.....MADd24nl-.....-.....-.....-vi6tkA.....V..... 1n0uA A.....R.....ARI.....MADdygwd-.....V.....T.....D.....A.....Rk22av 1n0uA A.....R.....ARI.....MADd35ylH.....E.....I.....K.....D.....S..... 1n0uA -.....-.....---.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1n0uA -.....-.....---.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1n0uA A.....R.....ARI.....MAD.....D.....Y.....G.....W.....D.....V..... 1n0uA E.....I.....KDS.....V--.....-.....-.....V.....A.....A.....-..... 1n0uA A.....R.....ARI.....MADd35ylH.....E.....I.....K.....D.....S..... 1n0uA -.....-.....---.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1n0uA L.....R.....QA-.....---.....-.....-.....T.....G.....G.....Q..... 1n0uA A.....R.....ARI.....MADdygwd-.....V.....T.....D.....A.....R..... 1n0uA A.....R.....ARI.....MADdygwd-.....V.....T.....D.....A.....R..... 1n0uA I.....K.....DSV.....VAA.....F.....Q.....W.....A.....T.....K..... 1n0uA -.....-.....---.....---.....-.....-.....-.....-.....-.....-..... 1n0uA 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