# TARGET T0270 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0270.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.5874 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.007 0.014 0.021 0.180 0.759 2 E 0.039 0.012 0.033 0.034 0.225 0.657 3 R 0.053 0.018 0.033 0.019 0.211 0.666 4 H 0.094 0.036 0.024 0.014 0.185 0.646 5 V 0.083 0.021 0.010 0.006 0.158 0.722 6 P 0.064 0.012 0.006 0.003 0.149 0.765 7 E 0.050 0.013 0.007 0.002 0.196 0.732 8 P 0.064 0.016 0.011 0.003 0.218 0.689 9 T 0.081 0.032 0.021 0.004 0.233 0.629 10 H 0.095 0.037 0.017 0.006 0.187 0.658 11 T 0.082 0.028 0.012 0.011 0.232 0.633 12 L 0.062 0.014 0.023 0.027 0.383 0.489 13 E 0.102 0.011 0.024 0.048 0.436 0.379 14 G 0.165 0.010 0.047 0.122 0.419 0.238 15 W 0.351 0.012 0.041 0.169 0.228 0.199 16 H 0.528 0.018 0.032 0.207 0.099 0.116 17 V 0.573 0.023 0.021 0.192 0.072 0.120 18 L 0.468 0.012 0.015 0.186 0.121 0.198 19 H 0.346 0.006 0.030 0.249 0.153 0.216 20 D 0.284 0.007 0.046 0.308 0.160 0.196 21 F 0.295 0.010 0.094 0.321 0.175 0.105 22 R 0.373 0.010 0.083 0.272 0.146 0.116 23 L 0.325 0.012 0.067 0.331 0.136 0.130 24 L 0.223 0.018 0.040 0.323 0.148 0.249 25 D 0.132 0.014 0.037 0.176 0.251 0.391 26 F 0.021 0.003 0.214 0.466 0.203 0.093 27 A 0.031 0.002 0.288 0.389 0.214 0.076 28 R 0.054 0.004 0.320 0.381 0.189 0.052 29 W 0.122 0.016 0.144 0.392 0.193 0.133 30 F 0.203 0.028 0.068 0.292 0.215 0.194 31 S 0.152 0.023 0.033 0.163 0.232 0.397 32 A 0.050 0.017 0.007 0.042 0.212 0.672 33 P 0.014 0.007 0.007 0.048 0.172 0.751 34 L 0.003 0.001 0.101 0.724 0.093 0.077 35 E 0.003 0.001 0.102 0.777 0.092 0.026 36 A 0.002 0.001 0.109 0.790 0.077 0.021 37 R 0.003 0.002 0.053 0.870 0.040 0.032 38 E 0.004 0.003 0.055 0.862 0.047 0.030 39 D 0.004 0.002 0.043 0.827 0.062 0.063 40 A 0.003 0.001 0.013 0.900 0.023 0.060 41 W 0.001 0.001 0.005 0.977 0.007 0.009 42 E 0.001 0.001 0.005 0.985 0.006 0.004 43 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 44 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 45 K 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.004 46 G 0.001 0.001 0.006 0.981 0.005 0.007 47 L 0.001 0.001 0.010 0.963 0.012 0.013 48 V 0.001 0.001 0.013 0.950 0.019 0.015 49 R 0.002 0.001 0.019 0.946 0.021 0.012 50 E 0.003 0.001 0.010 0.938 0.019 0.029 51 W 0.001 0.001 0.009 0.934 0.014 0.041 52 R 0.002 0.001 0.016 0.941 0.019 0.021 53 E 0.003 0.001 0.018 0.946 0.021 0.011 54 L 0.003 0.001 0.025 0.926 0.031 0.015 55 E 0.002 0.001 0.029 0.932 0.024 0.013 56 E 0.003 0.001 0.029 0.907 0.036 0.023 57 A 0.004 0.002 0.035 0.665 0.114 0.180 58 G 0.008 0.002 0.009 0.025 0.162 0.794 59 Q 0.082 0.017 0.010 0.010 0.174 0.707 60 G 0.368 0.021 0.009 0.008 0.145 0.450 61 S 0.555 0.019 0.009 0.009 0.096 0.312 62 Y 0.618 0.011 0.016 0.016 0.105 0.234 63 G 0.596 0.007 0.022 0.019 0.115 0.240 64 I 0.794 0.004 0.026 0.039 0.057 0.081 65 Y 0.776 0.010 0.018 0.062 0.044 0.089 66 Q 0.691 0.013 0.014 0.105 0.089 0.088 67 V 0.226 0.012 0.025 0.365 0.240 0.132 68 V 0.093 0.008 0.038 0.315 0.381 0.163 69 G 0.014 0.005 0.055 0.748 0.128 0.049 70 H 0.021 0.005 0.060 0.803 0.061 0.051 71 K 0.012 0.005 0.041 0.868 0.031 0.044 72 A 0.040 0.005 0.036 0.729 0.094 0.096 73 D 0.062 0.003 0.032 0.656 0.177 0.070 74 L 0.139 0.005 0.037 0.705 0.096 0.017 75 L 0.077 0.002 0.023 0.869 0.024 0.005 76 F 0.037 0.001 0.080 0.862 0.017 0.003 77 L 0.016 0.001 0.040 0.927 0.010 0.007 78 N 0.036 0.005 0.051 0.633 0.046 0.228 79 L 0.024 0.033 0.018 0.181 0.116 0.627 80 R 0.010 0.012 0.015 0.027 0.767 0.169 81 P 0.002 0.003 0.059 0.053 0.815 0.068 82 G 0.001 0.002 0.055 0.073 0.764 0.105 83 L 0.003 0.013 0.062 0.311 0.514 0.098 84 D 0.001 0.004 0.027 0.794 0.062 0.113 85 P 0.001 0.002 0.019 0.948 0.018 0.013 86 L 0.001 0.001 0.011 0.969 0.011 0.007 87 L 0.002 0.001 0.008 0.978 0.008 0.004 88 E 0.002 0.001 0.007 0.976 0.010 0.005 89 A 0.001 0.001 0.004 0.983 0.007 0.005 90 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.003 0.003 91 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.004 0.005 92 R 0.001 0.001 0.005 0.977 0.007 0.010 93 L 0.001 0.001 0.007 0.970 0.011 0.011 94 S 0.001 0.001 0.010 0.942 0.017 0.029 95 R 0.001 0.001 0.009 0.968 0.008 0.014 96 S 0.002 0.001 0.009 0.967 0.011 0.011 97 A 0.002 0.001 0.015 0.947 0.019 0.016 98 F 0.005 0.003 0.029 0.909 0.033 0.021 99 A 0.007 0.002 0.080 0.839 0.050 0.022 100 R 0.008 0.001 0.107 0.814 0.047 0.024 101 Y 0.009 0.002 0.063 0.841 0.039 0.044 102 L 0.011 0.007 0.032 0.752 0.057 0.140 103 G 0.020 0.008 0.023 0.107 0.355 0.487 104 R 0.024 0.003 0.140 0.163 0.480 0.191 105 S 0.084 0.010 0.141 0.099 0.475 0.191 106 Y 0.296 0.022 0.104 0.032 0.424 0.122 107 S 0.514 0.005 0.018 0.010 0.151 0.302 108 F 0.932 0.005 0.003 0.003 0.019 0.037 109 Y 0.971 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 110 S 0.979 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 111 V 0.970 0.001 0.002 0.003 0.006 0.018 112 V 0.944 0.002 0.003 0.004 0.010 0.037 113 E 0.909 0.005 0.003 0.004 0.025 0.054 114 L 0.625 0.022 0.011 0.006 0.163 0.173 115 G 0.271 0.012 0.017 0.009 0.427 0.263 116 S 0.106 0.008 0.016 0.003 0.541 0.325 117 Q 0.221 0.029 0.014 0.005 0.383 0.349 118 E 0.266 0.040 0.015 0.004 0.261 0.414 119 K 0.186 0.041 0.015 0.003 0.301 0.453 120 P 0.117 0.027 0.014 0.005 0.272 0.566 121 L 0.106 0.076 0.017 0.004 0.208 0.589 122 D 0.042 0.041 0.011 0.002 0.675 0.230 123 P 0.005 0.008 0.141 0.009 0.706 0.130 124 E 0.004 0.006 0.119 0.010 0.721 0.138 125 S 0.003 0.011 0.074 0.006 0.830 0.076 126 P 0.002 0.006 0.170 0.025 0.604 0.194 127 Y 0.005 0.034 0.139 0.035 0.557 0.231 128 V 0.011 0.051 0.099 0.030 0.564 0.244 129 K 0.018 0.027 0.045 0.027 0.438 0.446 130 P 0.017 0.013 0.184 0.082 0.484 0.220 131 R 0.029 0.040 0.167 0.094 0.446 0.223 132 L 0.074 0.076 0.105 0.089 0.399 0.257 133 T 0.052 0.025 0.038 0.041 0.388 0.456 134 P 0.060 0.012 0.043 0.037 0.397 0.451 135 R 0.137 0.046 0.038 0.026 0.280 0.472 136 V 0.159 0.094 0.015 0.011 0.245 0.476 137 P 0.055 0.027 0.020 0.008 0.572 0.318 138 K 0.019 0.008 0.107 0.011 0.675 0.180 139 S 0.032 0.006 0.081 0.004 0.746 0.130 140 G 0.114 0.006 0.037 0.001 0.673 0.168 141 Y 0.661 0.010 0.003 0.001 0.089 0.235 142 V 0.975 0.005 0.001 0.001 0.005 0.015 143 C 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 144 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 145 Y 0.833 0.002 0.001 0.001 0.033 0.131 146 P 0.527 0.003 0.004 0.001 0.122 0.343 147 M 0.341 0.016 0.018 0.003 0.218 0.404 148 N 0.321 0.040 0.035 0.011 0.237 0.357 149 K 0.241 0.036 0.038 0.020 0.316 0.348 150 R 0.116 0.032 0.031 0.019 0.370 0.432 151 R 0.051 0.021 0.040 0.028 0.606 0.254 152 Q 0.045 0.016 0.036 0.052 0.670 0.182 153 G 0.027 0.009 0.027 0.030 0.775 0.133 154 Q 0.039 0.033 0.040 0.033 0.724 0.131 155 D 0.085 0.054 0.047 0.049 0.555 0.209 156 N 0.067 0.014 0.066 0.048 0.574 0.231 157 W 0.148 0.032 0.130 0.044 0.420 0.227 158 Y 0.294 0.062 0.090 0.043 0.243 0.266 159 M 0.224 0.067 0.080 0.037 0.265 0.328 160 L 0.042 0.019 0.004 0.008 0.181 0.747 161 P 0.011 0.005 0.001 0.015 0.099 0.868 162 A 0.001 0.001 0.011 0.939 0.021 0.028 163 K 0.001 0.001 0.007 0.986 0.006 0.002 164 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.006 0.002 165 R 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 166 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 167 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 168 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 169 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 170 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 171 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 172 H 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.005 173 G 0.001 0.001 0.011 0.924 0.027 0.036 174 E 0.003 0.001 0.042 0.911 0.029 0.014 175 T 0.004 0.001 0.042 0.897 0.032 0.023 176 G 0.006 0.002 0.068 0.772 0.051 0.100 177 R 0.009 0.002 0.129 0.729 0.061 0.069 178 K 0.012 0.003 0.118 0.733 0.059 0.076 179 Y 0.018 0.005 0.065 0.652 0.092 0.168 180 Q 0.008 0.002 0.017 0.775 0.065 0.132 181 G 0.009 0.001 0.019 0.845 0.055 0.070 182 E 0.021 0.002 0.014 0.889 0.044 0.030 183 V 0.051 0.003 0.013 0.864 0.044 0.025 184 M 0.096 0.002 0.015 0.799 0.053 0.035 185 Q 0.162 0.002 0.015 0.760 0.034 0.026 186 V 0.215 0.002 0.010 0.717 0.027 0.030 187 I 0.241 0.005 0.007 0.676 0.026 0.045 188 S 0.180 0.011 0.008 0.663 0.045 0.093 189 G 0.133 0.010 0.015 0.349 0.154 0.339 190 A 0.101 0.015 0.028 0.120 0.291 0.444 191 Q 0.121 0.051 0.037 0.068 0.303 0.421 192 G 0.074 0.035 0.028 0.042 0.460 0.362 193 L 0.045 0.025 0.037 0.034 0.549 0.309 194 D 0.061 0.020 0.036 0.016 0.594 0.273 195 D 0.082 0.020 0.075 0.013 0.655 0.154 196 W 0.206 0.017 0.075 0.012 0.530 0.161 197 E 0.619 0.010 0.066 0.011 0.193 0.101 198 W 0.899 0.004 0.018 0.008 0.042 0.028 199 G 0.948 0.002 0.004 0.010 0.015 0.020 200 V 0.939 0.003 0.004 0.020 0.010 0.024 201 D 0.893 0.004 0.003 0.029 0.018 0.054 202 L 0.770 0.007 0.007 0.025 0.054 0.138 203 F 0.604 0.013 0.012 0.019 0.155 0.196 204 S 0.180 0.015 0.015 0.014 0.347 0.429 205 E 0.041 0.015 0.012 0.022 0.429 0.480 206 D 0.012 0.009 0.012 0.037 0.312 0.619 207 P 0.001 0.001 0.164 0.696 0.095 0.042 208 V 0.001 0.001 0.089 0.856 0.039 0.015 209 Q 0.001 0.001 0.051 0.933 0.011 0.004 210 F 0.001 0.001 0.006 0.989 0.002 0.002 211 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 212 K 0.002 0.001 0.002 0.991 0.004 0.002 213 I 0.003 0.001 0.002 0.989 0.005 0.002 214 V 0.003 0.001 0.003 0.984 0.007 0.002 215 Y 0.003 0.001 0.006 0.976 0.011 0.003 216 E 0.005 0.001 0.006 0.972 0.010 0.007 217 M 0.005 0.002 0.002 0.894 0.015 0.082 218 R 0.009 0.006 0.002 0.226 0.043 0.713 219 F 0.012 0.004 0.009 0.368 0.070 0.537 220 D 0.039 0.004 0.029 0.484 0.183 0.261 221 E 0.048 0.006 0.067 0.628 0.170 0.081 222 V 0.104 0.008 0.066 0.621 0.106 0.094 223 S 0.104 0.003 0.056 0.675 0.093 0.070 224 A 0.163 0.003 0.035 0.638 0.077 0.083 225 R 0.272 0.011 0.020 0.569 0.051 0.077 226 Y 0.270 0.009 0.027 0.576 0.049 0.068 227 G 0.359 0.004 0.066 0.324 0.120 0.126 228 E 0.366 0.005 0.082 0.201 0.218 0.128 229 F 0.371 0.032 0.033 0.101 0.228 0.235 230 G 0.111 0.009 0.009 0.010 0.304 0.556 231 P 0.153 0.003 0.026 0.008 0.306 0.504 232 F 0.744 0.021 0.017 0.004 0.081 0.133 233 F 0.860 0.023 0.009 0.004 0.046 0.058 234 V 0.781 0.015 0.007 0.009 0.073 0.115 235 G 0.476 0.007 0.015 0.010 0.206 0.286 236 K 0.295 0.006 0.019 0.008 0.291 0.381 237 Y 0.243 0.022 0.023 0.007 0.232 0.473 238 L 0.105 0.044 0.006 0.004 0.204 0.637 239 D 0.036 0.012 0.001 0.010 0.068 0.872 240 E 0.001 0.001 0.012 0.976 0.004 0.007 241 E 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 242 A 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 243 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 244 R 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 245 A 0.001 0.001 0.006 0.972 0.011 0.010 246 F 0.004 0.001 0.007 0.912 0.018 0.058 247 L 0.008 0.008 0.008 0.672 0.043 0.261 248 G 0.009 0.006 0.004 0.073 0.047 0.862 249 L 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.976