# TARGET T0269 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0269.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9.16376 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.255 0.100 0.211 0.175 0.028 0.108 0.057 0.004 0.058 0.002 0.001 2 S 0.654 0.065 0.081 0.132 0.011 0.019 0.022 0.005 0.010 0.002 0.001 3 L 0.485 0.082 0.135 0.236 0.012 0.014 0.021 0.005 0.008 0.001 0.001 4 K 0.379 0.120 0.135 0.110 0.047 0.027 0.113 0.044 0.018 0.006 0.001 5 R 0.284 0.316 0.149 0.174 0.028 0.021 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 6 A 0.207 0.172 0.364 0.097 0.058 0.034 0.025 0.012 0.015 0.015 0.001 7 V 0.019 0.532 0.235 0.001 0.030 0.010 0.005 0.001 0.167 0.001 0.001 8 P 0.066 0.004 0.851 0.003 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 9 A 0.209 0.096 0.564 0.044 0.036 0.026 0.005 0.008 0.004 0.007 0.002 10 D 0.096 0.130 0.228 0.198 0.038 0.167 0.069 0.013 0.056 0.004 0.002 11 W 0.077 0.241 0.414 0.015 0.035 0.018 0.017 0.001 0.178 0.003 0.001 12 P 0.354 0.004 0.591 0.015 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 13 N 0.245 0.064 0.220 0.292 0.019 0.053 0.058 0.024 0.019 0.004 0.001 14 N 0.151 0.102 0.274 0.131 0.050 0.075 0.139 0.037 0.034 0.007 0.001 15 E 0.498 0.156 0.224 0.054 0.019 0.022 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 16 I 0.525 0.083 0.263 0.064 0.002 0.047 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 17 I 0.272 0.112 0.220 0.339 0.014 0.020 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 18 G 0.071 0.015 0.071 0.027 0.118 0.003 0.058 0.277 0.004 0.356 0.001 19 E 0.219 0.074 0.419 0.221 0.026 0.011 0.016 0.004 0.005 0.004 0.001 20 G 0.074 0.032 0.101 0.097 0.060 0.005 0.158 0.442 0.005 0.025 0.001 21 L 0.045 0.476 0.411 0.023 0.023 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 22 I 0.014 0.616 0.301 0.010 0.015 0.028 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 23 V 0.003 0.481 0.323 0.001 0.008 0.018 0.003 0.001 0.163 0.001 0.001 24 P 0.002 0.004 0.954 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 25 P 0.008 0.002 0.958 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 26 P 0.168 0.005 0.717 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 27 T 0.190 0.142 0.339 0.125 0.129 0.034 0.015 0.012 0.008 0.005 0.001 28 T 0.064 0.226 0.359 0.050 0.144 0.079 0.004 0.001 0.068 0.005 0.001 29 E 0.986 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 D 0.976 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 Q 0.977 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.985 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.990 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 A 0.966 0.002 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.928 0.003 0.009 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 M 0.861 0.021 0.038 0.054 0.003 0.010 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 37 E 0.729 0.046 0.060 0.125 0.006 0.014 0.009 0.002 0.007 0.002 0.001 38 S 0.372 0.036 0.149 0.360 0.020 0.006 0.034 0.006 0.011 0.005 0.001 39 G 0.049 0.003 0.019 0.018 0.023 0.001 0.098 0.680 0.001 0.108 0.001 40 Q 0.290 0.134 0.213 0.235 0.027 0.049 0.033 0.004 0.011 0.003 0.001 41 Y 0.078 0.369 0.322 0.068 0.070 0.040 0.018 0.006 0.025 0.004 0.001 42 R 0.107 0.355 0.304 0.044 0.094 0.043 0.019 0.003 0.027 0.004 0.001 43 C 0.243 0.291 0.173 0.076 0.131 0.030 0.017 0.010 0.021 0.007 0.001 44 L 0.226 0.436 0.182 0.054 0.050 0.028 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 45 D 0.204 0.371 0.226 0.053 0.052 0.047 0.015 0.002 0.027 0.001 0.001 46 W 0.113 0.584 0.156 0.025 0.075 0.023 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 47 W 0.106 0.683 0.124 0.015 0.038 0.018 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 48 F 0.084 0.622 0.123 0.027 0.095 0.022 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 49 C 0.070 0.651 0.112 0.046 0.071 0.021 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 50 W 0.097 0.417 0.244 0.051 0.104 0.031 0.021 0.003 0.026 0.006 0.001 51 D 0.213 0.061 0.218 0.301 0.018 0.089 0.064 0.009 0.019 0.004 0.005 52 T 0.019 0.494 0.239 0.003 0.067 0.012 0.011 0.001 0.154 0.001 0.001 53 P 0.081 0.012 0.697 0.013 0.001 0.043 0.001 0.001 0.003 0.001 0.149 54 A 0.035 0.217 0.574 0.034 0.071 0.036 0.009 0.002 0.019 0.002 0.001 55 S 0.006 0.073 0.792 0.003 0.029 0.075 0.001 0.001 0.016 0.004 0.001 56 R 0.953 0.003 0.007 0.029 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 57 D 0.951 0.001 0.003 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 D 0.851 0.002 0.006 0.123 0.001 0.007 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 59 V 0.982 0.001 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 E 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 R 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 R 0.963 0.003 0.005 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.930 0.003 0.014 0.042 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 70 A 0.883 0.008 0.021 0.070 0.003 0.004 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 71 E 0.627 0.025 0.076 0.234 0.006 0.013 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 72 K 0.224 0.166 0.380 0.011 0.038 0.014 0.016 0.001 0.145 0.004 0.001 73 P 0.487 0.003 0.430 0.012 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 74 A 0.719 0.034 0.129 0.061 0.017 0.009 0.009 0.013 0.003 0.006 0.001 75 K 0.822 0.042 0.066 0.030 0.008 0.015 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 76 L 0.859 0.033 0.068 0.023 0.003 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 77 L 0.847 0.028 0.048 0.056 0.004 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 78 Y 0.782 0.061 0.058 0.047 0.015 0.019 0.005 0.002 0.011 0.001 0.001 79 E 0.913 0.022 0.025 0.022 0.004 0.006 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 80 E 0.884 0.016 0.027 0.058 0.005 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 81 A 0.803 0.027 0.048 0.088 0.011 0.009 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 82 R 0.769 0.044 0.044 0.092 0.013 0.012 0.015 0.003 0.006 0.002 0.001 83 T 0.637 0.076 0.061 0.182 0.021 0.008 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 84 H 0.414 0.076 0.111 0.185 0.025 0.041 0.094 0.007 0.045 0.003 0.001 85 L 0.423 0.100 0.169 0.218 0.010 0.039 0.014 0.004 0.019 0.001 0.001 86 H 0.271 0.144 0.193 0.148 0.073 0.042 0.060 0.018 0.024 0.027 0.001