# TARGET T0270 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0270.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.680 0.200 0.077 0.034 0.008 0.001 0.001 2 E 0.635 0.236 0.083 0.035 0.010 0.002 0.001 3 R 0.546 0.227 0.118 0.070 0.031 0.007 0.001 4 H 0.414 0.257 0.144 0.103 0.058 0.020 0.003 5 V 0.329 0.221 0.201 0.160 0.066 0.019 0.004 6 P 0.523 0.262 0.112 0.066 0.026 0.008 0.002 7 E 0.447 0.261 0.146 0.092 0.041 0.012 0.002 8 P 0.376 0.238 0.147 0.129 0.076 0.030 0.005 9 T 0.276 0.198 0.179 0.170 0.117 0.050 0.010 10 H 0.481 0.261 0.132 0.084 0.031 0.009 0.002 11 T 0.445 0.240 0.133 0.099 0.055 0.024 0.005 12 L 0.344 0.210 0.151 0.142 0.097 0.046 0.011 13 E 0.365 0.256 0.164 0.119 0.061 0.027 0.008 14 G 0.270 0.182 0.135 0.162 0.130 0.090 0.032 15 W 0.154 0.099 0.102 0.137 0.188 0.215 0.105 16 H 0.070 0.066 0.088 0.143 0.199 0.258 0.176 17 V 0.044 0.046 0.056 0.091 0.135 0.285 0.344 18 L 0.034 0.046 0.063 0.127 0.159 0.258 0.313 19 H 0.032 0.028 0.048 0.090 0.184 0.345 0.273 20 D 0.023 0.030 0.049 0.106 0.202 0.354 0.237 21 F 0.026 0.029 0.054 0.100 0.175 0.388 0.228 22 R 0.027 0.045 0.073 0.168 0.252 0.322 0.114 23 L 0.056 0.137 0.213 0.211 0.221 0.139 0.024 24 L 0.051 0.090 0.109 0.223 0.286 0.209 0.032 25 D 0.119 0.220 0.211 0.217 0.147 0.077 0.009 26 F 0.213 0.206 0.188 0.214 0.128 0.047 0.004 27 A 0.491 0.297 0.130 0.055 0.022 0.005 0.001 28 R 0.215 0.262 0.257 0.172 0.073 0.019 0.001 29 W 0.095 0.107 0.164 0.262 0.261 0.106 0.005 30 F 0.164 0.288 0.251 0.193 0.081 0.021 0.001 31 S 0.362 0.379 0.173 0.063 0.019 0.005 0.001 32 A 0.062 0.119 0.243 0.355 0.194 0.027 0.001 33 P 0.433 0.370 0.142 0.046 0.008 0.001 0.001 34 L 0.700 0.241 0.047 0.010 0.001 0.001 0.001 35 E 0.712 0.233 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 36 A 0.158 0.245 0.256 0.226 0.098 0.015 0.001 37 R 0.046 0.169 0.306 0.315 0.143 0.021 0.001 38 E 0.452 0.405 0.112 0.025 0.004 0.001 0.001 39 D 0.154 0.345 0.326 0.142 0.029 0.004 0.001 40 A 0.016 0.037 0.071 0.220 0.431 0.217 0.008 41 W 0.023 0.120 0.289 0.358 0.176 0.032 0.001 42 E 0.216 0.496 0.213 0.056 0.014 0.004 0.001 43 E 0.025 0.132 0.322 0.367 0.132 0.021 0.001 44 L 0.010 0.019 0.036 0.125 0.388 0.393 0.028 45 K 0.078 0.284 0.351 0.216 0.060 0.010 0.001 46 G 0.200 0.541 0.197 0.049 0.011 0.002 0.001 47 L 0.019 0.056 0.171 0.372 0.300 0.080 0.002 48 V 0.025 0.065 0.146 0.361 0.328 0.073 0.001 49 R 0.404 0.443 0.116 0.030 0.006 0.001 0.001 50 E 0.377 0.376 0.177 0.058 0.011 0.002 0.001 51 W 0.073 0.121 0.206 0.337 0.215 0.046 0.001 52 R 0.363 0.315 0.188 0.095 0.033 0.006 0.001 53 E 0.636 0.254 0.073 0.029 0.007 0.001 0.001 54 L 0.421 0.282 0.175 0.091 0.026 0.004 0.001 55 E 0.622 0.235 0.090 0.040 0.012 0.002 0.001 56 E 0.643 0.220 0.080 0.039 0.015 0.003 0.001 57 A 0.363 0.246 0.178 0.146 0.056 0.010 0.001 58 G 0.449 0.320 0.140 0.066 0.020 0.005 0.001 59 Q 0.268 0.213 0.184 0.183 0.112 0.036 0.004 60 G 0.286 0.238 0.187 0.163 0.091 0.031 0.003 61 S 0.241 0.235 0.190 0.176 0.110 0.043 0.005 62 Y 0.104 0.133 0.171 0.228 0.214 0.127 0.023 63 G 0.062 0.098 0.121 0.206 0.273 0.203 0.038 64 I 0.036 0.086 0.156 0.252 0.239 0.175 0.056 65 Y 0.026 0.030 0.042 0.101 0.225 0.389 0.186 66 Q 0.024 0.066 0.130 0.227 0.263 0.206 0.083 67 V 0.023 0.034 0.055 0.110 0.208 0.362 0.208 68 V 0.025 0.044 0.067 0.141 0.239 0.342 0.141 69 G 0.036 0.070 0.099 0.171 0.243 0.281 0.101 70 H 0.027 0.061 0.084 0.159 0.279 0.294 0.096 71 K 0.037 0.107 0.157 0.226 0.208 0.195 0.069 72 A 0.008 0.011 0.021 0.062 0.161 0.410 0.326 73 D 0.010 0.023 0.048 0.119 0.235 0.347 0.218 74 L 0.014 0.017 0.027 0.057 0.130 0.397 0.359 75 L 0.005 0.006 0.010 0.034 0.089 0.340 0.516 76 F 0.008 0.010 0.017 0.042 0.095 0.330 0.498 77 L 0.017 0.024 0.037 0.072 0.145 0.349 0.356 78 N 0.017 0.030 0.051 0.116 0.220 0.378 0.188 79 L 0.017 0.049 0.085 0.190 0.297 0.296 0.067 80 R 0.047 0.140 0.229 0.264 0.217 0.091 0.012 81 P 0.227 0.371 0.214 0.118 0.051 0.017 0.003 82 G 0.121 0.256 0.254 0.227 0.106 0.032 0.003 83 L 0.049 0.118 0.215 0.304 0.247 0.065 0.003 84 D 0.343 0.458 0.149 0.037 0.009 0.002 0.001 85 P 0.113 0.286 0.328 0.207 0.055 0.010 0.001 86 L 0.010 0.038 0.099 0.241 0.405 0.199 0.009 87 L 0.139 0.363 0.316 0.132 0.042 0.007 0.001 88 E 0.115 0.446 0.318 0.101 0.016 0.003 0.001 89 A 0.006 0.013 0.037 0.152 0.463 0.313 0.016 90 E 0.008 0.056 0.204 0.382 0.267 0.075 0.007 91 A 0.188 0.496 0.198 0.078 0.028 0.010 0.002 92 R 0.024 0.102 0.325 0.371 0.146 0.030 0.002 93 L 0.010 0.017 0.032 0.134 0.374 0.385 0.048 94 S 0.086 0.287 0.261 0.205 0.114 0.040 0.008 95 R 0.188 0.302 0.234 0.167 0.072 0.031 0.005 96 S 0.109 0.203 0.206 0.220 0.157 0.088 0.018 97 A 0.109 0.193 0.209 0.216 0.178 0.082 0.013 98 F 0.140 0.078 0.097 0.178 0.237 0.230 0.041 99 A 0.119 0.167 0.167 0.232 0.199 0.098 0.018 100 R 0.175 0.288 0.227 0.158 0.094 0.046 0.012 101 Y 0.071 0.113 0.148 0.234 0.238 0.157 0.041 102 L 0.034 0.051 0.074 0.149 0.238 0.320 0.134 103 G 0.060 0.125 0.153 0.216 0.202 0.164 0.079 104 R 0.072 0.094 0.112 0.162 0.218 0.240 0.103 105 S 0.022 0.047 0.092 0.171 0.248 0.264 0.157 106 Y 0.011 0.017 0.038 0.081 0.165 0.363 0.326 107 S 0.005 0.010 0.022 0.060 0.123 0.338 0.442 108 F 0.006 0.010 0.022 0.049 0.108 0.329 0.476 109 Y 0.008 0.011 0.022 0.051 0.123 0.358 0.427 110 S 0.011 0.020 0.041 0.093 0.188 0.344 0.303 111 V 0.012 0.019 0.032 0.075 0.158 0.412 0.292 112 V 0.020 0.047 0.087 0.203 0.299 0.267 0.077 113 E 0.053 0.132 0.178 0.235 0.239 0.137 0.026 114 L 0.086 0.148 0.196 0.236 0.205 0.113 0.015 115 G 0.071 0.102 0.137 0.232 0.260 0.180 0.018 116 S 0.165 0.259 0.233 0.192 0.107 0.041 0.004 117 Q 0.139 0.178 0.245 0.252 0.144 0.039 0.003 118 E 0.338 0.333 0.197 0.092 0.032 0.007 0.001 119 K 0.571 0.283 0.098 0.036 0.010 0.002 0.001 120 P 0.600 0.204 0.107 0.065 0.020 0.004 0.001 121 L 0.559 0.250 0.116 0.055 0.016 0.003 0.001 122 D 0.638 0.243 0.078 0.030 0.009 0.002 0.001 123 P 0.415 0.337 0.153 0.069 0.021 0.004 0.001 124 E 0.193 0.231 0.255 0.220 0.088 0.012 0.001 125 S 0.236 0.363 0.234 0.132 0.031 0.004 0.001 126 P 0.491 0.355 0.109 0.035 0.008 0.001 0.001 127 Y 0.111 0.281 0.285 0.223 0.084 0.016 0.001 128 V 0.030 0.051 0.096 0.234 0.390 0.189 0.010 129 K 0.109 0.265 0.303 0.235 0.072 0.014 0.001 130 P 0.274 0.281 0.188 0.139 0.083 0.033 0.002 131 R 0.066 0.152 0.197 0.265 0.204 0.103 0.013 132 L 0.037 0.057 0.111 0.232 0.323 0.213 0.026 133 T 0.105 0.200 0.208 0.205 0.169 0.094 0.020 134 P 0.153 0.187 0.178 0.198 0.155 0.104 0.024 135 R 0.137 0.206 0.191 0.234 0.153 0.068 0.012 136 V 0.223 0.257 0.202 0.163 0.109 0.042 0.004 137 P 0.288 0.241 0.181 0.186 0.085 0.017 0.001 138 K 0.474 0.355 0.125 0.036 0.008 0.001 0.001 139 S 0.083 0.214 0.265 0.299 0.123 0.016 0.001 140 G 0.025 0.220 0.296 0.300 0.127 0.031 0.001 141 Y 0.001 0.005 0.025 0.123 0.348 0.423 0.076 142 V 0.001 0.001 0.002 0.013 0.080 0.458 0.447 143 C 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.293 0.667 144 F 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.259 0.707 145 Y 0.001 0.001 0.004 0.015 0.063 0.390 0.527 146 P 0.002 0.009 0.041 0.131 0.243 0.357 0.218 147 M 0.002 0.006 0.019 0.074 0.270 0.489 0.139 148 N 0.016 0.103 0.216 0.294 0.257 0.104 0.010 149 K 0.021 0.070 0.147 0.286 0.324 0.138 0.013 150 R 0.207 0.329 0.256 0.148 0.049 0.011 0.001 151 R 0.265 0.297 0.207 0.153 0.062 0.015 0.001 152 Q 0.514 0.240 0.135 0.072 0.031 0.007 0.001 153 G 0.796 0.144 0.042 0.014 0.003 0.001 0.001 154 Q 0.784 0.151 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 155 D 0.666 0.209 0.079 0.033 0.010 0.002 0.001 156 N 0.397 0.325 0.175 0.079 0.021 0.004 0.001 157 W 0.272 0.188 0.180 0.203 0.116 0.038 0.003 158 Y 0.162 0.169 0.178 0.227 0.186 0.071 0.006 159 M 0.216 0.166 0.169 0.184 0.165 0.091 0.008 160 L 0.162 0.173 0.191 0.223 0.169 0.073 0.009 161 P 0.399 0.302 0.152 0.101 0.035 0.009 0.001 162 A 0.257 0.297 0.250 0.144 0.045 0.006 0.001 163 K 0.633 0.285 0.062 0.016 0.003 0.001 0.001 164 E 0.231 0.374 0.253 0.111 0.027 0.004 0.001 165 R 0.040 0.087 0.168 0.317 0.303 0.082 0.003 166 A 0.200 0.462 0.241 0.078 0.016 0.002 0.001 167 S 0.305 0.436 0.196 0.055 0.007 0.001 0.001 168 L 0.067 0.082 0.118 0.245 0.334 0.146 0.008 169 M 0.075 0.093 0.138 0.264 0.280 0.138 0.012 170 K 0.092 0.290 0.312 0.217 0.069 0.017 0.003 171 A 0.058 0.160 0.258 0.296 0.182 0.042 0.003 172 H 0.019 0.030 0.039 0.095 0.245 0.441 0.132 173 G 0.031 0.074 0.146 0.288 0.255 0.168 0.039 174 E 0.126 0.300 0.268 0.181 0.089 0.031 0.005 175 T 0.065 0.106 0.175 0.275 0.255 0.109 0.014 176 G 0.094 0.127 0.133 0.196 0.249 0.182 0.019 177 R 0.142 0.240 0.245 0.237 0.109 0.026 0.001 178 K 0.249 0.388 0.223 0.106 0.029 0.005 0.001 179 Y 0.097 0.174 0.266 0.316 0.130 0.016 0.001 180 Q 0.406 0.325 0.174 0.076 0.017 0.002 0.001 181 G 0.761 0.202 0.030 0.006 0.001 0.001 0.001 182 E 0.343 0.402 0.179 0.060 0.013 0.002 0.001 183 V 0.017 0.055 0.154 0.350 0.336 0.086 0.003 184 M 0.033 0.205 0.300 0.274 0.148 0.038 0.002 185 Q 0.028 0.096 0.148 0.246 0.262 0.193 0.026 186 V 0.004 0.016 0.054 0.167 0.303 0.353 0.102 187 I 0.001 0.003 0.008 0.032 0.129 0.407 0.420 188 S 0.003 0.008 0.017 0.045 0.103 0.273 0.552 189 G 0.007 0.012 0.020 0.041 0.094 0.307 0.518 190 A 0.003 0.007 0.013 0.032 0.075 0.256 0.613 191 Q 0.010 0.018 0.026 0.054 0.111 0.283 0.497 192 G 0.030 0.045 0.053 0.104 0.167 0.296 0.305 193 L 0.021 0.034 0.043 0.094 0.172 0.305 0.331 194 D 0.035 0.060 0.089 0.143 0.201 0.265 0.207 195 D 0.043 0.082 0.113 0.166 0.204 0.253 0.141 196 W 0.018 0.040 0.089 0.160 0.228 0.288 0.178 197 E 0.007 0.016 0.041 0.092 0.210 0.351 0.284 198 W 0.004 0.008 0.016 0.040 0.120 0.410 0.401 199 G 0.005 0.007 0.016 0.052 0.118 0.342 0.460 200 V 0.006 0.009 0.015 0.034 0.072 0.307 0.559 201 D 0.024 0.035 0.056 0.112 0.176 0.312 0.285 202 L 0.018 0.022 0.037 0.081 0.190 0.400 0.252 203 F 0.021 0.051 0.088 0.190 0.263 0.310 0.077 204 S 0.023 0.068 0.123 0.242 0.325 0.186 0.032 205 E 0.095 0.254 0.251 0.192 0.134 0.066 0.008 206 D 0.083 0.160 0.182 0.283 0.199 0.086 0.007 207 P 0.030 0.067 0.131 0.238 0.319 0.202 0.013 208 V 0.060 0.191 0.247 0.262 0.180 0.057 0.003 209 Q 0.029 0.160 0.330 0.333 0.122 0.025 0.003 210 F 0.002 0.005 0.013 0.061 0.294 0.539 0.085 211 K 0.004 0.039 0.132 0.282 0.357 0.170 0.016 212 K 0.018 0.208 0.342 0.297 0.106 0.026 0.002 213 I 0.001 0.005 0.025 0.122 0.413 0.401 0.033 214 V 0.001 0.002 0.004 0.022 0.130 0.598 0.243 215 Y 0.010 0.077 0.184 0.359 0.244 0.112 0.016 216 E 0.018 0.089 0.235 0.337 0.240 0.078 0.004 217 M 0.008 0.017 0.023 0.076 0.255 0.503 0.118 218 R 0.012 0.030 0.070 0.200 0.309 0.317 0.062 219 F 0.036 0.160 0.248 0.281 0.174 0.090 0.011 220 D 0.069 0.184 0.209 0.269 0.197 0.064 0.007 221 E 0.025 0.102 0.208 0.283 0.221 0.129 0.031 222 V 0.017 0.027 0.048 0.137 0.339 0.379 0.052 223 S 0.024 0.117 0.190 0.305 0.261 0.092 0.011 224 A 0.117 0.310 0.237 0.183 0.098 0.047 0.008 225 R 0.045 0.109 0.226 0.325 0.201 0.082 0.012 226 Y 0.032 0.051 0.084 0.202 0.352 0.252 0.027 227 G 0.200 0.282 0.214 0.176 0.095 0.028 0.004 228 E 0.320 0.324 0.180 0.109 0.045 0.018 0.003 229 F 0.106 0.169 0.212 0.249 0.168 0.084 0.012 230 G 0.056 0.129 0.188 0.254 0.224 0.128 0.021 231 P 0.060 0.103 0.141 0.224 0.253 0.183 0.038 232 F 0.030 0.037 0.068 0.141 0.256 0.361 0.107 233 F 0.013 0.015 0.032 0.085 0.187 0.470 0.199 234 V 0.019 0.027 0.052 0.111 0.218 0.413 0.159 235 G 0.036 0.051 0.077 0.150 0.281 0.324 0.080 236 K 0.070 0.157 0.208 0.269 0.194 0.092 0.010 237 Y 0.165 0.237 0.227 0.213 0.122 0.035 0.002 238 L 0.172 0.287 0.250 0.182 0.082 0.024 0.002 239 D 0.440 0.340 0.141 0.062 0.014 0.002 0.001 240 E 0.269 0.253 0.248 0.161 0.060 0.008 0.001 241 E 0.753 0.216 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 242 A 0.356 0.353 0.203 0.072 0.014 0.002 0.001 243 L 0.080 0.079 0.141 0.290 0.322 0.086 0.002 244 R 0.181 0.293 0.325 0.157 0.039 0.005 0.001 245 A 0.629 0.285 0.064 0.017 0.004 0.001 0.001 246 F 0.224 0.232 0.250 0.183 0.088 0.022 0.001 247 L 0.171 0.108 0.184 0.306 0.174 0.054 0.004 248 G 0.548 0.298 0.103 0.037 0.011 0.002 0.001 249 L 0.655 0.191 0.085 0.044 0.020 0.005 0.001