# TARGET T0270 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0270.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.022 0.009 0.003 0.006 0.099 0.860 2 E 0.050 0.018 0.006 0.013 0.074 0.840 3 R 0.107 0.030 0.010 0.026 0.101 0.726 4 H 0.124 0.044 0.016 0.034 0.152 0.629 5 V 0.089 0.026 0.015 0.027 0.163 0.681 6 P 0.063 0.021 0.061 0.026 0.362 0.467 7 E 0.040 0.012 0.153 0.036 0.428 0.331 8 P 0.061 0.020 0.173 0.044 0.390 0.312 9 T 0.077 0.030 0.146 0.043 0.419 0.285 10 H 0.086 0.024 0.076 0.049 0.371 0.393 11 T 0.047 0.028 0.057 0.095 0.344 0.429 12 L 0.024 0.015 0.049 0.143 0.414 0.355 13 E 0.024 0.005 0.035 0.209 0.345 0.382 14 G 0.054 0.008 0.036 0.422 0.290 0.188 15 W 0.092 0.008 0.033 0.614 0.149 0.104 16 H 0.227 0.025 0.026 0.547 0.092 0.083 17 V 0.221 0.006 0.037 0.626 0.062 0.048 18 L 0.151 0.004 0.034 0.704 0.061 0.047 19 H 0.085 0.002 0.047 0.770 0.058 0.038 20 D 0.100 0.005 0.062 0.732 0.065 0.036 21 F 0.122 0.007 0.081 0.701 0.057 0.031 22 R 0.165 0.003 0.090 0.567 0.104 0.072 23 L 0.247 0.011 0.066 0.485 0.103 0.088 24 L 0.365 0.045 0.023 0.237 0.132 0.198 25 D 0.131 0.015 0.014 0.248 0.207 0.385 26 F 0.004 0.001 0.342 0.515 0.111 0.028 27 A 0.005 0.002 0.402 0.442 0.124 0.025 28 R 0.002 0.001 0.456 0.411 0.113 0.017 29 W 0.008 0.006 0.256 0.429 0.208 0.094 30 F 0.007 0.004 0.206 0.397 0.273 0.114 31 S 0.007 0.003 0.082 0.108 0.354 0.446 32 A 0.004 0.004 0.013 0.023 0.339 0.617 33 P 0.002 0.003 0.005 0.041 0.188 0.761 34 L 0.001 0.001 0.049 0.780 0.115 0.054 35 E 0.001 0.001 0.037 0.862 0.074 0.025 36 A 0.001 0.001 0.032 0.923 0.029 0.015 37 R 0.001 0.001 0.007 0.969 0.008 0.015 38 E 0.001 0.001 0.005 0.972 0.011 0.010 39 D 0.001 0.001 0.009 0.975 0.008 0.007 40 A 0.001 0.001 0.007 0.969 0.012 0.011 41 W 0.001 0.001 0.007 0.976 0.010 0.006 42 E 0.001 0.001 0.005 0.960 0.016 0.018 43 E 0.001 0.001 0.006 0.954 0.015 0.024 44 L 0.001 0.001 0.004 0.969 0.011 0.014 45 K 0.001 0.001 0.005 0.963 0.018 0.014 46 G 0.001 0.001 0.004 0.953 0.020 0.022 47 L 0.001 0.001 0.005 0.939 0.024 0.031 48 V 0.001 0.001 0.008 0.946 0.026 0.019 49 R 0.001 0.001 0.010 0.924 0.040 0.025 50 E 0.001 0.001 0.009 0.921 0.035 0.033 51 W 0.001 0.001 0.011 0.880 0.059 0.047 52 R 0.002 0.001 0.017 0.859 0.080 0.041 53 E 0.004 0.001 0.017 0.695 0.163 0.121 54 L 0.009 0.002 0.042 0.510 0.259 0.178 55 E 0.015 0.005 0.042 0.278 0.339 0.322 56 E 0.031 0.005 0.026 0.089 0.362 0.488 57 A 0.072 0.006 0.024 0.057 0.345 0.495 58 G 0.179 0.011 0.022 0.046 0.281 0.462 59 Q 0.439 0.022 0.023 0.049 0.194 0.273 60 G 0.473 0.010 0.015 0.033 0.187 0.283 61 S 0.672 0.006 0.008 0.014 0.102 0.199 62 Y 0.844 0.004 0.004 0.006 0.047 0.095 63 G 0.905 0.004 0.002 0.004 0.029 0.056 64 I 0.957 0.002 0.002 0.003 0.013 0.023 65 Y 0.959 0.002 0.002 0.003 0.013 0.022 66 Q 0.945 0.002 0.003 0.003 0.021 0.026 67 V 0.910 0.004 0.005 0.004 0.041 0.035 68 V 0.753 0.007 0.011 0.007 0.128 0.095 69 G 0.518 0.010 0.027 0.008 0.303 0.134 70 H 0.321 0.015 0.050 0.017 0.431 0.166 71 K 0.303 0.014 0.067 0.014 0.496 0.106 72 A 0.323 0.009 0.044 0.015 0.504 0.105 73 D 0.562 0.004 0.017 0.007 0.273 0.138 74 L 0.938 0.003 0.001 0.003 0.025 0.030 75 L 0.980 0.002 0.001 0.002 0.004 0.011 76 F 0.985 0.002 0.001 0.002 0.003 0.007 77 L 0.955 0.002 0.002 0.005 0.014 0.023 78 N 0.757 0.005 0.014 0.011 0.070 0.143 79 L 0.301 0.009 0.032 0.026 0.203 0.430 80 R 0.033 0.008 0.013 0.008 0.295 0.643 81 P 0.006 0.013 0.020 0.011 0.371 0.580 82 G 0.004 0.006 0.011 0.024 0.236 0.718 83 L 0.001 0.001 0.041 0.873 0.059 0.026 84 D 0.001 0.001 0.013 0.954 0.024 0.008 85 P 0.001 0.001 0.014 0.975 0.008 0.002 86 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 87 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 88 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 89 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 90 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 91 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.005 92 R 0.001 0.001 0.004 0.967 0.015 0.014 93 L 0.001 0.001 0.005 0.953 0.021 0.020 94 S 0.001 0.001 0.011 0.858 0.057 0.071 95 R 0.001 0.001 0.011 0.722 0.127 0.137 96 S 0.004 0.002 0.020 0.574 0.165 0.235 97 A 0.011 0.008 0.035 0.472 0.238 0.236 98 F 0.010 0.007 0.092 0.604 0.158 0.128 99 A 0.009 0.003 0.281 0.457 0.167 0.083 100 R 0.007 0.001 0.283 0.518 0.127 0.064 101 Y 0.031 0.003 0.139 0.576 0.131 0.120 102 L 0.055 0.014 0.054 0.536 0.135 0.206 103 G 0.187 0.012 0.034 0.438 0.114 0.214 104 R 0.309 0.005 0.031 0.404 0.082 0.169 105 S 0.479 0.010 0.022 0.252 0.086 0.151 106 Y 0.631 0.009 0.020 0.150 0.070 0.120 107 S 0.710 0.008 0.015 0.085 0.059 0.123 108 F 0.624 0.008 0.030 0.181 0.071 0.087 109 Y 0.544 0.004 0.025 0.260 0.078 0.090 110 S 0.641 0.004 0.011 0.228 0.051 0.065 111 V 0.668 0.008 0.009 0.205 0.048 0.062 112 V 0.629 0.008 0.009 0.180 0.064 0.111 113 E 0.594 0.018 0.013 0.148 0.103 0.124 114 L 0.237 0.019 0.018 0.172 0.200 0.355 115 G 0.074 0.021 0.025 0.077 0.487 0.315 116 S 0.030 0.008 0.040 0.054 0.587 0.281 117 Q 0.026 0.018 0.063 0.111 0.540 0.241 118 E 0.025 0.030 0.089 0.153 0.504 0.199 119 K 0.016 0.009 0.050 0.187 0.429 0.309 120 P 0.011 0.010 0.094 0.236 0.381 0.268 121 L 0.008 0.012 0.094 0.266 0.368 0.253 122 D 0.006 0.005 0.304 0.360 0.233 0.091 123 P 0.007 0.008 0.247 0.424 0.221 0.095 124 E 0.006 0.010 0.188 0.551 0.151 0.095 125 S 0.005 0.006 0.130 0.456 0.234 0.169 126 P 0.004 0.002 0.129 0.466 0.219 0.180 127 Y 0.006 0.013 0.109 0.544 0.196 0.131 128 V 0.005 0.007 0.124 0.637 0.151 0.077 129 K 0.003 0.002 0.278 0.546 0.134 0.037 130 P 0.004 0.001 0.323 0.529 0.113 0.031 131 R 0.008 0.003 0.134 0.641 0.155 0.059 132 L 0.016 0.017 0.037 0.503 0.192 0.234 133 T 0.022 0.017 0.024 0.135 0.386 0.417 134 P 0.025 0.009 0.023 0.059 0.321 0.562 135 R 0.023 0.045 0.017 0.027 0.311 0.577 136 V 0.018 0.017 0.007 0.011 0.264 0.683 137 P 0.017 0.005 0.009 0.011 0.229 0.729 138 K 0.039 0.028 0.023 0.010 0.347 0.553 139 S 0.053 0.015 0.026 0.007 0.524 0.375 140 G 0.088 0.003 0.025 0.006 0.300 0.578 141 Y 0.749 0.014 0.012 0.005 0.070 0.150 142 V 0.923 0.006 0.002 0.001 0.019 0.049 143 C 0.954 0.002 0.001 0.001 0.011 0.032 144 F 0.930 0.006 0.001 0.001 0.014 0.049 145 Y 0.763 0.008 0.001 0.002 0.058 0.167 146 P 0.486 0.002 0.006 0.004 0.154 0.349 147 M 0.613 0.007 0.012 0.005 0.144 0.219 148 N 0.705 0.040 0.005 0.003 0.087 0.160 149 K 0.491 0.027 0.004 0.004 0.128 0.346 150 R 0.347 0.026 0.009 0.007 0.214 0.398 151 R 0.177 0.044 0.013 0.011 0.304 0.451 152 Q 0.051 0.023 0.019 0.020 0.621 0.266 153 G 0.028 0.004 0.023 0.014 0.595 0.336 154 Q 0.046 0.011 0.028 0.012 0.709 0.194 155 D 0.073 0.006 0.025 0.008 0.653 0.234 156 N 0.354 0.014 0.014 0.004 0.322 0.293 157 W 0.673 0.038 0.012 0.004 0.118 0.154 158 Y 0.690 0.020 0.007 0.004 0.067 0.212 159 M 0.619 0.042 0.006 0.006 0.064 0.263 160 L 0.166 0.012 0.001 0.002 0.064 0.755 161 P 0.028 0.003 0.001 0.019 0.070 0.879 162 A 0.001 0.001 0.006 0.957 0.013 0.024 163 K 0.001 0.001 0.005 0.975 0.013 0.007 164 E 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.004 165 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 166 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 169 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 170 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 171 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.007 172 H 0.001 0.001 0.001 0.967 0.005 0.027 173 G 0.001 0.001 0.003 0.868 0.022 0.106 174 E 0.001 0.001 0.013 0.943 0.021 0.023 175 T 0.001 0.001 0.022 0.943 0.024 0.010 176 G 0.001 0.001 0.035 0.873 0.067 0.024 177 R 0.001 0.001 0.056 0.822 0.093 0.028 178 K 0.002 0.002 0.050 0.749 0.145 0.052 179 Y 0.003 0.008 0.030 0.677 0.192 0.089 180 Q 0.005 0.005 0.065 0.211 0.571 0.143 181 G 0.007 0.002 0.086 0.170 0.580 0.154 182 E 0.053 0.006 0.085 0.108 0.574 0.173 183 V 0.325 0.012 0.028 0.069 0.307 0.259 184 M 0.774 0.014 0.011 0.027 0.067 0.107 185 Q 0.939 0.004 0.003 0.008 0.017 0.029 186 V 0.935 0.001 0.002 0.007 0.018 0.038 187 I 0.958 0.003 0.001 0.003 0.012 0.024 188 S 0.948 0.003 0.001 0.002 0.016 0.029 189 G 0.875 0.003 0.004 0.004 0.036 0.079 190 A 0.674 0.006 0.021 0.007 0.114 0.178 191 Q 0.662 0.016 0.018 0.006 0.118 0.180 192 G 0.389 0.011 0.007 0.004 0.191 0.398 193 L 0.194 0.033 0.003 0.002 0.330 0.437 194 D 0.100 0.009 0.002 0.001 0.313 0.576 195 D 0.193 0.014 0.030 0.008 0.527 0.227 196 W 0.523 0.004 0.032 0.006 0.301 0.134 197 E 0.887 0.003 0.008 0.002 0.047 0.052 198 W 0.958 0.001 0.002 0.001 0.014 0.023 199 G 0.976 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 200 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 201 D 0.942 0.001 0.002 0.002 0.021 0.032 202 L 0.895 0.007 0.007 0.003 0.038 0.050 203 F 0.706 0.012 0.012 0.006 0.115 0.150 204 S 0.154 0.011 0.062 0.017 0.503 0.252 205 E 0.016 0.005 0.088 0.021 0.631 0.238 206 D 0.011 0.011 0.066 0.069 0.599 0.243 207 P 0.003 0.002 0.087 0.696 0.175 0.037 208 V 0.004 0.001 0.032 0.815 0.101 0.048 209 Q 0.006 0.004 0.033 0.895 0.035 0.028 210 F 0.002 0.001 0.004 0.988 0.003 0.002 211 K 0.002 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 212 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 213 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 214 V 0.001 0.001 0.002 0.990 0.004 0.003 215 Y 0.002 0.001 0.004 0.976 0.009 0.008 216 E 0.003 0.001 0.005 0.932 0.021 0.039 217 M 0.007 0.005 0.004 0.827 0.034 0.122 218 R 0.009 0.006 0.004 0.430 0.063 0.488 219 F 0.001 0.001 0.004 0.974 0.009 0.012 220 D 0.002 0.001 0.005 0.974 0.013 0.006 221 E 0.002 0.001 0.007 0.965 0.017 0.009 222 V 0.004 0.001 0.006 0.956 0.017 0.015 223 S 0.003 0.001 0.007 0.963 0.018 0.009 224 A 0.002 0.001 0.007 0.965 0.019 0.007 225 R 0.004 0.001 0.008 0.939 0.028 0.022 226 Y 0.010 0.005 0.013 0.850 0.060 0.061 227 G 0.040 0.003 0.022 0.650 0.134 0.150 228 E 0.100 0.009 0.022 0.433 0.217 0.219 229 F 0.184 0.027 0.036 0.241 0.231 0.282 230 G 0.217 0.012 0.025 0.092 0.231 0.423 231 P 0.319 0.006 0.033 0.035 0.198 0.409 232 F 0.624 0.012 0.028 0.034 0.116 0.186 233 F 0.828 0.014 0.007 0.013 0.052 0.086 234 V 0.881 0.004 0.004 0.009 0.034 0.069 235 G 0.686 0.004 0.019 0.010 0.124 0.156 236 K 0.547 0.013 0.022 0.011 0.174 0.233 237 Y 0.247 0.013 0.027 0.009 0.260 0.444 238 L 0.082 0.037 0.003 0.004 0.208 0.666 239 D 0.017 0.006 0.002 0.006 0.120 0.851 240 E 0.001 0.001 0.118 0.715 0.117 0.048 241 E 0.001 0.001 0.132 0.777 0.078 0.012 242 A 0.001 0.001 0.199 0.749 0.049 0.002 243 L 0.001 0.001 0.076 0.850 0.059 0.012 244 R 0.002 0.001 0.114 0.801 0.070 0.012 245 A 0.003 0.001 0.137 0.677 0.147 0.035 246 F 0.005 0.001 0.072 0.597 0.209 0.116 247 L 0.007 0.023 0.032 0.296 0.208 0.434 248 G 0.016 0.015 0.013 0.096 0.129 0.731 249 L 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.965