# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 790.717 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.991 2 P 0.014 0.018 0.009 0.027 0.009 0.020 0.904 3 G 0.026 0.026 0.069 0.057 0.170 0.122 0.530 4 S 0.034 0.009 0.081 0.045 0.136 0.109 0.587 5 I 0.040 0.022 0.082 0.070 0.130 0.032 0.623 6 P 0.029 0.013 0.118 0.092 0.113 0.086 0.548 7 L 0.032 0.034 0.175 0.141 0.093 0.205 0.320 8 I 0.025 0.056 0.153 0.122 0.092 0.343 0.209 9 G 0.028 0.010 0.094 0.026 0.183 0.423 0.237 10 E 0.089 0.015 0.030 0.010 0.338 0.071 0.448 11 R 0.186 0.094 0.017 0.004 0.193 0.045 0.460 12 F 0.123 0.037 0.003 0.001 0.114 0.003 0.720 13 P 0.108 0.006 0.010 0.001 0.133 0.057 0.687 14 E 0.421 0.021 0.023 0.002 0.141 0.097 0.295 15 M 0.720 0.009 0.008 0.002 0.035 0.008 0.219 16 E 0.909 0.010 0.002 0.001 0.011 0.002 0.066 17 V 0.936 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 18 T 0.841 0.021 0.001 0.001 0.014 0.004 0.117 19 T 0.416 0.009 0.006 0.002 0.090 0.046 0.432 20 D 0.098 0.004 0.014 0.001 0.252 0.460 0.171 21 H 0.033 0.006 0.017 0.001 0.320 0.526 0.097 22 G 0.091 0.007 0.009 0.002 0.411 0.113 0.368 23 V 0.212 0.023 0.002 0.001 0.025 0.007 0.730 24 I 0.542 0.115 0.001 0.002 0.019 0.002 0.320 25 K 0.520 0.034 0.005 0.006 0.027 0.006 0.403 26 L 0.360 0.017 0.072 0.029 0.064 0.059 0.399 27 P 0.111 0.008 0.280 0.030 0.087 0.203 0.282 28 D 0.015 0.002 0.480 0.043 0.139 0.185 0.136 29 H 0.075 0.008 0.225 0.123 0.122 0.142 0.306 30 Y 0.256 0.031 0.059 0.162 0.063 0.101 0.327 31 V 0.340 0.030 0.012 0.361 0.011 0.101 0.146 32 S 0.240 0.010 0.011 0.369 0.026 0.194 0.150 33 Q 0.009 0.001 0.006 0.025 0.030 0.903 0.027 34 G 0.004 0.001 0.002 0.001 0.014 0.957 0.022 35 K 0.196 0.012 0.001 0.001 0.091 0.014 0.685 36 W 0.773 0.004 0.001 0.001 0.015 0.003 0.205 37 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 38 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 40 F 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 41 S 0.624 0.005 0.001 0.001 0.062 0.002 0.306 42 H 0.136 0.013 0.001 0.001 0.173 0.003 0.673 43 P 0.049 0.017 0.058 0.007 0.169 0.115 0.585 44 A 0.016 0.012 0.221 0.017 0.151 0.316 0.268 45 D 0.017 0.011 0.204 0.026 0.204 0.358 0.180 46 F 0.034 0.031 0.124 0.038 0.245 0.235 0.292 47 T 0.049 0.026 0.032 0.020 0.334 0.052 0.487 48 P 0.053 0.030 0.041 0.056 0.233 0.202 0.384 49 V 0.048 0.032 0.026 0.081 0.130 0.148 0.535 50 C 0.072 0.030 0.029 0.169 0.111 0.055 0.534 51 T 0.045 0.018 0.041 0.531 0.104 0.071 0.191 52 T 0.032 0.008 0.051 0.611 0.099 0.096 0.103 53 E 0.022 0.009 0.029 0.742 0.048 0.048 0.102 54 F 0.008 0.004 0.011 0.901 0.015 0.012 0.049 55 V 0.004 0.001 0.016 0.932 0.009 0.015 0.022 56 S 0.004 0.003 0.018 0.933 0.007 0.019 0.015 57 F 0.001 0.001 0.016 0.960 0.002 0.015 0.005 58 A 0.001 0.001 0.015 0.962 0.001 0.019 0.001 59 R 0.001 0.001 0.029 0.919 0.001 0.048 0.003 60 R 0.001 0.001 0.050 0.870 0.002 0.058 0.019 61 Y 0.001 0.001 0.021 0.952 0.004 0.014 0.008 62 E 0.001 0.001 0.023 0.954 0.002 0.017 0.004 63 D 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.008 0.002 64 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.004 0.001 65 Q 0.001 0.001 0.008 0.973 0.001 0.018 0.001 66 R 0.001 0.001 0.013 0.889 0.003 0.094 0.001 67 L 0.001 0.001 0.014 0.143 0.013 0.826 0.003 68 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.981 0.010 69 V 0.062 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.928 70 D 0.911 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.069 71 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 72 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 73 G 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 74 L 0.916 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.078 75 S 0.661 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.312 76 V 0.185 0.009 0.022 0.011 0.163 0.077 0.533 77 D 0.055 0.017 0.077 0.044 0.308 0.185 0.313 78 S 0.033 0.008 0.171 0.102 0.249 0.267 0.170 79 V 0.018 0.009 0.182 0.330 0.064 0.303 0.094 80 F 0.021 0.011 0.173 0.356 0.098 0.233 0.108 81 S 0.017 0.017 0.079 0.360 0.139 0.205 0.183 82 H 0.009 0.007 0.030 0.661 0.058 0.066 0.170 83 I 0.002 0.001 0.025 0.909 0.013 0.026 0.024 84 K 0.002 0.002 0.020 0.941 0.004 0.017 0.014 85 W 0.001 0.001 0.010 0.975 0.001 0.009 0.005 86 K 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.003 0.001 87 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 88 W 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 89 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 90 E 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.001 91 R 0.001 0.001 0.004 0.959 0.001 0.034 0.002 92 H 0.001 0.001 0.006 0.861 0.007 0.109 0.016 93 I 0.001 0.002 0.015 0.393 0.027 0.498 0.064 94 G 0.005 0.003 0.035 0.053 0.103 0.581 0.220 95 V 0.027 0.016 0.021 0.016 0.268 0.098 0.555 96 R 0.047 0.027 0.019 0.005 0.181 0.087 0.634 97 I 0.093 0.026 0.002 0.001 0.185 0.007 0.686 98 P 0.089 0.026 0.001 0.001 0.059 0.009 0.816 99 F 0.290 0.040 0.006 0.001 0.127 0.010 0.526 100 P 0.327 0.014 0.012 0.003 0.071 0.016 0.557 101 I 0.620 0.025 0.020 0.006 0.057 0.022 0.249 102 I 0.745 0.015 0.004 0.006 0.041 0.019 0.170 103 A 0.474 0.188 0.002 0.009 0.066 0.020 0.240 104 D 0.084 0.019 0.001 0.001 0.053 0.005 0.837 105 P 0.003 0.001 0.006 0.013 0.035 0.924 0.019 106 Q 0.002 0.001 0.003 0.035 0.026 0.926 0.007 107 G 0.033 0.004 0.004 0.339 0.402 0.126 0.091 108 T 0.027 0.013 0.001 0.812 0.039 0.023 0.085 109 V 0.036 0.013 0.001 0.926 0.007 0.003 0.014 110 A 0.063 0.004 0.002 0.900 0.007 0.002 0.023 111 R 0.026 0.001 0.004 0.959 0.002 0.005 0.004 112 R 0.036 0.001 0.014 0.900 0.008 0.036 0.006 113 L 0.029 0.004 0.034 0.518 0.009 0.395 0.012 114 G 0.023 0.002 0.009 0.089 0.024 0.800 0.054 115 L 0.101 0.018 0.007 0.034 0.040 0.019 0.780 116 L 0.200 0.142 0.019 0.056 0.076 0.021 0.487 117 H 0.102 0.038 0.045 0.040 0.087 0.036 0.652 118 A 0.034 0.007 0.346 0.080 0.116 0.248 0.170 119 E 0.015 0.005 0.317 0.063 0.071 0.415 0.113 120 S 0.022 0.010 0.268 0.049 0.113 0.366 0.172 121 A 0.037 0.016 0.102 0.026 0.190 0.250 0.378 122 T 0.091 0.031 0.098 0.021 0.161 0.199 0.399 123 H 0.215 0.025 0.042 0.013 0.187 0.102 0.416 124 T 0.171 0.026 0.017 0.003 0.134 0.048 0.601 125 V 0.286 0.019 0.004 0.001 0.141 0.012 0.538 126 R 0.194 0.004 0.003 0.001 0.248 0.034 0.518 127 G 0.768 0.003 0.003 0.001 0.052 0.016 0.158 128 V 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.053 129 F 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 130 I 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 131 V 0.964 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 132 D 0.281 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.700 133 A 0.007 0.001 0.003 0.001 0.032 0.952 0.005 134 R 0.002 0.001 0.002 0.001 0.022 0.971 0.002 135 G 0.032 0.001 0.007 0.002 0.629 0.208 0.121 136 V 0.535 0.042 0.001 0.004 0.061 0.018 0.339 137 I 0.946 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 138 R 0.975 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.015 139 T 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.014 140 M 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 141 L 0.962 0.003 0.001 0.002 0.006 0.002 0.024 142 Y 0.776 0.011 0.003 0.004 0.034 0.012 0.159 143 Y 0.394 0.011 0.002 0.003 0.198 0.022 0.371 144 P 0.245 0.025 0.006 0.007 0.143 0.066 0.507 145 M 0.066 0.043 0.016 0.017 0.225 0.057 0.576 146 E 0.030 0.021 0.041 0.040 0.192 0.174 0.503 147 L 0.007 0.004 0.104 0.243 0.073 0.463 0.106 148 G 0.008 0.005 0.064 0.299 0.183 0.346 0.096 149 R 0.019 0.045 0.032 0.323 0.252 0.072 0.258 150 L 0.014 0.019 0.018 0.684 0.044 0.034 0.186 151 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.002 0.003 152 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 153 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 154 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 155 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 156 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 157 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.006 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 159 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 160 A 0.001 0.001 0.003 0.957 0.001 0.038 0.001 161 L 0.001 0.001 0.008 0.874 0.004 0.107 0.006 162 K 0.001 0.002 0.014 0.572 0.010 0.370 0.031 163 L 0.002 0.003 0.031 0.333 0.042 0.447 0.143 164 G 0.003 0.002 0.049 0.136 0.141 0.440 0.228 165 D 0.012 0.010 0.066 0.066 0.211 0.249 0.386 166 S 0.034 0.014 0.116 0.054 0.232 0.232 0.318 167 L 0.069 0.025 0.072 0.035 0.219 0.081 0.500 168 K 0.137 0.019 0.100 0.033 0.156 0.158 0.398 169 R 0.305 0.040 0.022 0.022 0.122 0.034 0.456 170 A 0.304 0.029 0.003 0.005 0.022 0.006 0.631 171 V 0.417 0.106 0.002 0.003 0.025 0.003 0.443 172 P 0.261 0.067 0.009 0.003 0.022 0.006 0.633 173 A 0.133 0.016 0.039 0.005 0.165 0.283 0.359 174 D 0.119 0.099 0.027 0.006 0.205 0.203 0.341 175 W 0.025 0.019 0.011 0.002 0.250 0.018 0.675 176 P 0.018 0.020 0.027 0.009 0.151 0.307 0.468 177 N 0.005 0.006 0.035 0.006 0.109 0.807 0.033 178 N 0.019 0.009 0.087 0.012 0.224 0.498 0.150 179 E 0.071 0.017 0.062 0.023 0.258 0.090 0.478 180 I 0.276 0.159 0.060 0.019 0.081 0.068 0.338 181 I 0.229 0.082 0.055 0.033 0.081 0.079 0.441 182 G 0.180 0.014 0.040 0.019 0.141 0.092 0.512 183 E 0.056 0.005 0.047 0.021 0.221 0.571 0.079 184 G 0.101 0.002 0.025 0.008 0.115 0.643 0.105 185 L 0.364 0.036 0.003 0.002 0.037 0.008 0.549 186 I 0.528 0.148 0.001 0.001 0.025 0.003 0.294 187 V 0.224 0.033 0.001 0.001 0.075 0.004 0.663 188 P 0.037 0.019 0.001 0.001 0.058 0.003 0.883 189 P 0.007 0.005 0.001 0.001 0.014 0.004 0.970 190 P 0.013 0.017 0.004 0.001 0.122 0.035 0.808 191 T 0.016 0.040 0.003 0.005 0.282 0.042 0.612 192 T 0.013 0.027 0.002 0.015 0.253 0.005 0.686 193 E 0.001 0.001 0.007 0.979 0.001 0.010 0.003 194 D 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.005 0.001 195 Q 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.002 0.002 196 A 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.003 0.002 197 R 0.001 0.001 0.013 0.968 0.001 0.014 0.002 198 A 0.002 0.001 0.026 0.825 0.004 0.138 0.004 199 R 0.004 0.002 0.019 0.695 0.009 0.248 0.023 200 M 0.015 0.010 0.030 0.171 0.152 0.076 0.545 201 E 0.011 0.006 0.080 0.237 0.116 0.381 0.169 202 S 0.003 0.001 0.044 0.057 0.065 0.810 0.020 203 G 0.015 0.001 0.036 0.020 0.215 0.609 0.104 204 Q 0.149 0.028 0.012 0.019 0.085 0.035 0.672 205 Y 0.554 0.062 0.006 0.012 0.042 0.008 0.316 206 R 0.777 0.021 0.008 0.011 0.034 0.007 0.142 207 C 0.823 0.013 0.007 0.010 0.016 0.008 0.124 208 L 0.760 0.021 0.008 0.008 0.056 0.008 0.139 209 D 0.439 0.010 0.015 0.009 0.088 0.012 0.428 210 W 0.190 0.006 0.177 0.075 0.101 0.220 0.231 211 W 0.202 0.022 0.212 0.087 0.066 0.278 0.133 212 F 0.312 0.021 0.122 0.069 0.084 0.142 0.250 213 C 0.490 0.046 0.032 0.037 0.060 0.070 0.263 214 W 0.373 0.082 0.015 0.018 0.149 0.090 0.273 215 D 0.109 0.020 0.021 0.009 0.309 0.131 0.401 216 T 0.049 0.014 0.024 0.011 0.261 0.040 0.601 217 P 0.030 0.015 0.129 0.033 0.118 0.156 0.518 218 A 0.010 0.015 0.150 0.044 0.093 0.253 0.435 219 S 0.013 0.023 0.104 0.106 0.130 0.194 0.430 220 R 0.013 0.010 0.086 0.311 0.149 0.134 0.297 221 D 0.010 0.004 0.059 0.540 0.099 0.150 0.137 222 D 0.013 0.011 0.061 0.634 0.039 0.099 0.143 223 V 0.009 0.005 0.028 0.866 0.007 0.038 0.046 224 E 0.004 0.001 0.015 0.934 0.006 0.014 0.025 225 E 0.004 0.001 0.020 0.935 0.005 0.009 0.026 226 A 0.005 0.001 0.032 0.909 0.007 0.018 0.029 227 R 0.009 0.004 0.041 0.875 0.010 0.034 0.026 228 R 0.011 0.003 0.032 0.850 0.021 0.062 0.020 229 Y 0.006 0.001 0.020 0.722 0.025 0.193 0.033 230 L 0.008 0.006 0.015 0.332 0.093 0.193 0.353 231 R 0.006 0.006 0.019 0.104 0.079 0.209 0.577 232 R 0.017 0.031 0.046 0.096 0.213 0.190 0.408 233 A 0.013 0.013 0.054 0.062 0.195 0.067 0.596 234 A 0.015 0.008 0.036 0.051 0.061 0.099 0.731 235 E 0.045 0.041 0.059 0.077 0.101 0.137 0.540 236 K 0.078 0.028 0.008 0.060 0.383 0.012 0.432 237 P 0.066 0.011 0.012 0.064 0.028 0.013 0.806 238 A 0.144 0.012 0.108 0.435 0.064 0.060 0.176 239 K 0.403 0.021 0.078 0.275 0.074 0.072 0.077 240 L 0.375 0.015 0.084 0.326 0.050 0.060 0.090 241 L 0.394 0.015 0.025 0.282 0.044 0.042 0.198 242 Y 0.268 0.010 0.039 0.207 0.042 0.098 0.336 243 E 0.406 0.013 0.047 0.179 0.072 0.190 0.093 244 E 0.311 0.009 0.062 0.152 0.086 0.216 0.164 245 A 0.355 0.009 0.033 0.082 0.094 0.102 0.325 246 R 0.578 0.009 0.019 0.050 0.052 0.082 0.209 247 T 0.848 0.014 0.006 0.023 0.015 0.012 0.082 248 H 0.863 0.010 0.004 0.030 0.014 0.015 0.065 249 L 0.752 0.014 0.006 0.040 0.026 0.037 0.124 250 H 0.427 0.010 0.011 0.038 0.074 0.080 0.360