# TARGET T0270 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0270.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.5874 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.002 0.002 0.004 0.005 0.004 0.979 2 E 0.025 0.022 0.024 0.019 0.015 0.025 0.869 3 R 0.051 0.028 0.075 0.028 0.175 0.087 0.556 4 H 0.058 0.015 0.090 0.014 0.103 0.104 0.616 5 V 0.037 0.021 0.012 0.004 0.154 0.015 0.757 6 P 0.027 0.019 0.008 0.002 0.090 0.018 0.835 7 E 0.023 0.021 0.003 0.002 0.179 0.008 0.764 8 P 0.016 0.022 0.004 0.002 0.044 0.012 0.900 9 T 0.028 0.025 0.016 0.004 0.102 0.023 0.802 10 H 0.040 0.028 0.023 0.010 0.216 0.065 0.618 11 T 0.033 0.018 0.022 0.011 0.121 0.050 0.746 12 L 0.034 0.014 0.074 0.110 0.261 0.177 0.332 13 E 0.024 0.007 0.052 0.124 0.225 0.353 0.214 14 G 0.092 0.012 0.071 0.189 0.206 0.234 0.197 15 W 0.324 0.028 0.021 0.258 0.059 0.033 0.276 16 H 0.557 0.019 0.017 0.234 0.049 0.025 0.099 17 V 0.616 0.013 0.016 0.204 0.037 0.029 0.084 18 L 0.513 0.012 0.012 0.261 0.030 0.023 0.148 19 H 0.444 0.007 0.021 0.256 0.071 0.039 0.163 20 D 0.341 0.007 0.032 0.345 0.056 0.085 0.133 21 F 0.323 0.011 0.037 0.383 0.040 0.055 0.153 22 R 0.414 0.013 0.035 0.331 0.036 0.066 0.107 23 L 0.410 0.020 0.053 0.244 0.064 0.089 0.119 24 L 0.301 0.029 0.028 0.190 0.129 0.093 0.231 25 D 0.134 0.015 0.017 0.084 0.094 0.037 0.619 26 F 0.019 0.005 0.236 0.483 0.028 0.140 0.089 27 A 0.020 0.002 0.347 0.402 0.029 0.161 0.039 28 R 0.037 0.005 0.333 0.403 0.025 0.145 0.051 29 W 0.126 0.028 0.177 0.323 0.054 0.141 0.151 30 F 0.162 0.024 0.114 0.213 0.117 0.172 0.198 31 S 0.178 0.034 0.078 0.106 0.176 0.163 0.264 32 A 0.047 0.023 0.002 0.009 0.430 0.009 0.479 33 P 0.019 0.014 0.005 0.007 0.057 0.008 0.891 34 L 0.003 0.003 0.292 0.551 0.016 0.072 0.064 35 E 0.002 0.002 0.346 0.546 0.016 0.071 0.018 36 A 0.002 0.003 0.360 0.518 0.013 0.063 0.041 37 R 0.002 0.003 0.095 0.770 0.013 0.058 0.060 38 E 0.001 0.001 0.035 0.914 0.006 0.035 0.009 39 D 0.001 0.001 0.034 0.893 0.006 0.051 0.015 40 A 0.001 0.001 0.011 0.940 0.005 0.027 0.017 41 W 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.002 42 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 43 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 44 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 45 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 46 G 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.009 0.003 48 V 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.001 49 R 0.001 0.001 0.005 0.969 0.001 0.023 0.001 50 E 0.001 0.001 0.003 0.939 0.002 0.053 0.003 51 W 0.001 0.001 0.004 0.964 0.002 0.026 0.005 52 R 0.001 0.001 0.010 0.964 0.002 0.019 0.005 53 E 0.001 0.001 0.014 0.964 0.002 0.010 0.009 54 L 0.003 0.001 0.020 0.958 0.003 0.009 0.006 55 E 0.005 0.001 0.042 0.900 0.005 0.036 0.010 56 E 0.011 0.002 0.036 0.838 0.011 0.094 0.008 57 A 0.005 0.001 0.034 0.283 0.027 0.634 0.018 58 G 0.005 0.001 0.009 0.030 0.061 0.860 0.034 59 Q 0.082 0.014 0.012 0.037 0.143 0.092 0.620 60 G 0.383 0.054 0.006 0.025 0.092 0.020 0.420 61 S 0.545 0.013 0.003 0.016 0.045 0.013 0.364 62 Y 0.568 0.009 0.005 0.030 0.067 0.023 0.299 63 G 0.741 0.007 0.006 0.028 0.062 0.015 0.140 64 I 0.799 0.007 0.007 0.060 0.020 0.006 0.100 65 Y 0.838 0.010 0.007 0.039 0.029 0.008 0.068 66 Q 0.726 0.011 0.023 0.071 0.040 0.030 0.099 67 V 0.474 0.009 0.062 0.118 0.063 0.083 0.190 68 V 0.257 0.024 0.085 0.127 0.099 0.274 0.133 69 G 0.151 0.008 0.053 0.055 0.188 0.377 0.169 70 H 0.264 0.012 0.034 0.078 0.190 0.124 0.298 71 K 0.272 0.035 0.066 0.205 0.097 0.169 0.156 72 A 0.288 0.007 0.059 0.071 0.061 0.045 0.470 73 D 0.261 0.003 0.019 0.044 0.447 0.028 0.198 74 L 0.923 0.002 0.010 0.028 0.010 0.013 0.015 75 L 0.926 0.002 0.002 0.061 0.001 0.002 0.007 76 F 0.910 0.002 0.003 0.077 0.001 0.003 0.005 77 L 0.855 0.001 0.007 0.063 0.007 0.015 0.052 78 N 0.606 0.009 0.013 0.026 0.067 0.061 0.217 79 L 0.222 0.034 0.019 0.027 0.316 0.042 0.340 80 R 0.023 0.009 0.007 0.003 0.387 0.007 0.564 81 P 0.006 0.008 0.040 0.015 0.233 0.585 0.112 82 G 0.004 0.012 0.022 0.022 0.292 0.412 0.237 83 L 0.003 0.004 0.054 0.548 0.074 0.048 0.268 84 D 0.001 0.001 0.018 0.911 0.013 0.020 0.036 85 P 0.001 0.002 0.014 0.949 0.006 0.012 0.016 86 L 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.004 0.003 87 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 88 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.004 0.001 89 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.007 0.006 90 E 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.010 0.003 91 A 0.001 0.001 0.009 0.933 0.001 0.054 0.002 92 R 0.001 0.001 0.010 0.860 0.004 0.113 0.013 93 L 0.001 0.005 0.020 0.715 0.029 0.136 0.094 94 S 0.001 0.004 0.041 0.419 0.041 0.330 0.164 95 R 0.003 0.002 0.084 0.358 0.149 0.249 0.155 96 S 0.005 0.003 0.081 0.402 0.126 0.159 0.224 97 A 0.011 0.014 0.099 0.444 0.083 0.150 0.198 98 F 0.009 0.006 0.137 0.706 0.020 0.063 0.060 99 A 0.013 0.004 0.227 0.664 0.019 0.034 0.039 100 R 0.012 0.002 0.231 0.655 0.013 0.063 0.025 101 Y 0.021 0.008 0.209 0.524 0.029 0.152 0.057 102 L 0.061 0.021 0.083 0.293 0.165 0.197 0.180 103 G 0.056 0.005 0.036 0.092 0.291 0.118 0.402 104 R 0.072 0.005 0.060 0.092 0.183 0.170 0.417 105 S 0.169 0.018 0.055 0.060 0.148 0.201 0.348 106 Y 0.367 0.031 0.025 0.025 0.145 0.063 0.344 107 S 0.528 0.009 0.004 0.009 0.063 0.024 0.362 108 F 0.769 0.007 0.003 0.006 0.040 0.018 0.158 109 Y 0.899 0.004 0.002 0.003 0.009 0.005 0.077 110 S 0.944 0.002 0.002 0.003 0.007 0.002 0.040 111 V 0.957 0.002 0.003 0.003 0.006 0.002 0.028 112 V 0.936 0.003 0.004 0.004 0.009 0.004 0.040 113 E 0.860 0.012 0.005 0.006 0.013 0.007 0.096 114 L 0.453 0.025 0.023 0.013 0.056 0.061 0.369 115 G 0.130 0.010 0.039 0.008 0.185 0.286 0.343 116 S 0.061 0.012 0.068 0.007 0.228 0.377 0.247 117 Q 0.085 0.033 0.054 0.010 0.236 0.233 0.350 118 E 0.091 0.040 0.040 0.006 0.294 0.091 0.438 119 K 0.069 0.029 0.008 0.001 0.362 0.022 0.508 120 P 0.049 0.027 0.016 0.003 0.184 0.126 0.595 121 L 0.037 0.118 0.017 0.006 0.299 0.145 0.377 122 D 0.017 0.021 0.008 0.001 0.215 0.021 0.717 123 P 0.002 0.004 0.059 0.007 0.063 0.811 0.054 124 E 0.003 0.013 0.065 0.013 0.087 0.762 0.056 125 S 0.007 0.013 0.031 0.005 0.459 0.020 0.465 126 P 0.008 0.019 0.080 0.041 0.099 0.492 0.261 127 Y 0.023 0.068 0.137 0.029 0.152 0.388 0.203 128 V 0.029 0.052 0.090 0.028 0.161 0.041 0.599 129 K 0.029 0.023 0.048 0.033 0.030 0.024 0.813 130 P 0.018 0.007 0.387 0.116 0.078 0.122 0.271 131 R 0.020 0.018 0.352 0.172 0.050 0.219 0.169 132 L 0.030 0.057 0.159 0.135 0.146 0.129 0.343 133 T 0.020 0.010 0.024 0.008 0.102 0.034 0.801 134 P 0.017 0.008 0.104 0.019 0.117 0.349 0.386 135 R 0.029 0.036 0.085 0.026 0.257 0.311 0.256 136 V 0.031 0.027 0.006 0.002 0.449 0.008 0.476 137 P 0.024 0.022 0.007 0.005 0.037 0.031 0.873 138 K 0.051 0.047 0.061 0.004 0.146 0.180 0.511 139 S 0.040 0.006 0.125 0.005 0.189 0.517 0.117 140 G 0.073 0.001 0.059 0.002 0.326 0.428 0.112 141 Y 0.811 0.010 0.005 0.001 0.008 0.004 0.162 142 V 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 143 C 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 144 F 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 145 Y 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 146 P 0.770 0.003 0.002 0.001 0.017 0.007 0.200 147 M 0.392 0.007 0.007 0.002 0.124 0.048 0.420 148 N 0.502 0.019 0.010 0.005 0.137 0.045 0.282 149 K 0.215 0.022 0.015 0.008 0.225 0.030 0.484 150 R 0.149 0.035 0.025 0.009 0.187 0.049 0.547 151 R 0.048 0.021 0.051 0.008 0.234 0.121 0.516 152 Q 0.019 0.011 0.061 0.008 0.093 0.501 0.307 153 G 0.009 0.006 0.071 0.010 0.135 0.613 0.155 154 Q 0.020 0.008 0.093 0.021 0.287 0.396 0.176 155 D 0.076 0.034 0.071 0.021 0.305 0.134 0.358 156 N 0.206 0.060 0.049 0.019 0.249 0.058 0.360 157 W 0.413 0.043 0.105 0.022 0.073 0.111 0.232 158 Y 0.489 0.020 0.112 0.036 0.078 0.127 0.139 159 M 0.492 0.055 0.071 0.027 0.106 0.062 0.187 160 L 0.164 0.037 0.001 0.003 0.320 0.003 0.471 161 P 0.017 0.010 0.001 0.002 0.049 0.002 0.921 162 A 0.001 0.001 0.051 0.915 0.002 0.025 0.006 163 K 0.001 0.001 0.029 0.962 0.001 0.008 0.001 164 E 0.001 0.001 0.052 0.940 0.001 0.005 0.003 165 R 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.004 0.002 166 A 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.009 0.001 167 S 0.001 0.001 0.004 0.973 0.001 0.022 0.001 168 L 0.001 0.001 0.008 0.961 0.001 0.025 0.005 169 M 0.001 0.001 0.014 0.959 0.002 0.021 0.003 170 K 0.001 0.001 0.012 0.958 0.001 0.028 0.001 171 A 0.001 0.001 0.016 0.921 0.002 0.058 0.003 172 H 0.001 0.001 0.014 0.919 0.004 0.054 0.008 173 G 0.001 0.002 0.030 0.911 0.010 0.034 0.012 174 E 0.002 0.001 0.059 0.880 0.008 0.042 0.008 175 T 0.002 0.001 0.044 0.870 0.009 0.064 0.011 176 G 0.002 0.001 0.051 0.865 0.009 0.058 0.013 177 R 0.004 0.003 0.086 0.774 0.030 0.078 0.025 178 K 0.004 0.002 0.112 0.647 0.023 0.169 0.043 179 Y 0.010 0.008 0.061 0.417 0.132 0.159 0.213 180 Q 0.007 0.006 0.082 0.484 0.063 0.172 0.185 181 G 0.005 0.001 0.064 0.555 0.096 0.223 0.056 182 E 0.024 0.005 0.041 0.559 0.070 0.146 0.155 183 V 0.097 0.018 0.018 0.642 0.032 0.051 0.142 184 M 0.228 0.012 0.016 0.473 0.053 0.041 0.178 185 Q 0.396 0.005 0.018 0.437 0.049 0.029 0.066 186 V 0.514 0.007 0.014 0.366 0.025 0.030 0.043 187 I 0.784 0.019 0.008 0.121 0.013 0.018 0.037 188 S 0.783 0.009 0.009 0.075 0.030 0.026 0.068 189 G 0.645 0.007 0.022 0.073 0.053 0.073 0.127 190 A 0.365 0.026 0.056 0.078 0.063 0.134 0.277 191 Q 0.205 0.030 0.067 0.035 0.226 0.195 0.244 192 G 0.151 0.023 0.048 0.013 0.237 0.121 0.408 193 L 0.090 0.027 0.058 0.030 0.270 0.134 0.392 194 D 0.078 0.018 0.065 0.023 0.228 0.152 0.435 195 D 0.039 0.006 0.213 0.049 0.171 0.412 0.111 196 W 0.203 0.009 0.098 0.016 0.195 0.276 0.203 197 E 0.538 0.013 0.032 0.012 0.133 0.043 0.229 198 W 0.926 0.003 0.003 0.006 0.011 0.006 0.046 199 G 0.976 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.015 200 V 0.986 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 201 D 0.965 0.003 0.001 0.006 0.002 0.003 0.021 202 L 0.833 0.005 0.003 0.008 0.014 0.027 0.111 203 F 0.485 0.012 0.020 0.012 0.118 0.104 0.250 204 S 0.185 0.026 0.050 0.033 0.263 0.158 0.286 205 E 0.038 0.015 0.045 0.039 0.472 0.184 0.208 206 D 0.013 0.010 0.017 0.045 0.482 0.038 0.394 207 P 0.002 0.001 0.049 0.816 0.012 0.052 0.068 208 V 0.001 0.001 0.025 0.937 0.009 0.015 0.011 209 Q 0.001 0.001 0.017 0.966 0.003 0.007 0.005 210 F 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.003 0.002 211 K 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 0.001 212 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 213 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 214 V 0.001 0.001 0.004 0.985 0.001 0.008 0.001 215 Y 0.001 0.001 0.007 0.973 0.003 0.015 0.001 216 E 0.002 0.001 0.008 0.907 0.002 0.078 0.002 217 M 0.005 0.003 0.006 0.826 0.017 0.098 0.045 218 R 0.016 0.008 0.006 0.509 0.040 0.111 0.310 219 F 0.017 0.007 0.023 0.599 0.054 0.079 0.222 220 D 0.016 0.001 0.046 0.680 0.083 0.105 0.069 221 E 0.048 0.005 0.064 0.727 0.032 0.079 0.044 222 V 0.192 0.010 0.039 0.604 0.024 0.053 0.077 223 S 0.237 0.007 0.029 0.535 0.056 0.042 0.094 224 A 0.232 0.003 0.032 0.553 0.044 0.078 0.057 225 R 0.328 0.007 0.023 0.397 0.036 0.144 0.065 226 Y 0.575 0.031 0.016 0.192 0.034 0.069 0.083 227 G 0.534 0.017 0.011 0.065 0.065 0.119 0.189 228 E 0.315 0.007 0.010 0.017 0.100 0.353 0.198 229 F 0.259 0.025 0.009 0.010 0.219 0.240 0.237 230 G 0.230 0.007 0.003 0.001 0.441 0.018 0.299 231 P 0.386 0.005 0.006 0.001 0.160 0.038 0.404 232 F 0.839 0.016 0.004 0.001 0.027 0.014 0.099 233 F 0.935 0.008 0.002 0.001 0.007 0.004 0.043 234 V 0.885 0.006 0.002 0.002 0.010 0.008 0.086 235 G 0.758 0.006 0.005 0.002 0.065 0.034 0.131 236 K 0.719 0.008 0.009 0.003 0.107 0.051 0.103 237 Y 0.643 0.032 0.007 0.003 0.068 0.035 0.212 238 L 0.273 0.047 0.001 0.003 0.181 0.008 0.486 239 D 0.050 0.019 0.001 0.003 0.036 0.002 0.889 240 E 0.001 0.001 0.024 0.967 0.001 0.007 0.001 241 E 0.001 0.001 0.014 0.983 0.001 0.002 0.001 242 A 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 243 L 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 0.001 244 R 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.001 245 A 0.001 0.001 0.003 0.964 0.001 0.031 0.001 246 F 0.001 0.001 0.006 0.908 0.004 0.075 0.007 247 L 0.007 0.007 0.015 0.620 0.060 0.236 0.055 248 G 0.009 0.011 0.020 0.225 0.050 0.322 0.362 249 L 0.006 0.003 0.009 0.067 0.046 0.027 0.842