# TARGET T0270 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0270.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 2 E 0.141 0.029 0.003 0.022 0.007 0.013 0.786 3 R 0.205 0.039 0.008 0.028 0.110 0.026 0.584 4 H 0.235 0.018 0.015 0.035 0.091 0.055 0.551 5 V 0.216 0.027 0.020 0.035 0.174 0.067 0.460 6 P 0.147 0.016 0.037 0.039 0.182 0.068 0.512 7 E 0.082 0.010 0.194 0.120 0.197 0.180 0.217 8 P 0.155 0.008 0.182 0.096 0.135 0.214 0.210 9 T 0.230 0.034 0.124 0.055 0.129 0.133 0.295 10 H 0.269 0.049 0.029 0.050 0.192 0.068 0.343 11 T 0.180 0.020 0.025 0.050 0.158 0.072 0.494 12 L 0.124 0.014 0.061 0.105 0.201 0.193 0.302 13 E 0.105 0.008 0.061 0.164 0.160 0.338 0.163 14 G 0.258 0.007 0.046 0.201 0.152 0.198 0.138 15 W 0.476 0.014 0.017 0.218 0.065 0.038 0.172 16 H 0.631 0.013 0.015 0.215 0.021 0.018 0.087 17 V 0.649 0.008 0.017 0.216 0.017 0.023 0.070 18 L 0.660 0.006 0.029 0.183 0.026 0.028 0.069 19 H 0.560 0.007 0.052 0.239 0.035 0.042 0.065 20 D 0.373 0.009 0.071 0.359 0.037 0.082 0.069 21 F 0.320 0.007 0.106 0.332 0.048 0.107 0.081 22 R 0.395 0.005 0.077 0.271 0.062 0.104 0.086 23 L 0.396 0.019 0.044 0.225 0.081 0.108 0.125 24 L 0.334 0.070 0.013 0.108 0.161 0.036 0.277 25 D 0.083 0.015 0.004 0.042 0.080 0.023 0.753 26 F 0.004 0.001 0.120 0.726 0.030 0.090 0.029 27 A 0.002 0.001 0.215 0.647 0.029 0.094 0.014 28 R 0.001 0.001 0.342 0.547 0.018 0.073 0.018 29 W 0.003 0.006 0.352 0.471 0.032 0.080 0.057 30 F 0.005 0.003 0.236 0.261 0.045 0.401 0.049 31 S 0.004 0.006 0.126 0.143 0.043 0.608 0.070 32 A 0.002 0.009 0.008 0.023 0.401 0.029 0.528 33 P 0.002 0.007 0.002 0.018 0.057 0.012 0.901 34 L 0.001 0.001 0.042 0.885 0.020 0.036 0.018 35 E 0.001 0.001 0.038 0.920 0.009 0.026 0.006 36 A 0.001 0.001 0.033 0.936 0.004 0.020 0.006 37 R 0.001 0.001 0.007 0.974 0.003 0.011 0.005 38 E 0.001 0.001 0.004 0.953 0.006 0.030 0.006 39 D 0.001 0.001 0.007 0.939 0.004 0.040 0.008 40 A 0.001 0.001 0.005 0.944 0.010 0.020 0.019 41 W 0.001 0.001 0.004 0.963 0.007 0.018 0.008 42 E 0.001 0.001 0.004 0.951 0.006 0.033 0.005 43 E 0.001 0.001 0.003 0.952 0.004 0.035 0.006 44 L 0.001 0.001 0.003 0.970 0.004 0.015 0.007 45 K 0.001 0.001 0.004 0.973 0.004 0.015 0.004 46 G 0.001 0.001 0.006 0.959 0.004 0.026 0.005 47 L 0.001 0.001 0.005 0.955 0.007 0.024 0.008 48 V 0.001 0.001 0.005 0.957 0.007 0.020 0.010 49 R 0.001 0.001 0.013 0.919 0.007 0.051 0.010 50 E 0.001 0.001 0.015 0.878 0.013 0.071 0.021 51 W 0.003 0.005 0.019 0.836 0.029 0.067 0.041 52 R 0.006 0.003 0.023 0.744 0.040 0.129 0.055 53 E 0.008 0.004 0.033 0.632 0.044 0.193 0.086 54 L 0.009 0.006 0.043 0.508 0.090 0.175 0.170 55 E 0.014 0.005 0.044 0.355 0.095 0.373 0.114 56 E 0.024 0.005 0.050 0.185 0.161 0.352 0.225 57 A 0.068 0.016 0.043 0.140 0.191 0.123 0.419 58 G 0.135 0.015 0.035 0.110 0.152 0.126 0.426 59 Q 0.257 0.024 0.057 0.108 0.142 0.124 0.288 60 G 0.320 0.015 0.044 0.085 0.135 0.136 0.266 61 S 0.409 0.011 0.027 0.046 0.104 0.086 0.317 62 Y 0.596 0.010 0.019 0.057 0.065 0.032 0.222 63 G 0.727 0.013 0.014 0.066 0.036 0.019 0.125 64 I 0.772 0.009 0.018 0.074 0.026 0.013 0.088 65 Y 0.844 0.010 0.012 0.055 0.012 0.010 0.057 66 Q 0.797 0.007 0.019 0.090 0.016 0.022 0.051 67 V 0.725 0.004 0.024 0.131 0.020 0.037 0.059 68 V 0.404 0.020 0.059 0.228 0.032 0.139 0.119 69 G 0.250 0.007 0.121 0.133 0.114 0.191 0.183 70 H 0.162 0.009 0.132 0.126 0.173 0.257 0.141 71 K 0.150 0.044 0.070 0.042 0.179 0.333 0.181 72 A 0.148 0.002 0.001 0.001 0.084 0.007 0.757 73 D 0.247 0.001 0.001 0.001 0.552 0.006 0.195 74 L 0.983 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 75 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 76 F 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 77 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 78 N 0.664 0.004 0.004 0.002 0.064 0.005 0.257 79 L 0.342 0.008 0.007 0.003 0.205 0.013 0.423 80 R 0.093 0.025 0.081 0.015 0.255 0.078 0.453 81 P 0.039 0.025 0.113 0.017 0.378 0.124 0.304 82 G 0.025 0.009 0.032 0.038 0.282 0.035 0.578 83 L 0.001 0.001 0.153 0.766 0.024 0.035 0.020 84 D 0.001 0.001 0.052 0.885 0.014 0.040 0.008 85 P 0.001 0.001 0.040 0.901 0.007 0.037 0.014 86 L 0.001 0.001 0.004 0.973 0.005 0.010 0.007 87 L 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.011 0.005 88 E 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.014 0.004 89 A 0.001 0.001 0.001 0.982 0.004 0.007 0.006 90 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.007 0.003 91 A 0.001 0.001 0.001 0.981 0.002 0.013 0.002 92 R 0.001 0.001 0.001 0.962 0.003 0.028 0.005 93 L 0.001 0.001 0.002 0.934 0.010 0.040 0.012 94 S 0.003 0.001 0.011 0.847 0.020 0.091 0.027 95 R 0.003 0.001 0.020 0.842 0.026 0.091 0.017 96 S 0.007 0.002 0.034 0.763 0.030 0.123 0.041 97 A 0.009 0.006 0.046 0.652 0.035 0.182 0.069 98 F 0.021 0.006 0.096 0.566 0.061 0.128 0.122 99 A 0.014 0.004 0.292 0.462 0.044 0.118 0.068 100 R 0.024 0.002 0.252 0.423 0.048 0.196 0.056 101 Y 0.027 0.007 0.178 0.482 0.043 0.200 0.063 102 L 0.119 0.030 0.041 0.272 0.185 0.180 0.172 103 G 0.221 0.008 0.017 0.058 0.212 0.073 0.411 104 R 0.351 0.014 0.027 0.061 0.154 0.068 0.325 105 S 0.617 0.013 0.030 0.035 0.069 0.067 0.169 106 Y 0.780 0.010 0.015 0.016 0.048 0.020 0.111 107 S 0.810 0.005 0.009 0.013 0.036 0.011 0.116 108 F 0.831 0.004 0.008 0.013 0.041 0.020 0.082 109 Y 0.847 0.005 0.009 0.016 0.025 0.015 0.083 110 S 0.819 0.005 0.010 0.017 0.025 0.013 0.111 111 V 0.828 0.006 0.010 0.015 0.029 0.021 0.090 112 V 0.847 0.011 0.008 0.013 0.020 0.013 0.087 113 E 0.679 0.024 0.018 0.022 0.047 0.028 0.183 114 L 0.406 0.026 0.021 0.028 0.135 0.039 0.346 115 G 0.146 0.014 0.031 0.022 0.145 0.041 0.602 116 S 0.072 0.013 0.094 0.052 0.196 0.300 0.274 117 Q 0.031 0.017 0.112 0.076 0.181 0.313 0.270 118 E 0.013 0.022 0.066 0.069 0.283 0.091 0.455 119 K 0.009 0.006 0.069 0.108 0.190 0.315 0.303 120 P 0.005 0.007 0.124 0.142 0.120 0.320 0.282 121 L 0.006 0.018 0.132 0.163 0.157 0.128 0.397 122 D 0.010 0.008 0.121 0.244 0.147 0.244 0.227 123 P 0.013 0.008 0.115 0.299 0.103 0.269 0.192 124 E 0.014 0.016 0.117 0.292 0.141 0.168 0.251 125 S 0.016 0.012 0.087 0.298 0.134 0.139 0.313 126 P 0.017 0.005 0.104 0.382 0.085 0.216 0.191 127 Y 0.015 0.014 0.090 0.442 0.071 0.209 0.159 128 V 0.017 0.012 0.055 0.635 0.057 0.053 0.171 129 K 0.014 0.007 0.082 0.712 0.020 0.052 0.113 130 P 0.016 0.003 0.128 0.614 0.035 0.109 0.094 131 R 0.020 0.008 0.126 0.619 0.022 0.144 0.062 132 L 0.032 0.018 0.068 0.536 0.084 0.132 0.131 133 T 0.051 0.013 0.080 0.234 0.108 0.191 0.323 134 P 0.046 0.008 0.071 0.093 0.184 0.201 0.396 135 R 0.085 0.049 0.098 0.074 0.211 0.119 0.365 136 V 0.050 0.037 0.023 0.020 0.255 0.034 0.581 137 P 0.021 0.011 0.054 0.019 0.163 0.233 0.499 138 K 0.017 0.007 0.084 0.008 0.196 0.460 0.228 139 S 0.058 0.018 0.135 0.004 0.253 0.212 0.320 140 G 0.107 0.006 0.057 0.002 0.279 0.174 0.374 141 Y 0.644 0.014 0.014 0.001 0.080 0.048 0.199 142 V 0.922 0.011 0.001 0.001 0.007 0.003 0.056 143 C 0.965 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.027 144 F 0.955 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.035 145 Y 0.823 0.005 0.001 0.001 0.014 0.004 0.151 146 P 0.540 0.004 0.008 0.003 0.064 0.050 0.332 147 M 0.461 0.026 0.024 0.006 0.136 0.107 0.240 148 N 0.384 0.026 0.029 0.010 0.179 0.061 0.309 149 K 0.335 0.038 0.019 0.011 0.177 0.033 0.388 150 R 0.179 0.057 0.009 0.011 0.162 0.036 0.545 151 R 0.045 0.020 0.009 0.009 0.145 0.053 0.720 152 Q 0.010 0.007 0.007 0.004 0.091 0.029 0.852 153 G 0.006 0.006 0.096 0.023 0.158 0.517 0.194 154 Q 0.005 0.003 0.139 0.018 0.214 0.498 0.123 155 D 0.025 0.017 0.214 0.029 0.223 0.142 0.351 156 N 0.111 0.023 0.143 0.058 0.168 0.117 0.379 157 W 0.203 0.039 0.149 0.047 0.130 0.135 0.297 158 Y 0.326 0.032 0.068 0.036 0.133 0.105 0.299 159 M 0.326 0.040 0.027 0.021 0.096 0.080 0.410 160 L 0.075 0.027 0.002 0.005 0.084 0.005 0.802 161 P 0.009 0.003 0.001 0.004 0.009 0.001 0.974 162 A 0.001 0.001 0.034 0.921 0.009 0.022 0.013 163 K 0.001 0.001 0.028 0.937 0.007 0.022 0.005 164 E 0.001 0.001 0.028 0.948 0.004 0.014 0.005 165 R 0.001 0.001 0.005 0.982 0.002 0.008 0.003 166 A 0.001 0.001 0.003 0.975 0.003 0.016 0.002 167 S 0.001 0.001 0.004 0.964 0.002 0.028 0.002 168 L 0.001 0.001 0.003 0.963 0.005 0.022 0.006 169 M 0.001 0.001 0.006 0.969 0.003 0.017 0.005 170 K 0.001 0.001 0.006 0.964 0.003 0.025 0.002 171 A 0.001 0.001 0.005 0.957 0.002 0.033 0.002 172 H 0.001 0.001 0.005 0.945 0.007 0.035 0.007 173 G 0.001 0.001 0.008 0.922 0.014 0.037 0.018 174 E 0.002 0.001 0.024 0.918 0.008 0.035 0.013 175 T 0.001 0.001 0.032 0.889 0.012 0.052 0.013 176 G 0.004 0.003 0.070 0.816 0.011 0.069 0.027 177 R 0.007 0.001 0.103 0.706 0.027 0.135 0.021 178 K 0.010 0.002 0.053 0.674 0.032 0.202 0.029 179 Y 0.013 0.006 0.034 0.310 0.185 0.092 0.359 180 Q 0.007 0.005 0.080 0.220 0.087 0.468 0.132 181 G 0.008 0.002 0.116 0.089 0.080 0.660 0.044 182 E 0.071 0.007 0.121 0.129 0.196 0.313 0.163 183 V 0.467 0.025 0.019 0.073 0.041 0.069 0.307 184 M 0.719 0.008 0.010 0.045 0.059 0.020 0.140 185 Q 0.889 0.011 0.010 0.016 0.015 0.011 0.048 186 V 0.885 0.005 0.013 0.019 0.014 0.016 0.048 187 I 0.898 0.005 0.007 0.014 0.019 0.010 0.048 188 S 0.751 0.004 0.011 0.019 0.035 0.017 0.164 189 G 0.641 0.006 0.018 0.019 0.100 0.046 0.170 190 A 0.578 0.016 0.029 0.021 0.107 0.059 0.189 191 Q 0.362 0.034 0.024 0.019 0.154 0.076 0.331 192 G 0.222 0.035 0.020 0.015 0.192 0.113 0.403 193 L 0.119 0.014 0.044 0.030 0.265 0.232 0.297 194 D 0.092 0.014 0.053 0.033 0.325 0.206 0.277 195 D 0.137 0.014 0.076 0.050 0.275 0.138 0.309 196 W 0.386 0.025 0.051 0.060 0.140 0.115 0.223 197 E 0.618 0.015 0.030 0.051 0.071 0.041 0.173 198 W 0.817 0.007 0.019 0.040 0.023 0.023 0.070 199 G 0.898 0.003 0.007 0.024 0.010 0.009 0.048 200 V 0.896 0.004 0.014 0.026 0.013 0.006 0.041 201 D 0.927 0.005 0.007 0.012 0.008 0.002 0.040 202 L 0.816 0.027 0.018 0.011 0.021 0.008 0.099 203 F 0.713 0.013 0.014 0.011 0.028 0.019 0.201 204 S 0.173 0.024 0.072 0.041 0.111 0.194 0.386 205 E 0.038 0.020 0.027 0.016 0.539 0.161 0.198 206 D 0.026 0.007 0.013 0.036 0.438 0.043 0.437 207 P 0.001 0.001 0.046 0.899 0.018 0.024 0.012 208 V 0.001 0.001 0.026 0.942 0.005 0.024 0.003 209 Q 0.001 0.001 0.019 0.955 0.002 0.021 0.003 210 F 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.005 0.001 211 K 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 212 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 213 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 214 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 215 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 216 E 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.012 0.001 217 M 0.001 0.001 0.001 0.966 0.001 0.031 0.001 218 R 0.001 0.001 0.001 0.954 0.004 0.034 0.007 219 F 0.001 0.001 0.003 0.966 0.006 0.020 0.005 220 D 0.001 0.001 0.007 0.945 0.013 0.022 0.012 221 E 0.001 0.001 0.008 0.946 0.005 0.033 0.006 222 V 0.006 0.002 0.010 0.916 0.008 0.036 0.022 223 S 0.010 0.001 0.013 0.902 0.014 0.043 0.018 224 A 0.021 0.001 0.010 0.886 0.018 0.043 0.022 225 R 0.032 0.008 0.022 0.811 0.026 0.048 0.052 226 Y 0.072 0.012 0.021 0.692 0.051 0.076 0.076 227 G 0.074 0.006 0.041 0.529 0.045 0.219 0.087 228 E 0.044 0.004 0.025 0.336 0.119 0.387 0.085 229 F 0.072 0.008 0.018 0.232 0.161 0.372 0.138 230 G 0.084 0.004 0.003 0.038 0.473 0.035 0.363 231 P 0.249 0.014 0.004 0.014 0.112 0.025 0.582 232 F 0.727 0.020 0.007 0.011 0.037 0.016 0.182 233 F 0.795 0.025 0.009 0.010 0.022 0.014 0.125 234 V 0.710 0.015 0.017 0.013 0.035 0.021 0.187 235 G 0.570 0.013 0.026 0.012 0.127 0.044 0.209 236 K 0.459 0.011 0.032 0.011 0.113 0.066 0.309 237 Y 0.296 0.038 0.019 0.009 0.147 0.063 0.428 238 L 0.132 0.055 0.005 0.005 0.289 0.025 0.489 239 D 0.053 0.036 0.002 0.011 0.194 0.015 0.688 240 E 0.001 0.001 0.040 0.921 0.011 0.020 0.006 241 E 0.001 0.001 0.058 0.900 0.007 0.028 0.006 242 A 0.001 0.001 0.053 0.910 0.005 0.027 0.005 243 L 0.001 0.001 0.014 0.956 0.007 0.012 0.009 244 R 0.002 0.001 0.024 0.928 0.008 0.027 0.011 245 A 0.005 0.001 0.030 0.869 0.010 0.074 0.011 246 F 0.004 0.002 0.030 0.817 0.016 0.116 0.015 247 L 0.028 0.020 0.013 0.481 0.148 0.191 0.119 248 G 0.017 0.015 0.008 0.088 0.003 0.356 0.514 249 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998