# TARGET T0269 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 670 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.696 0.210 0.068 0.022 0.004 0.001 0.001 2 P 0.490 0.257 0.140 0.080 0.028 0.006 0.001 3 G 0.237 0.149 0.159 0.203 0.183 0.064 0.005 4 S 0.404 0.323 0.152 0.079 0.032 0.008 0.001 5 I 0.254 0.271 0.207 0.160 0.076 0.028 0.004 6 P 0.154 0.119 0.142 0.222 0.204 0.136 0.023 7 L 0.239 0.304 0.221 0.144 0.071 0.019 0.001 8 I 0.185 0.153 0.185 0.232 0.170 0.069 0.006 9 G 0.300 0.248 0.181 0.164 0.080 0.025 0.002 10 E 0.353 0.331 0.178 0.093 0.034 0.010 0.002 11 R 0.220 0.335 0.219 0.147 0.060 0.016 0.002 12 F 0.061 0.123 0.220 0.324 0.210 0.059 0.004 13 P 0.266 0.288 0.208 0.148 0.067 0.021 0.002 14 E 0.285 0.307 0.240 0.125 0.035 0.007 0.001 15 M 0.043 0.079 0.125 0.280 0.344 0.122 0.008 16 E 0.137 0.375 0.307 0.135 0.039 0.007 0.001 17 V 0.031 0.073 0.142 0.341 0.323 0.087 0.003 18 T 0.216 0.422 0.247 0.093 0.019 0.003 0.001 19 T 0.240 0.291 0.226 0.158 0.068 0.015 0.001 20 D 0.339 0.279 0.187 0.132 0.050 0.012 0.001 21 H 0.602 0.249 0.092 0.039 0.014 0.003 0.001 22 G 0.398 0.288 0.189 0.095 0.025 0.005 0.001 23 V 0.355 0.376 0.185 0.070 0.013 0.001 0.001 24 I 0.035 0.070 0.148 0.341 0.318 0.084 0.004 25 K 0.130 0.406 0.307 0.124 0.029 0.004 0.001 26 L 0.010 0.022 0.065 0.228 0.396 0.260 0.019 27 P 0.103 0.259 0.269 0.220 0.114 0.032 0.002 28 D 0.109 0.287 0.263 0.189 0.106 0.040 0.006 29 H 0.023 0.059 0.133 0.249 0.314 0.196 0.026 30 Y 0.053 0.146 0.211 0.277 0.205 0.102 0.007 31 V 0.290 0.302 0.175 0.139 0.072 0.020 0.002 32 S 0.297 0.299 0.226 0.135 0.036 0.006 0.001 33 Q 0.534 0.240 0.121 0.074 0.027 0.004 0.001 34 G 0.412 0.422 0.121 0.038 0.006 0.001 0.001 35 K 0.087 0.455 0.297 0.132 0.026 0.003 0.001 36 W 0.001 0.015 0.099 0.368 0.381 0.132 0.004 37 F 0.001 0.001 0.005 0.048 0.264 0.568 0.115 38 V 0.001 0.001 0.002 0.009 0.055 0.369 0.565 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.176 0.812 40 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.197 0.781 41 S 0.001 0.001 0.004 0.017 0.068 0.301 0.608 42 H 0.001 0.003 0.011 0.046 0.195 0.470 0.275 43 P 0.006 0.053 0.132 0.260 0.340 0.162 0.046 44 A 0.048 0.186 0.316 0.242 0.130 0.061 0.017 45 D 0.145 0.227 0.190 0.203 0.151 0.072 0.012 46 F 0.068 0.089 0.133 0.213 0.236 0.217 0.044 47 T 0.065 0.078 0.107 0.184 0.225 0.253 0.087 48 P 0.104 0.148 0.163 0.182 0.196 0.146 0.062 49 V 0.083 0.143 0.151 0.193 0.186 0.162 0.083 50 C 0.032 0.056 0.089 0.152 0.225 0.294 0.151 51 T 0.046 0.134 0.171 0.223 0.195 0.161 0.070 52 T 0.072 0.156 0.189 0.248 0.196 0.109 0.028 53 E 0.045 0.092 0.130 0.250 0.274 0.168 0.042 54 F 0.044 0.074 0.092 0.174 0.272 0.280 0.064 55 V 0.101 0.237 0.229 0.230 0.137 0.058 0.007 56 S 0.025 0.136 0.252 0.293 0.190 0.090 0.013 57 F 0.003 0.010 0.027 0.116 0.339 0.442 0.062 58 A 0.027 0.158 0.270 0.288 0.174 0.074 0.009 59 R 0.105 0.395 0.306 0.137 0.041 0.014 0.002 60 R 0.027 0.093 0.132 0.223 0.328 0.181 0.014 61 Y 0.006 0.035 0.157 0.448 0.300 0.052 0.002 62 E 0.298 0.551 0.121 0.024 0.005 0.001 0.001 63 D 0.027 0.204 0.404 0.298 0.061 0.005 0.001 64 F 0.004 0.021 0.066 0.297 0.497 0.113 0.002 65 Q 0.141 0.465 0.283 0.096 0.013 0.001 0.001 66 R 0.594 0.337 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 67 L 0.037 0.236 0.393 0.283 0.048 0.003 0.001 68 G 0.149 0.579 0.219 0.046 0.007 0.001 0.001 69 V 0.001 0.005 0.035 0.199 0.511 0.243 0.006 70 D 0.001 0.019 0.124 0.420 0.349 0.085 0.001 71 L 0.001 0.001 0.001 0.013 0.108 0.647 0.231 72 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.296 0.686 73 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.191 0.794 74 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.171 0.816 75 S 0.001 0.004 0.017 0.061 0.180 0.428 0.309 76 V 0.003 0.021 0.067 0.160 0.276 0.317 0.156 77 D 0.035 0.129 0.159 0.211 0.232 0.176 0.058 78 S 0.055 0.130 0.196 0.235 0.208 0.145 0.031 79 V 0.109 0.171 0.204 0.232 0.173 0.093 0.018 80 F 0.140 0.257 0.256 0.177 0.106 0.053 0.011 81 S 0.030 0.097 0.176 0.273 0.258 0.152 0.014 82 H 0.014 0.053 0.126 0.254 0.337 0.198 0.019 83 I 0.104 0.281 0.309 0.177 0.082 0.043 0.004 84 K 0.038 0.163 0.328 0.339 0.110 0.020 0.001 85 W 0.025 0.038 0.048 0.132 0.382 0.349 0.026 86 K 0.030 0.134 0.274 0.332 0.186 0.043 0.001 87 E 0.182 0.501 0.216 0.078 0.019 0.004 0.001 88 W 0.095 0.200 0.302 0.263 0.114 0.025 0.001 89 I 0.086 0.131 0.164 0.289 0.257 0.072 0.002 90 E 0.455 0.348 0.126 0.051 0.016 0.004 0.001 91 R 0.635 0.256 0.076 0.026 0.005 0.001 0.001 92 H 0.364 0.288 0.179 0.116 0.043 0.009 0.001 93 I 0.420 0.261 0.165 0.103 0.042 0.008 0.001 94 G 0.498 0.259 0.126 0.080 0.030 0.006 0.001 95 V 0.236 0.265 0.227 0.188 0.070 0.013 0.001 96 R 0.212 0.362 0.224 0.139 0.055 0.008 0.001 97 I 0.012 0.056 0.144 0.344 0.351 0.091 0.003 98 P 0.020 0.166 0.361 0.327 0.109 0.017 0.001 99 F 0.001 0.004 0.018 0.103 0.354 0.470 0.050 100 P 0.002 0.023 0.085 0.234 0.350 0.272 0.033 101 I 0.001 0.002 0.007 0.030 0.137 0.580 0.244 102 I 0.001 0.002 0.008 0.030 0.114 0.522 0.323 103 A 0.002 0.011 0.039 0.129 0.289 0.434 0.095 104 D 0.009 0.054 0.143 0.228 0.299 0.231 0.038 105 P 0.071 0.183 0.232 0.279 0.166 0.060 0.010 106 Q 0.309 0.381 0.174 0.084 0.036 0.013 0.003 107 G 0.229 0.299 0.243 0.159 0.057 0.012 0.001 108 T 0.147 0.348 0.262 0.160 0.061 0.021 0.002 109 V 0.010 0.037 0.102 0.261 0.373 0.204 0.014 110 A 0.018 0.053 0.134 0.249 0.317 0.210 0.020 111 R 0.063 0.254 0.289 0.246 0.106 0.038 0.004 112 R 0.029 0.088 0.175 0.270 0.261 0.153 0.024 113 L 0.005 0.016 0.046 0.164 0.353 0.368 0.048 114 G 0.025 0.116 0.198 0.271 0.240 0.135 0.015 115 L 0.019 0.046 0.097 0.194 0.317 0.293 0.035 116 L 0.046 0.127 0.185 0.292 0.252 0.093 0.005 117 H 0.141 0.255 0.261 0.222 0.097 0.022 0.002 118 A 0.504 0.287 0.120 0.062 0.021 0.006 0.001 119 E 0.551 0.287 0.105 0.041 0.013 0.003 0.001 120 S 0.558 0.249 0.119 0.052 0.017 0.004 0.001 121 A 0.247 0.223 0.201 0.187 0.106 0.032 0.004 122 T 0.154 0.208 0.203 0.215 0.148 0.063 0.009 123 H 0.083 0.143 0.168 0.237 0.219 0.129 0.022 124 T 0.028 0.050 0.090 0.177 0.273 0.296 0.086 125 V 0.009 0.035 0.083 0.186 0.279 0.296 0.112 126 R 0.005 0.021 0.058 0.153 0.274 0.337 0.152 127 G 0.001 0.007 0.017 0.055 0.159 0.398 0.363 128 V 0.001 0.002 0.008 0.028 0.093 0.355 0.514 129 F 0.001 0.001 0.002 0.008 0.032 0.291 0.666 130 I 0.001 0.004 0.012 0.045 0.142 0.509 0.288 131 V 0.001 0.007 0.029 0.118 0.326 0.453 0.065 132 D 0.018 0.110 0.224 0.328 0.256 0.059 0.004 133 A 0.222 0.382 0.280 0.102 0.013 0.002 0.001 134 R 0.604 0.338 0.046 0.010 0.002 0.001 0.001 135 G 0.203 0.340 0.262 0.146 0.043 0.006 0.001 136 V 0.025 0.172 0.330 0.314 0.130 0.028 0.001 137 I 0.005 0.013 0.041 0.153 0.378 0.382 0.028 138 R 0.014 0.100 0.243 0.326 0.229 0.082 0.005 139 T 0.016 0.047 0.100 0.198 0.312 0.293 0.033 140 M 0.010 0.042 0.097 0.225 0.336 0.257 0.033 141 L 0.029 0.072 0.127 0.259 0.294 0.197 0.022 142 Y 0.095 0.162 0.167 0.208 0.216 0.132 0.019 143 Y 0.235 0.279 0.220 0.157 0.074 0.030 0.005 144 P 0.402 0.299 0.153 0.093 0.038 0.013 0.002 145 M 0.234 0.184 0.173 0.194 0.150 0.058 0.006 146 E 0.432 0.276 0.146 0.090 0.040 0.014 0.002 147 L 0.240 0.211 0.190 0.197 0.115 0.043 0.005 148 G 0.253 0.293 0.204 0.149 0.074 0.025 0.003 149 R 0.184 0.221 0.198 0.188 0.148 0.054 0.006 150 L 0.071 0.175 0.206 0.259 0.187 0.091 0.011 151 V 0.019 0.059 0.129 0.251 0.313 0.208 0.020 152 D 0.121 0.308 0.287 0.183 0.077 0.021 0.002 153 E 0.033 0.129 0.233 0.301 0.203 0.086 0.015 154 I 0.003 0.005 0.010 0.047 0.239 0.585 0.109 155 L 0.002 0.024 0.113 0.299 0.354 0.187 0.021 156 R 0.027 0.226 0.312 0.256 0.119 0.054 0.007 157 I 0.002 0.008 0.041 0.175 0.425 0.317 0.033 158 V 0.002 0.005 0.016 0.070 0.238 0.552 0.116 159 K 0.030 0.209 0.299 0.288 0.123 0.042 0.008 160 A 0.075 0.191 0.211 0.223 0.181 0.104 0.015 161 L 0.004 0.014 0.041 0.165 0.367 0.367 0.041 162 K 0.044 0.193 0.257 0.267 0.183 0.051 0.004 163 L 0.064 0.172 0.258 0.276 0.170 0.058 0.003 164 G 0.064 0.136 0.167 0.269 0.269 0.091 0.005 165 D 0.207 0.264 0.242 0.202 0.068 0.015 0.002 166 S 0.606 0.294 0.075 0.019 0.005 0.001 0.001 167 L 0.177 0.270 0.250 0.203 0.085 0.014 0.001 168 K 0.265 0.306 0.242 0.135 0.042 0.010 0.001 169 R 0.149 0.237 0.222 0.215 0.127 0.046 0.004 170 A 0.063 0.065 0.118 0.221 0.281 0.222 0.031 171 V 0.050 0.085 0.114 0.210 0.282 0.228 0.032 172 P 0.072 0.117 0.196 0.237 0.192 0.148 0.037 173 A 0.063 0.105 0.123 0.220 0.265 0.186 0.037 174 D 0.127 0.301 0.281 0.181 0.080 0.026 0.004 175 W 0.041 0.090 0.171 0.317 0.277 0.095 0.008 176 P 0.304 0.348 0.195 0.104 0.038 0.010 0.001 177 N 0.327 0.355 0.174 0.092 0.038 0.012 0.001 178 N 0.223 0.258 0.232 0.176 0.086 0.024 0.002 179 E 0.186 0.284 0.241 0.173 0.086 0.028 0.002 180 I 0.066 0.112 0.174 0.261 0.255 0.124 0.008 181 I 0.049 0.079 0.147 0.277 0.298 0.139 0.011 182 G 0.188 0.273 0.255 0.189 0.073 0.019 0.002 183 E 0.370 0.303 0.174 0.102 0.040 0.010 0.001 184 G 0.268 0.349 0.207 0.110 0.048 0.016 0.002 185 L 0.030 0.091 0.255 0.357 0.211 0.053 0.002 186 I 0.036 0.065 0.153 0.290 0.320 0.129 0.007 187 V 0.136 0.251 0.289 0.200 0.101 0.022 0.001 188 P 0.043 0.087 0.224 0.373 0.237 0.036 0.001 189 P 0.413 0.393 0.142 0.044 0.008 0.001 0.001 190 P 0.601 0.283 0.089 0.023 0.003 0.001 0.001 191 T 0.629 0.203 0.104 0.049 0.013 0.002 0.001 192 T 0.776 0.166 0.040 0.014 0.004 0.001 0.001 193 E 0.721 0.189 0.071 0.017 0.002 0.001 0.001 194 D 0.933 0.063 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 195 Q 0.416 0.417 0.130 0.032 0.004 0.001 0.001 196 A 0.118 0.171 0.273 0.325 0.107 0.006 0.001 197 R 0.283 0.479 0.194 0.041 0.003 0.001 0.001 198 A 0.753 0.228 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 199 R 0.184 0.321 0.318 0.154 0.021 0.001 0.001 200 M 0.169 0.137 0.233 0.331 0.121 0.009 0.001 201 E 0.718 0.235 0.038 0.008 0.001 0.001 0.001 202 S 0.769 0.200 0.027 0.003 0.001 0.001 0.001 203 G 0.569 0.285 0.093 0.043 0.009 0.001 0.001 204 Q 0.203 0.308 0.269 0.160 0.054 0.007 0.001 205 Y 0.296 0.275 0.216 0.156 0.051 0.006 0.001 206 R 0.281 0.393 0.215 0.089 0.020 0.002 0.001 207 C 0.174 0.199 0.186 0.231 0.162 0.045 0.002 208 L 0.130 0.218 0.251 0.262 0.119 0.020 0.001 209 D 0.364 0.404 0.153 0.062 0.015 0.002 0.001 210 W 0.118 0.222 0.283 0.245 0.112 0.020 0.001 211 W 0.129 0.135 0.159 0.256 0.230 0.088 0.002 212 F 0.323 0.336 0.191 0.104 0.038 0.008 0.001 213 C 0.466 0.339 0.139 0.046 0.009 0.001 0.001 214 W 0.242 0.221 0.258 0.211 0.061 0.006 0.001 215 D 0.745 0.204 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 216 T 0.567 0.254 0.106 0.059 0.013 0.001 0.001 217 P 0.661 0.242 0.074 0.019 0.003 0.001 0.001 218 A 0.640 0.219 0.090 0.040 0.010 0.001 0.001 219 S 0.691 0.220 0.056 0.023 0.007 0.001 0.001 220 R 0.641 0.203 0.104 0.042 0.009 0.001 0.001 221 D 0.726 0.210 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 222 D 0.553 0.242 0.117 0.067 0.019 0.002 0.001 223 V 0.758 0.183 0.049 0.010 0.001 0.001 0.001 224 E 0.858 0.127 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 225 E 0.609 0.235 0.106 0.043 0.006 0.001 0.001 226 A 0.578 0.189 0.108 0.085 0.035 0.005 0.001 227 R 0.611 0.275 0.081 0.027 0.005 0.001 0.001 228 R 0.723 0.199 0.060 0.015 0.003 0.001 0.001 229 Y 0.678 0.188 0.075 0.039 0.016 0.004 0.001 230 L 0.690 0.158 0.086 0.049 0.015 0.003 0.001 231 R 0.746 0.174 0.056 0.020 0.004 0.001 0.001 232 R 0.735 0.202 0.046 0.014 0.003 0.001 0.001 233 A 0.467 0.253 0.162 0.094 0.022 0.003 0.001 234 A 0.549 0.235 0.109 0.069 0.031 0.006 0.001 235 E 0.709 0.202 0.061 0.022 0.005 0.001 0.001 236 K 0.697 0.211 0.064 0.021 0.006 0.001 0.001 237 P 0.419 0.263 0.140 0.104 0.050 0.020 0.004 238 A 0.410 0.234 0.146 0.130 0.062 0.017 0.002 239 K 0.579 0.214 0.074 0.075 0.046 0.011 0.001 240 L 0.539 0.232 0.102 0.081 0.037 0.007 0.001 241 L 0.517 0.248 0.127 0.071 0.026 0.010 0.002 242 Y 0.623 0.238 0.080 0.041 0.012 0.004 0.001 243 E 0.509 0.179 0.115 0.108 0.059 0.026 0.003 244 E 0.321 0.232 0.186 0.135 0.092 0.030 0.003 245 A 0.314 0.261 0.197 0.146 0.062 0.018 0.002 246 R 0.352 0.247 0.184 0.149 0.056 0.011 0.001 247 T 0.560 0.245 0.115 0.062 0.017 0.002 0.001 248 H 0.569 0.216 0.122 0.067 0.022 0.004 0.001 249 L 0.502 0.204 0.133 0.102 0.044 0.013 0.001 250 H 0.493 0.186 0.106 0.105 0.081 0.025 0.003