# TARGET T0269 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 670 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.013 0.017 0.036 0.335 0.567 2 P 0.054 0.027 0.018 0.035 0.247 0.619 3 G 0.043 0.022 0.020 0.037 0.284 0.593 4 S 0.061 0.041 0.029 0.041 0.356 0.471 5 I 0.080 0.044 0.037 0.050 0.365 0.423 6 P 0.058 0.020 0.046 0.046 0.445 0.385 7 L 0.092 0.039 0.045 0.066 0.586 0.172 8 I 0.131 0.021 0.042 0.087 0.525 0.194 9 G 0.090 0.007 0.017 0.026 0.560 0.300 10 E 0.236 0.032 0.021 0.018 0.393 0.299 11 R 0.280 0.108 0.014 0.021 0.203 0.373 12 F 0.165 0.032 0.025 0.019 0.374 0.385 13 P 0.094 0.010 0.034 0.013 0.475 0.374 14 E 0.208 0.014 0.060 0.020 0.401 0.297 15 M 0.541 0.021 0.016 0.015 0.188 0.219 16 E 0.655 0.023 0.010 0.016 0.091 0.205 17 V 0.760 0.020 0.012 0.013 0.073 0.121 18 T 0.565 0.016 0.031 0.027 0.176 0.185 19 T 0.397 0.014 0.054 0.027 0.280 0.229 20 D 0.170 0.015 0.033 0.021 0.547 0.214 21 H 0.080 0.008 0.015 0.007 0.611 0.279 22 G 0.076 0.011 0.011 0.008 0.529 0.365 23 V 0.257 0.035 0.008 0.010 0.258 0.432 24 I 0.621 0.053 0.003 0.012 0.073 0.238 25 K 0.578 0.037 0.002 0.021 0.067 0.295 26 L 0.098 0.005 0.043 0.679 0.119 0.055 27 P 0.008 0.001 0.069 0.858 0.054 0.010 28 D 0.015 0.001 0.060 0.871 0.048 0.006 29 H 0.012 0.002 0.030 0.920 0.031 0.006 30 Y 0.023 0.002 0.015 0.906 0.034 0.019 31 V 0.037 0.001 0.026 0.882 0.040 0.014 32 S 0.030 0.001 0.026 0.833 0.082 0.027 33 Q 0.021 0.004 0.028 0.525 0.230 0.192 34 G 0.010 0.001 0.002 0.006 0.270 0.710 35 K 0.177 0.004 0.002 0.001 0.257 0.559 36 W 0.805 0.006 0.001 0.001 0.048 0.141 37 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 38 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 39 L 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 40 F 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 41 S 0.793 0.004 0.001 0.001 0.032 0.170 42 H 0.323 0.019 0.003 0.001 0.223 0.431 43 P 0.048 0.015 0.078 0.006 0.627 0.227 44 A 0.013 0.006 0.364 0.011 0.531 0.075 45 D 0.016 0.012 0.373 0.017 0.523 0.060 46 F 0.035 0.020 0.162 0.036 0.606 0.142 47 T 0.072 0.039 0.043 0.070 0.477 0.299 48 P 0.081 0.025 0.040 0.106 0.416 0.333 49 V 0.090 0.044 0.036 0.134 0.362 0.334 50 C 0.084 0.021 0.025 0.178 0.287 0.405 51 T 0.031 0.006 0.060 0.461 0.187 0.256 52 T 0.019 0.006 0.087 0.667 0.103 0.119 53 E 0.014 0.007 0.077 0.815 0.040 0.047 54 F 0.007 0.001 0.022 0.942 0.014 0.014 55 V 0.003 0.001 0.011 0.960 0.015 0.010 56 S 0.002 0.001 0.014 0.952 0.021 0.010 57 F 0.002 0.001 0.009 0.960 0.020 0.007 58 A 0.002 0.001 0.006 0.948 0.030 0.014 59 R 0.002 0.001 0.004 0.933 0.032 0.029 60 R 0.001 0.001 0.003 0.911 0.026 0.059 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.962 0.016 0.019 62 E 0.001 0.001 0.004 0.943 0.032 0.020 63 D 0.001 0.001 0.008 0.957 0.026 0.008 64 F 0.001 0.001 0.018 0.954 0.023 0.004 65 Q 0.001 0.001 0.028 0.944 0.022 0.006 66 R 0.001 0.001 0.029 0.899 0.045 0.025 67 L 0.006 0.002 0.024 0.555 0.112 0.301 68 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.059 0.936 69 V 0.076 0.001 0.001 0.001 0.064 0.859 70 D 0.870 0.002 0.001 0.001 0.019 0.109 71 L 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 72 I 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 73 G 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 74 L 0.922 0.001 0.001 0.001 0.007 0.070 75 S 0.755 0.007 0.001 0.001 0.055 0.183 76 V 0.228 0.035 0.001 0.001 0.162 0.575 77 D 0.023 0.020 0.001 0.001 0.208 0.748 78 S 0.008 0.004 0.001 0.004 0.228 0.756 79 V 0.002 0.001 0.047 0.765 0.127 0.057 80 F 0.002 0.001 0.043 0.876 0.068 0.010 81 S 0.001 0.001 0.043 0.917 0.032 0.006 82 H 0.001 0.001 0.012 0.965 0.011 0.010 83 I 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 84 K 0.001 0.001 0.007 0.980 0.008 0.004 85 W 0.003 0.001 0.006 0.974 0.010 0.007 86 K 0.005 0.001 0.006 0.969 0.010 0.008 87 E 0.004 0.001 0.008 0.963 0.014 0.011 88 W 0.007 0.001 0.007 0.897 0.036 0.052 89 I 0.008 0.002 0.017 0.855 0.059 0.058 90 E 0.007 0.004 0.034 0.840 0.075 0.040 91 R 0.005 0.001 0.047 0.797 0.103 0.047 92 H 0.005 0.002 0.048 0.750 0.123 0.072 93 I 0.010 0.004 0.048 0.523 0.193 0.222 94 G 0.009 0.003 0.060 0.204 0.342 0.382 95 V 0.017 0.009 0.065 0.167 0.303 0.439 96 R 0.022 0.012 0.028 0.024 0.286 0.628 97 I 0.034 0.023 0.016 0.013 0.267 0.647 98 P 0.034 0.005 0.009 0.005 0.148 0.798 99 F 0.206 0.020 0.021 0.008 0.174 0.572 100 P 0.337 0.027 0.019 0.005 0.099 0.513 101 I 0.558 0.033 0.016 0.005 0.084 0.302 102 I 0.470 0.031 0.021 0.006 0.168 0.303 103 A 0.348 0.117 0.006 0.006 0.161 0.363 104 D 0.061 0.024 0.002 0.013 0.852 0.048 105 P 0.006 0.001 0.008 0.134 0.830 0.022 106 Q 0.007 0.002 0.005 0.149 0.823 0.014 107 G 0.021 0.007 0.007 0.263 0.688 0.014 108 T 0.089 0.011 0.002 0.636 0.116 0.145 109 V 0.110 0.040 0.008 0.782 0.039 0.021 110 A 0.143 0.003 0.025 0.744 0.055 0.031 111 R 0.115 0.002 0.028 0.780 0.047 0.027 112 R 0.049 0.001 0.035 0.856 0.033 0.025 113 L 0.041 0.002 0.020 0.785 0.043 0.109 114 G 0.052 0.002 0.003 0.016 0.094 0.833 115 L 0.239 0.014 0.004 0.008 0.120 0.616 116 L 0.356 0.089 0.009 0.008 0.181 0.357 117 H 0.137 0.044 0.060 0.018 0.524 0.217 118 A 0.036 0.006 0.240 0.024 0.598 0.096 119 E 0.014 0.004 0.234 0.019 0.658 0.071 120 S 0.028 0.012 0.141 0.014 0.736 0.070 121 A 0.046 0.011 0.048 0.011 0.677 0.207 122 T 0.107 0.016 0.032 0.007 0.517 0.321 123 H 0.290 0.020 0.015 0.004 0.350 0.320 124 T 0.520 0.019 0.007 0.002 0.141 0.310 125 V 0.828 0.019 0.004 0.002 0.050 0.099 126 R 0.897 0.005 0.003 0.001 0.031 0.063 127 G 0.919 0.001 0.004 0.001 0.030 0.045 128 V 0.976 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 129 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 130 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 131 V 0.954 0.009 0.001 0.001 0.011 0.025 132 D 0.519 0.032 0.001 0.001 0.419 0.028 133 A 0.024 0.002 0.005 0.002 0.951 0.017 134 R 0.012 0.001 0.002 0.001 0.963 0.022 135 G 0.180 0.009 0.002 0.001 0.764 0.045 136 V 0.767 0.006 0.001 0.001 0.025 0.201 137 I 0.980 0.008 0.001 0.001 0.002 0.011 138 R 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 139 T 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 140 M 0.949 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 141 L 0.926 0.003 0.001 0.001 0.021 0.048 142 Y 0.732 0.020 0.002 0.001 0.074 0.170 143 Y 0.330 0.019 0.006 0.003 0.312 0.330 144 P 0.150 0.009 0.016 0.006 0.381 0.437 145 M 0.084 0.046 0.025 0.012 0.451 0.382 146 E 0.051 0.016 0.019 0.009 0.533 0.372 147 L 0.039 0.012 0.028 0.018 0.460 0.443 148 G 0.029 0.021 0.021 0.024 0.407 0.498 149 R 0.025 0.051 0.019 0.058 0.359 0.488 150 L 0.014 0.022 0.006 0.054 0.074 0.829 151 V 0.001 0.001 0.013 0.963 0.011 0.012 152 D 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.002 153 E 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 154 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 159 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.006 0.005 160 A 0.001 0.001 0.002 0.980 0.010 0.008 161 L 0.001 0.001 0.002 0.976 0.010 0.011 162 K 0.003 0.001 0.003 0.922 0.028 0.043 163 L 0.015 0.007 0.008 0.868 0.055 0.047 164 G 0.022 0.002 0.015 0.817 0.086 0.058 165 D 0.028 0.002 0.027 0.760 0.150 0.032 166 S 0.019 0.002 0.034 0.820 0.099 0.027 167 L 0.026 0.003 0.041 0.548 0.252 0.131 168 K 0.027 0.003 0.008 0.029 0.270 0.664 169 R 0.203 0.007 0.003 0.007 0.116 0.663 170 A 0.657 0.057 0.002 0.004 0.083 0.197 171 V 0.536 0.076 0.002 0.006 0.104 0.275 172 P 0.280 0.037 0.020 0.013 0.348 0.302 173 A 0.059 0.022 0.074 0.030 0.469 0.346 174 D 0.021 0.007 0.046 0.012 0.532 0.383 175 W 0.008 0.010 0.049 0.006 0.666 0.261 176 P 0.007 0.012 0.097 0.014 0.437 0.432 177 N 0.013 0.035 0.239 0.015 0.518 0.179 178 N 0.024 0.008 0.174 0.016 0.570 0.209 179 E 0.070 0.011 0.082 0.016 0.409 0.412 180 I 0.184 0.061 0.056 0.013 0.350 0.336 181 I 0.301 0.070 0.029 0.013 0.309 0.278 182 G 0.222 0.024 0.015 0.007 0.330 0.403 183 E 0.217 0.018 0.025 0.011 0.408 0.321 184 G 0.246 0.010 0.044 0.019 0.301 0.380 185 L 0.434 0.021 0.024 0.020 0.219 0.283 186 I 0.555 0.062 0.007 0.011 0.095 0.271 187 V 0.345 0.036 0.003 0.007 0.120 0.488 188 P 0.111 0.026 0.003 0.007 0.160 0.693 189 P 0.027 0.007 0.002 0.006 0.187 0.771 190 P 0.020 0.010 0.007 0.018 0.245 0.700 191 T 0.019 0.019 0.007 0.037 0.233 0.686 192 T 0.016 0.009 0.010 0.118 0.209 0.636 193 E 0.001 0.001 0.012 0.925 0.032 0.029 194 D 0.001 0.001 0.008 0.955 0.023 0.012 195 Q 0.001 0.001 0.011 0.968 0.016 0.004 196 A 0.001 0.001 0.008 0.973 0.012 0.005 197 R 0.002 0.001 0.028 0.950 0.016 0.004 198 A 0.002 0.001 0.032 0.927 0.030 0.009 199 R 0.002 0.001 0.033 0.863 0.051 0.050 200 M 0.005 0.020 0.062 0.557 0.214 0.142 201 E 0.010 0.007 0.097 0.277 0.530 0.080 202 S 0.006 0.002 0.105 0.166 0.635 0.086 203 G 0.023 0.006 0.046 0.031 0.713 0.182 204 Q 0.157 0.011 0.019 0.023 0.382 0.407 205 Y 0.417 0.045 0.007 0.019 0.143 0.368 206 R 0.517 0.069 0.005 0.018 0.090 0.301 207 C 0.260 0.018 0.005 0.032 0.109 0.576 208 L 0.156 0.012 0.018 0.084 0.178 0.551 209 D 0.109 0.008 0.075 0.212 0.269 0.328 210 W 0.099 0.007 0.156 0.335 0.267 0.136 211 W 0.162 0.016 0.116 0.351 0.211 0.144 212 F 0.173 0.023 0.105 0.389 0.197 0.113 213 C 0.139 0.013 0.022 0.189 0.293 0.344 214 W 0.053 0.013 0.011 0.089 0.384 0.450 215 D 0.018 0.013 0.010 0.051 0.404 0.504 216 T 0.015 0.017 0.004 0.042 0.290 0.632 217 P 0.007 0.011 0.010 0.043 0.236 0.693 218 A 0.004 0.008 0.010 0.064 0.205 0.710 219 S 0.008 0.008 0.021 0.106 0.242 0.614 220 R 0.007 0.004 0.042 0.533 0.207 0.208 221 D 0.009 0.005 0.021 0.613 0.161 0.191 222 D 0.008 0.007 0.021 0.829 0.065 0.071 223 V 0.006 0.002 0.010 0.908 0.035 0.039 224 E 0.008 0.001 0.013 0.917 0.036 0.025 225 E 0.007 0.001 0.007 0.917 0.033 0.035 226 A 0.004 0.001 0.003 0.902 0.032 0.058 227 R 0.005 0.002 0.003 0.916 0.029 0.045 228 R 0.004 0.001 0.005 0.891 0.043 0.057 229 Y 0.003 0.001 0.004 0.832 0.053 0.105 230 L 0.004 0.003 0.006 0.508 0.106 0.373 231 R 0.001 0.001 0.007 0.624 0.094 0.273 232 R 0.001 0.001 0.011 0.887 0.041 0.061 233 A 0.001 0.001 0.017 0.881 0.047 0.053 234 A 0.001 0.001 0.014 0.867 0.055 0.062 235 E 0.001 0.001 0.007 0.843 0.050 0.099 236 K 0.001 0.001 0.010 0.784 0.059 0.146 237 P 0.001 0.001 0.009 0.909 0.034 0.046 238 A 0.001 0.001 0.010 0.930 0.031 0.028 239 K 0.001 0.001 0.007 0.894 0.044 0.054 240 L 0.001 0.001 0.006 0.940 0.019 0.035 241 L 0.001 0.001 0.003 0.921 0.013 0.061 242 Y 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 243 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.002 244 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.009 0.005 245 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.011 0.005 246 R 0.001 0.001 0.006 0.954 0.028 0.011 247 T 0.001 0.001 0.005 0.926 0.043 0.025 248 H 0.001 0.001 0.007 0.851 0.040 0.101 249 L 0.001 0.005 0.007 0.339 0.094 0.555 250 H 0.001 0.001 0.001 0.028 0.023 0.948