# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 790.717 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.744 0.178 0.053 0.018 0.005 0.001 0.001 2 P 0.705 0.186 0.070 0.029 0.008 0.002 0.001 3 G 0.644 0.198 0.089 0.049 0.016 0.004 0.001 4 S 0.637 0.215 0.083 0.043 0.017 0.004 0.001 5 I 0.284 0.210 0.216 0.183 0.085 0.019 0.002 6 P 0.291 0.258 0.207 0.148 0.071 0.023 0.003 7 L 0.284 0.266 0.196 0.145 0.078 0.028 0.004 8 I 0.138 0.162 0.206 0.235 0.187 0.066 0.006 9 G 0.229 0.228 0.208 0.199 0.104 0.029 0.003 10 E 0.383 0.318 0.166 0.086 0.035 0.011 0.002 11 R 0.119 0.293 0.279 0.196 0.083 0.027 0.003 12 F 0.022 0.066 0.153 0.297 0.313 0.133 0.015 13 P 0.103 0.224 0.241 0.214 0.139 0.065 0.014 14 E 0.163 0.350 0.261 0.143 0.054 0.023 0.006 15 M 0.018 0.039 0.094 0.251 0.358 0.219 0.022 16 E 0.058 0.263 0.340 0.223 0.086 0.027 0.003 17 V 0.027 0.051 0.092 0.233 0.362 0.212 0.023 18 T 0.066 0.277 0.343 0.218 0.079 0.017 0.001 19 T 0.169 0.307 0.272 0.174 0.066 0.012 0.001 20 D 0.293 0.337 0.221 0.108 0.033 0.007 0.001 21 H 0.481 0.321 0.136 0.048 0.013 0.001 0.001 22 G 0.134 0.276 0.290 0.206 0.077 0.016 0.001 23 V 0.155 0.401 0.268 0.137 0.033 0.005 0.001 24 I 0.014 0.054 0.164 0.348 0.322 0.094 0.004 25 K 0.062 0.358 0.380 0.165 0.031 0.004 0.001 26 L 0.009 0.022 0.067 0.252 0.430 0.210 0.010 27 P 0.092 0.289 0.336 0.202 0.067 0.012 0.001 28 D 0.150 0.391 0.261 0.130 0.050 0.017 0.002 29 H 0.039 0.148 0.259 0.308 0.177 0.066 0.004 30 Y 0.015 0.064 0.165 0.308 0.296 0.141 0.010 31 V 0.106 0.247 0.287 0.229 0.105 0.024 0.001 32 S 0.389 0.361 0.169 0.063 0.016 0.002 0.001 33 Q 0.395 0.294 0.181 0.095 0.030 0.004 0.001 34 G 0.181 0.475 0.242 0.080 0.018 0.003 0.001 35 K 0.002 0.028 0.123 0.371 0.371 0.101 0.003 36 W 0.001 0.002 0.014 0.100 0.400 0.436 0.048 37 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.050 0.491 0.454 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.136 0.858 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.069 0.927 40 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.896 41 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.215 0.751 42 H 0.001 0.003 0.011 0.053 0.166 0.397 0.369 43 P 0.004 0.020 0.046 0.119 0.239 0.372 0.200 44 A 0.028 0.060 0.104 0.196 0.260 0.249 0.102 45 D 0.079 0.164 0.214 0.212 0.151 0.123 0.056 46 F 0.063 0.101 0.119 0.164 0.201 0.237 0.116 47 T 0.053 0.081 0.114 0.169 0.208 0.226 0.149 48 P 0.152 0.145 0.113 0.128 0.137 0.180 0.145 49 V 0.109 0.139 0.142 0.167 0.154 0.175 0.114 50 C 0.062 0.084 0.115 0.191 0.226 0.215 0.107 51 T 0.225 0.272 0.221 0.142 0.077 0.044 0.019 52 T 0.178 0.204 0.178 0.176 0.143 0.090 0.030 53 E 0.095 0.144 0.187 0.229 0.205 0.115 0.025 54 F 0.047 0.110 0.198 0.250 0.232 0.139 0.024 55 V 0.255 0.318 0.215 0.126 0.058 0.024 0.005 56 S 0.090 0.279 0.281 0.210 0.100 0.036 0.005 57 F 0.006 0.012 0.033 0.159 0.421 0.340 0.029 58 A 0.066 0.259 0.366 0.227 0.068 0.013 0.001 59 R 0.234 0.548 0.173 0.038 0.006 0.001 0.001 60 R 0.013 0.063 0.198 0.391 0.276 0.058 0.001 61 Y 0.006 0.028 0.135 0.387 0.383 0.060 0.001 62 E 0.428 0.483 0.080 0.008 0.001 0.001 0.001 63 D 0.227 0.465 0.234 0.066 0.007 0.001 0.001 64 F 0.008 0.046 0.187 0.431 0.293 0.035 0.001 65 Q 0.225 0.463 0.230 0.070 0.012 0.001 0.001 66 R 0.644 0.259 0.073 0.021 0.003 0.001 0.001 67 L 0.101 0.332 0.360 0.171 0.033 0.002 0.001 68 G 0.177 0.571 0.204 0.044 0.004 0.001 0.001 69 V 0.001 0.005 0.043 0.281 0.546 0.123 0.002 70 D 0.004 0.055 0.198 0.375 0.288 0.075 0.005 71 L 0.001 0.001 0.007 0.037 0.176 0.611 0.169 72 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.429 0.525 73 G 0.001 0.001 0.003 0.013 0.059 0.248 0.677 74 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.203 0.771 75 S 0.001 0.003 0.011 0.050 0.158 0.456 0.321 76 V 0.001 0.008 0.029 0.113 0.283 0.408 0.159 77 D 0.019 0.094 0.171 0.227 0.227 0.189 0.074 78 S 0.090 0.166 0.201 0.228 0.185 0.109 0.021 79 V 0.153 0.192 0.208 0.192 0.140 0.093 0.021 80 F 0.202 0.202 0.190 0.182 0.143 0.069 0.012 81 S 0.213 0.257 0.221 0.162 0.095 0.044 0.007 82 H 0.082 0.160 0.216 0.255 0.187 0.091 0.008 83 I 0.280 0.307 0.209 0.122 0.060 0.019 0.002 84 K 0.174 0.365 0.251 0.136 0.055 0.017 0.002 85 W 0.009 0.023 0.069 0.251 0.431 0.208 0.009 86 K 0.042 0.159 0.313 0.320 0.137 0.028 0.001 87 E 0.384 0.491 0.107 0.016 0.002 0.001 0.001 88 W 0.029 0.123 0.304 0.374 0.146 0.022 0.001 89 I 0.006 0.020 0.079 0.301 0.444 0.146 0.003 90 E 0.213 0.446 0.252 0.075 0.013 0.001 0.001 91 R 0.440 0.385 0.126 0.040 0.008 0.002 0.001 92 H 0.063 0.179 0.283 0.283 0.155 0.037 0.001 93 I 0.047 0.140 0.283 0.321 0.173 0.035 0.001 94 G 0.330 0.394 0.185 0.070 0.019 0.003 0.001 95 V 0.032 0.112 0.229 0.347 0.226 0.052 0.002 96 R 0.156 0.409 0.253 0.126 0.043 0.011 0.001 97 I 0.003 0.013 0.060 0.254 0.445 0.209 0.015 98 P 0.030 0.151 0.289 0.301 0.153 0.064 0.012 99 F 0.001 0.007 0.021 0.073 0.243 0.524 0.130 100 P 0.002 0.010 0.038 0.124 0.293 0.390 0.142 101 I 0.001 0.003 0.010 0.033 0.126 0.479 0.350 102 I 0.001 0.003 0.006 0.020 0.099 0.449 0.422 103 A 0.001 0.013 0.044 0.126 0.248 0.395 0.172 104 D 0.007 0.041 0.103 0.216 0.309 0.242 0.083 105 P 0.066 0.245 0.269 0.228 0.125 0.054 0.013 106 Q 0.220 0.270 0.208 0.166 0.092 0.038 0.008 107 G 0.101 0.225 0.303 0.224 0.107 0.037 0.004 108 T 0.137 0.352 0.276 0.147 0.066 0.020 0.002 109 V 0.008 0.020 0.057 0.183 0.372 0.324 0.036 110 A 0.008 0.031 0.085 0.225 0.344 0.272 0.035 111 R 0.043 0.257 0.318 0.234 0.101 0.043 0.005 112 R 0.012 0.067 0.203 0.339 0.255 0.110 0.013 113 L 0.002 0.006 0.019 0.068 0.269 0.520 0.115 114 G 0.018 0.105 0.202 0.275 0.248 0.131 0.021 115 L 0.007 0.019 0.051 0.157 0.334 0.375 0.056 116 L 0.018 0.101 0.209 0.293 0.250 0.120 0.009 117 H 0.087 0.250 0.319 0.240 0.086 0.017 0.001 118 A 0.514 0.292 0.116 0.053 0.019 0.004 0.001 119 E 0.777 0.152 0.044 0.018 0.007 0.002 0.001 120 S 0.628 0.219 0.094 0.042 0.013 0.003 0.001 121 A 0.432 0.235 0.161 0.115 0.045 0.011 0.001 122 T 0.371 0.252 0.171 0.121 0.062 0.020 0.002 123 H 0.176 0.234 0.236 0.206 0.112 0.032 0.004 124 T 0.090 0.191 0.225 0.235 0.165 0.078 0.016 125 V 0.009 0.028 0.073 0.185 0.320 0.302 0.082 126 R 0.006 0.034 0.113 0.243 0.293 0.241 0.070 127 G 0.002 0.006 0.023 0.073 0.203 0.483 0.211 128 V 0.001 0.003 0.008 0.028 0.129 0.481 0.351 129 F 0.001 0.001 0.002 0.009 0.062 0.432 0.494 130 I 0.001 0.002 0.006 0.030 0.146 0.525 0.290 131 V 0.001 0.005 0.020 0.102 0.328 0.477 0.066 132 D 0.013 0.103 0.280 0.356 0.200 0.045 0.003 133 A 0.151 0.389 0.284 0.132 0.038 0.006 0.001 134 R 0.656 0.271 0.056 0.014 0.002 0.001 0.001 135 G 0.145 0.221 0.274 0.237 0.103 0.020 0.001 136 V 0.065 0.246 0.371 0.230 0.074 0.014 0.001 137 I 0.010 0.019 0.049 0.182 0.400 0.311 0.029 138 R 0.018 0.116 0.247 0.291 0.210 0.103 0.016 139 T 0.038 0.116 0.150 0.213 0.229 0.213 0.040 140 M 0.037 0.089 0.169 0.259 0.254 0.163 0.030 141 L 0.041 0.080 0.145 0.235 0.256 0.197 0.046 142 Y 0.109 0.164 0.192 0.214 0.175 0.120 0.026 143 Y 0.184 0.190 0.202 0.204 0.147 0.064 0.009 144 P 0.410 0.292 0.158 0.085 0.038 0.014 0.003 145 M 0.183 0.170 0.184 0.215 0.167 0.074 0.008 146 E 0.448 0.292 0.146 0.073 0.030 0.010 0.002 147 L 0.210 0.238 0.216 0.197 0.102 0.033 0.003 148 G 0.412 0.277 0.150 0.093 0.048 0.018 0.003 149 R 0.148 0.290 0.266 0.174 0.088 0.030 0.005 150 L 0.023 0.075 0.139 0.265 0.319 0.165 0.013 151 V 0.016 0.093 0.195 0.326 0.266 0.096 0.007 152 D 0.158 0.434 0.277 0.095 0.027 0.007 0.001 153 E 0.008 0.079 0.296 0.384 0.190 0.040 0.002 154 I 0.001 0.001 0.002 0.022 0.207 0.671 0.096 155 L 0.001 0.027 0.162 0.433 0.292 0.081 0.003 156 R 0.015 0.217 0.383 0.275 0.088 0.020 0.001 157 I 0.001 0.004 0.021 0.097 0.340 0.493 0.045 158 V 0.001 0.001 0.004 0.027 0.195 0.607 0.164 159 K 0.025 0.207 0.362 0.273 0.104 0.026 0.002 160 A 0.020 0.110 0.250 0.379 0.196 0.042 0.003 161 L 0.004 0.011 0.028 0.119 0.331 0.432 0.075 162 K 0.033 0.172 0.236 0.280 0.198 0.072 0.010 163 L 0.161 0.308 0.248 0.174 0.083 0.022 0.004 164 G 0.143 0.220 0.224 0.221 0.135 0.050 0.008 165 D 0.277 0.265 0.208 0.160 0.068 0.020 0.003 166 S 0.455 0.332 0.133 0.055 0.019 0.005 0.001 167 L 0.199 0.170 0.198 0.215 0.153 0.059 0.005 168 K 0.214 0.261 0.216 0.167 0.093 0.044 0.006 169 R 0.104 0.140 0.191 0.233 0.193 0.115 0.024 170 A 0.032 0.048 0.082 0.185 0.284 0.278 0.091 171 V 0.027 0.060 0.101 0.189 0.240 0.270 0.112 172 P 0.081 0.131 0.145 0.167 0.174 0.197 0.104 173 A 0.094 0.136 0.161 0.210 0.203 0.144 0.051 174 D 0.299 0.356 0.187 0.092 0.039 0.018 0.008 175 W 0.050 0.094 0.162 0.271 0.267 0.137 0.019 176 P 0.226 0.295 0.235 0.151 0.067 0.023 0.003 177 N 0.407 0.293 0.155 0.091 0.038 0.014 0.002 178 N 0.349 0.224 0.172 0.142 0.076 0.032 0.005 179 E 0.291 0.276 0.192 0.133 0.067 0.035 0.007 180 I 0.149 0.186 0.199 0.221 0.165 0.070 0.010 181 I 0.104 0.176 0.214 0.218 0.179 0.091 0.017 182 G 0.096 0.151 0.187 0.246 0.201 0.100 0.019 183 E 0.106 0.225 0.234 0.216 0.135 0.067 0.016 184 G 0.033 0.099 0.173 0.271 0.257 0.139 0.028 185 L 0.005 0.009 0.029 0.099 0.249 0.439 0.170 186 I 0.005 0.010 0.015 0.033 0.108 0.447 0.381 187 V 0.005 0.011 0.022 0.058 0.147 0.353 0.404 188 P 0.007 0.016 0.024 0.049 0.127 0.331 0.445 189 P 0.006 0.016 0.030 0.080 0.203 0.367 0.298 190 P 0.026 0.069 0.113 0.186 0.238 0.258 0.110 191 T 0.020 0.079 0.154 0.265 0.281 0.162 0.039 192 T 0.172 0.306 0.246 0.171 0.077 0.023 0.004 193 E 0.116 0.281 0.302 0.201 0.077 0.020 0.002 194 D 0.566 0.287 0.098 0.035 0.011 0.003 0.001 195 Q 0.248 0.394 0.236 0.093 0.023 0.005 0.001 196 A 0.037 0.049 0.116 0.330 0.352 0.112 0.003 197 R 0.096 0.287 0.358 0.198 0.053 0.007 0.001 198 A 0.414 0.437 0.116 0.027 0.005 0.001 0.001 199 R 0.044 0.169 0.301 0.311 0.139 0.034 0.001 200 M 0.032 0.082 0.203 0.337 0.276 0.070 0.002 201 E 0.555 0.303 0.103 0.032 0.007 0.001 0.001 202 S 0.795 0.158 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 203 G 0.265 0.318 0.235 0.127 0.043 0.012 0.001 204 Q 0.171 0.205 0.205 0.224 0.139 0.051 0.004 205 Y 0.071 0.138 0.223 0.286 0.208 0.067 0.007 206 R 0.161 0.247 0.249 0.200 0.104 0.033 0.005 207 C 0.065 0.080 0.109 0.185 0.264 0.247 0.051 208 L 0.046 0.061 0.105 0.199 0.255 0.266 0.068 209 D 0.064 0.163 0.234 0.235 0.169 0.108 0.028 210 W 0.036 0.053 0.108 0.225 0.285 0.239 0.054 211 W 0.023 0.039 0.056 0.104 0.223 0.407 0.147 212 F 0.017 0.023 0.043 0.110 0.269 0.415 0.122 213 C 0.035 0.077 0.144 0.240 0.277 0.193 0.035 214 W 0.047 0.068 0.132 0.257 0.331 0.150 0.014 215 D 0.180 0.285 0.262 0.179 0.075 0.018 0.002 216 T 0.307 0.368 0.208 0.088 0.024 0.004 0.001 217 P 0.429 0.264 0.156 0.100 0.042 0.009 0.001 218 A 0.556 0.243 0.118 0.059 0.020 0.004 0.001 219 S 0.746 0.177 0.050 0.020 0.006 0.001 0.001 220 R 0.759 0.171 0.050 0.016 0.004 0.001 0.001 221 D 0.718 0.195 0.062 0.020 0.004 0.001 0.001 222 D 0.743 0.194 0.047 0.013 0.002 0.001 0.001 223 V 0.684 0.204 0.070 0.032 0.009 0.001 0.001 224 E 0.388 0.210 0.185 0.152 0.058 0.007 0.001 225 E 0.390 0.338 0.182 0.071 0.016 0.003 0.001 226 A 0.448 0.274 0.159 0.088 0.026 0.005 0.001 227 R 0.282 0.260 0.222 0.143 0.071 0.020 0.002 228 R 0.329 0.172 0.151 0.175 0.117 0.050 0.006 229 Y 0.324 0.222 0.187 0.149 0.082 0.032 0.004 230 L 0.263 0.171 0.161 0.175 0.139 0.078 0.014 231 R 0.404 0.263 0.153 0.102 0.050 0.023 0.004 232 R 0.500 0.238 0.123 0.074 0.038 0.022 0.005 233 A 0.520 0.182 0.113 0.101 0.056 0.024 0.005 234 A 0.417 0.217 0.150 0.114 0.065 0.031 0.006 235 E 0.594 0.236 0.102 0.048 0.016 0.004 0.001 236 K 0.498 0.260 0.133 0.070 0.027 0.011 0.002 237 P 0.379 0.179 0.138 0.152 0.105 0.043 0.003 238 A 0.315 0.188 0.172 0.161 0.113 0.047 0.004 239 K 0.411 0.292 0.155 0.093 0.035 0.011 0.002 240 L 0.490 0.217 0.144 0.096 0.040 0.011 0.001 241 L 0.517 0.194 0.118 0.094 0.057 0.018 0.001 242 Y 0.537 0.166 0.124 0.101 0.051 0.019 0.002 243 E 0.541 0.260 0.116 0.057 0.020 0.005 0.001 244 E 0.467 0.228 0.153 0.100 0.040 0.010 0.002 245 A 0.263 0.176 0.127 0.184 0.151 0.089 0.009 246 R 0.218 0.170 0.203 0.210 0.133 0.058 0.008 247 T 0.366 0.159 0.095 0.116 0.137 0.117 0.010 248 H 0.267 0.239 0.177 0.161 0.104 0.045 0.007 249 L 0.324 0.274 0.191 0.130 0.058 0.021 0.003 250 H 0.538 0.218 0.127 0.074 0.031 0.009 0.002