# TARGET T0270 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0270.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 30.5874 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.762 0.143 0.049 0.029 0.013 0.004 0.001 2 E 0.735 0.165 0.063 0.027 0.009 0.002 0.001 3 R 0.701 0.203 0.066 0.024 0.006 0.001 0.001 4 H 0.454 0.257 0.157 0.095 0.031 0.005 0.001 5 V 0.309 0.192 0.222 0.176 0.087 0.013 0.001 6 P 0.640 0.241 0.088 0.025 0.006 0.001 0.001 7 E 0.614 0.271 0.084 0.026 0.004 0.001 0.001 8 P 0.550 0.197 0.121 0.089 0.036 0.006 0.001 9 T 0.670 0.208 0.076 0.035 0.009 0.001 0.001 10 H 0.647 0.248 0.076 0.024 0.005 0.001 0.001 11 T 0.594 0.252 0.093 0.044 0.014 0.003 0.001 12 L 0.344 0.233 0.181 0.148 0.072 0.020 0.002 13 E 0.387 0.296 0.169 0.095 0.035 0.013 0.003 14 G 0.163 0.157 0.159 0.206 0.178 0.111 0.026 15 W 0.089 0.121 0.159 0.209 0.209 0.158 0.055 16 H 0.088 0.100 0.117 0.169 0.200 0.222 0.104 17 V 0.073 0.070 0.089 0.130 0.184 0.259 0.195 18 L 0.055 0.066 0.088 0.133 0.173 0.253 0.231 19 H 0.048 0.057 0.085 0.132 0.182 0.260 0.236 20 D 0.042 0.060 0.093 0.156 0.205 0.254 0.191 21 F 0.046 0.045 0.049 0.083 0.152 0.320 0.306 22 R 0.038 0.048 0.059 0.114 0.195 0.308 0.238 23 L 0.039 0.067 0.103 0.158 0.204 0.262 0.167 24 L 0.046 0.080 0.116 0.179 0.213 0.233 0.133 25 D 0.062 0.106 0.135 0.181 0.195 0.217 0.103 26 F 0.064 0.076 0.107 0.162 0.217 0.258 0.116 27 A 0.113 0.120 0.149 0.196 0.199 0.175 0.047 28 R 0.085 0.136 0.190 0.239 0.201 0.123 0.026 29 W 0.052 0.051 0.082 0.171 0.304 0.286 0.054 30 F 0.092 0.123 0.177 0.247 0.229 0.117 0.016 31 S 0.226 0.263 0.221 0.161 0.090 0.035 0.005 32 A 0.158 0.215 0.249 0.236 0.116 0.025 0.002 33 P 0.499 0.315 0.122 0.047 0.014 0.003 0.001 34 L 0.381 0.310 0.193 0.088 0.024 0.004 0.001 35 E 0.750 0.192 0.040 0.013 0.004 0.001 0.001 36 A 0.406 0.307 0.171 0.088 0.024 0.003 0.001 37 R 0.165 0.252 0.262 0.217 0.087 0.017 0.001 38 E 0.581 0.286 0.094 0.029 0.008 0.002 0.001 39 D 0.339 0.399 0.183 0.062 0.014 0.003 0.001 40 A 0.034 0.067 0.148 0.325 0.322 0.099 0.004 41 W 0.030 0.138 0.297 0.345 0.158 0.031 0.001 42 E 0.207 0.488 0.226 0.063 0.014 0.002 0.001 43 E 0.010 0.063 0.220 0.359 0.276 0.071 0.002 44 L 0.002 0.004 0.014 0.087 0.381 0.483 0.029 45 K 0.030 0.230 0.400 0.263 0.067 0.009 0.001 46 G 0.063 0.380 0.368 0.159 0.027 0.003 0.001 47 L 0.003 0.008 0.030 0.185 0.463 0.300 0.011 48 V 0.006 0.047 0.178 0.402 0.309 0.056 0.001 49 R 0.258 0.529 0.172 0.035 0.006 0.001 0.001 50 E 0.125 0.374 0.316 0.150 0.031 0.004 0.001 51 W 0.009 0.041 0.166 0.408 0.310 0.066 0.001 52 R 0.306 0.417 0.185 0.071 0.020 0.003 0.001 53 E 0.522 0.339 0.107 0.027 0.004 0.001 0.001 54 L 0.087 0.192 0.312 0.287 0.107 0.014 0.001 55 E 0.514 0.328 0.111 0.038 0.008 0.001 0.001 56 E 0.732 0.190 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 57 A 0.598 0.226 0.112 0.051 0.013 0.002 0.001 58 G 0.524 0.296 0.115 0.051 0.012 0.002 0.001 59 Q 0.340 0.322 0.190 0.107 0.033 0.008 0.001 60 G 0.094 0.144 0.199 0.262 0.219 0.076 0.006 61 S 0.049 0.193 0.263 0.287 0.150 0.052 0.007 62 Y 0.031 0.094 0.167 0.250 0.264 0.157 0.038 63 G 0.024 0.092 0.176 0.262 0.248 0.164 0.034 64 I 0.014 0.079 0.206 0.281 0.245 0.144 0.032 65 Y 0.005 0.010 0.025 0.099 0.278 0.431 0.152 66 Q 0.015 0.069 0.158 0.286 0.265 0.163 0.043 67 V 0.012 0.023 0.037 0.084 0.199 0.441 0.204 68 V 0.017 0.065 0.115 0.211 0.245 0.253 0.094 69 G 0.037 0.093 0.150 0.215 0.222 0.197 0.086 70 H 0.026 0.069 0.104 0.187 0.246 0.259 0.109 71 K 0.041 0.111 0.176 0.221 0.195 0.156 0.100 72 A 0.006 0.011 0.023 0.065 0.169 0.412 0.314 73 D 0.005 0.010 0.026 0.080 0.193 0.374 0.312 74 L 0.004 0.006 0.011 0.023 0.068 0.323 0.565 75 L 0.002 0.004 0.006 0.018 0.070 0.324 0.575 76 F 0.002 0.004 0.010 0.032 0.118 0.397 0.437 77 L 0.003 0.012 0.031 0.091 0.231 0.421 0.212 78 N 0.007 0.042 0.109 0.234 0.303 0.254 0.050 79 L 0.013 0.050 0.105 0.211 0.316 0.265 0.039 80 R 0.066 0.151 0.207 0.256 0.203 0.104 0.012 81 P 0.287 0.315 0.192 0.117 0.059 0.025 0.005 82 G 0.199 0.330 0.243 0.144 0.063 0.019 0.002 83 L 0.031 0.077 0.174 0.335 0.290 0.089 0.004 84 D 0.331 0.419 0.180 0.052 0.014 0.004 0.001 85 P 0.108 0.300 0.330 0.190 0.058 0.012 0.001 86 L 0.017 0.020 0.042 0.176 0.407 0.312 0.026 87 L 0.038 0.152 0.275 0.316 0.169 0.046 0.004 88 E 0.066 0.295 0.329 0.208 0.076 0.023 0.003 89 A 0.008 0.015 0.035 0.120 0.334 0.413 0.074 90 E 0.008 0.038 0.095 0.224 0.323 0.261 0.052 91 A 0.049 0.195 0.242 0.220 0.153 0.117 0.024 92 R 0.022 0.076 0.186 0.311 0.279 0.109 0.016 93 L 0.022 0.029 0.047 0.108 0.217 0.383 0.194 94 S 0.051 0.104 0.136 0.210 0.225 0.201 0.072 95 R 0.073 0.116 0.138 0.160 0.180 0.198 0.135 96 S 0.056 0.106 0.145 0.216 0.210 0.173 0.095 97 A 0.063 0.105 0.154 0.201 0.192 0.174 0.110 98 F 0.056 0.052 0.048 0.078 0.143 0.307 0.317 99 A 0.066 0.075 0.092 0.151 0.197 0.246 0.172 100 R 0.075 0.161 0.188 0.198 0.163 0.138 0.077 101 Y 0.040 0.064 0.093 0.169 0.228 0.253 0.154 102 L 0.024 0.032 0.046 0.096 0.209 0.369 0.224 103 G 0.078 0.126 0.167 0.219 0.212 0.142 0.056 104 R 0.124 0.193 0.204 0.189 0.141 0.099 0.050 105 S 0.092 0.115 0.136 0.176 0.194 0.178 0.109 106 Y 0.035 0.054 0.090 0.152 0.210 0.270 0.188 107 S 0.028 0.039 0.052 0.088 0.155 0.315 0.323 108 F 0.017 0.024 0.041 0.085 0.154 0.292 0.386 109 Y 0.010 0.017 0.026 0.051 0.108 0.314 0.472 110 S 0.009 0.015 0.032 0.081 0.166 0.345 0.351 111 V 0.007 0.013 0.023 0.052 0.132 0.371 0.402 112 V 0.011 0.025 0.050 0.126 0.260 0.350 0.178 113 E 0.029 0.092 0.154 0.223 0.243 0.199 0.060 114 L 0.029 0.053 0.094 0.202 0.313 0.251 0.058 115 G 0.188 0.237 0.211 0.185 0.114 0.056 0.009 116 S 0.298 0.282 0.199 0.136 0.061 0.021 0.003 117 Q 0.286 0.235 0.201 0.162 0.084 0.028 0.004 118 E 0.369 0.259 0.172 0.112 0.059 0.025 0.004 119 K 0.214 0.210 0.215 0.195 0.116 0.044 0.006 120 P 0.209 0.225 0.202 0.179 0.122 0.055 0.008 121 L 0.160 0.204 0.214 0.213 0.142 0.060 0.006 122 D 0.253 0.282 0.216 0.151 0.074 0.022 0.002 123 P 0.315 0.258 0.194 0.138 0.070 0.021 0.003 124 E 0.438 0.264 0.153 0.093 0.039 0.011 0.001 125 S 0.331 0.312 0.208 0.107 0.033 0.007 0.001 126 P 0.382 0.310 0.174 0.092 0.033 0.008 0.001 127 Y 0.093 0.210 0.258 0.243 0.142 0.049 0.005 128 V 0.025 0.050 0.121 0.279 0.341 0.169 0.015 129 K 0.144 0.327 0.295 0.166 0.054 0.013 0.001 130 P 0.222 0.259 0.213 0.170 0.093 0.037 0.006 131 R 0.093 0.231 0.280 0.228 0.117 0.046 0.005 132 L 0.048 0.067 0.127 0.263 0.305 0.174 0.016 133 T 0.138 0.255 0.257 0.201 0.101 0.041 0.007 134 P 0.221 0.265 0.200 0.154 0.095 0.051 0.013 135 R 0.248 0.279 0.201 0.139 0.075 0.047 0.011 136 V 0.093 0.175 0.233 0.263 0.169 0.062 0.005 137 P 0.181 0.205 0.197 0.215 0.153 0.046 0.004 138 K 0.316 0.350 0.195 0.097 0.034 0.007 0.001 139 S 0.097 0.215 0.272 0.247 0.128 0.037 0.004 140 G 0.036 0.174 0.293 0.304 0.155 0.036 0.002 141 Y 0.001 0.003 0.020 0.103 0.384 0.442 0.047 142 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.051 0.481 0.457 143 C 0.001 0.001 0.002 0.010 0.045 0.288 0.654 144 F 0.001 0.001 0.004 0.013 0.039 0.188 0.755 145 Y 0.001 0.002 0.005 0.021 0.077 0.320 0.575 146 P 0.002 0.013 0.029 0.068 0.137 0.401 0.349 147 M 0.010 0.023 0.048 0.140 0.289 0.390 0.100 148 N 0.089 0.255 0.280 0.217 0.110 0.044 0.006 149 K 0.052 0.088 0.166 0.307 0.278 0.101 0.008 150 R 0.157 0.357 0.277 0.149 0.048 0.011 0.001 151 R 0.314 0.357 0.202 0.094 0.028 0.005 0.001 152 Q 0.716 0.188 0.060 0.025 0.008 0.002 0.001 153 G 0.717 0.182 0.069 0.025 0.006 0.001 0.001 154 Q 0.748 0.164 0.059 0.023 0.005 0.001 0.001 155 D 0.639 0.227 0.084 0.038 0.010 0.002 0.001 156 N 0.487 0.261 0.148 0.072 0.026 0.006 0.001 157 W 0.404 0.177 0.136 0.148 0.096 0.036 0.003 158 Y 0.183 0.166 0.177 0.215 0.173 0.075 0.010 159 M 0.171 0.210 0.218 0.203 0.124 0.061 0.013 160 L 0.151 0.151 0.186 0.225 0.179 0.092 0.016 161 P 0.204 0.269 0.207 0.149 0.109 0.052 0.009 162 A 0.217 0.263 0.226 0.173 0.089 0.027 0.005 163 K 0.411 0.328 0.146 0.068 0.031 0.013 0.003 164 E 0.134 0.265 0.253 0.207 0.094 0.040 0.007 165 R 0.031 0.051 0.093 0.276 0.365 0.171 0.014 166 A 0.149 0.345 0.298 0.158 0.043 0.007 0.001 167 S 0.246 0.477 0.194 0.063 0.015 0.004 0.001 168 L 0.013 0.046 0.129 0.310 0.343 0.151 0.008 169 M 0.010 0.029 0.084 0.254 0.403 0.202 0.019 170 K 0.121 0.416 0.290 0.133 0.034 0.006 0.001 171 A 0.056 0.253 0.376 0.239 0.064 0.011 0.001 172 H 0.013 0.024 0.048 0.144 0.357 0.377 0.035 173 G 0.021 0.072 0.189 0.343 0.275 0.092 0.008 174 E 0.118 0.398 0.271 0.140 0.055 0.017 0.002 175 T 0.018 0.057 0.173 0.374 0.294 0.081 0.005 176 G 0.013 0.025 0.052 0.177 0.378 0.326 0.029 177 R 0.055 0.201 0.283 0.288 0.145 0.026 0.001 178 K 0.244 0.493 0.191 0.056 0.014 0.002 0.001 179 Y 0.013 0.077 0.251 0.413 0.212 0.034 0.001 180 Q 0.345 0.370 0.192 0.075 0.016 0.001 0.001 181 G 0.559 0.316 0.101 0.021 0.003 0.001 0.001 182 E 0.348 0.396 0.182 0.061 0.011 0.002 0.001 183 V 0.003 0.012 0.051 0.239 0.451 0.235 0.009 184 M 0.019 0.120 0.256 0.309 0.212 0.075 0.009 185 Q 0.016 0.089 0.156 0.221 0.236 0.228 0.055 186 V 0.008 0.029 0.092 0.210 0.296 0.274 0.091 187 I 0.008 0.023 0.043 0.099 0.211 0.421 0.196 188 S 0.022 0.038 0.076 0.168 0.233 0.295 0.168 189 G 0.040 0.055 0.063 0.103 0.169 0.362 0.207 190 A 0.026 0.026 0.027 0.057 0.150 0.372 0.342 191 Q 0.022 0.043 0.079 0.177 0.246 0.288 0.146 192 G 0.039 0.057 0.077 0.124 0.214 0.317 0.173 193 L 0.019 0.033 0.055 0.118 0.225 0.347 0.203 194 D 0.042 0.113 0.201 0.241 0.182 0.143 0.078 195 D 0.045 0.100 0.130 0.170 0.207 0.212 0.136 196 W 0.010 0.023 0.047 0.106 0.196 0.344 0.274 197 E 0.012 0.041 0.072 0.131 0.201 0.298 0.243 198 W 0.005 0.011 0.023 0.070 0.149 0.354 0.388 199 G 0.006 0.017 0.042 0.095 0.181 0.353 0.306 200 V 0.006 0.015 0.034 0.077 0.146 0.376 0.345 201 D 0.009 0.023 0.059 0.166 0.267 0.333 0.144 202 L 0.017 0.032 0.043 0.099 0.200 0.420 0.189 203 F 0.048 0.085 0.119 0.202 0.222 0.248 0.077 204 S 0.097 0.125 0.170 0.226 0.209 0.150 0.024 205 E 0.199 0.296 0.210 0.142 0.087 0.049 0.017 206 D 0.079 0.207 0.254 0.244 0.142 0.064 0.010 207 P 0.048 0.106 0.148 0.237 0.272 0.169 0.021 208 V 0.056 0.161 0.226 0.244 0.220 0.083 0.009 209 Q 0.015 0.084 0.232 0.301 0.240 0.113 0.016 210 F 0.002 0.004 0.011 0.069 0.310 0.521 0.082 211 K 0.013 0.098 0.235 0.347 0.221 0.079 0.007 212 K 0.034 0.221 0.362 0.262 0.095 0.024 0.003 213 I 0.006 0.014 0.043 0.144 0.315 0.414 0.064 214 V 0.014 0.028 0.052 0.177 0.339 0.332 0.057 215 Y 0.043 0.156 0.201 0.242 0.197 0.129 0.033 216 E 0.040 0.139 0.234 0.296 0.180 0.093 0.018 217 M 0.017 0.036 0.070 0.175 0.287 0.323 0.093 218 R 0.080 0.166 0.185 0.203 0.178 0.147 0.040 219 F 0.139 0.166 0.167 0.185 0.168 0.132 0.042 220 D 0.190 0.232 0.215 0.185 0.102 0.054 0.022 221 E 0.160 0.232 0.214 0.199 0.110 0.063 0.023 222 V 0.115 0.092 0.093 0.161 0.220 0.229 0.090 223 S 0.149 0.210 0.217 0.202 0.138 0.067 0.018 224 A 0.287 0.306 0.185 0.116 0.060 0.034 0.012 225 R 0.105 0.141 0.167 0.221 0.191 0.136 0.038 226 Y 0.084 0.095 0.128 0.183 0.226 0.209 0.075 227 G 0.244 0.203 0.177 0.171 0.113 0.066 0.026 228 E 0.219 0.246 0.192 0.153 0.101 0.061 0.027 229 F 0.122 0.123 0.136 0.180 0.182 0.170 0.087 230 G 0.119 0.155 0.174 0.191 0.176 0.131 0.055 231 P 0.057 0.079 0.116 0.168 0.206 0.249 0.124 232 F 0.031 0.045 0.077 0.134 0.214 0.325 0.174 233 F 0.023 0.029 0.043 0.090 0.202 0.414 0.200 234 V 0.011 0.024 0.050 0.113 0.233 0.379 0.190 235 G 0.008 0.016 0.032 0.092 0.262 0.447 0.142 236 K 0.023 0.114 0.210 0.290 0.235 0.114 0.015 237 Y 0.028 0.119 0.240 0.317 0.229 0.064 0.003 238 L 0.096 0.238 0.286 0.237 0.116 0.026 0.001 239 D 0.430 0.371 0.144 0.045 0.010 0.001 0.001 240 E 0.427 0.340 0.177 0.050 0.006 0.001 0.001 241 E 0.736 0.219 0.037 0.007 0.001 0.001 0.001 242 A 0.198 0.420 0.279 0.088 0.013 0.001 0.001 243 L 0.022 0.025 0.067 0.312 0.450 0.122 0.002 244 R 0.035 0.198 0.354 0.307 0.096 0.011 0.001 245 A 0.272 0.414 0.184 0.089 0.030 0.010 0.001 246 F 0.101 0.126 0.208 0.263 0.207 0.091 0.005 247 L 0.136 0.105 0.132 0.187 0.236 0.179 0.026 248 G 0.303 0.219 0.167 0.151 0.092 0.054 0.013 249 L 0.365 0.226 0.168 0.124 0.075 0.034 0.008