# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 790.717 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.005 0.002 0.002 0.115 0.861 2 P 0.038 0.013 0.013 0.008 0.185 0.743 3 G 0.034 0.027 0.015 0.007 0.277 0.641 4 S 0.049 0.042 0.019 0.006 0.323 0.561 5 I 0.070 0.027 0.017 0.008 0.228 0.650 6 P 0.121 0.053 0.028 0.012 0.213 0.574 7 L 0.146 0.045 0.036 0.020 0.546 0.207 8 I 0.127 0.016 0.035 0.033 0.618 0.173 9 G 0.057 0.008 0.023 0.017 0.694 0.201 10 E 0.116 0.026 0.013 0.008 0.515 0.324 11 R 0.143 0.033 0.008 0.005 0.185 0.626 12 F 0.126 0.028 0.009 0.003 0.248 0.587 13 P 0.136 0.007 0.028 0.003 0.325 0.501 14 E 0.428 0.004 0.018 0.002 0.186 0.361 15 M 0.790 0.005 0.008 0.002 0.072 0.123 16 E 0.871 0.004 0.001 0.001 0.034 0.089 17 V 0.911 0.007 0.001 0.001 0.013 0.067 18 T 0.805 0.019 0.001 0.001 0.042 0.132 19 T 0.369 0.015 0.007 0.002 0.561 0.046 20 D 0.089 0.006 0.010 0.001 0.855 0.039 21 H 0.009 0.001 0.008 0.001 0.960 0.021 22 G 0.063 0.004 0.003 0.001 0.861 0.069 23 V 0.650 0.030 0.001 0.001 0.045 0.274 24 I 0.909 0.045 0.001 0.001 0.007 0.039 25 K 0.870 0.021 0.001 0.001 0.025 0.083 26 L 0.233 0.007 0.341 0.035 0.219 0.165 27 P 0.093 0.001 0.396 0.021 0.346 0.144 28 D 0.043 0.002 0.522 0.048 0.312 0.073 29 H 0.068 0.027 0.155 0.067 0.307 0.375 30 Y 0.122 0.103 0.016 0.019 0.210 0.531 31 V 0.142 0.075 0.083 0.067 0.565 0.067 32 S 0.083 0.013 0.071 0.018 0.760 0.056 33 Q 0.021 0.005 0.059 0.009 0.861 0.046 34 G 0.104 0.007 0.004 0.001 0.714 0.170 35 K 0.506 0.006 0.001 0.001 0.050 0.437 36 W 0.978 0.002 0.001 0.001 0.003 0.018 37 F 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 38 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 41 S 0.731 0.004 0.001 0.001 0.081 0.182 42 H 0.141 0.012 0.003 0.002 0.414 0.428 43 P 0.032 0.012 0.018 0.004 0.684 0.250 44 A 0.018 0.018 0.097 0.009 0.684 0.174 45 D 0.026 0.040 0.111 0.016 0.648 0.159 46 F 0.039 0.049 0.096 0.032 0.578 0.206 47 T 0.045 0.053 0.030 0.040 0.498 0.335 48 P 0.048 0.026 0.048 0.103 0.503 0.273 49 V 0.041 0.045 0.048 0.203 0.413 0.250 50 C 0.022 0.033 0.027 0.351 0.287 0.280 51 T 0.005 0.004 0.030 0.743 0.113 0.103 52 T 0.001 0.001 0.021 0.936 0.027 0.014 53 E 0.002 0.002 0.021 0.943 0.021 0.011 54 F 0.002 0.001 0.015 0.954 0.018 0.011 55 V 0.002 0.001 0.018 0.944 0.023 0.012 56 S 0.002 0.001 0.018 0.949 0.018 0.011 57 F 0.002 0.001 0.021 0.933 0.024 0.019 58 A 0.002 0.001 0.025 0.924 0.028 0.020 59 R 0.001 0.001 0.017 0.952 0.018 0.011 60 R 0.002 0.001 0.006 0.931 0.012 0.048 61 Y 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 62 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 63 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.001 64 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.019 0.978 0.001 0.001 67 L 0.001 0.001 0.031 0.936 0.005 0.027 68 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.978 69 V 0.039 0.001 0.001 0.001 0.021 0.939 70 D 0.871 0.001 0.001 0.001 0.010 0.118 71 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 74 L 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 75 S 0.737 0.006 0.001 0.001 0.132 0.123 76 V 0.153 0.011 0.004 0.008 0.477 0.347 77 D 0.016 0.003 0.006 0.012 0.710 0.253 78 S 0.028 0.014 0.019 0.103 0.721 0.115 79 V 0.015 0.005 0.049 0.599 0.225 0.106 80 F 0.022 0.012 0.063 0.620 0.219 0.066 81 S 0.021 0.007 0.057 0.657 0.158 0.100 82 H 0.024 0.006 0.044 0.690 0.102 0.135 83 I 0.011 0.002 0.035 0.830 0.064 0.059 84 K 0.008 0.002 0.023 0.878 0.039 0.049 85 W 0.006 0.002 0.008 0.931 0.018 0.036 86 K 0.003 0.001 0.002 0.977 0.004 0.012 87 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.003 88 W 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 89 I 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.002 90 E 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.002 91 R 0.001 0.001 0.003 0.988 0.005 0.004 92 H 0.001 0.001 0.004 0.938 0.021 0.036 93 I 0.001 0.003 0.009 0.691 0.088 0.208 94 G 0.003 0.005 0.010 0.032 0.266 0.685 95 V 0.008 0.004 0.015 0.013 0.301 0.659 96 R 0.026 0.015 0.014 0.006 0.269 0.671 97 I 0.057 0.021 0.005 0.003 0.195 0.719 98 P 0.082 0.016 0.004 0.002 0.162 0.734 99 F 0.169 0.011 0.006 0.003 0.161 0.650 100 P 0.369 0.018 0.016 0.006 0.160 0.431 101 I 0.653 0.034 0.025 0.006 0.087 0.194 102 I 0.751 0.033 0.016 0.006 0.067 0.128 103 A 0.625 0.056 0.009 0.007 0.092 0.212 104 D 0.151 0.023 0.003 0.003 0.761 0.060 105 P 0.008 0.003 0.026 0.019 0.921 0.023 106 Q 0.004 0.002 0.038 0.064 0.875 0.018 107 G 0.011 0.010 0.041 0.191 0.723 0.024 108 T 0.034 0.015 0.029 0.451 0.219 0.252 109 V 0.054 0.111 0.029 0.680 0.066 0.060 110 A 0.034 0.008 0.047 0.797 0.077 0.036 111 R 0.026 0.002 0.064 0.847 0.030 0.031 112 R 0.014 0.002 0.044 0.892 0.022 0.026 113 L 0.005 0.001 0.024 0.896 0.024 0.050 114 G 0.007 0.001 0.003 0.016 0.059 0.914 115 L 0.056 0.018 0.005 0.011 0.101 0.809 116 L 0.150 0.073 0.007 0.012 0.166 0.592 117 H 0.085 0.030 0.018 0.013 0.564 0.290 118 A 0.014 0.004 0.253 0.033 0.593 0.103 119 E 0.014 0.005 0.386 0.055 0.471 0.069 120 S 0.024 0.017 0.288 0.066 0.540 0.065 121 A 0.056 0.021 0.056 0.023 0.417 0.426 122 T 0.186 0.084 0.048 0.027 0.368 0.286 123 H 0.214 0.030 0.054 0.014 0.384 0.303 124 T 0.251 0.020 0.043 0.005 0.340 0.340 125 V 0.322 0.014 0.014 0.002 0.302 0.346 126 R 0.451 0.003 0.004 0.001 0.160 0.381 127 G 0.899 0.003 0.001 0.001 0.027 0.070 128 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 129 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 130 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 131 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 132 D 0.701 0.003 0.001 0.001 0.284 0.011 133 A 0.024 0.001 0.009 0.001 0.957 0.008 134 R 0.002 0.001 0.007 0.001 0.985 0.004 135 G 0.037 0.003 0.003 0.001 0.949 0.006 136 V 0.538 0.007 0.001 0.002 0.122 0.330 137 I 0.975 0.005 0.001 0.001 0.005 0.014 138 R 0.990 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 139 T 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 140 M 0.987 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 141 L 0.964 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 142 Y 0.821 0.005 0.001 0.007 0.051 0.116 143 Y 0.334 0.007 0.004 0.010 0.267 0.377 144 P 0.186 0.007 0.020 0.020 0.363 0.404 145 M 0.115 0.018 0.076 0.047 0.314 0.430 146 E 0.115 0.031 0.100 0.095 0.377 0.282 147 L 0.047 0.012 0.122 0.288 0.285 0.246 148 G 0.029 0.009 0.104 0.158 0.399 0.301 149 R 0.019 0.009 0.072 0.202 0.420 0.278 150 L 0.013 0.008 0.026 0.356 0.130 0.467 151 V 0.001 0.001 0.005 0.978 0.007 0.009 152 D 0.001 0.001 0.004 0.987 0.004 0.004 153 E 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.003 154 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 159 K 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 160 A 0.001 0.001 0.004 0.989 0.005 0.002 161 L 0.001 0.001 0.007 0.974 0.011 0.008 162 K 0.002 0.001 0.013 0.928 0.034 0.022 163 L 0.004 0.003 0.016 0.796 0.068 0.112 164 G 0.009 0.007 0.031 0.155 0.384 0.414 165 D 0.010 0.005 0.133 0.095 0.668 0.088 166 S 0.019 0.005 0.116 0.079 0.704 0.076 167 L 0.032 0.007 0.085 0.075 0.675 0.126 168 K 0.162 0.015 0.024 0.018 0.367 0.413 169 R 0.632 0.039 0.010 0.012 0.072 0.236 170 A 0.701 0.070 0.006 0.006 0.063 0.154 171 V 0.499 0.021 0.006 0.003 0.108 0.363 172 P 0.213 0.014 0.006 0.001 0.214 0.551 173 A 0.121 0.042 0.006 0.001 0.207 0.622 174 D 0.092 0.039 0.005 0.001 0.334 0.529 175 W 0.062 0.036 0.018 0.004 0.475 0.406 176 P 0.029 0.008 0.021 0.006 0.867 0.068 177 N 0.020 0.007 0.024 0.020 0.885 0.044 178 N 0.025 0.008 0.021 0.025 0.835 0.085 179 E 0.233 0.060 0.025 0.053 0.515 0.113 180 I 0.546 0.038 0.028 0.059 0.145 0.184 181 I 0.561 0.050 0.018 0.044 0.122 0.204 182 G 0.419 0.019 0.016 0.018 0.333 0.196 183 E 0.286 0.010 0.008 0.010 0.434 0.251 184 G 0.256 0.006 0.009 0.005 0.479 0.245 185 L 0.757 0.032 0.003 0.002 0.120 0.086 186 I 0.832 0.035 0.002 0.001 0.030 0.100 187 V 0.665 0.032 0.003 0.001 0.065 0.234 188 P 0.285 0.014 0.005 0.001 0.137 0.558 189 P 0.066 0.011 0.003 0.001 0.184 0.734 190 P 0.029 0.013 0.005 0.002 0.201 0.751 191 T 0.020 0.026 0.003 0.002 0.179 0.770 192 T 0.009 0.007 0.001 0.007 0.103 0.872 193 E 0.001 0.001 0.008 0.949 0.018 0.023 194 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 195 Q 0.001 0.001 0.008 0.978 0.010 0.002 196 A 0.002 0.001 0.004 0.983 0.006 0.004 197 R 0.003 0.001 0.005 0.985 0.004 0.003 198 A 0.003 0.001 0.008 0.972 0.009 0.008 199 R 0.005 0.001 0.010 0.903 0.030 0.051 200 M 0.013 0.009 0.020 0.782 0.128 0.048 201 E 0.014 0.005 0.026 0.633 0.257 0.065 202 S 0.005 0.001 0.028 0.498 0.381 0.087 203 G 0.027 0.006 0.018 0.092 0.575 0.283 204 Q 0.203 0.027 0.014 0.049 0.242 0.466 205 Y 0.578 0.029 0.018 0.034 0.120 0.223 206 R 0.675 0.014 0.017 0.029 0.111 0.155 207 C 0.699 0.015 0.022 0.020 0.110 0.135 208 L 0.623 0.013 0.023 0.025 0.144 0.172 209 D 0.461 0.010 0.039 0.041 0.217 0.232 210 W 0.404 0.012 0.064 0.060 0.219 0.241 211 W 0.501 0.019 0.067 0.072 0.149 0.192 212 F 0.565 0.031 0.059 0.084 0.126 0.134 213 C 0.509 0.033 0.023 0.074 0.227 0.134 214 W 0.364 0.025 0.019 0.049 0.353 0.189 215 D 0.118 0.013 0.013 0.019 0.566 0.271 216 T 0.043 0.012 0.010 0.011 0.497 0.426 217 P 0.018 0.020 0.014 0.008 0.326 0.615 218 A 0.011 0.027 0.027 0.015 0.368 0.552 219 S 0.005 0.009 0.142 0.082 0.397 0.365 220 R 0.004 0.003 0.343 0.304 0.231 0.115 221 D 0.006 0.003 0.209 0.450 0.221 0.111 222 D 0.006 0.004 0.105 0.627 0.145 0.112 223 V 0.008 0.006 0.035 0.719 0.082 0.149 224 E 0.006 0.002 0.017 0.914 0.028 0.032 225 E 0.006 0.001 0.012 0.949 0.015 0.016 226 A 0.007 0.001 0.008 0.961 0.010 0.013 227 R 0.010 0.001 0.006 0.961 0.008 0.014 228 R 0.013 0.001 0.007 0.949 0.012 0.019 229 Y 0.015 0.002 0.009 0.929 0.016 0.029 230 L 0.017 0.003 0.018 0.874 0.030 0.058 231 R 0.008 0.002 0.028 0.881 0.033 0.049 232 R 0.006 0.001 0.050 0.857 0.041 0.044 233 A 0.006 0.003 0.069 0.786 0.062 0.073 234 A 0.007 0.001 0.070 0.709 0.089 0.124 235 E 0.018 0.007 0.040 0.331 0.182 0.423 236 K 0.034 0.010 0.024 0.269 0.204 0.458 237 P 0.047 0.008 0.036 0.226 0.198 0.485 238 A 0.051 0.005 0.137 0.464 0.152 0.190 239 K 0.117 0.009 0.169 0.532 0.096 0.077 240 L 0.171 0.008 0.078 0.545 0.086 0.112 241 L 0.142 0.006 0.018 0.427 0.092 0.315 242 Y 0.364 0.011 0.009 0.283 0.110 0.223 243 E 0.556 0.009 0.006 0.261 0.081 0.087 244 E 0.455 0.004 0.007 0.263 0.149 0.121 245 A 0.692 0.005 0.006 0.139 0.065 0.093 246 R 0.681 0.004 0.003 0.146 0.042 0.124 247 T 0.609 0.004 0.003 0.138 0.042 0.204 248 H 0.410 0.008 0.001 0.047 0.037 0.497 249 L 0.484 0.008 0.001 0.018 0.051 0.438 250 H 0.351 0.009 0.004 0.018 0.114 0.503