# TARGET T0269 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 670 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.993 2 P 0.023 0.022 0.007 0.011 0.014 0.068 0.855 3 G 0.040 0.032 0.025 0.024 0.255 0.155 0.468 4 S 0.069 0.028 0.052 0.040 0.224 0.126 0.462 5 I 0.190 0.038 0.045 0.037 0.120 0.101 0.468 6 P 0.151 0.048 0.050 0.035 0.105 0.044 0.568 7 L 0.188 0.105 0.053 0.035 0.085 0.062 0.472 8 I 0.114 0.032 0.110 0.076 0.097 0.332 0.239 9 G 0.066 0.027 0.093 0.024 0.169 0.390 0.230 10 E 0.073 0.025 0.070 0.033 0.230 0.138 0.431 11 R 0.097 0.160 0.042 0.027 0.179 0.129 0.366 12 F 0.065 0.020 0.016 0.007 0.362 0.060 0.469 13 P 0.039 0.009 0.011 0.002 0.308 0.318 0.311 14 E 0.084 0.010 0.011 0.001 0.335 0.259 0.300 15 M 0.508 0.023 0.004 0.001 0.163 0.021 0.279 16 E 0.767 0.059 0.001 0.001 0.009 0.002 0.160 17 V 0.749 0.015 0.002 0.001 0.012 0.002 0.219 18 T 0.723 0.034 0.005 0.002 0.039 0.017 0.180 19 T 0.485 0.029 0.016 0.003 0.063 0.064 0.340 20 D 0.189 0.005 0.022 0.007 0.157 0.445 0.174 21 H 0.199 0.008 0.014 0.009 0.300 0.291 0.180 22 G 0.236 0.003 0.006 0.002 0.449 0.075 0.228 23 V 0.600 0.013 0.001 0.001 0.087 0.013 0.285 24 I 0.825 0.063 0.001 0.001 0.017 0.001 0.094 25 K 0.627 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.354 26 L 0.100 0.003 0.127 0.589 0.038 0.063 0.081 27 P 0.011 0.001 0.189 0.631 0.028 0.128 0.013 28 D 0.019 0.001 0.376 0.495 0.017 0.064 0.028 29 H 0.133 0.002 0.131 0.590 0.009 0.034 0.101 30 Y 0.388 0.043 0.056 0.355 0.012 0.073 0.071 31 V 0.421 0.009 0.043 0.267 0.054 0.133 0.073 32 S 0.269 0.008 0.054 0.233 0.091 0.239 0.106 33 Q 0.021 0.003 0.023 0.039 0.086 0.784 0.043 34 G 0.012 0.001 0.007 0.001 0.121 0.782 0.076 35 K 0.337 0.003 0.002 0.001 0.108 0.013 0.536 36 W 0.794 0.004 0.001 0.001 0.015 0.002 0.183 37 F 0.970 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.023 38 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 39 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 40 F 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 41 S 0.839 0.004 0.001 0.001 0.017 0.002 0.137 42 H 0.491 0.027 0.004 0.002 0.066 0.014 0.396 43 P 0.056 0.009 0.205 0.048 0.155 0.298 0.231 44 A 0.008 0.005 0.372 0.024 0.130 0.366 0.095 45 D 0.006 0.004 0.239 0.027 0.177 0.455 0.092 46 F 0.009 0.029 0.119 0.045 0.221 0.311 0.267 47 T 0.008 0.030 0.015 0.021 0.445 0.052 0.429 48 P 0.009 0.016 0.033 0.068 0.278 0.304 0.293 49 V 0.012 0.021 0.052 0.144 0.164 0.259 0.348 50 C 0.025 0.028 0.053 0.239 0.150 0.089 0.416 51 T 0.021 0.015 0.030 0.378 0.075 0.100 0.381 52 T 0.017 0.012 0.051 0.531 0.056 0.214 0.119 53 E 0.012 0.012 0.034 0.603 0.046 0.177 0.117 54 F 0.010 0.005 0.016 0.743 0.056 0.038 0.132 55 V 0.004 0.001 0.025 0.924 0.010 0.017 0.019 56 S 0.002 0.001 0.039 0.917 0.009 0.022 0.009 57 F 0.001 0.001 0.046 0.929 0.002 0.018 0.004 58 A 0.001 0.001 0.027 0.941 0.003 0.026 0.003 59 R 0.001 0.001 0.016 0.915 0.004 0.059 0.004 60 R 0.001 0.001 0.007 0.935 0.007 0.038 0.011 61 Y 0.001 0.001 0.006 0.966 0.004 0.014 0.010 62 E 0.001 0.001 0.009 0.969 0.002 0.016 0.003 63 D 0.001 0.001 0.007 0.973 0.002 0.015 0.003 64 F 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.008 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.014 0.956 0.002 0.024 0.003 66 R 0.003 0.001 0.039 0.822 0.008 0.120 0.007 67 L 0.001 0.001 0.019 0.168 0.017 0.793 0.002 68 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.973 0.015 69 V 0.095 0.001 0.001 0.001 0.042 0.002 0.860 70 D 0.861 0.002 0.001 0.001 0.031 0.001 0.106 71 L 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 72 I 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 73 G 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 74 L 0.953 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 75 S 0.645 0.003 0.001 0.001 0.049 0.004 0.297 76 V 0.206 0.009 0.010 0.007 0.237 0.056 0.475 77 D 0.035 0.031 0.008 0.008 0.299 0.051 0.568 78 S 0.011 0.006 0.008 0.041 0.175 0.026 0.732 79 V 0.001 0.001 0.063 0.800 0.034 0.080 0.022 80 F 0.001 0.001 0.058 0.844 0.017 0.071 0.008 81 S 0.001 0.001 0.036 0.906 0.009 0.035 0.012 82 H 0.002 0.001 0.009 0.961 0.007 0.014 0.006 83 I 0.004 0.001 0.008 0.969 0.003 0.010 0.005 84 K 0.002 0.001 0.013 0.965 0.003 0.014 0.003 85 W 0.002 0.001 0.013 0.960 0.002 0.018 0.003 86 K 0.004 0.001 0.013 0.926 0.005 0.043 0.008 87 E 0.002 0.001 0.010 0.868 0.013 0.097 0.010 88 W 0.002 0.002 0.005 0.775 0.075 0.049 0.092 89 I 0.001 0.001 0.026 0.924 0.009 0.025 0.015 90 E 0.001 0.001 0.083 0.826 0.012 0.066 0.011 91 R 0.001 0.001 0.115 0.738 0.017 0.113 0.015 92 H 0.002 0.003 0.094 0.621 0.053 0.178 0.050 93 I 0.005 0.008 0.064 0.282 0.040 0.505 0.095 94 G 0.008 0.007 0.062 0.070 0.076 0.127 0.650 95 V 0.036 0.019 0.103 0.089 0.163 0.193 0.397 96 R 0.067 0.057 0.056 0.038 0.143 0.279 0.361 97 I 0.046 0.017 0.006 0.010 0.176 0.038 0.706 98 P 0.056 0.014 0.003 0.002 0.185 0.038 0.701 99 F 0.169 0.033 0.003 0.007 0.205 0.011 0.572 100 P 0.354 0.015 0.003 0.008 0.041 0.007 0.572 101 I 0.690 0.020 0.005 0.009 0.031 0.010 0.235 102 I 0.665 0.023 0.007 0.015 0.058 0.017 0.216 103 A 0.396 0.076 0.006 0.029 0.136 0.027 0.331 104 D 0.089 0.011 0.005 0.018 0.062 0.026 0.788 105 P 0.004 0.001 0.012 0.031 0.044 0.881 0.027 106 Q 0.002 0.001 0.008 0.061 0.066 0.846 0.018 107 G 0.028 0.006 0.012 0.508 0.180 0.076 0.191 108 T 0.100 0.019 0.004 0.676 0.032 0.028 0.142 109 V 0.174 0.020 0.007 0.694 0.015 0.023 0.068 110 A 0.164 0.006 0.028 0.700 0.021 0.029 0.053 111 R 0.135 0.002 0.059 0.659 0.044 0.056 0.046 112 R 0.071 0.003 0.085 0.684 0.025 0.096 0.036 113 L 0.015 0.004 0.039 0.264 0.032 0.620 0.026 114 G 0.018 0.002 0.010 0.022 0.053 0.824 0.070 115 L 0.157 0.017 0.011 0.014 0.083 0.030 0.688 116 L 0.360 0.153 0.018 0.025 0.066 0.015 0.362 117 H 0.244 0.020 0.026 0.034 0.078 0.036 0.562 118 A 0.111 0.012 0.104 0.072 0.141 0.206 0.355 119 E 0.049 0.004 0.097 0.051 0.210 0.442 0.146 120 S 0.035 0.005 0.108 0.034 0.276 0.358 0.183 121 A 0.034 0.005 0.069 0.021 0.260 0.366 0.246 122 T 0.130 0.012 0.042 0.007 0.279 0.226 0.304 123 H 0.337 0.026 0.030 0.005 0.132 0.035 0.436 124 T 0.599 0.033 0.016 0.004 0.066 0.020 0.262 125 V 0.743 0.023 0.018 0.003 0.050 0.015 0.148 126 R 0.796 0.008 0.012 0.001 0.029 0.007 0.147 127 G 0.916 0.001 0.003 0.001 0.020 0.003 0.057 128 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 129 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 130 I 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 131 V 0.943 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 132 D 0.206 0.005 0.001 0.001 0.016 0.006 0.766 133 A 0.019 0.004 0.003 0.001 0.176 0.769 0.030 134 R 0.010 0.003 0.004 0.001 0.239 0.719 0.025 135 G 0.045 0.004 0.001 0.001 0.729 0.020 0.202 136 V 0.329 0.038 0.001 0.001 0.053 0.013 0.566 137 I 0.892 0.042 0.001 0.001 0.006 0.002 0.057 138 R 0.956 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.032 139 T 0.970 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 140 M 0.970 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 141 L 0.957 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 142 Y 0.819 0.007 0.002 0.002 0.020 0.004 0.147 143 Y 0.386 0.010 0.006 0.003 0.141 0.038 0.415 144 P 0.166 0.019 0.019 0.006 0.219 0.158 0.413 145 M 0.054 0.027 0.034 0.012 0.233 0.108 0.532 146 E 0.027 0.010 0.046 0.013 0.265 0.140 0.499 147 L 0.014 0.005 0.068 0.027 0.274 0.359 0.253 148 G 0.014 0.008 0.043 0.030 0.293 0.296 0.315 149 R 0.023 0.033 0.019 0.043 0.281 0.053 0.548 150 L 0.027 0.047 0.005 0.125 0.097 0.015 0.685 151 V 0.001 0.001 0.005 0.962 0.011 0.006 0.015 152 D 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.004 0.003 153 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 154 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 156 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 159 K 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.973 0.001 0.023 0.001 161 L 0.001 0.001 0.001 0.956 0.002 0.036 0.004 162 K 0.004 0.002 0.003 0.916 0.011 0.050 0.015 163 L 0.020 0.005 0.006 0.803 0.038 0.052 0.076 164 G 0.028 0.007 0.016 0.683 0.057 0.072 0.137 165 D 0.024 0.006 0.034 0.612 0.070 0.166 0.088 166 S 0.013 0.004 0.031 0.413 0.130 0.340 0.069 167 L 0.012 0.002 0.013 0.153 0.177 0.546 0.096 168 K 0.022 0.002 0.004 0.017 0.261 0.229 0.464 169 R 0.119 0.033 0.006 0.013 0.114 0.023 0.692 170 A 0.392 0.087 0.008 0.014 0.059 0.011 0.430 171 V 0.280 0.021 0.022 0.018 0.084 0.026 0.549 172 P 0.273 0.027 0.039 0.029 0.109 0.086 0.437 173 A 0.138 0.015 0.017 0.016 0.186 0.132 0.496 174 D 0.042 0.018 0.007 0.005 0.068 0.111 0.750 175 W 0.003 0.005 0.001 0.002 0.019 0.002 0.969 176 P 0.010 0.017 0.014 0.016 0.032 0.029 0.883 177 N 0.008 0.004 0.087 0.090 0.172 0.515 0.124 178 N 0.010 0.012 0.158 0.122 0.111 0.467 0.120 179 E 0.051 0.033 0.122 0.212 0.222 0.123 0.238 180 I 0.116 0.054 0.089 0.263 0.076 0.182 0.221 181 I 0.082 0.035 0.055 0.163 0.179 0.306 0.180 182 G 0.062 0.013 0.046 0.055 0.137 0.345 0.342 183 E 0.043 0.013 0.087 0.052 0.199 0.264 0.343 184 G 0.097 0.013 0.122 0.053 0.161 0.292 0.263 185 L 0.271 0.023 0.069 0.036 0.136 0.096 0.369 186 I 0.424 0.072 0.016 0.018 0.061 0.022 0.388 187 V 0.389 0.043 0.008 0.009 0.107 0.016 0.429 188 P 0.142 0.022 0.006 0.004 0.165 0.018 0.644 189 P 0.044 0.010 0.006 0.004 0.109 0.024 0.804 190 P 0.024 0.021 0.021 0.013 0.160 0.083 0.678 191 T 0.013 0.025 0.017 0.025 0.242 0.089 0.589 192 T 0.007 0.012 0.008 0.050 0.159 0.035 0.730 193 E 0.001 0.002 0.022 0.886 0.033 0.017 0.039 194 D 0.002 0.001 0.015 0.939 0.011 0.013 0.019 195 Q 0.001 0.001 0.014 0.963 0.005 0.009 0.007 196 A 0.002 0.001 0.008 0.973 0.004 0.008 0.005 197 R 0.002 0.001 0.009 0.965 0.003 0.017 0.003 198 A 0.003 0.001 0.007 0.919 0.004 0.061 0.006 199 R 0.002 0.001 0.008 0.832 0.017 0.120 0.020 200 M 0.011 0.005 0.015 0.394 0.159 0.117 0.299 201 E 0.014 0.006 0.072 0.211 0.118 0.314 0.265 202 S 0.004 0.001 0.046 0.084 0.120 0.705 0.040 203 G 0.013 0.002 0.028 0.039 0.235 0.549 0.134 204 Q 0.100 0.017 0.025 0.078 0.193 0.090 0.496 205 Y 0.327 0.043 0.013 0.096 0.079 0.029 0.414 206 R 0.289 0.018 0.017 0.130 0.056 0.024 0.466 207 C 0.238 0.020 0.034 0.360 0.058 0.042 0.248 208 L 0.184 0.009 0.043 0.424 0.067 0.029 0.244 209 D 0.141 0.005 0.100 0.493 0.053 0.035 0.173 210 W 0.143 0.009 0.092 0.560 0.036 0.040 0.121 211 W 0.128 0.015 0.072 0.603 0.042 0.055 0.085 212 F 0.116 0.009 0.034 0.516 0.077 0.121 0.127 213 C 0.057 0.023 0.021 0.372 0.099 0.262 0.166 214 W 0.031 0.012 0.015 0.084 0.273 0.099 0.486 215 D 0.012 0.025 0.019 0.039 0.315 0.100 0.491 216 T 0.006 0.011 0.007 0.019 0.300 0.023 0.634 217 P 0.002 0.008 0.113 0.115 0.108 0.235 0.418 218 A 0.001 0.005 0.096 0.136 0.251 0.251 0.260 219 S 0.002 0.008 0.085 0.178 0.131 0.142 0.455 220 R 0.001 0.001 0.132 0.574 0.068 0.130 0.094 221 D 0.001 0.002 0.077 0.714 0.050 0.082 0.074 222 D 0.001 0.004 0.043 0.779 0.058 0.046 0.069 223 V 0.001 0.001 0.005 0.927 0.019 0.016 0.031 224 E 0.001 0.001 0.001 0.955 0.009 0.015 0.019 225 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.007 0.003 226 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.002 0.003 227 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 228 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 229 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 230 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.006 0.002 231 R 0.001 0.001 0.001 0.976 0.003 0.014 0.006 232 R 0.001 0.001 0.001 0.916 0.004 0.074 0.004 233 A 0.001 0.001 0.004 0.520 0.014 0.446 0.016 234 A 0.001 0.002 0.013 0.536 0.030 0.365 0.055 235 E 0.003 0.003 0.051 0.416 0.108 0.132 0.288 236 K 0.004 0.005 0.084 0.434 0.189 0.095 0.189 237 P 0.003 0.003 0.048 0.611 0.094 0.047 0.195 238 A 0.001 0.001 0.031 0.825 0.017 0.041 0.083 239 K 0.001 0.001 0.007 0.873 0.012 0.036 0.071 240 L 0.001 0.001 0.004 0.938 0.005 0.034 0.018 241 L 0.001 0.001 0.002 0.926 0.023 0.026 0.022 242 Y 0.002 0.002 0.003 0.881 0.018 0.050 0.043 243 E 0.008 0.005 0.006 0.826 0.025 0.087 0.043 244 E 0.010 0.004 0.013 0.690 0.025 0.204 0.054 245 A 0.011 0.006 0.015 0.558 0.080 0.179 0.151 246 R 0.015 0.006 0.038 0.479 0.106 0.114 0.242 247 T 0.017 0.005 0.076 0.417 0.163 0.143 0.179 248 H 0.015 0.008 0.061 0.310 0.125 0.293 0.188 249 L 0.010 0.013 0.021 0.115 0.015 0.178 0.648 250 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.993